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Noções de Genética Bacteriana I Farmácia Noturno 2013 Fernanda Abreu fernandaaabreu@micro.ufrj.br Introdução • Em bactérias e arqueas o material genético está disperso no citoplasma; • De forma organizada e condensada: nucleóide; • Material genético pode ser classificado como: – DNA cromossômico – DNA extracromossômico (plasmídeos) Ácidos nucleicos na célula • Dois tipos: – DNA (material genético de procariotos e eucariotos) – RNA • Formados por cadeias polinucleotídicas. • Nucleotídeo: – Resíduo de açúcar; – Base nitrogenada; – Grupamento fosfato. Ácidos nucleicos na célula – Resíduo de açúcar; – Base nitrogenada; – Grupamento fosfato. Base nitrogenada + açúcar = nucleosídeo Ácidos nucleicos na célula – Resíduo de açúcar; – Base nitrogenada; – Grupamento fosfato. Base nitrogenada + açúcar + grupo fostato = nucleotídeo Ligação glicosídica β Ligação éster Ácidos nucleicos na célula Ácidos nucleicos na célula • Formação da cadeia de polinucleotídeo: ligações fosfofiester 5’P 3’OH DNA • Dupla fita • Cadeias complementares: pareamento entre as bases; • Cadeias antiparalelas: uma corre na direção 5’ P 3’ OH e outra na direção 3’ OH 5’ P. • Cadeias arranjadas em dupla hélice. • Tamanho de cada hélice é constante devido ao esqueleto invariável. DNA cromossômico • É o principal constituinte do genoma de procariotos. • Presença obrigatória. • Proteínas estão ligadas ao DNA promovendo seu empacotamento: formação do cromossomo. • Geralmente é circular. • Variação de tamanho 500 a 10.000 kB Micro-organismo Tamanho (kb) Forma da molécula na célula Escherichia coli 4.700 C Anabaena 6.400 C Myxococcus xanthus 9.454 C Mycoplasma genitalium 580 C Streptomyces 8.000 L -Conteúdo de bases G+C varia de 25 a 75% -DNA possui carga negativa (g. fosfato) -Carga é neutralizada por: -Cátions (Mg2+) -Poliaminas -Proteínas básicas DNA cromossômico • Compactação Molécula de DNA é empacotado em um processo denominado superenovelamento. Superenovelamento pode ser + (dupla hélices se torna mais enovelada) ou – (subenovelamento). E.coli: 100 domínios superenovelados DNA: 500 x maior que a célula DNA cromossômico • Compactação – Superenovelamentos são introduzidos ou removidos por enzimas chamadas topoisomerases. – Classes: • Topoisomerase classe I: realizam clivagem em uma das fitas de DNA e promovem a rotação de uma das fitas, acrescentando ou removendo um único superenovelamento. Geralmente remove excesso de superenovelamento. • Topoisomerase classe II: realizam a clivagem das duas fitas e promovem sua rotação, acrescentando ou removendo dois superenovelamentos. DNA cromossômico • Compactação – DNA girase: topoisomerase classe II que promove superenovelamento negativo. DNA cromossômico • Compactação – Proteínas condensadoras: encontradas no genomas de algumas bactérias. – Família SMC: structural maintenance os chromosomes – semelhante a eucariotos. – Conclusão: – Superenovelamento é necessário para empacotamento – Relaxamento é necessário à replicação e transcrição do DNA Fluxo de informação - Etapas • Duplicação ou Replicação: duplicação do DNA, dando origem a duas duplas hélices • Transcrição: transferência da informação do DNA para uma molécula de RNA – RNA mensageiro (RNAm ou mRNA, em inglês): contém a informação que codifica uma proteína – RNA transportador (RNAt ou tRNA, em inglês): se liga a um aminoácido e é usado na produção de proteínas – RNA ribossomal (RNAr ou rRNA, em inglês): forma o ribossomo • Tradução: transferência da informação do RNA para uma molécula de proteína 14 Duplicação do DNA • Necessária para que as células se dividam e gerem dois novos organismos. • Cada fita será utilizada como molde – duplicação semi-conservativa Duplicação do DNA • Propriedades importantes: – Duplicação semiconservativa; – Precursor do nucleotídeo: desoxinucleosídeo 5’-trifosfato. – Dois fosfatos são removidos do precursor que é ligado à desoxirribose da cadeia em crescimento; – É necessária a presença de –OH na posição 3’. – Síntese ocorre na direção 5’ 3’ Duplicação do DNA Helicase Existem 5, mas III e I participam diretamente da replicação Primase Iniciador c/ 11-12 nucleotídeos Forquilha de replicação: região do DNA desenovelado onde ocorre a replicação Proteína de ligação a fita simples Iniciadores de RNA Iniciador de RNA DNA polimerase Fita líder ou contínua Fita descontínua Fragmentos de Okazaki Primase RNA polimerase Proteínas ligadoras de fita simples Helicase Extremidade 3-OH livre 18 Duplicação de DNA -DNA pol III: adiciona nucleotídeos na direção 5’ 3’ -DNA pol I: atividade de exonuclease e remove iniciador de RNA -DNA pol I: atividade polimerase, substituindo o iniciador de RNA. Duplicação do DNA Replissomo: complexo de replicação formado pela agregação de ptns Duplicação do DNA OriC região com sequencia específica onde DnaA se liga e promove abertura da hélice e início do processo de replicação (DnaB (helicase) e DnaC (ptns carreadora de helicase)). Duplicação bidirecional : duas forquilhas de replicação Duplicação do DNA Mapa Genético • Representação do cromossomos – Genes – RNAs • Número de genes Micro-organismo Número provável de genes E. coli 4.288 Mycoplasma genitalium 470 Deinococcus radiodurans 3.187 Mapa Genético • Densidade de genes 25 Transcrição - Código genético Códons = 3 bases = 1 aminoácido Códon iniciador = AUG Códons de parada = UAA, UAG, UGA -Definição: síntese de RNA, utilizando o DNA como molde pela ação da enzima RNA polimerase -Tipos principais de moléculas de RNA: -RNAm: carreia a informação genética do DNA para ribossomos -RNAt -RNAr -Outros envolvidos em processo de regulação 26 Código Genético 27 Fator Sigma Sigma RNA Região promotora Gene(s) a ser transcrito (verde claro) RNA polimerase (núcleo da enzima) Sigma reconhece o promotor e o sítio de iniciação Transcrição começa; sigma se solta. Cadeia de RNA cresce até o sítio de terminação Sítio de terminação alcançado; crescimento da cadeia Enzima e nova fita se soltam 28 Transcrição Transcrição -Terminação da transcrição: - Pode ocorrer pela ação de terminadores estruturais intrínsecos ( estrutura haste- alça no RNA geradas pelas repetições invertidas do DNA). Ou -De forma dependente de proteína (proteína Rho; se liga ao RNA e se desloca ao longo da cadeia em direção ao complexo RNApol-DNA). -AMBAS DEPENDENTES DE SEQUENCIA DO DNA. Transcrição • Diferenças químicas entre DNA e RNA – Ribose ao invés de desoxirribose – Uracila ao invés de timina – RNA é fita simples (alguns vírus são exceção) • Polimerização do RNA – Continua sendo sentido 5’ 3’ – A RNA polimerase não precisa de uma “ponta” para começar a síntese da nova fita 30 Transcrição característica de bacterias • RNA monocistrônico: RNAm contém a informação para único gene. – Uma mesma fita de mRNA contém o código para várias proteínas / produtos gênicos, em série • Polissomos – Estrutura com um mRNA com vários ribossomos acoplados traduzindo proteínas ao mesmo tempo DNAmRNA Proteína Tradução B A Gene A Gene B Transcrição Região codificante B Região codificante A 31 Transcrição característica de bacterias • RNA policistrônico – Uma mesma fita de mRNA contém o código para várias proteínas / produtos gênicos, em série. – Transcritos a partir do mesmo promotor. – Geralmente estes genes estão associados a um fenótipo. • Polissomos – Estrutura com um mRNA com vários ribossomos acoplados traduzindo proteínas ao mesmo tempo. 32 33 Tradução - Ribossomos - tRNA - Anticódon - mRNA Componentes da Tradução 34 Interação códon (mRNA) – anticódon (tRNA) 35 36 37 38 Tradução • Sítio A: aceptor • Sítio P: peptidil • Sítio E: saída (exit) Subunidade 50S Ligação do tRNA carregado ao sítio A Empty E-site ALONGAMENTO (requer proteínas EF-Tu e EF-Ts) INICIAÇÃO (requer proteínas IF-1, 2 e 3) mRNA E-site P-site A-site Sítio A Sítio P Sítio E Subunidade 30S 39 Plasmídeo • Pequenos elementos genéticos • DNA de fita dupla; • Tamanho variado (2 a 200kb) • Maioria circular; alguns lineares • 1 ou mais por bactéria • Duplicação independente do cromossomo • Contém genes acessórios (necessários apenas em algumas situações) – Os genes housekeeping são essenciais sob qualquer condição de crescimento e estão no cromossomo 40 Plasmídeo • Pequenos elementos genéticos • DNA de fita dupla; • Tamanho variado (2 a 200kb) • Maioria circular; alguns lineares • 1 ou mais por bactéria (maiores em menor número) 41 Plasmídeo Tamanho kb Número de cópias/célula Forma na célula F 100 1-2 C pSF1 18 ND L ColE1 6,5 15-20 C Plasmídeo 42 Plasmídeo 43 Plasmídeo • Duplicação dos plasmídeos (oriV): – Simétrica bilateral; – Simétrica unilateral: uma forquilha de duplicação e duplicação em uma direção; – Assimétrica unidirecional (círculo rolante): Uma das fitas permanece circular, enquanto a outra é linearizada na região oriV durante a duplicação. Prática Prática 7 Interpretação do resultado do teste da Fermentação de glicose, manitol e lactose (prática 6). • Interpretação: O meio possui o indicador de Andrade que em pH neutro é incolor e em pH ácido é vermelho. A acidificação do meio se dá em função da produção de ácidos em função da fermentação do carboidrato testado. Meio com: -único carboidrato fermentável -indicador de pH; Vermelho de fenol pH ácido amarelo pH básico vermelho -Tubo de Durham Prática 8 1) Hidrólise do amido (amilase) - Após o crescimento, verter na placa solução de lugol. - O iodo se complexará com o amido do meio. Interpretação: em volta do crescimento de bactérias produtoras de amilase surgirá um halo incolor devido à ausência de amido naquela região. O restante da placa ficará azul. Negativo/positivo Prática 8 Negativo/positivo 2) Redução do Nitrato Se o micro-organismo possuir a enzima, mesmo na presença de oxigênio, com o excesso de nitrato ele reduzirá este substrato a nitrito. São utilizados dois reagentes: – Nitrato 1: Ácido sulfanílico em solução acética – Nitrato 2: -naftilamina em solução acética. • Adicionar 5 gotas da solução nitrato 1 ao tubo de marca preta; agitar bem; • Em seguida, adicionar 5 gotas da solução nitrato 2; agitar; • A coloração avermelhada indica um resultado positivo; Prática 8 2) Redução do Nitrato São utilizados dois reagentes: – Nitrato 1: Ácido sulfanílico em solução acética – Nitrato 2: α-naftilamina em solução acética. • Interpretação: O ácido sulfanílico e a -naftilamina se complexam com o nitrito formando um composto de cor vermelha. • Interpretação: Se ocorrer redução de nitrato a nitrito pela enzima nitrato redutase respiratória, o meio ficará vermelho Negativo/positivo Prática 8 3) Formação de H2S e Indol e Observação de Mobilidade em Meio Sólido - Produção de H2S: a) Formação de H2S (2 modos) - Cisteína da peptona do meio - Tiosulfato de sódio do meio Prática 8 3) Formação de H2S e Indol e Observação de Mobilidade em Meio Sólido - Produção de H2S: • Observar presença de precipitado negro sobre a fita de papel embebida em acetato de chumbo; • Interpretação: O sulfeto de chumbo, oriundo da produção de sulfeto pelos microrganismos, forma um precipitado preto sobre a fita embebida em acetato de chumbo. Escurecimento do meio caso contenha sulfato ferroso Prática 8 3) Formação de H2S e Indol e Observação de Mobilidade em Meio Sólido - Indol: • Observar presença de coloração avermelhada na tira de papel com o reagente de Kovac; • Interpretação: O indol formado complexa-se com o reagente de Kovac que contém p-dimetilaminobenzaldeído, butanol e HCl, formando um composto vermelho/rosa Prática 8 3) Formação de H2S e Indol e Observação de Mobilidade em Meio Sólido - Motilidade: • Observar a turbidez do meio SIM; • Interpretação: Se o microrganismo for móvel o meio ficará turvo indicando que a bactéria cresceu em todo o meio; • Interpretação: Se o microrganismo for imóvel, haverá crescimento somente em volta da picada do inóculo. Prática 8 4) Prova da Uréia (urease) • Interpretação: O meio possui como indicador de pH o vermelho de fenol que em pH básico fica rosa/vermelho e em pH ácido e neutro fica amarelo; • Observar os tubos contendo meio com uréia; • A coloração rosa do meio indica um resultado positivo; Prática 8 5) Prova da Catalase • Verter a água oxigenada (H2O2) no próprio tubo de ágar inclinado contendo a bactéria crescida. • Interpretação: o desprendimento de bolhas indica a presença de catalase em função da produção de oxigênio livre. Prática 8 • Sistemas multitestes: – Enterotube II® – Sistema de identificação API® Prática 8 • Antibiograma: –