Prévia do material em texto
Parte 1: Estrutura e Mecanismos Básicos da Replicação Ligações Químicas na Dupla Hélice: Existem dois tipos principais: as ligações fosfodiéster (covalentes e fortes), que unem o açúcar de um nucleotídeo ao fosfato do seguinte, formando o "esqueleto" externo da fita; e as pontes de hidrogênio (ligações fracas), que unem as bases nitrogenadas no centro da hélice (duas pontes entre A e T; três entre G e C). 6. Replicação Conservativa vs. Semiconservativa: ● Conservativa: Hipótese (incorreta) onde a dupla hélice original permanece intacta e gera uma molécula-filha constituída de duas fitas 100% novas. ● Semiconservativa: O modelo real. A dupla hélice se abre e cada fita original serve de molde para uma nova fita. Cada molécula-filha gerada possui uma fita "velha" (molde) e uma fita "nova" recém-sintetizada. 7. Primer e sua necessidade: Um primer (iniciador) é um segmento curto de RNA sintetizado pela enzima primase. Ele é obrigatório porque a DNA polimerase não consegue iniciar a síntese de uma fita a partir do nada; ela precisa de uma extremidade $3'-OH$ livre já existente para poder "engatar" e adicionar o próximo desoxinucleotídeo. 8. Helicases e Topoisomerases: ● Helicases: Enzimas que abrem a dupla hélice do DNA quebrando as pontes de hidrogênio entre as bases. ● Topoisomerases: Enzimas que atuam à frente da forquilha de replicação, realizando cortes na fita para aliviar a extrema tensão de torção causada pela abertura desenfreada do DNA, religando os fragmentos em seguida. 9. Síntese Contínua vs. Descontínua: Ocorre devido à obrigatoriedade de a DNA polimerase sintetizar apenas na direção. Como o DNA é antiparalelo, apenas uma das fitas moldes permite que a enzima caminhe na mesma direção em que a forquilha está se abrindo (fita líder, síntese contínua). Na fita oposta, a síntese precisa ir "na contramão" da abertura, sendo feita em fragmentos à medida que a hélice se abre (fita atrasada/fragmentos de Okazaki). 10. Pareamento Inespecífico: Não, a informação não seria mantida. A informação genética depende da sequência exata das bases. Se a DNA polimerase inserisse nucleotídeos aleatoriamente (ex: A com C), a sequência do gene mudaria completamente a cada divisão celular, resultando em mutações letais e perda total da função biológica. 11. Ausência de Helicases: A dupla hélice não se separaria nos pontos de origem. Como consequência, as polimerases não teriam acesso às fitas moldes e o processo de replicação do DNA sequer começaria (ou seria paralisado instantaneamente). 12. Replicação "de ponta a ponta" antes da outra: In vivo, as duas fitas são replicadas simultaneamente porque a maquinaria enzimática atua junto (no complexo do replissomo). Se fossem replicadas independentemente de ponta a ponta, a fita atrasada deixaria longos trechos de DNA fita-simples expostos, que são altamente instáveis e propensos à degradação por nucleases da célula. 13. Falha das Topoisomerases em reconectar: O DNA acumularia quebras de fita dupla. A tensão mecânica romperia o cromossomo em múltiplos pedaços inativos, ativando mecanismos de danos severos ao DNA que, inevitavelmente, levariam à interrupção do ciclo celular e apoptose (morte da célula). Parte 2: Múltipla Escolha 14. Se a síntese fosse descontínua em ambas: (Alternativa C). Justificativa: A síntese de DNA poderia demorar mais (devido à constante necessidade de primases, ligases e remoção de iniciadores nos dois filamentos), mas não haveria diferença notável nos demais aspectos e a replicação ainda seria capaz de ocorrer teoricamente. 15. Qual não é propriedade importante do material hereditário: (Alternativa D). Justificativa: O DNA não se "adapta" mudando sua estrutura genética de tecido para tecido. A sequência de DNA de um neurônio é idêntica à de uma célula muscular; o que muda é a regulação (expressão) dos genes. 16. Por que remover os primers de RNA: (Alternativa B). Justificativa: A enzima primase não possui atividade exonucleásica de revisão (proofreading). Logo, os segmentos de RNA sintetizados por ela têm uma altíssima taxa de erros emparelhados e precisam ser substituídos por DNA de alta fidelidade para evitar mutações. 17. Processividade da DNA Pol III: Ela consegue adicionar milhares de nucleotídeos sem se desprender do molde devido à presença de uma proteína acessória em forma de anel chamada braçadeira deslizante (sliding clamp ou proteína beta), que a "amarra" fisicamente à fita de DNA. 18. Mutante com uma única forquilha bidirecional: (Alternativa D). Justificativa: Uma bolha de replicação normal tem duas forquilhas caminhando em direções opostas. Se apenas uma funcionar, a velocidade da maquinaria de síntese não muda, mas a distância que ela terá de percorrer sozinha em um cromossomo circular será dobrada. Parte 3: Cálculos e Quantificações 19. Telômeros em célula diploide ($2n = 14$): Um cromossomo linear não duplicado possui 2 telômeros (um em cada ponta). ● (a) G1: Os 14 cromossomos ainda não se duplicaram. $14 \times 2 = 28$ telômeros. ● (b) G2: Após a replicação na fase S, cada cromossomo agora tem duas cromátides irmãs (formando um 'X'), ou seja, 4 pontas por cromossomo. $14 \times 4 = 56$ telômeros. ● (c) Prófase mitótica: Os cromossomos estão condensados e continuam duplicados. $56$ telômeros. ● (d) Telófase mitótica: A célula está terminando de se dividir e as cromátides foram puxadas. Cada núcleo em formação contém 14 cromossomos simples. $28$ telômeros (por polo/célula filha). 20. e 21. Regras de Chargaff ($A=T$ e $G=C$): ● Problema 20: Se Timina (T) = $15\%$, então Adenina (A) = $15\%$. Juntos são $30\%$. Restam $70\%$ para dividir igualmente entre G e C. Portanto, Citosina = 35%. ● Problema 21: Se GC = $48\%$, então G = 24% e C = 24%. Restam $52\%$ para AT. Portanto, A = 26% e T = 26%. 22. Extremófilas em águas quentes: O DNA delas provavelmente tem maior conteúdo de GC. Os pares de bases C-G compartilham três pontes de hidrogênio, enquanto pares A-T compartilham apenas duas. Um alto teor de ligações triplas confere muito mais estabilidade térmica à molécula em altas temperaturas, evitando que a hélice desnature (derreta) na fonte termal. 23. Múltiplas forquilhas de replicação: Normalmente, 1 bolha = 2 forquilhas. Se a replicação for tão rápida que o novo ciclo se inicia antes do antigo terminar, as origens nas fitas-filhas que acabaram de ser formadas irão "disparar" novamente. Portanto, você teria as 2 forquilhas primárias nas extremidades da bolha original, mais 4 novas forquilhas (duas em cada origem das fitas recém-sintetizadas). Total: 6 forquilhas ativas. Parte 4: Casos Específicos e Desafios 24. Incorporação de $32P$ radioativo no ATP (dATP): ● Primeira molécula (poli-A pareado com poli-T): A hélice mãe tem uma fita poli-A e uma poli-T. A fita molde poli-T produzirá uma nova fita poli-A (que usará o rádio-dATP). A fita molde poli-A produzirá uma fita poli-T (que usará dTTP comum, não radioativo). Portanto, apenas UMA das moléculas-filhas será radioativa. ● Segunda molécula (ATATAT pareado com TATATA): Ambos os moldes necessitarão de adeninas (A) recém-sintetizadas para parear com suas timinas (T). Como o banco de dATP disponível é radioativo, a maquinaria inserirá rádio-A em ambas as fitas novas em construção. Logo, ambas as moléculas-filhas serão radioativas. 25. Experimento de Meselson e Stahl em eucariotos: Sim, funcionaria. A replicação do DNA em eucariotos também é semiconservativa e utiliza os mesmos constituintes básicos (nitrogênio nas bases). Se você mudar células humanas de um isótopo pesado de nitrogênio para um leve, você observará exatamente a mesma evolução nas faixas de densidade descritas no gabarito lá em cima da questão 6. 26. e 27. Identificação de fitas no desenho: Essas requerem atenção ao sentido direcional: ● Para que a polimerase caminhe "da direita para a esquerda" formando o filamento líder (contínuo),ela deve ler um molde que vai de $3'$ a $5'$ nesse exato sentido (direita para a esquerda). Ao olhar os números nas fitas nas pontas da questão 26, a fita superior é a que cumpre esse papel ($5'$ na ponta esquerda significa que é $3'$ na ponta direita). ● Na questão 27 (fragmento de Okazaki), ele é construído sobre o molde oposto (a fita inferior). 30. Planeta Rama (Biologia Alienígena): ● a e b: Se a mitose gera três células-filhas e existem três pares de bases que se relacionam intimamente (A=C=E), o modelo matemático indica que o "DNA" de Rama não é uma dupla hélice, mas uma tripla hélice (com pares triplos: A-C-E emparelhados de um lado e B-D-F do outro). A replicação tri-conservativa geraria três moléculas filhas em vez de duas. 31. O Fago phiX174 (A=25%, T=33%, G=24%, C=18%): Como as quantidades de Adenina não são iguais às de Timina (e nem G igual a C), este DNA quebra completamente a regra de pareamento de dupla hélice padrão de Chargaff. A única interpretação possível é que o fago possui um genoma de DNA de Fita Simples (ssDNA). Para se replicar, o vírus precisa primeiro infectar a bactéria e forçar a maquinaria bacteriana a fabricar a fita complementar para virar uma fita dupla provisória. Parte 1: Estrutura e Mecanismos Básicos da Replicação Parte 2: Múltipla Escolha Parte 3: Cálculos e Quantificações Parte 4: Casos Específicos e Desafios