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ACESSE AQUI O SEU LIVRO NA VERSÃO DIGITAL! PROFESSORA Dra. Ana Luisa Monezi Lucena Biologia Molecular e Forense https://apigame.unicesumar.edu.br/qrcode/12661 FICHA CATALOGRÁFICA C397 CENTRO UNIVERSITÁRIO DE MARINGÁ. Núcleo de Educação a Distância. LUCENA, Ana Luisa Monezi. Biologia Molecular e Forense. Ana Luisa Monezi Lucena. Maringá - PR: Unicesumar, 2021. Reimpresso em 2023. 224 p. ISBN: 978-65-5615-710-8 “Graduação - EaD”. 1. Forense 2. Biologia 3. Molecular. EaD. I. Título. Impresso por: Bibliotecário: João Vivaldo de Souza CRB- 9-1679 Pró Reitoria de Ensino EAD Unicesumar Diretoria de Design Educacional NEAD - Núcleo de Educação a Distância Av. Guedner, 1610, Bloco 4 - Jd. Aclimação - Cep 87050-900 | Maringá - Paraná www.unicesumar.edu.br | 0800 600 6360 PRODUÇÃO DE MATERIAIS DIREÇÃO UNICESUMAR NEAD - NÚCLEO DE EDUCAÇÃO A DISTÂNCIA Reitor Wilson de Matos Silva Vice-Reitor Wilson de Matos Silva Filho Pró-Reitor de Administração Wilson de Matos Silva Filho Pró-Reitor Executivo de EAD William Victor Kendrick de Matos Silva Pró-Reitor de Ensino de EAD Janes Fidélis Tomelin Presidente da Mantenedora Cláudio Ferdinandi Diretoria Executiva Chrystiano Mincoff, James Prestes, Tiago Stachon Diretoria de Graduação e Pós-graduação Kátia Coelho Diretoria de Cursos Híbridos Fabricio Ricardo Lazilha Diretoria de Permanência Leonardo Spaine Diretoria de Design Educacional Paula Renata dos Santos Ferreira Head de Graduação Marcia de Souza Head de Metodologias Ativas Thuinie Medeiros Vilela Daros Head de Tecnologia e Planejamento Educacional Tania C. Yoshie Fukushima Gerência de Planejamento e Design Educacional Jislaine Cristina da Silva Gerência de Tecnologia Educacional Marcio Alexandre Wecker Gerência de Produção Digital Diogo Ribeiro Garcia Gerência de Projetos Especiais Edison Rodrigo Valim Supervisora de Produção Digital Daniele Correia Coordenador de Conteúdo Sidney Edson Mella Junior Designer Educacional Vanessa Graciele Tiburcio Curadoria Gisele da Silva Porto Revisão Textual Cindy Mayumi Okamoto Luca Editoração Juliana Duenha; Lucas Pinna Silveira Lima Ilustração André Azevedo Realidade Aumentada Maicon Douglas Curriel Fotos Shutterstock. CDD - 22 ed. 574.8 02511138 https://apigame.unicesumar.edu.br/qrcode/17299 Aqui você pode conhecer um pouco mais sobre mim, além das informações do meu currículo. Profa. Dra. Ana Luisa Monezi Lucena Meu nome é Ana Luísa e sou bióloga. Despertei o meu interesse pela área quando iniciei o Ensino Médio. Quando uma profes- sora de Biologia trazia à sala de aula materiais ilustrativos do conteúdo, eu achava fantástico. O ingresso na graduação e a participação em projetos de pesquisa me trouxeram indepen- dência, pois comecei a me organizar em relação aos estudos e à aplicabilidade financeira do pouco que ganhava com as bolsas de estudo. O mestrado e o doutorado foram ainda mais moti- vadores. A pesquisa era como uma busca de descobertas para o bem da humanidade. As oportunidades de estudo que a vida me deu têm trazido muitos privilégios. No entanto, às vezes, acredito que não dou o real valor, pois penso ser um pouco insignificante diante dos sonhos que ainda não alcancei. Por outro lado, orgulho-me, visto que aqueles que buscam chegar até aqui refletem admiração por mim. Além da profissional da educação que me tornei, tenho planos que fogem um pouco desse contexto. Adoro fazer exercícios. Se o tempo me permitir, serei uma atleta amadora de triathlon, já que eu adoro nadar, correr e andar de bicicleta. Não sou competitiva: diria que sou resisten- te. Essa resistência me apoia em muitas situações. Sou aquelas que, quando começa alguma coisa, não pára até que seja fina- lizada. Entretanto, a resistência me abandona em momentos de emoção. Sou emotiva e vivo o momento do outro, seja de tristeza, seja de alegria. Adoro conversar com os idosos. Co- munico-me com os olhos verdadeiros de um cão e me fascina aprender novas tecnologias. Sou muito eclética quanto aos gostos musicais, mas a pre- ferência é dada ao pagode e ao pop rock. Acreditava que tinha talento à área musical durante a minha adolescência, quando gravei algumas músicas com meu irmão e meu primo no es- túdio do meu tio. Acredito que a minha maior habilidade é ser professora. Às vezes, vejo-me como policial e perita. Talvez, tenha sido a maior motivação de escrever este livro, um modo de mostrar a área da biologia na investigação forense. Meu currículo: http://lattes.cnpq.br/0115131128803059 https://apigame.unicesumar.edu.br/qrcode/11724 https://apigame.unicesumar.edu.br/qrcode/9070 Quando identificar o ícone de QR-CODE, utilize o aplicativo Unicesumar Experience para ter acesso aos conteúdos on-line. O download do aplicativo está disponível nas plataformas: Google Play App Store Ao longo do livro, você será convidado(a) a refletir, questionar e transformar. Aproveite este momento. PENSANDO JUNTOS EU INDICO Enquanto estuda, você pode acessar conteúdos online que ampliaram a discussão sobre os assuntos de maneira interativa usando a tecnologia a seu favor. Sempre que encontrar esse ícone, esteja conectado à internet e inicie o aplicativo Unicesumar Experience. Aproxime seu dispositivo móvel da página indicada e veja os recursos em Realidade Aumentada. Explore as ferramentas do App para saber das possibilidades de interação de cada objeto. REALIDADE AUMENTADA Uma dose extra de conhecimento é sempre bem-vinda. Posicionando seu leitor de QRCode sobre o código, você terá acesso aos vídeos que complementam o assunto discutido PÍLULA DE APRENDIZAGEM Professores especialistas e convidados, ampliando as discussões sobre os temas. RODA DE CONVERSA EXPLORANDO IDEIAS Com este elemento, você terá a oportunidade de explorar termos e palavras-chave do assunto discutido, de forma mais objetiva. https://apigame.unicesumar.edu.br/qrcode/3881 BIOLOGIA MOLECULAR E FORENSE A biologia molecular, área de extensão da biologia, aproxima você do entendimento específico das ações feitas pelo detentor da informação genética, o DNA, e das estratégias usadas para manipular essa e outras moléculas biológicas. Você já pensou na importância do papel do estudo da biologia molecular para o seu aprimoramento profissional, futuro(a) profissional de saúde? Qual seria a aplicabilidade desse estudo para sua carreira? Com certeza, você já se deparou com casos envolvendo a aplicabilidade dos conhecimentos da biologia molecular e não refletiu sobre o fato. O que acha de começar agora? Imagine um caso em que uma mulher, a Maria, teve um relacionamento com João. Desse relacionamento, nasceu José, que, aos três anos de idade, começou a apresentar alguns sintomas preocupantes e que dificulta- va o dia a dia dele: ao respirar, apresentava cansaço constante. Foi detectado que ele tinha uma doença genética grave que demandava cuidados diários da mãe e transfusões sanguíneas a cada 20 dias. No entanto, há três semanas, Maria adoeceu e estava com dificuldades de cuidar de José. Sem notícias de João por, pelo menos, 10 anos, Maria foi em busca do paradeiro dele. Com a ajuda de algumas pessoas, Maria entrou em contato com João, que não aceitou a ideia de ser o pai de José. Em busca da justiça, Maria foi aconselhada a levar o filho para fazer alguns exames que ajudassem a comprovar a paternidade de José. Certamente, você já deve ter ouvido alguém falar sobre o teste de paternidade. Você sabia que exames de DNA envolvem a compreensão dos estudos da biologia molecular? Sabia que as meto- dologias utilizadas para fazer testes como esse provêm dos estudos desta disciplina? Por que seria importante o entendimento dos conceitos desta disciplina? Apesar de os testes de paternidade utilizando o DNA começarem a ser divulgados no Brasil apenas no final do século XX, principalmente a partir de programas populares de televisão que o ofereciam a camadas sociais de baixa renda, o exame já era utilizado no meio científicodesde meados do século passado. A popularização do teste de DNA resultou no aumento da demanda do exame. A utilização do teste de DNA constitui uma forma de provar, por intermédio de métodos confiá- veis, a legitimidade do parentesco entre pessoas. A utilização dele é importante como um meio de produção de prova no processo civil, especificamente em relação ao Direito de Família. Além disso, esse tipo de exame, para ser validado, precisa ser feito por laboratórios autorizados e assinado por profissional especializado, que tem competência e respaldo legal para a realização. A prática é a melhor maneira de compreender os conceitos de um tema. Dessa forma, para melhor entendimento da biologia molecular, pesquise em sites confiáveis e em artigos científicos, dados a respeito da busca da paternidade a partir do exame de DNA no Brasil: será que temos uma faixa etária determinante dos pais que procuram pela confirmação da paternidade? Existe uma predo- minância dessa busca em relação a alguma classe social específica? Como pode ser comprovada a confiabilidade dessa técnica? Em casos de supostos pais não encontrados ou que tenham falecido, como pode ser procedido o processo de reconhecimento? Agora que você colocou a “mão na massa”, quais foram os resultados de sua pesquisa? Será que a técnica é 100% confiável? Quais foram as suas conclusões? Em relação à situação hipotética apresentada inicialmente, comprovar a paternidade da criança poderia contribuir como um modo de investigação da doença de José. Pense no quanto é importante a sua atuação profissional na vida de José e de tantos outros. Para iniciar a nossa narrativa sobre a biologia molecular e forense, realizaremos uma revi- são geral sobre a estrutura e as bases das informações moleculares. Também exporemos o controle de qualidade necessário em laboratórios de biologia molecular. Posteriormente, serão apresentadas as tecnologias de estudo dos ácidos nucleicos e das proteínas responsáveis pela manutenção do material genético e/ou atividades celulares, sendo elas: identificação, manipu- lação, amplificação e análise dos funcionamentos utilizados hoje. Além disso, serão explicadas as combinações das técnicas com a biotecnologia de DNA recombinantes para produção de produtos comerciais na área da saúde. Para finalizar, você aplicará todos os conhecimentos aprendidos sobre a biologia molecular no uso da chamada “ciências forenses”. São muitas curiosidades! Você não vai perder, né? Antes que eu me esqueça, mais um spoiler para você: ao longo de cada unidade de aprendizagem, há podcasts interessantes e que complementam o conteúdo de cada ciclo, ao trazerem curiosidades envolventes. Depois de finalizar esta disciplina, você perceberá que são muitas as esferas em que poderá atuar. Quem sabe em um laboratório onde você seja responsável por fazer exames e interpretar os resultados de análises clínicas? Em um laboratório que tenha a ação de diagnosticar doenças? Fazer análises bromatológicas para verificar contaminações em alimentos? Pesquisar e desen- volver produtos obtidos por biotecnologias, tais como medicamentos e vacinas? Você poderá, ainda, elucidar crimes por meio da análise de vestígios na Polícia Federal ou Civil. Mergulhe nesta jornada e não perca tempo! E você? O que espera com este estudo? Já pensou a respeito de qual área você mais gosta e como poderá aplicar todo o conhecimento? Convido você a mergulhar nesta busca. Venha conhecer uma das fascinantes áreas da biologia, a biologia molecular e forense. 3 1 2 4 5 6 APRENDIZAGEM CAMINHOS DE 11 53 37 81 REVISÃO GERAL DA ESTRUTURA E DAS BASES DAS INFORMAÇÕES MOLECULARES 125 MARCADORES MOLECULARES QUE DETERMINAM E ANALISAM O DNA E AS APLICAÇÕES DELE NA PESQUISA NA ÁREA BIOMÉDICA FERRAMENTAS DE MANIPULAÇÃO DO MATERIAL GENÉTICO CONTROLE DE QUALIDADE EM LABORATÓRIOS DE BIOLOGIA MOLECULAR REAÇÃO EM CADEIA DA POLIMERASE E SUAS APLICAÇÕES MÉTODOS DE SEQUENCIAMENTO DE DNA 103 7 8 9 149 167 A BIOINFORMÁTICA APLICADA AOS ESTUDOS DA PESQUISA E AO DIAGNÓSTICO MOLECULAR BIOTECNOLOGIAS PARA A PRODUÇÃO DE VACINAS, FÁRMACOS, TESTES GENÉTICOS E TERAPIA GÊNICA 185 BIOLOGIA FORENSE E AS APLICABILIDADES NA ÁREA DA SAÚDE 1 Nesta unidade, você relembrará a composição, a estrutura e a fun- ção do DNA (ácido desoxirribonucleico). Também compreenderá como as informações moleculares do DNA são passadas entre as gerações e transformadas em características extremamente com- pletas e diversas. Por fim, conhecerá os ajudantes do DNA nessa jornada, incluindo as enzimas e as proteínas de ação. Revisão geral da estrutura e das bases das informações moleculares Dra. Ana Luisa Monezi Lucena 12 UNICESUMAR Nós já sabemos que somos gerados por células reprodutoras: espermatozoide e óvulo. Todavia, você já pensou naquilo que essas células contêm e que nos tornam tão completos? Temos, por exemplo, órgãos sexuais que nos diferenciam em relação às aparências e às funções reprodutoras. Temos um cérebro que capta e emite informações e ideias. Também há um corpo que nos permite efetuar as nossas vontades. Talvez, a sua resposta seria o DNA. Contudo, você já imaginou como células tão pequenas e únicas, como as reprodutoras, armazenam as informações do DNA e são capazes de desenvolver estruturas e habilidades corporais tão complexas? Em que aspecto diferencia o DNA de cada um de nós, visto que somos tão diversos e, ao mesmo tempo, iguais em outros aspectos? Nós compreenderemos, primeiramente, a jornada das etapas que ocorrem no interior das células reprodutoras dos pais, com o intuito de entendermos como a molécula de DNA que é proveniente deles emite informações que a desenvolvem. Você compreenderá que existem diferenças na expressão do DNA. Por exemplo, pense em um irmão: como ele é diferente do outro irmão, se o DNA é proveniente dos mesmos pais? Essas e outras respostas você recordará e responderá nesta unidade. Entender que a informação necessária para nos formar é proveniente dos conhecimentos relativos à composição, à estrutura e à função da molécula de DNA, é reconhecer que as células iniciais carre- gam essas informações. Os gametas passam por etapas ordenadas de eventos, pois, logo após a união das células gaméticas masculinas e femininas, há a formação de uma nova e única célula a qual está condicionada ao desenvolvimento de inúmeras células por divisões sucessivas, formando os tecidos e os órgãos do corpo. Todos os comandos para efetuar essas ações são dados pelas informações contidas no DNA, os genes, que são multiplicados a cada nova célula que se forma. Esses genes são regulados de modo a estimular ou a inibir a ação de acordo com a localização corporal e as vias biológicas existentes. Na ambientação dessas etapas que chegam a traduzir a informação genética contida no DNA, podem ocorrer raras alterações que refletem em variações no funcionamento ou em características do corpo. Alguns exemplos incluem o nascimento de: • Um diabético, o qual não produz insulina. • Uma criança com fissura labial. • Um indivíduo albino. • Um sujeito com problemas no fígado. Dessa forma, há diversas razões para que os profissionais da saúde compreendam o magnetismo que abrange a molécula de DNA, uma vez que ele fornece a base para a compreensão dos fundamentos biológicos que levam a formação do indivíduo. Isso gera, consequentemente, o melhor entendimento do processo de doenças, o qual, em alguns casos, pode promover a prevenção e encontrar tratamentos. Em meio à compreensão das particularidades da molécula de DNA, muitas pesquisas surgiram para tentar entender as doenças e impedir o progresso delas. Para algumas situações, foram desen- volvidos fármacos. Para outras, foram feitas vacinas e técnicas laboratoriais, tais como a radioterapia e a quimioterapia. Diante disso, pesquise em bancos de dados confiáveis três descobertas feitas pela biologia molecular para a criação de soluções, ações, tratamento eprevenção de doenças, o que se deu 13 UNIDADE 1 a partir do conhecimento da composição, da estrutura e do funcionamento do DNA. Verifique quais foram os procedimentos adotados nas descobertas dos pesquisadores. Os avanços científicos da biologia molecular se perpetuam seguramente desde os anos 50, após determinação da estrutura da DNA por James Watson e Francis Crick. A partir disso, progressos grandiosos aconteceram nessa área. Diante do exposto, você concorda que há melhorias trazidas com o estudo da molécula de DNA? Por que a variação dos genes da molécula de DNA pode modificar a funcionalidade e as características do nosso corpo? Você reconhece que entender as particularidades da estrutura da molécula de DNA foi o primeiro passo para diversas ações? Quais são os outros procedimentos que deveriam ser adotados para con- cretizar as ações benéficas destinadas ao tratamento de doenças? Já sabemos que nascemos a partir do encontro de duas células reprodutoras e que elas são os veículos de transporte das nossas características genéticas, armazenadas em forma de DNA. Agora, pensemos microscopicamente no DNA no interior dessas células. Considere que, dentro do espermatozoide de seu pai e no óvulo de sua mãe, há uma estrutura chamada “núcleo”, que será o local de endereço do DNA. Quando ocorre a junção das células gaméticas, os DNAs de ambas as células se encontram para gerar o seu próprio DNA, que te acompanhará ao longo da vida. Entre 1952 e 1953, os pesquisadores James Watson e Francis Crick decifraram a estrutura da molécula de DNA contida no interior das nossas células. A partir de então, deu-se como marco o nascimento da biologia molecular, ao decifrar e ao desvendar as habilidades e as competências do carregador das informações genéticas. De acordo com os pesquisadores, a estrutura do DNA seria uma dupla fita DIÁRIO DE BORDO 14 UNICESUMAR disposta na forma de uma hélice. Essa conclusão foi conseguida com base na análise de padrões de um raio X realizado por duas pesquisadoras, Rosalind Franklin e Maurice Wilkins, além da contribuição de Erwin Chargaff no que diz respeito à análise dos constituintes dessas fitas (LODISH et al., 2014). Se fôssemos retirar o DNA do interior do núcleo da célula gerada após a fecundação dos gametas, observaríamos, com a utilização da técnica de difração de raio X (determina a estrutura atômica tri- dimensional de uma molécula), a molécula de DNA na forma de duas fitas enroladas em hélice, assim como pode ser observado na Figura 1. Você também perceberia que cada uma dessas fitas é constituída por várias unidades específicas chamadas “nucleotídeos” e que se diferenciam em quatro tipos. Eles se associam para constituir as duas fitas de polinucleotídeos. Os nucleotídeos podem ser comparados a tijolos para construir a fita de DNA, enquanto o cimento seria representado pelas ligações entre um nucleotídeo e outro, as quais são chamadas de “fosfodiéster”. É importante ressaltar que é apenas nas células eucariontes que o DNA está no interior do núcleo. Essas células carregam outros diferenciais, como a presença de organelas. Observe, a seguir, na Realidade Aumentada, a representação de uma célula eucarionte com núcleo e organelas. Veja a animação a seguir, a qual mostra como é a estrutura do DNA. Para acessar, use seu leitor de QR Code. REALIDADE AUMENTADA Citoplasma de uma célula eucarionte https://apigame.unicesumar.edu.br/qrcode/9071 15 UNIDADE 1 A B C D Descrição da Imagem: figura evidencia, em (A), os nucleotídeos, que são compostos por um açúcar-fosfato ligado covalentemente a uma base guanina (G), formando um nucleotídeo. Em (B), é representada parte da fita 5´- 3´ de DNA, com as bases G ligadas à C, que está vinculada à A, que está ligada à T. Em (C), mostra-se a fita dupla de DNA completa de forma filamentar. Nela, as bases nitrogenadas estão associadas por ligações de hidrogênio. G faz três ligações de hidrogênio com C, enquanto T faz duas ligações de hidrogênio com A. No total, a dupla fica representada com 10 pares de bases de cada lado. Na imagem (D), a molécula de DNA está representada em forma de hélice, com as mesmas 10 bases mostradas em C. Figura 1 - Representação da composição do DNA / Fonte: Alberts et al. (2017, p. 173). 16 UNICESUMAR O diferencial dos nucleotídeos está nos elementos constituintes. Cada um é composto por uma base nitrogenada, um grupo fosfato e um carboidrato (do tipo desoxirribose, constituído por seis átomos de carbono, sendo que um deles apresenta um hidrogênio na posição 2). A principal distinção está nas bases nitrogenadas, que são de quatro tipos: Adenina (A), Guanina (G), Citosina (C) e a Timina (T). As duas primeiras são quimicamente constituídas por dois anéis e chamadas de “bases purinas”, enquanto as duas últimas apresentam apenas um anel e são designadas como “bases pirimidinas” (Figura 2). Em cada nucleotídeo, uma das quatro bases diferentes estará ligada ao carbono 1 do carboidrato, en- quanto o grupo fosfato estará no carbono 5 (Figura 3). TIMINA ADENINA GUANINA CITOSINA Descrição da Imagem: a figura mostra as quatro bases nitrogenadas usualmente encontradas no DNA. As purinas A (adenina) e G (guanina) são representadas com a constituição de dois anéis. As pirimídicas C (citocina) e T (timina) carregam apenas um anel. Também é demonstrada a complementaridade (A - T e C - G). Figura 2 - Bases nitrogenadas usualmente encontradas no DNA 17 UNIDADE 1 O importante é imaginar as duas fitas de DNA construídas por nucleotídeos e ligadas entre si por meio de ligações fosfodiéster. As ligações entre os nucleotídeos da fita acontecem entre o carbono 3 do carboidrato (desoxirribose) e o grupo fosfato do outro nucleotídeo, localizado no carbono 5. Dessa maneira, duas fitas ficam dispostas de forma antiparalela, identificadas como 5´- 3´ou 3´- 5´, de acordo com as extremidades que ficam livres, ou seja, sem ligação química no início ou no final de cada fita (Figura 4) (ALBERTS et al., 2017). CITOSINA ÁCIDO FOSFÓRICO BASE FOSFATO AÇÚCAR DESOXIRRIBOSE AÇÚCAR E FOSFATO VOLTADO AO LADO DE FORA NUCLEOTÍDEO Descrição da Imagem: a figura mostra a estrutura do nucleotídeo. Indicados por setas, estão o ácido fosfórico, a base (exemplificada como a citosina) e o carboidrato desoxirribose. A união desses componentes é observada na parte inferior, visto que o carboidrato, localizado no centro, associa, na posição 5, o ácido fosfórico e, na posição 1, a base nitrogenada (não mostrando os números 1 e 5 das posições do carbono). Figura 3 - Nucleotídeo de DNA 18 UNICESUMAR Para finalizarmos a construção da fita de DNA, é preciso ligar as duas fitas e realizar uma torção voltada ao lado direito, a fim de formar a hélice observada na Figura 1. Para isso, é preciso ligar as fitas entre si. Nesse caso, as bases dos nucleotídeos de cada uma das fitas se associam por intermédio de uma ligação denominada “ligação de hidrogênio”. No entanto, a combinação delas entre as fitas é específica: a adenina sempre se pareia com a timina, enquanto a guanina sempre se pareia com a citosina (ALBERTS et al., 2017). NUCLEOTÍDEO NUCLEOSÍDEO PENTOSE RESÍDUO DE ÁCIDO FOSFATO L LIGAÇÃO DE HIDROGÊNIO BASE NITROGENADA Descrição da Imagem: na figura, é mostrada uma dupla fita de DNA antiparalela. Assim, do lado esquerdo, há a fita 5´- 3´, enquanto, do lado direito, há a fita 3´- 5´. A união das fitas antiparalelas é observada a partir da associação complementar das bases nitrogenadas de cada nucleotídeo na parte central (A-T e C-G). Figura 4 - Dupla fita de DNA antiparalela Você já se perguntou: qual é o tamanho do DNA em nossas células? 19 UNIDADE 1 Segundo Naoum (2010), em cada célula do organismo, o filamento estendido de DNA chega a ter cerca de dois metros. Nesse sentido, se pensarmos que, em nosso corpo, há cerca de 10 trilhões de células, teríamos uma ideia da enormidade de DNA que temos. Você seria nada mais que um proprietário de 20 milhõesde quilômetros de DNA. Já entendemos como é a constituição e a forma do DNA que está no interior das células. Agora, é preciso compreender como essa molécula expressa as características comentadas no início da unidade. O principal aspecto é a leitura das sequências de nucleotídeos da fita de DNA, o que servirá de código para determinar cada característica. Essas sequências são chamadas de genes e carregam as instruções para a produção de proteínas. Pode surgir a seguinte dúvida: qual é a relação entre as proteínas e as características? As proteínas representam as macromoléculas biológicas mais abundantes no corpo, ocorrendo em todas as célu- las e em todas as partes dela. Estruturalmente e metabolicamente, elas te acompanham e efetuam o funcionamento eficaz do seu corpo. Por exemplo, a insulina é uma proteína responsável por regular a taxa de glicose no sangue. No fígado, há uma variedade de enzimas e hormônios, que são proteínas que participam de várias funções específicas, tais como a conversão de gorduras, carboidratos e de proteínas em nutrientes e em energia (NELSON; COX, 2014). Agora, você entenderá como o DNA exerce ações para expressar a informação genética em forma de proteínas. Após a descoberta da estrutura do DNA, revelou-se que ele era capaz de formar uma molécula intermediária, o RNA (ácido ribonucleico). Também foi descoberto que, a partir dela, ocorria a tradução das informações contidas no DNA em aminoácidos, formando as proteínas. Acontecimentos como esses marcaram a biologia molecular, consagrando como o dogma central da biologia molecular (Figura 5) (ALBERTS et al., 2017). 20 UNICESUMAR O dogma central corresponde aos passos que o DNA procede, a fim de transmitir a informação final, que é a produção de RNAs e proteínas. No entanto, para que esses eventos aconteçam, é preciso entender como é o RNA, em que local ele é encontrado e quais são os ajudantes do DNA para efetuar essas ações. A molécula de RNA, assim como o DNA, é denominada “ácidos nucleicos”. Ambos são encontrados no núcleo da célula formada após a fecundação dos gametas e em todas as células que surgirem por multiplica- ções sucessivas. Contudo, além de ser encontrado no núcleo, o RNA está no citoplasma das células, local que intermedeia o núcleo e processa a formação das proteínas mediante as instruções trazidas pelos RNAs. Faço uso do plural (os RNAs), porque, para desencadear essa ação, são formados três tipos principais de RNAs: o RNAm (RNA mensageiro), o RNAt (RNA transportador) e o RNAr (RNA ribossômico) (ALBERTS et al., 2017). DNA DNA RNA PROTEÍNA Aminoácidos Síntese de DNA REPLICAÇÃO Nucleotídeos Síntese de RNA TRANSCRIÇÃO Síntese de proteína TRADUÇÃO Descrição da Imagem: trata-se de um esquema que representa o dogma central da biologia molecular. Assim, são expressos o pro- cesso de replicação da molécula de DNA, a transcrição, em que o DNA forma o RNA, e a tradução, momento em que o RNA expressa a informação genética e forma a proteína com os aminoácidos. Figura 5 - Dogma central da biologia molecular / Fonte: Alberts et al. (2017, p. 3). 21 UNIDADE 1 Estruturalmente, o RNA, na forma primária, assemelha-se ao DNA, com duas diferenças: o carboi- drato que compõe o RNA, a ribose, tem um grupo hidroxila na posição 2, e a base dos nucleotídeos de timina do DNA é substituída pela uracila (U). Quanto à forma, a maioria dos RNAs celulares é de fita simples e exibe uma variedade de conformações (LODISH et al., 2014). Ácido Desoxirribonucleico Ácido Ribonucleico Fita dupla- açúcar fosfato desoxirribose Pares de bases Nucleobases Bases únicas Fita única- açúcar, fosfato ribose Timina Citosina Adenina UracilaGuanine Descrição da Imagem: na figura, o RNA apresenta uma fita simples e o DNA contém uma fita dupla. Paralelo a cada ácido nucleico, no DNA, o carboidrato contém um átomo de hidrogênio (H) no carbono 2, enquanto, no RNA, é mostrado o grupo hidroxila (OH) na mesma posição. Na parte inferior da imagem, estão as bases nitrogenadas comuns entre colchetes (C, G, A). Já as específicas estão isoladas: timina do DNA e uracila- do RNA. Figura 6 - Diferenças entre as moléculas de DNA e RNA 22 UNICESUMAR Voltando à célula-ovo que se formou depois da fecundação dos gametas, imagine o DNA no interior e como se prossegue a transmissão da informação genética. A princípio, é necessário que se formem os RNAs, processo chamado de “transcrição”, uma vez que transcreve parte das informações que estão no DNA para o RNA. Você se lembra que as sequências de nucleotídeos seriam códigos denominados “genes” e corresponderiam a uma característica? Desse modo, cada gene será uma unidade do DNA que conterá as informações, com o intuito de sintetizar um dos RNAs funcionais. As cópias de RNAs são os codificadores de proteínas, mais precisamente o RNAm (LODISH et al., 2014). Durante a transcrição, uma sequência de nucleotídeos de uma das fitas de DNA servirá como modelo para formar o RNA. A sequência específica da linguagem das quatro bases dos nucleotídeos do DNA é copiada na linguagem das quatro bases do RNA, modificando a timina por uracila. No entanto, você pode estar se perguntando: em que local esses nucleotídeos estão para formar o RNA? Eles estão dispersos no núcleo celular e são capturados por uma enzima específica, responsável por fazer a transcrição: o RNA polimerase (ALBERTS et al., 2017). Observe a Figura 7: para realizar a transcrição, o RNA polimerase reconhece, no DNA, um sítio de ligação específico, chamado de “promotor”. Em seguida, inicia-se a separação das fitas. O RNA polime- rase pareia os nucleotídeos complementares ao DNA, de modo que a associação e a construção da fita de RNA seguem o que está descrito no DNA, mais precisamente, na fita 3´- 5´ do DNA. O pareamento ocorrerá de modo que, quando houver um nucleotídeo de base A (adenina), o RNA polimerase ligará uma U (uracila). Quando for T (timina), ligará A (adenina) e, quando for G (guanina), ligará C (citosina). As combinações seguem até finalizar o gene correspondente ao RNA. Além disso, o RNA polimerase realizará as ligações fosfodiéster entre os nucleotídeos do RNA formador e, depois, reconhecerá um local de parada em que o RNA recém-formado, de fita simples 5´- 3´, dissociará do DNA e liberará o RNA polimerase (LODISH et al., 2014). 23 UNIDADE 1 INICIAÇÃO 1 A polimerase liga-se à sequencia promotora no dúplex de DNA. "Complexo fechado" 2 3 A polimerase dissocia o dúplex de DNA próximo ao sítio de início da transcrição, formando uma bolha de transcrição. "Complexo aberto" A polimerase catalisa a ligação fosfodiéster de dois rNTPs iniciais. 4 5 ALONGAMENTO A polimerase avança na direção 3' ->5' da �ta-molde, dissociando o dúplex de DNA e adicionando rNTPs ao RNA crescente. TERMINAÇÃO No sítio de parada da transcrição, a polimerase libera o RNA completo e dissocia-se do DNA. RNA-polimerase Sítio de início na �ta-molde Sítio de parada na �ta-molde Promotor Bolha de transcrição RNA nascente Região híbrida de DNA-RNA Fita de RNA completa 5' 3' 5' 3' 5' 3' 5' 3' 5' 3' 5' 3' 5' 3' 5' 3' 5' 3' 5' 3' 5' 5' 3' Descrição da Imagem: trata-se de um esquema que mostra o processo de transcrição. Nele, o RNA polimerase, representado pela cor amarela, adiciona os nucleotídeos que são complementares ao DNA, formando a fita de RNAm em progresso. Além disso, é mostrado o processo de transcrição em três etapas. Iniciação: acontece no reconhecimento do sítio promotor pelo RNA polimerase e na adição dos primeiros ribonucleotídeos. Alongamento: crescimento da fita de RNA. Terminação: ocorre quando o RNA polimerase identifica o sítio de parada da transcrição, dissociando-se e completando a formação do RNA. Figura 7 - Processo de transcrição / Fonte: Lodish et al. (2014, p. 126). 24 UNICESUMAR Já sabemos que o processo de transcrição forma diferentes tipos de RNA. Três deles são os principais participantes da expressão da informaçãogenética do DNA. O RNAm codifica as informações do gene que dirigirá a síntese de uma proteína, o RNAr forma o núcleo estrutural e o catalítico dos ribossomos que traduz os RNAm em proteínas, enquanto os RNAt atuam como adaptadores que selecionam os aminoácidos específicos e os posiciona adequadamente sobre os ribossomos, com o objetivo de que eles sejam incorporados em uma proteína (ALBERTS et al., 2017). Partindo do imaginário do interior da célula, você sabe que, no núcleo, há a transcrição do DNA para RNA. Neste momento, acredito que você pen- se que o RNA já está pronto para traduzir a informação do DNA e produzir a tão esperada característica na forma de proteínas. Pelo contrário, esses RNAs ainda passarão por modificações, fato que foi reconhecido porque pesquisadores compararam as sequências de nucleotídeos do RNAm com o do DNA utili- zado como modelo. Eles admiraram que as sequências de nucleotídeos que estabeleciam os aminoácidos da proteína do RNA não correspondiam às sequências do DNA codificador (LODISH et al., 2014). Dessa maneira, é preciso compreender mais uma etapa antes de finalizar a expressão das informações do DNA. As sequências não encontradas no RNAm pelos pesquisadores foram chamadas de “introns”. Eles detectaram que essas sequên- cias eram removidas, ficando apenas as sequências codificadoras, chamadas de “éxons”. Coincidentemente, elas correspondiam aos nucleotídeos, que conferem os aminoácidos da proteína compa- rada ao RNA analisado. A partir dessa modificação, observaram mais duas alterações: uma na extremidade 5 ' do RNAm, em que é adicionado um grupo 7- metilguanilato, denominado cap 5´, o qual, funcionalmente, está envolvido na proteção do RNAm da degradação enzimática e auxilia na exporta- ção ao citoplasma. A segunda alteração está na extremi- dade 3 ', na qual se adiciona uma fita de resíduos de ácido adenílico em torno de 100 a 250 bases (A) pela enzima poli (A) polimerase (LODISH et al., 2014). 25 UNIDADE 1 As modificações ocorridas com a transcrição foram somente para o RNAm, visto que há mais detalhes. No entanto, é sabido que ocorrem outros modos de processamento em RNAt e RNAr, os quais não são muito relatados em livros. Para finalizar a expressão da informação do DNA, você compreenderá como uma sequência de nucleotídeos do RNA formará os aminoácidos de uma proteína, processo chamado de “tradução”. Considerando a célula-ovo formada no começo da nossa discussão, podemos afirmar que o processo de tradução, no início do desenvolvimento, é bem frequente, uma vez que é necessário produzir uma grande quantidade de proteínas e enzimas que influenciam no crescimento do indivíduo. Desse modo, é importante entender que a transcrição de um gene e a consequente tradução só ocorrerão se for preciso. CITOPLASMA Núcleo DNA Íntrons Éxons Unidade de transcrição "Transcrito primário de RNA" TRANSCRIÇÃO CAPEAMENTO 5' SPLICING DO RNA POLIADENILAÇÃO 3' PROCESSAMENTO DO RNA Quepe do RNA mRNA AAAA 5' 3' EXPORTAÇÃO AAAAmRNA TRADUÇÃO Proteína Descrição da Imagem: na figura, é exposto, no interior do núcleo, o DNA com os éxons e os introns. Em seguida, o RNAm transcrito, em conjunto com os éxons e os introns, passa pelo processo de modificação, em que são retirados os introns e feita a junção dos éxons. Ao mesmo tempo, são modificadas as extremidades 5 ́, com a introdução da CAP5 ́, e a 3´, com a introdução das poliadeninas. Figura 8 - Mecanismos de modificação do RNAm / Fonte: Alberts et al. (2017, p. 238). 26 UNICESUMAR A tradução em células eucariontes, como a célula-ovo, ocorre no interior do citoplasma. Assim, após a transcrição e o processamento dos RNAs, eles passam pelo poro nuclear e chegam até o citoplasma para iniciar a tradução. Esse processo inclui a participação dos três RNAs (ALBERTS et al., 2017). O RNAm terá a sequência dos nucleotídeos de um gene específico do DNA, a fim de produzir a proteína. Uma proteína será formada a partir da combinação de até 20 tipos diferentes de aminoácidos. Talvez, possa surgir a seguinte dúvida: qual é a relação entre os nucleotídeos e os aminoácidos? Depois de vários experimentos, foi detectado que a sequência de cada três nucleotídeos do RNAm, também chamada de “códons”, corresponderia a um aminoácido. Os vários tripletes que podem ser formados na combinação dos quatro tipos de nucleotídeos do RNAm foram determinados como “código genético”. Dos 64 códons possíveis no código genético, 61 especificam aminoácidos individuais, sendo três desses códigos de finalização. Como temos apenas 20 tipos de aminoácidos, consideramos que existem mais códons que especificam um mesmo aminoácido. Se você observar a Figura 9, perceberá que apenas dois, a metionina (met) e o triptofano (trp), têm um único códon (LODISH et al., 2014). SEQUENCIA DOS CÓDIGOS DE AMINOÁCIDOS Segunda letra Pr im ei ra L et ra Terceira letra Parada Parada Parada Descrição da Imagem: a figura mostra os 64 códons possíveis. Assim, podem ser observados vários códons que identificam o mesmo aminoácido. Um exemplo é a Arg (arginina), que pode ter até seis codons que identificam ela (CGU, CGC, CGA, CGG, AGA e AGG), além dos códons de iniciação met (metionina) AUG e dos códons de finalização (UAA, UAG, UGA). Figura 9 - Código genético 27 UNIDADE 1 Para que ocorra a tradução, é necessário fazer a leitura de três em três nucleotídeos do RNAm. Contu- do, o primeiro código a ser lido enquanto início da construção da expressão gênica é o triplete AUG, independentemente se tiverem outros que não sejam eles. O códon AUG especifica o aminoácido metionina e quem levará esse aminoácido até o RNAm será o RNAt. O RNAt apresenta uma confir- mação que permite associar exatamente com o códon do RNAm, pois a estrutura dele apresenta duas extremidades, uma que se complementa ao códon, denominada “anticódon”, e outra que carrega o aminoácido específico ao códon que se associará (ALBERTS et al., 2017). Os aminoácidos são encontrados livres no citoplasma. Para que eles façam parte da proteína, eles precisam ser carregados pelo RNAt até o mensageiro. Todavia, para que o aminoácido seja associa- do ao RNAt, é necessária a presença de uma enzima denominada “aminoacil-tRNA- sintetase”. Ela é específica para cada aminoácido ligado ao RNAt, ou seja, há 20 tipos dessa enzima. Depois de ativados, os RNAt estão prontos para estabelecer contato com o RNAm. Entretanto, ainda temos um colaborador imprescindível para isso, o RNAr. Ele permite que a polimerização dos aminoácidos seja eficiente e rápida à medida que os códons são lidos pelos RNAt sucessivos (LODISH et al., 2014). Dos três RNAs participantes da tradução, o RNAr é aquele que inicia a síntese. Composto por de- zenas de proteínas e várias moléculas de RNA está estruturalmente modelado por duas unidades, uma menor e outra maior. A função dele é ajudar o RNAt a identificar o código de iniciação e deslizar sobre o RNAm, fazendo a leitura dos sucessivos códons e, consequentemente, a ligação dos aminoácidos trazidos por cada RNAt (ALBERTS et al., 2017). Para ordenar a síntese, o RNAr distribui os papéis às subunidades. No início do processo, as subu- nidades estão separadas: a menor será a responsável por capturar o RNAt com o aminoácido iniciador (metionina) e colocá-lo em um local específico, chamado de “sítio P”. Posteriormente, essa subunidade (menor) se liga à extremidade 5’ de um RNAm e se move para frente junto ao RNAt até identificar o primeiro códon AUG. Após identificá-lo, libera outros dois locais na estrutura, os chamados “sítio A” e “sítio E”, paralelos à P. O sítio A é o local de contato com o próximo RNAt correspondente ao códon de leitura do mensageiro. No entanto, antes de ligar, o próximo RNAt da subunidade maior do ribossomo se associa à menor e completa a estrutura dele (ALBERTS et al., 2017). O código genético, por muito tempo, foi considerado universal, ou seja, os códons seriam iguais para qualquer organismovivo. Diante da leitura de que cada três nucleotídeos do RNAm correspondem a um aminoácido, os códons não mudariam entre as espécies. No entanto, em algumas espécies de fungos e protozoários, foram encontradas variações. Outras alterações também foram observadas no RNAm de mitocôndrias, mas foram consideradas mínimas, se comparadas ao código todo. Fonte: adaptado de Lodish et al. (2014). 28 UNICESUMAR O mecanismo da tradução, que, na nossa discussão, inicia-se pela primeira vez na célula-ovo, passa por um ciclo de quatro etapas, o qual é repetido até encontrar um dos códons finalizadores (UAA, UAG, UGA) (Figura 9). A primeira etapa inicia após a montagem completa do ribossomo mais a ligação do primeiro RNAt no sítio P. Dessa forma, seguirá com a entrada do próximo RNAt, que carrega o aminoácido correspondente ao códon do RNAm, o qual se associa ao sítio A. Esse aminoácido fará parte da cadeia da proteína a ser formada (AL- BERTS et al., 2017). A segunda etapa é marcada pela ligação entre os aminoácidos, a qual é catalisada na subunidade maior do RNAr. Os primeiros aminoácidos a se associar serão aqueles acoplados ao RNAt locali- zado no sítio A com o aminoácido metionina do RNAt iniciador. Desse modo, o RNAt do sítio A ficará com dois aminoácidos e o do sítio P ficará vazio. Já a terceira etapa consiste no deslizamen- to da subunidade maior do RNAr. Nesse sentido, ocorre a troca das localizações dos RNAts: aquele que estava no sítio A vai para o P e o que estava no sítio P vai para o E. Na quarta etapa, a subunidade menor do ribos- somo acompanha a maior, move-se e faz a leitura de mais três nucleotídeos, agora, localizados no sítio A. Por conseguinte, reinicia-se todo o ciclo de ligação. Mais um RNAt se combina com o aminoá- cido específico, faz a ligação com os aminoácidos do RNAt presentes no sítio P e, por consequência, ocorre mais um movimento do RNAr, liberando o RNAt vazio localizado no sítio E ao citoplasma da célula (Figura 10) (ALBERTS et al., 2017). H2N Segmento terminal do mRNA 5' 3' H2N 5' LIGAÇÃO DO FATOR DE LIBERAÇÃO AO SÍTIO A 3' Liberação da cadeia polipeptídica H2O COOH TERMINAÇÃO NH2 5' 3' 5' 3' DISSOCIAÇÃO DO RIBOSSOMO E A E UAG UAG A UAG UAG Descrição da Imagem: a figura mostra o momento em que o RNAt com a metionina se liga à subunidade menor do ri- bossomo. A subunidade menor se direciona ao RNAm, que se desloca até chegar no códon de iniciação AUG. É possível ver, ainda, a subunidade maior se conectando à menor. Depois que acontece a montagem completa do RNAr, dá-se início ao desenvolvimento da tradução, quando ocorre a dissociação do RNAr e a liberação da proteína formada. Figura 10 - Processo de tradução Fonte: Alberts et al. (2017, p. 247-248). 29 UNIDADE 1 A síntese da maior parte das moléculas proteicas leva entre 20 segundos e alguns minutos. No entanto, na mesma molécula de RNAm, podem ser associados vários ribossomos, os chamados polirribossomos. Isso possibilita a realização da tradução e da formação daquela proteína em grande escala. Quando a formação da proteína é finalizada, é possível concluir que a informação do DNA foi expressa. Contu- do, após a tradução, muitas proteínas ainda sofrem modificações, adquirindo formas tridimensionais definidas que lhe atribuíram funções específicas (ALBERTS et al., 2017). Agora que você já compreendeu como a informação genética codificada na sequência de nucleotídeos do DNA é traduzida em proteínas, pense novamente na célula-ovo, aquela gerada pela junção dos gametas. Depois de formada, essa célula já tem o próprio DNA, capaz de desencadear os processos citados. No entanto, você não é constituído por uma única célula. Após a fecundação, o DNA da célu- la-ovo produz enzimas capazes de induzir a reprodução, formando outras células, o que desencadeará a formação dos tecidos do corpo, os órgãos e os sistemas como um todo (ALBERTS et al., 2017). Considerando que uma célula nova se forma, devemos pressupor que uma nova molécula de DNA deve ser formada. Dentre os processos incluídos no dogma central feito pelos pesquisadores da biologia molecular, destaca-se a replicação, mecanismo pelo qual o DNA é capaz de fazer cópias de si mesmo toda vez que uma nova célula se formará. A replicação acontece no interior do núcleo da célula que sofrerá divisão e a própria molécula de DNA existente servirá de molde para formar uma nova. As duas fitas de DNA serão copiadas para formar, cada uma, uma nova. O processo é caracterizado como “semiconservativo”, uma vez que as fitas do DNA modelo se separam permanentemente e cada uma delas forma uma molécula dupla com a fita-filha (nova) pareada a ela (Figura 11) (LODISH et al., 2014). Certamente, em algum momento de sua vida, você já fez uso de an- tibióticos, talvez, por uma infecção na garganta ou um desconforto intestinal. Os antibióticos são utilizados para o tratamento de doen- ças causadas por invasão de bactérias. Os mecanismos de ação de alguns antibióticos estão relacionados à inibição da síntese proteica. Venha conferir os detalhes! https://apigame.unicesumar.edu.br/qrcode/9061 30 UNICESUMAR Para iniciar a replicação, uma série de enzimas e proteínas é necessária. Apresento a você a primeira delas, o DNA polimerase (DNApol), enzima essencial para adicionar os nucleotídeos complementares a cada uma das fitas. Para adicionar os nucleotídeos, o DNApol precisa que uma pequena sequência de nucleotídeos seja adicionada às fitas modelos, o que é feito pela primase. Essa segunda enzima é um tipo de RNA polimerase especializado em adicionar esses primers. Além dessa, temos outra enzima que será necessária para a separação das fitas, para que os nucleotídeos possam ser lidos. Quem faz essa separação é uma enzima chamada “helicase”. A helicase tem a função de quebrar, de forma gradual, as ligações de hidrogênio que ligam cada uma das fitas de DNA, à medida que o DNA polimerase acresce os nucleotídeos (Figura 12) (ALBERTS et al., 2017). O DNA polimerase tem a capacidade de adicionar nucleotídeos para formar a nova fita apenas na leitura dos complementares da direção 3´- 5´da fita modelo, uma vez que só consegue construir fitas comple- mentares 5´- 3´. Como ambas as fitas são moldes, para resolver a situação da fita modelo 5´ - 3´, é possível utilizá-la como molde para a polimerase com a adição de vários primers, permitindo que seja feita a leitura de trás para frente, o que é citado por autores como modo de costurar para trás. Dessa forma, é dito que a síntese da molécula de DNA é feita de maneira contínua, sem interrupção em uma direção e, na outra, é descontínua, formando fragmentos, denominados “fragmentos de Okasaki” (LODISH et al., 2014). Os fragmentos separados na fita descontínua, no final da replicação, são unidos por uma proteína chamada de “DNA ligase”. Contudo, antes, são retirados os primers de RNA por uma nuclease e adi- cionado o DNA substituinte pela polimerase de reparo. Também temos outras enzimas que participam do processo de replicação, como a topoisomerase, que se posiciona na extremidade oposta da helicase. À medida que a helicase abre a fita em uma das extremidades, na oposta, a topoisomerase se associa, a fim de diminuir a tensão e impedir o superenrolamento do DNA. Há, ainda, as proteínas ligadoras, Descrição da Imagem: na figura, há um modelo de DNA que contém as fitas originais, as quais são representadas em azul. À medida que abrem, são construídas as fitas de cor laranja ligadas às originais (azul). No final do processo, são geradas duas moléculas de DNA, cada uma contendo uma fita nova e outra que serviu como modelo. Por isso o processo é chamado de semiconservativo. Figura 11 – Replicação: processo semiconservativo 31 UNIDADE 1 que impedem que a fita de DNA separada volte a se associar. Outras são as proteínas chamadas “gram- po deslizante”, que mantêm a DNA polimerase presa ao molde à medida que há a síntese da fita nova (Figura 12) (ALBERTS etal., 2017). A diversidade na aparência e, às vezes, nas fragilidades de ter algumas doenças ou de ser mais forte em outros aspectos está condicionada às alterações que podem ocorrer no DNA ou na molécula de RNA. No que diz respeito ao DNA, é mais preocupante, tendo em vista que, toda vez que se replicar, passará o erro à nova célula que se formar. Já em relação ao RNA, como ele é formado a partir do DNA, não serão traduzidos erros por muito tempo, visto que ele é degradado após fazer algumas sínteses. As alterações no DNA, quando permanentes, são chamadas de “mutações”, que ocorrem por equívocos no processo de replicação. A maioria dos danos no DNA é uma consequência não intencional do vasto número de reações químicas que ocorrem no interior da célula. A grande maioria dos danos ao DNA é temporária, uma vez que são imediatamente corrigidos pelos processos de reparo do DNA (LODISH et al., 2014). Os danos que podem ser encontrados no DNA incluem aqueles ocasionados espontaneamente, como os que podem ocorrer nos processos de replicação, em que o próprio DNA polimerase pode incluir um nucleotídeo incorreto, ou seja, não complementar a fita. Não só, mas também abrangem os danos influenciados por agentes ambientais, como a radiação ultravioleta e ionizante, que pode ocasionar a associação de bases incorretas (formação de dímeros de timina) ou a quebra da associação das fitas de DNA. De outro modo, também pode ocorrer a retirada de bases púricas e pirimídicas ou causar defeitos nos nucleotídeos, incluindo a desaminação (PIERCE, 2013). No entanto, cada uma das células apresenta um sistema de reparo que permite a correção da maioria das mutações e elas não se perpetuam. Um dos participantes na correção dos erros é o DNA polime- DNA polimerase DNA original Topoisomerase Fita descontínua Fita contínua Fragmento de Okazaki Primer de RNA Primase Helicase DNA parental Descrição da Imagem: na figura, é mostrado o processo de replicação do DNA, o qual foi parcialmente aberto pela enzima helicase. São mostrados, ainda, DNA polimerase, RNA primers e topoisomerase. Uma das fitas que formam os fragmentos de Okasaki também é evidenciada. Figura 12 - Replicação do DNA 32 UNICESUMAR rase, que tem a capacidade de fazer revisões e efetuar as correções. Outras, as glicosilases específicas, reparam os erros, fazendo as retiradas de pareamentos incorretos, como G-T. Após a retirada dos erros de pareamento, o DNA ligase será mais uma enzima que atuará ligando as fitas (LODISH et al., 2014). Apesar de raro, o processo de reparo pode ter falhas e as mutações podem permanecer. As mutações relacionadas às células germinativas (mutações que venham a ocorrer nas células dos gametas) são as mais preocupantes, uma vez que são transmitidas às gerações que a formam, como a célula-ovo. Já no caso das mutações em células do corpo, com exceção das gaméticas, em indivíduos completamente formados, os erros trazem prejuízos apenas individuais, e não aos filhos, como o câncer (LODISH et al., 2014). As mutações podem ser analisadas, ainda, a nível gênico (alteração de apenas um gene), quando as mudanças de nucleotídeos modificam as sequências de códons que passam pela transcrição, ou a nível cromossômico, quando alteram vários genes (PIERCE, 2013). Inicialmente, foi exposta a seguinte pergunta: em quais aspectos há uma diferenciação no DNA de cada um de nós que nos torna tão diversos entre si e, ao mesmo tempo, iguais em outras características? Essas diferenças podem ser supostas após as abordagens feitas nesta unidade. Pense nas variedades de mutações que podem ocorrer, seja em um único gene, seja em vários. Considere os gametas sendo formados em cada divisão celular. Durante esses processos, ocorre variabilidade genética. No entanto, nesta unidade, você entendeu que, independentemente das diferenças, somos muito parecidos quando levamos em consideração a forma de produzir essas características. Todos temos um DNA que forma um RNA, o qual se traduz em proteínas pelo processo chamado “dogma central da biologia”. Recentemente, os avanços no desenvolvimento de fármacos, vacinas e tratamentos de doenças são dependentes de achados sobre o conhecimento atribuído à maquinaria de enzimas, proteínas e distinções de funções de genes. Para você, futuro(a) profissional da saúde, esse domínio permitirá a compreensão das várias técnicas criadas pela biologia molecular em relação às múltiplas ações feitas com a manipulação da molécula de DNA. Um exemplo é o desenvolvimento de uma substância de valor econômico, como a produção de insulina. Atualmente, essa molécula já é produzida pelas técnicas de biologia molecular, em que são feitas manipulações de bactérias geneticamente modificadas. Dessa forma, entender que o DNA é uma herança das células gaméticas e que os processos básicos que sustentam essa molécula química contro- lam a expressão das diferentes características que governam o teu, o meu e o corpo de várias espécies de organismos é primordial para acompanhar e atuar nas várias aplicações que esses processos englobam. Você percebeu o quão a expressão da informação genética é importante? Ela não é relevante apenas à formação das proteínas para delimitar as características externas do corpo, como a textura da pele, cabelo ou cor. Ela também é essencial para todo o funcionamento celular, na formação dos seguintes elementos: enzimas que completam a replicação do DNA, enzimas envolvidas na transcrição e RNAs participantes da tradução. 33 Após uma breve revisão das características e das funcionalidades da molécula de DNA, convido você a fazer uma avaliação do seu desempenho. Você deverá preencher o mapa mental a seguir e, se necessário, poderá ampliá-lo. Complete os quadros que não estão preenchidos. Deixo, como dica, a seguinte afirmação: ao estudar e realizar a leitura do livro, grife as palavras-chave que você considera importantes. GAMETAS DNA Materno Nucleotídeos (A, T, C, G) Ligações de hidrogênio Estrutura e composição Várias enzimas: DNA polimerase, helicases, topoisomerases... Replicação do DNA Semiconservativo Reparo do DNA Transcrição RNA Ligações fosfodiéster RNA polimerase RNAm, RNAt e RNAr Aplicações na biotecnologia: vacinas, melhoramentos, prevenção de doenças. 34 1. Após uma das primeiras aulas de Biologia Molecular, a professora apresentou uma tarefa. Nela, os alunos deveriam construir uma fita de DNA fictícia. Portanto, deveriam levar em consideração as características básicas da constituição do DNA. De acordo com os conceitos aprendidos, como deveria ser constituída a fita de DNA? a) A molécula de DNA deveria ser representada por uma dupla fita, constituída por nu- cleotídeos ligados entre si por ligações fosfodiéster. As bases nitrogenadas estariam associando as duas fitas de forma complementar (A-T e C-G) por ligações de hidrogênio. b) A estrutura do DNA deveria ser representada por uma única fita, constituída por nu- cleotídeos ligados entre si por ligações fosfodiéster. As bases nitrogenadas estariam ligadas de forma complementar (A-T e C-G) por ligações de hidrogênio. c) A molécula de DNA representada pelo estudante deveria ser formada por uma dupla fita, constituída por nucleotídeos ligados entre si por ligações de hidrogênio. As bases nitrogenadas estariam associando as duas fitas de forma complementar (A-T e C-G) por ligações fosfodiéster. d) O DNA deveria ser representado por uma fita simples, constituída por nucleotídeos ligados entre si por ligações fosfodiéster. As bases nitrogenadas estariam associando as duas fitas de forma complementar (A-U e C-G) por ligações de hidrogênio. e) A molécula de DNA deveria ser representada por uma dupla fita, constituída por nu- cleotídeos ligados entre si por ligações fosfodiéster. As bases nitrogenadas estariam associando as duas fitas de forma não complementar (A-G e C-T) por ligações de hidrogênio. 2. O processo de transcrição da molécula de DNA abrange o momentoem que são trans- mitidas as informações a partir da formação de uma molécula intermediária, o RNA. Sabe-se que, para que esse processo aconteça, muita energia é gasta. Justifique o motivo pelo qual o DNA não traduz a informação genética diretamente, ao contrário de produzir uma molécula intermediária. Explique a vantagem de transmitir a informação ao RNA. 35 3. A maioria dos produtos finais da informação genética provinda do DNA é finalizada com a tradução, produzindo proteínas. Em relação às características do processo de tradução, assinale a alternativa correta: a) Os RNAr participantes da tradução são específicos, ou seja, podem fazer apenas um tipo de proteína. b) As subunidades do RNAr sempre ficam unidas, independentemente de estarem pro- cessando a tradução. c) Um RNAm pode conter a sequência UTTACCGUCAT. d) Uma vez que as duas fitas de DNA são complementares, o RNAm de um dado gene pode ser sintetizado por meio de qualquer uma das duas fitas. e) O RNAm passa por processamentos durante a transcrição, tais como a retirada de introns, junção de éxons e modificação da extremidade 5´ com a cap e da 3´com a poliadenilação. 4. A capacidade de replicação do DNA é primordial. Toda vez que uma nova célula é formada, esse processo ocorre, uma vez que, individualmente, cada célula precisa da informação genética contida no DNA para efetuar as funções dela. Em relação ao processo de replicação, analise as afirmativas a seguir: I) O DNA polimerase é a enzima responsável pela construção da fita nova. Ele adiciona os nucleotídeos complementares em cada uma das fitas. II) A sequência das etapas da replicação consiste em: quebra das pontes de hidrogênio que unem as bases pela helicase; adição dos nucleotídeos complementares pelo DNA polimerase; e adição dos primers. III) Ao final da replicação, as fitas que serviram de molde se voltam a unir e as fitas novas se associam. IV) A replicação é o processo de formação de uma nova molécula de DNA. No caso das células eucariontes, ocorre no interior do núcleo celular. É correto o que se afirma em: a) I e II. b) I, II, III e IV. c) I e IV. d) I. e) III e IV. 36 5. As alterações no DNA, quando permanentes, são chamadas de “mutações”. A maio- ria dos danos do DNA é uma consequência não intencional, tendo em vista o grande número de reações químicas que ocorrem no interior da célula. Além do mais, esses danos, em grande parte, são temporários, uma vez que são imediatamente corrigidos pelos processos de reparo. Se fôssemos classificar a melhor etapa do dogma central para acontecer o sistema de reparo, qual você escolheria? Justifique. 6. Vários avanços na biologia molecular foram conquistados com o conhecimento da estrutura, composição e função do DNA. Hoje, muitos fármacos e vacinas foram de- senvolvidos devido ao entendimento da expressão de determinados genes e das várias enzimas envolvidas. Suponha que um pesquisador busque criar um remédio contra um vírus que ataca o sistema pulmonar humano. Considerando a situação apresentada no enunciado, assinale a alternativa que corres- ponde ao nível que o pesquisador poderia se amparar para destruir o vírus: a) Produzir um fármaco que atinge o processo de replicação do DNA viral. b) Criar uma ação que destrua as proteínas fabricadas pelo vírus. c) Desenvolver um fármaco que age de forma a impedir a transcrição dos genes dos órgãos dos hospedeiros, ou seja, das células pulmonares. d) Desenvolver uma ação que ative a replicação viral na célula. e) Produzir um fármaco de ação ativadora da transcrição da célula hospedeira, a fim de atingir o vírus. 2 Nesta unidade, compreenderemos a importância da atenção dada ao controle de qualidade em laboratórios de biologia molecular forense. Também conheceremos o fundamento deles e os proce- dimentos para alcançar resultados seguros e confiáveis. Entendere- mos que o manuseio de materiais das análises laboratoriais requer padrões a serem seguidos, a fim de aferir a condição de excelência e confiabilidade das pesquisas feitas. Compreenderemos as fases que exigem atenção durante a análise para alcançar a qualidade e assi- milaremos, de forma geral, as características necessárias para um laboratório ter um selo de excelência pelo processo de acreditação. Controle de qualidade em laboratórios de biologia molecular Dra. Ana Luisa Monezi Lucena 38 UNICESUMAR "Suspeito de matar Rachel Genofre é identificado quase 11 anos depois do crime". Esse é título de uma reportagem publicada no G1, em setembro de 2019. Talvez, você já tenha ouvido a história de uma menina que foi encontrada morta e enrolada entre lençóis dentro de uma mala localizada na rodoviária de Curitiba, no Paraná. Rachel tinha nove anos e foi vista pela última vez na frente da escola onde estudava no dia 3 de novembro de 2008. O suspeito de matar a menina foi identificado quase 11 anos depois do crime. A identificação do suspeito ocorreu após a coleta do DNA de diversos suspeitos. Foi feita a compara- ção do material genético encontrado nos lençóis e na Rachel. A princípio, os dados do DNA dos vários suspeitos foram armazenados em um Banco Nacional de Perfis Genéticos. Posteriormente, cruzaram os dados disponíveis com o material genético colhido no corpo de Rachel. Um dos suspeitos, o qual se encontrava preso, apresentou uma correlação positiva em 100% em relação ao material genético encontrado em Rachel. De acordo com o Ministério da Justiça, a coleta colaborou com o cruzamento de dados do Banco Nacional de Perfis Genéticos, que conta com 30 mil perfis de condenados cadas- trados (PADRONIZAÇÃO..., [2021]). Você já pensou no quão é importante a elaboração de metodologias adequadas para a identificação do DNA de suspeitos? Já refletiu sobre as consequências que podem ser acarretadas devido à existência de erros nos procedimentos adotados? Coloque-se no lugar do profissional do laboratório que analisou o DNA do suspeito de Rachel. Agora, imagine o quão será importante o seu entendimento sobre o tema “controle de qualidade na manipulação de materiais em laboratórios clínicos”. A utilização de tecnologias de análises forenses com o objetivo de identificar tem sido feita com con- siderável sucesso nos últimos anos. Isso acontece devido ao acelerado avanço das técnicas de biologia molecular e dos métodos de tipagem de DNA. Atualmente, existem bancos de dados de DNA em diversos países. No entanto, para compartilhar informações com esses bancos, deve-se levar em consideração o conhecimento da manipulação da técnica, principalmente em relação às normas, à padronização, ao controle de qualidade e aos cuidados na coleta e na preservação das amostras biológicas, uma vez que consequências éticas e sociais podem vir à tona, impedindo o compartilhamento de informações. Se fôssemos associar os fundamentos éticos expressos com o caso abordado, imagine como seria constrangedor se fossem identificados resultados diferentes. Isso aconteceria se um laboratório testasse positivo e outro negativo, ambos utilizando a mesma amostra. Agora que você já tem algumas informações relevantes e que mostram a importância do uso das tecnologias forenses, proponho uma atividade. Em bancos de dados on-line confiáveis, pesquise os objetos de investigação da análise forense. Depois, identifique, pelo menos, três resultados alcançados pelos pesquisadores na utilização das técnicas forenses. Por fim, procure casos em que a técnica não foi satisfatória em detrimento da má adequação dos procedimentos metodológicos. Organize e anote todos os seus resultados no diário de bordo. Diante da pesquisa efetuada, o que você identificou como características semelhantes entre os ob- jetos de pesquisa da análise forense? Os resultados procurados com o auxílio das técnicas de biologia molecular estão voltados apenas às características de identificação? O quão é importante adotar um método de análise de qualidade para investigação? 39 UNIDADE 2 A aplicação da tecnologia doDNA em investigações forenses cresceu rapidamente nos últimos anos. As principais amostras utilizadas como objeto de estudo das aplicações forenses é o DNA cole- tado do sangue, o líquido seminal, a medula óssea, o cérebro, os músculos, a pele, a polpa dentária e as manchas secas de sangue em tecido ou em outra superfície (LEE; LADD, 2001). Contudo, muitas são as evidências de DNA que não são apropriadamente coletadas, documentadas, reconhecidas e preservadas, invalidando uma investigação. Pense nos aspectos principais da situação-problema proposta e anote as suas ideias, reflexões, dis- cussões e argumentos no diário de bordo: 1. Qual é a importância da coleta de materiais de qualidade para as análises forenses? 2. O quanto é relevante ter atenção na execução das técnicas em relação à adequação do labora- tório para efetivar um resultado de qualidade? 3. Quais são as consequências dos erros de um procedimento mal executado? Os exames de DNA adotados em várias situações registradas na literatura têm sido eficazes e confiáveis ao longo dos anos, uma vez que os sistemas de qualidade têm sido aprimorados cons- tantemente em todas as etapas de análise. Na área forense, a qualidade dos exames de DNA é DIÁRIO DE BORDO 40 UNICESUMAR importante para descrever os laudos periciais que suprem as necessidades das análises da justiça (GARRIDO; GIOVANELLI, 2011). Alec Jeffreys foi o primeiro pesquisador que utilizou a leitura do DNA em um laboratório forense com sucesso. Ele descreveu que certas regiões do DNA continham repetições de sequência, também conhecidas como Variable Number Of Tandem Repeats (V.N.T.R.), as quais variam em comprimento de indivíduo para indivíduo, o que foi designado como “D.N.A. fingerprint” (“impressão digital de DNA”, em português). Jeffreys percebeu que essa variação seria um diferencial para identificar a individuali- zação das pessoas, tornando uma arma extremamente poderosa para o domínio forense, o que, até o momento, revelava-se como o mais robusto mecanismo de individualização (DALE; BECKER, 2007). A investigação da morte de Rachel obteve elucidação pela justiça a partir do exame de DNA. Se posicio- ne como gerenciador da execução dos procedimentos adotados para fazer o exame de DNA dos suspeitos e do material encontrado em Raquel. A primeira atitude a ser compreendida é o reconhecimento de que, para ter um resultado satisfatório, é necessário um rigoroso controle de qualidade, o qual se estende desde a coleta do material, identificação e posterior processamento (OGA; CAMARGO; BATISTUZZO, 2014). A Academia Americana de Ciências Forense exige que sejam seguidas normas para a análise de mate- riais biológicos (OGA; CAMARGO; BATISTUZZO, 2014). No caso do sêmen encontrado em Rachel, o laboratório que estivesse sob responsabilidade deveria realizar a construção de uma documentação para rastrear todo o processo de análise do material biológico, incluindo coleta, transporte, análise, descarte ou estocagem, a fim de evitar erros na identificação do material do doador ou da vítima. Essa documentação é denominada “cadeia de custódia” (Figura 1). Nela, deverão conter informações relacionadas ao manu- seador da amostra, ao local onde foi obtida e ao momento em que foi realizado o manuseio. Costuma-se separar a cadeia de custódia em duas etapas: a cadeia de custódia externa e a interna. Descrição da Imagem: na Figura 1 (a), são expressas algumas evidências coletadas na cadeia de custódia. Assim, em um piso de madeira, estão dispostos os objetos deixados na cena de um crime, como drogas, dinheiro, carteira e pinça. Na Figura 1 (b), há duas placas amarelas com os números 5 e 6, e um documento com as digitais registradas. Sobre o documento, há uma munição dentro de um saco plástico e uma pinça. Figura 1 (a) – Evidências coletadas na cadeia de custódia; (b) – Outras evidências coletadas na cadeia de custódia A) B) 41 UNIDADE 2 A primeira etapa que você deve entender compreende o momento de coleta do material e o transporte até o laboratório, denominada de “cadeia de custódia externa”. Por outro lado, a cadeia de custódia interna será o momento em que a amostra chegará ao laboratório. Nele, são feitos os registros, os exa- mes, o armazenamento, o descarte ou a devolução. Assim, os laboratórios de análises forenses devem seguir normas e diretrizes que englobam a coleta, a cadeia de custódia, o processamento da amostra e os testes confirmatórios, por exemplo (CASTELARI et al., 2018). Na fase de custódia externa, que inclui a coleta de material, estão disponíveis recursos que ajudarão a identificar os vestígios deixados. Caso haja um perito, ele colherá o material na cena do crime. Em relação à coleta do sêmen encontrado junto a Rachel, provavelmente, ele estava com coloração ama- relada e consistência seca, uma vez que foi encontrado dois dias depois. Nessa fase, inicialmente, é feita a identificação. Os peritos detectarão se a mancha que contém sêmen tem a probabilidade ou certeza de ser um material suspeito. Uma das provas de probabilidade muito usada pelos profissionais é a luz ultravioleta (lâmpada de Wood), com a finalidade de detectar a fluoresceína (tem tom branco-azulado e, com o passar do tempo, tende a ter uma cor amarela), que se encontra presente no espermatozoide. Todavia, não está presente somente nele, mas em outros fluidos biológicos, tais como urina, muco vaginal e nasal. Por esse motivo, é considerado teste de orientação, e não de certeza (Figura 2). Os cristais de florence ou cristais de picrato de espermina também são elementos que indicam a presença de esperma. Esses cristais podem ser encontrados em diversas secreções, o que o tornam um teste de probabilidade (DEL-CAMPO, 2008). A prova de certeza conseguida no caso de Rachel certamente aconteceu quando os peritos coletaram os espermatozoides presentes na secreção vaginal e, então, foram feitas a recuperação pela coloração e o procedimento do esfregaço cérvico-vaginal mais conhecido como “papanicolau” (TÁMARA, 2013). Descrição da Imagem: na Figura 2 (a), há um perito abaixado. Ele usa luvas e um traje descartável e branco dos pés à cabeça. Em uma das mãos, está a luz ultravioleta (luz negra), enquanto a outra coleta, com o swab, os vestígios deixados no piso. Na Figura 2 (b), um equipamento de emissão de luz ultravioleta é colocado próximo a uma superfície que contém digitais. Na Figura 2 (c), é utilizada uma lanterna de emissão de luz ultravioleta, a fim de identificar, no chão, uma pegada, que é demarcada por uma placa com o número 3. Figura 2 (a) – Perito fazendo uso de luz ultravioleta; (b) – Equipamento de emissão de luz ultravioleta; (c) – Luz ultravioleta demarcando uma pegada A. B. C. 42 UNICESUMAR Neste momento, você pode estar se perguntando: como são feitas a coleta e a preservação do ma- terial até a chegada ao laboratório? Como a amostra de espermatozoide foi buscada nas secreções vaginais? O procedimento adotado para essa coleta é o uso de swab, um cotonete estéril utilizado para apanhar e transportar múltiplos tipos de materiais biológicos. Na Figura 2 (a), é possível ob- servá-lo em uma das mãos do perito. De maneira geral, a sobrevida dos espermatozoides na cavidade vaginal é de poucas horas, variando em função das hostilidades químicas ambientais. No entanto, quando colhidos a tempo, ainda podem ser vistos, a fresco, com movimentos. No caso de Rachel, como haviam passado dias, a possibilidade era de encontrá-los mortos, mas ainda era possível aplicar uma técnica de coloração. Com ela, eles podem ser identificados até cerca de quatro dias após a deposição (INTERPOL, 2009; TAMAI, 2015). As Figura 2 (a) e 3 mostram que, para efetuar as coletas, é necessário o uso de equipamentos indi- viduais de proteção, os chamados EPIs, de modo que se assegure a preservação da amostra e evite a contaminação do manipulador durante a coleta. Por isso, é fundamental o uso de luvas descartáveis, máscara e sapato fechado. Não é permitidobeber ou comer no local da coleta. Além disso, o material descartável utilizado deve ser colocado em sacos de resíduos biológicos e, posteriormente, devem ser descartados em locais adequados (BEZERRA, 2004; SILVEIRA, 2009). Descrição da Imagem: na figura, é representada uma pessoa utilizando os equipamentos de proteção individual (EPIs). Ela está posi- cionada com as mãos paralelas ao rosto, a fim de evidenciar as luvas brancas, que prendem as mangas de um jaleco azul feito de TNT. A pessoa também usa óculos de proteção transparentes, viseira de proteção facial, touca e máscara. Figura 3 - Representação dos equipamentos de proteção individual 43 UNIDADE 2 Clique no QR Code e conheça a importância do uso de EPIs de forma adequada em laboratórios de biologia molecular. Tendo os recipientes com as amostras, a abertura acontecerá quando for iniciada a análise. Cada recipiente deve ser identificado por meio de autoadesivos, que devem ser invioláveis, a fim de segurar a cadeia de custódia. Na identificação, são incluídos: o número identificador institucional do caso ou o número do pedido; o nome da vítima ou algum tipo de identificação; a data e a hora da coleta; o tipo de amostra biológica; e assinatura do responsável pela coleta. Findada a etapa de coleta, em seguida, as amostras devem ser encaminhadas ao laboratório (LISBOA, 2016). REALIDADE AUMENTADA Principais EPI usados em laboratórios de biologia molecular e sua importância A recolha dos vestígios é fundamental para a averiguação de um crime. Outro método utilizado para melhorar não só a qualidade do trabalho no local do crime, mas também a interligação com a investigação criminal, é a utilização da lofoscopia, método de análise de digitais. De modo geral, a lofoscopia é a ciência forense que estuda os desenhos dermopapilares que existem na ponta dos dedos, nas palmas das mãos e nas plantas dos pés. Esse desenho digital é visível desde o sexto mês de gestação e só desaparece com a putrefação. O uso desse vestígio é interessante, porque não existem duas impressões digitais iguais no mundo, mesmo em gêmeos homozigotos. Para a detecção das digitais, é feita a utilização de produtos químicos em forma em pó. São empregados o carbonato de chumbo (pó branco de extrema leveza e ótima aderência ao suor e à gordura), o dragon blood (pó avermelhado usado em quase todas as superfícies, mas especialmente em veículos, ferro, plásticos e celofane), o caput mortuum (pó de óxido preto aplicável em cartões, madeira, vidro e plásticos) e pós magnéticos e fluorescentes. No caso dos reagentes líquidos, há a ninidrina, substância que se apresenta sob a forma de cristais brancos/esverdeados e reage com o componente do aminoácido da impressão digi- tal. Além da ninidrina, componentes de violeta de genciana e negro de amido são utilizados. Detectadas as impressões com o uso desses materiais, elas são direcionadas a uma base de dados em que são introduzidas imagens de impressões digitais e os respectivos pontos carac- terísticos. Então, é feita uma comparação para encontrar uma possível presença dos suspeitos. Fonte: adaptado de Pinheiro (2008) e Duarte (2009). 44 UNICESUMAR Agora, são iniciados os preparativos para a etapa de custódia interna, momento em que a amostra chega no laboratório. Primeiramente, é necessário entender o objetivo proposto, ou seja, estar consciente da situação ocorrida. Posteriormente, deve-se verificar se a metodolo- gia (equipamentos, reagentes e insumos) estão disponíveis e em prazo de validade. Outro requisito é detectar se será possível atender à demanda e realizá-la no tempo oportuno. Também é preciso averiguar se o material encaminhado é adequado e se o laboratório dispõe de recursos para o correto acautelamento (GARRIDO; ARAUJO, 2014). Em laboratórios forenses, muitas vezes, as amostras necessitam passar por um preparo prévio. Para um processo de limpeza, no caso da análise de tecidos, pode ter a necessidade de fazer cortes no tecido biológico, como ossos e músculos, e separação de swab. Em re- lação ao crime que você acompanha nesta unidade, na amostra, quando recém-chegada, foi utilizado o swab com a necessidade de separar o material. Nessa fase, é necessário fazer as escolhas quantitativa e qualitativa das amostras, incluindo o modo de realizar a limpeza, homogeneização e retirada das alíquotas. Para executar os procedimentos relacionados ao manuseio de equipamentos e as técnicas do ensaio, é preciso seguir os procedimentos operacionais padronizados pelo laboratório e controlados por profissionais competentes. Esses procedimentos não são imutáveis e precisam sofrer revisões sempre que for conveniente ou necessário. Eles também precisam ter os respectivos registros. De acordo com o Ministério da Justiça, as demandas da padronização de exames de DNA em perícias criminais devem utilizar um mínimo de marcadores moleculares e fazer a análise estatística dos resultados (PA- DRONIZAÇÃO..., [2021], GARRIDO; ARAUJO, 2014). Em exames interlaboratoriais e bancos de dados, a padronização dos exames de DNA deve usar, no mínimo, treze marcadores moleculares definidos pelo CODIS (TPOX, D3S1358, D5S818, FGA, CSF1PO, D7S820, D8S1179, TH01, vWA, D13S317, D16S539, D18S51 e D21S1) e a amelogenina. Normalmente, esses marcadores são disponibiliza- dos em kits comerciais multiplex ou, quando não comerciais, devem ser kits validados. Os laboratórios, em relação aos exames rotineiros, podem estabelecer os marcadores necessários para a execução dos laudos periciais. No entanto, recomenda-se a utilização dos treze marcadores mínimos (PADRONIZAÇÃO..., [2021]). Após a passagem da análise do material no laboratório, outra grande preocupação é se a certificação e a publicação dos resultados estão dispostos de forma clara e objetiva. Além disso, é importante disponibilizar meios para dirimir eventuais dúvidas e proceder os exames de contraprova. Além dos aspectos analíticos citados, dentro da cadeia de custódia, é de grande valia dar atenção à etapa pós-analítica, na qual são considerados os resíduos produzidos. O mínimo possível e a realização correta da disposição final são essenciais. Nessa etapa, é preciso realizar um perfeito gerenciamento dos documentos e garantir a adequabilidade e a segurança do sistema de informação, em especial, do banco de dados de perfis genéticos (GARRIDO; ARAUJO, 2014). 45 UNIDADE 2 Para oferecer um produto de qualidade, é importante se atentar à trajetória da cadeia de custódia. Dessa forma, empregar um sistema de gestão da qualidade em laboratórios é um passo valioso. De acordo com a Organização Mundial da Saúde, o fluxo de trabalho com qualidade em um laboratório deve estar baseado em doze elementos essenciais (INFORME..., 2013). Esses elementos se pautam na organização dos profissionais, na disponibilidade de equipamentos, nas compras, no controle de pro- cessos, na gestão da informação, no registro de documentos, na gestão das ocorrências, na avaliação, na melhoria dos processos, no atendimento ao cliente, nas instalações e na segurança (INFORME..., 2013; GARRIDO; ARAUJO, 2014). Um sistema de gestão da qualidade tem o intuito de fornecer uma base sólida à qualidade nos laboratórios, contribuindo para as ações preventivas (ALLEN, 2013). Resíduos potencialmente infectantes (sondas, curativos, luvas de procedimentos, bolsa de colostomia) Devem ser descartados em lixeiras revestidas com sacos brancos Resíduos químicos (reveladores, �xadores de raio x, prata) Devem ser descartados em galões coletores especí�cos Resíduos radioativos (cobalto, lítio) Devem ser descartados em caixas blindadas Resíduos comuns (fraldas, frascos e garrafas pets vazias, marmitex, copos, papel toalha) Devem ser descartados em lixeiras revestidas com sacos pretos Resíduos perfurocortantes (agulhas, laminas de bisturi, frascos e ampolas de medicamentos) Devem ser descartados em coletor especi�co. A. B. C. D. E. Descrição da Imagem: na figura, émostrado o sistema de classificação dos resíduos dos materiais produzidos na área da saúde. As- sim, é indicada, por meio de cinco colunas, a distribuição da classificação dos resíduos (A, B, C, D, E). Abaixo das colunas, são descritos os tipos de resíduos: os potencialmente infectantes, os resíduos químicos, os radioativos, os resíduos comuns e os perfurocortantes. São expostos, ainda, os exemplos de cada tipo e mostrados os locais de descarte (na coluna A, são mostrados sacos de lixos na cor branca e vermelha; na coluna B, há um frasco azul de plástico com a tampa preta; na coluna C, há um frasco de alumínio com o sinal de radiação desenhada em preto; na coluna D, há um saco preto; e, na coluna E, encontram-se caixas de papelão de cor amarela. Nelas, está escrito, em preto, a palavra “Perfurocortantes”) e o sistema de cores de identificação. Figura 4 - Sistema de classificação dos resíduos dos materiais produzidos na área da saúde. / Fonte: Brasil (2004 apud VIANA, 2018, p. 15). 46 UNICESUMAR Segundo Souza e Queiroz (2013), o sistema de gestão, para o setor da saúde, não se difere da filosofia da qualidade aplicada em indústrias. Dessa maneira, muitas descrições de gestão de qualidade atri- buídas ao setor industrial foram utilizadas e complementadas para a área da saúde. Você já pensou nos benefícios de seguir um padrão que se adequa ao sistema de gestão de qualidade? Uma quali- dade adquirida pelo sistema de gestão de qualidade pode assegurar que o serviço que você presta resulta em benefício para aqueles que os solicitam. Além disso, pode aumentar a sua segurança e tranquilidade quando você realiza o seu trabalho de contribuição diagnóstica. Quando surgirem questionamentos, você terá a convicção em assegurar aos clínicos o valor do resultado do teste. Desse modo, em questionamentos judiciais, você terá um respaldo legal. Outro grande benefício é o fato de poder preencher requisitos exigidos em programas de acreditação, obtendo o selo da qualidade e vantagem competitiva no mercado. Para implantar o Sistema de Qualidade (SQ) em laboratório, é preciso zelar pela organização interna. Assim, os procedimentos das atividades a serem executadas deverão estar descritos em um documen- to denominado “Manual de Sistema da Qualidade”. Esse documento apresentará toda a estrutura do funcionamento do laboratório, os objetivos e a política do SQ. Além disso, terá a descrição da estrutura da documentação e as responsabilidades da alta administração, gerente técnico, gerente da qualidade e outras pessoas essenciais. Nessa seara, para que um resultado seja satisfatório antes de qualquer exame, os laboratórios devem aplicar o SGQ à formação do corpo técnico e às aquisições de suprimentos e serviços, como a manutenção e a calibração dos equipamentos (GARRIDO; ARAUJO, 2014). Quanto à qualificação profissional, é importante garantir a capacitação técnica de todos aqueles que, direta ou indiretamente, possam influenciar na qualidade do trabalho desenvolvido. Dessa for- ma, disponibilizar cursos que os preparem para os procedimentos da rotina do laboratório, seja no âmbito administrativo, seja no âmbito técnico, é de extrema importância para se atingir a qualidade (GARRIDO; ARAUJO, 2014). De acordo com o Ministério da Justiça, em relação aos laboratórios estatais de genética forense, como aquele que atendeu ao caso de Rachel, é exigida uma qualificação mínima dos profissionais, sejam os Pensar na área da gestão dentro de um laboratório é assumir o controle de uma situação, a fim de determinar e orientar o caminho a ser seguido para atingir objetivos e metas. Quando se associa às características de qualidade e de gestão, remete-se à ação de executar os objetivos de forma a atingir a excelência. No entanto, o controle de qualidade em laboratórios não se concentra apenas no resultado do produto a ser entregue, mas também está relacionado com a qualidade de vida daqueles que convivem no ambiente e com a proteção do meio ambiente. Portanto, avaliar os resulta- dos que não atingiram o esperado também faz parte de um sistema de gestão de qualidade. 47 UNIDADE 2 concursados, sejam os terceirizados (PADRONIZAÇÃO..., [2021]). A comunidade científica brasileira da área de genética forense estabelece que o perito dessa área deve ter formação superior em Ciências Biológicas, Ciências da Saúde ou áreas afins. Quando não apresentar essa formação, deve ser pós-gra- duado em Genética ou em área correlata (GARRIDO; ARAUJO, 2014; PADRONIZAÇÃO..., [2021]). Por fim, o SGQ deve ser monitorado por auditorias, uma ferramenta que permite aferir se os con- troles internos correspondem aos objetivos propostos e se os recursos disponibilizados estão sendo utilizados com eficiência e eficácia (INFORME..., 2013). De acordo com Souza e Queiroz (2013), as auditorias podem ser de: • Primeira parte: realizadas pela própria organização. • Segunda parte: realizadas por clientes. • Terceira parte: realizadas por organizações externas e independentes. As auditorias realizadas por organizações externas compreendem a verificação dos procedimentos adotados de acordo com as normas instituídas para alcançar determinadas certificações. Elas serão avaliadas por órgãos que fazem as acreditações. No Brasil, a Agência Nacional de Saúde Suplementar (ANS) disponibiliza programas para fazer as acreditações e, quando alcançadas as exigências, é possível adquirir um selo de qualidade. Dessa forma, a acreditação é um documento que comprova que o labo- ratório tem a aprovação formal de excelência dada por órgãos específicos. Isso atesta a capacidade dele de se manter atualizado sobre os requisitos necessários para a segurança e a qualidade no atendimento. A Agência Nacional de Saúde Suplementar (ANS) estabelece, por intermédio da Resolução da Di- retoria Colegiada (RDC) nº 302/2005, os critérios para avaliar a qualidade dos serviços prestados pelos laboratórios de análises clínicas (MINISTÉRIO DA SAÚDE, 2005). Essa análise certifica os serviços prestados pela chamada QUALISS, ou seja, o programa de qualificação de prestadores de serviços de saúde estabelecido pela RN nº 405, de maio de 2016, que determina os atributos de qualificação rele- vantes para o aprimoramento da qualidade assistencial oferecida pelos prestadores de serviços (ANS, 2016). Para a execução do QUALISS, a ANS conta, ainda, com entidades participantes que contribuem não só na elaboração de critérios, mas também na coleta e na consolidação de dados. ACREDITADORES Organização Nacional de Acreditação (ONA) IQG Serviço de Acreditação em Saúde Colégio Brasileiro de Radiologia e Diagnóstico por Imagem (CBR) DICQ – Sistema Nacional de Acreditação LTDA Consórcio Brasileiro de Acreditação (CBA) Soc. Bras. de Patologia Clínica Medicina Laboratorial - SBPC/ML – PALC. A4Quality Services – Auditoria e Certificação LTDA Instituto Brasileiro para Excelência em Saúde (IBES) Quadro 1 - Entidades que fazem o processo de acreditação / Fonte: adaptado de QUALISS ([2021]). http://www.ans.gov.br/component/legislacao/?view=legislacao&task=TextoLei&format=raw&id=MzI0OA== 48 UNICESUMAR Especialistas em acreditação para laboratórios de análises clínicas apontam que, dentre os padrões estabelecidos pela ISO (International Organization for Standardization), a ABNT NBR ISO 9001, a ABNT NBR ISO/IEC 17025 e a ABNT NBR NM ISO 15189 atendem, mesmo que parcialmente, aos requisitos estabelecidos pela ANS. As normas apresentam similaridades ou sobreposição de requisitos, por exemplo, quando se descreve o sistema de gerenciamento da qualidade, o controle de documentos e o atendimento às reclamações de clientes, às ações corretivas e preventivas e às diferenças no que diz respeito aos requisitos técnicos (SOUZA; QUEIROZ, 2013). Por essas razões, não é fácil adquirir o selo de qualidade. Muitas empresas justificam que a auditoria ne- cessária para se atingir a acreditação gera custos, por exemplo, na aquisição dos equipamentos para manter a qualidade. Fatoresburocráticos documentais são exigidos e muitos reportam ser um tanto desgastante o entendimento dos conceitos da norma. Por essas razões, muitos exames interlaboratoriais e testes de pro- ficiência são realizados por órgãos independentes, ou seja, que não estão diretamente vinculados à ANS. Apesar disso, as análises se caracterizam pela importância de adotar as ferramentas que garantem a qualidade do serviço prestado. Um documento publicado pelo Ministério da Justiça e que padroniza exames de DNA em perícias criminais demanda que, além de controles internos de qualidade, os la- boratórios participem de controles nacionais e internacionais, como os testes patrocinados pelo GEP (Grupo Espanhol Português) e GITAD (Grupo Iberoamericano de Trabalho em Análise de DNA) (PADRONIZAÇÃO..., [2021]). Há, também, exercícios propostos pela Sociedade Latino Americana de Genética Forense (GARRIDO; ARAUJO, 2014). Você sabia que, de acordo com a Sociedade Brasileira de Patologia Clínica e Medicina Laboratorial (SBPC/ML), por ano, a justiça brasi- leira movimenta mais de 1500 processos contra laboratórios? Ouça mais um podcast e entenda os principais erros apontados e come- tidos por laboratórios. Acompanhe, também, uma breve apresenta- ção das notícias publicadas em jornais e em revistas sobre os proce- dimentos mal efetuados na verificação e comparação de DNA. https://apigame.unicesumar.edu.br/qrcode/9062 49 UNIDADE 2 Partimos de uma história real do crime de estupro seguido de morte e ocultação de cadáver da menina Rachel para compreender o principal método utilizado para desvendar o ocorrido após onze anos. Você pôde compreender que o uso da técnica de comparação dos DNAs coletados da vítima e dos suspeitos foi o responsável pela elucidação do crime. No progresso desse entendimento, soube que, para validar o uso da técnica de elucidação de um crime, é de extrema importância se atentar às etapas de coleta de material, ao uso de equipamentos de segurança, à disponibilidade de profissionais adequados e de materiais para executar a análise de forma precisa. Portanto, o futuro profissional de saúde pode ser perito durante as fases de coleta e de análise de DNA, requerendo-se uma atuação técnica e de qualidade. Você pode se posicionar na situação e nos procedimentos descritos, assimilando o quanto é importante proceder essas ações de forma competente, pois o uso da técnica envolve resultados que comprometem a vida daqueles que esperam uma conclusão. Nesse aspecto, agir de modo ético, moral, profissional e responsável é importante para o sucesso da elucidação de um crime como o de Rachel. Além disso, o comprometimento, a organiza- ção e uma gestão de qualidade nos laboratórios que efetuam a técnica forense de DNA são essenciais para completar o êxito da solução. Você já conhece o Programa de Acreditação de Laboratórios Clínicos (PALC)? Te convido a assistir a este vídeo curto sobre os caminhos do processo de acreditação dos laboratórios. Observe que, nele, são apresentadas declarações de empresas certificadas que atestam os benefícios alcançados. Para acessar, use seu leitor de QR Code. https://apigame.unicesumar.edu.br/qrcode/12162 50 Para melhor fixação do tema abordado nesta unidade, complete o mapa mental a seguir. Nele, estão disponíveis palavras-chave correspondentes às informações descritas durante o desen- volvimento do conteúdo. As propostas do tema central são qualidade, laboratório e resultado. QUALIDADE, RESULTADO, LABORATÓRIO Consequências Positivas e Negativas Pro�ssionais Objetos de EstudoEtapas da Custódia SGQ Características Acreditação 51 1. Pensar na gestão de um laboratório é assumir o controle de uma situação, a fim de determinar e orientar o caminho a ser seguido para o atingimento de objetivos e metas. Atentar-se, em um sistema de gestão de qualidade, aos procedimentos efetuados por labora- tórios forenses, é: a) Apresentar um resultado de qualidade no procedimento identificatório forense. Ter profissionais formados e capacitados para a função. Ter equipamentos e insumos para efetuar a análise. Considerar a qualidade de vida daqueles que convivem no ambiente. Abranger a proteção do meio ambiente. b) Mostrar resultados de qualidade na identificação forense. Ter profissionais capacitados para a função. Considerar a qualidade de vida daqueles que convivem no laboratório, mas não do meio ambiente. c) Apresentar resultados de qualidade no procedimento identificatório forense. Ter profissionais formados e capacitados para a função. Ter equipamentos razoáveis para efetuar a análise. d) Identificar um profissional formado e capacitado para a função. Pedir para que os profissionais levem os equipamentos e os insumos para efetuar a análise. Considerar a qualidade de vida daqueles que convivem no clínico. e) Considerar somente a qualidade de vida daqueles que convivem no ambiente e a proteção do meio ambiente. 2. Muitos são os objetivos do uso da técnica forense de DNA e um deles foi expresso na história de Rachel, a fim de detectar a identidade genética e apontar o criminoso. Contudo, essa técnica é uma ferramenta que, diante de limitações, podem tornar o uso inviável. Descreva, de forma resumida, as consequências da inadequação de um laboratório forense na efetuação dos procedimentos de identificação do crime. 52 3. A Agência Nacional de Saúde Suplementar (ANS) estabelece critérios para avaliar a qualidade dos serviços prestados pelos laboratórios de análises clínicas. Essa análise certifica os serviços prestados pela chamada QUALISS, ou seja, o programa de qualifi- cação de prestadores de serviços de saúde. Para a execução do QUALISS, a ANS conta, ainda, com entidades participantes que contribuem não só na elaboração de critérios, mas também na coleta e na consolidação de dados. Dentre as entidades, aquela que está relacionada com a fiscalização e efetua o processo de acreditação, fazendo com que o laboratório possa receber um selo de eficiência, seria: a) Cred-ISO: Confederação de Recursos da Organização de Laboratórios Internacionais. b) Anvisa: Agência Nacional de Vigilância Sanitária. c) ISO: Organização Suplementar Isonômica. d) SBPC/ML – PALC: Sociedade Brasileira de Patologia Clínica Medicina Laboratorial. e) APLAB: Associação dos Laboratórios Brasileiros. 4. Para se obter um resultado de qualidade nos procedimentos de análise forense, a fase de atenção essencial é a denominada “cadeia de custódia”. Assinale a alternativa que melhor a defina: a) A cadeia de custódia abrange duas etapas, a externa e a interna, iniciando pela etapa interna. b) A cadeia de custódia tem duas etapas. Nelas, compreende-se a coleta do material, o transporte até o laboratório, as cadeias de custódia interna e externa, e o momento em que a amostra chegará até no laboratório e passará pelos registros, exames, testes, armazenamento e descarte. c) A cadeia de custódia é etapa que junta as provas de um crime. Nesse momento, ainda não é necessário uso de EPIs. d) A cadeia de custódia abrange duas etapas, porém é somente na segunda etapa, cha- mada de “externa”, devem constar as informações do manuseador da amostra, do local onde ela foi obtida e do momento em que foi realizado o manuseio. e) A cadeia de custódia compreende duas etapas. Em uma, constam o momento de coleta do material e o transporte até o laboratório, a chamada custódia externa. A outra etapa é a cadeia de custódia interna, momento em que a amostra chega ao laboratório e são feitos os registros, os exames, os testes, o armazenamento, o descarte ou a devolução. 3 Nesta unidade você terá a oportunidade de compreender as bases técnicas utilizadas para manipulação do DNA. Você verá os métodos utilizados para produção de moléculas de DNA in vitro e conhecerá as etapas e os fatores necessários para efetuar a manipulação. Ferramentas de manipulação do material genético Dra. Ana Luisa Monezi Lucena 54 UNICESUMAR Inicio esta unidade com uma palavramuito pronunciada, pelo menos, nos últimos 10 anos: tecnologia. No dicionário, descreve-se que essa palavra tem origem do grego “tekhne”, que significa “técnica”, “arte”, “ofício”, em conjunto com o sufixo “logia”, que significa “estudo”. Diria que é o produto da ciência e da engenharia, o que envolve um conjunto de instrumentos, métodos e técnicas que visam a inovação na resolução de problemas em diferentes áreas (MICHAELIS, 2016). Recentemente, as tecnologias envolvendo a ciência foram voltadas ao desenvolvimento e ao apri- moramento em tempo recorde da vacina contra a Covid-19. Essa possibilidade foi alcançada com os avanços das ferramentas utilizadas para a investigação das moléculas de ácidos nucleicos, foco de nosso estudo. Suponha que você, futuro(a) biomédico(a) pesquisador(a), deseja desenvolver um composto que age diretamente em células cancerígenas, efetuando a inativação da multiplicação dessas células. Para efetuar essa ação, algumas questões devem ser levantadas como parte do planejamento da pro- dução deste composto. São elas: Para compreender como proceder em cada uma das etapas sugeridas, é preciso entender os mecanismos e as técnicas envolvidas para investigar as células alteradas ou cancerosas e as maneiras de modificá- las. Nessas etapas, é crucial entender as tecnologias desenvolvidas para manipulação do DNA, uma vez que o material genético contém as informações que poderiam estar envolvidas na manifestação de uma ação que não foi coerente. Considere que manipular o DNA por meio das tecnologias a serem estudadas não está apenas as- sociado à produção de novos compostos, mas também à compreensão do funcionamento das células e das consequências em casos de erros, malformação ou resposta que não seja ideal. Foi com o intuito de compreender esse funcionamento que surgiu a biologia molecular, que é continuamente reforçada por novas tecnologias. As tecnologias são utilizadas para a produção de componentes importantes e que envolvem a resolução de problemas de saúde, a complementação de produtos comerciais, o entendimento do fun- cionamento humano, além de facilitarem a detecção de várias doenças. O que você acha de pesquisar os medicamentos biológicos que foram descobertos com o auxílio da tecnologia de manipulação da molécula de DNA? Faça uma breve pesquisa na internet, em endereços de associações governamentais, instituições de pesquisa, artigos científicos ou reportagens de divulgação científica. Organize e anote todos os resultados no diário de bordo. A biologia molecular é a área da ciência que envolve o estudo e a manipulação das moléculas que constituem o material genético dos organismos. Os avanços desse estudo iniciaram após o auge da Como atuam as células cancerígenas? Em qual local se origina a ação descontrolada de divisão das células cancerígenas? Como desenvolver um composto que controle a divisão celular, tornando-a normal? Como desenvolver um componente que associe as células cancerígenas e as inativam? 55 UNIDADE 3 identificação da estrutura e da função do ácido desoxirribonucléico (DNA). Posteriormente, outras técnicas moleculares foram se desenvolvendo, a fim de isolar partes do DNA, os genes, e reproduzir várias cópias, com o intuito de estudar o funcionamento. Dentre as técnicas e as análises construídas ao longo das últimas décadas, surgiram novas possibilidades de pesquisas, o que aumentou o conhe- cimento sobre o funcionamento gênico e os fatores envolvidos na regulação, propiciando avanços tecnológicos importantes em diferentes áreas. Seguem aspectos importantes para reflexão antes de entendermos como chegar a tais ações: • Entender que há possibilidades de estudo do funcionamento da molécula de DNA. • Compreender que as tecnologias são formas utilizadas para entender o funcionamento do organismo. • Observar que as tecnologias ajudam no desenvolvimento de novos compostos, como vacinas, medicamentos, hormônios, alterações gênicas na produção de transgênicos, identificação de doenças, paternidade etc. Anote as suas ideias, reflexões, discussões e argumentos no diário de bordo. DIÁRIO DE BORDO 56 UNICESUMAR A ideia de produzir medicamentos, vacinas ou métodos que possam curar os diferentes tipos de câncer é buscada por vários pesquisadores. No entanto, para entender como desenvolver esses produtos, é necessário conhecer os processos biológicos envolvidos no funcionamento das células cancerígenas. Dessa forma, você terá que pensar na molécula essencial que armazena as informações da célula, o DNA. Você já sabe que o DNA é uma molécula que contém todas as informações genéticas que podem ser expressas para funcionar nos diferentes ambientes de um corpo. O conjunto de todas as informações específicas do organismo é chamado de genoma. Para analisar a atividade de uma célula (por exemplo, a célula cancerígena, que se multiplica de for- ma descontrolada), os pesquisadores direcionam a atenção aos fatores que envolvem a divisão celular, ou seja, os genes específicos envolvidos. No entanto, como analisar um gene ou poucos genes entre dezenas de milhares de genes aninhados aos milhões de pares de bases de um genoma humano? A resposta surgiu em 1970, momento em que cientistas de várias áreas da biologia contribuíram com a geração de técnicas de localização, isolamento, preparação e estudo de pequenos segmentos de DNA derivados de cromossomos maiores (PIERCE, 2013; COX; DOUDNA; O´DONNELL, 2012). A primeira etapa dessa jornada é identificar em qual órgão a célula não está funcionando nor- malmente. Pense em um tipo de câncer e imagine que as células contidas neste órgão estão com uma divisão celular descontrolada. Essa seria a célula de interesse. Agora, o próximo passo é averiguar o DNA dessa célula. Para isso, é importante fazer a seguinte pergunta: quais são os genes do DNA envolvidos na divisão celular? Identificar esses genes é considerado um dos progressos alcançados pela biologia molecular. Atualmente, é possível isolar os diferentes tipos de genes e analisar a expressão de cada um. Técnicas descobertas ao longo de vários estudos permitem identificar características físicas que marcam o começo e o fim de um gene. Assim, o passo seguinte é isolar o gene responsável pela ação de multi- plicação para, então, estudá-lo e chegar a objetivos maiores, como a cura da doença (PIERCE, 2013). 57 UNIDADE 3 Dessa forma, para iniciar a análise do gene, o primeiro passo é isolar os genes envolvidos no erro da divisão celular e fazer cópias deles, para que sejam estudados. Os métodos utilizados para realizar essa e outras tarefa relacionadas são conhecidos como tecnologia do DNA recombinante. Um grande marco na história foi a descoberta de um método possível de isolar sequências específicas do DNA, as chamadas endonucleases de restrição, que são enzimas capazes de reconhecer e fazer cortes bifilamentares do DNA em sequências específicas. Essa técnica é, em parte, utilizada para isolar o gene de interesse, ou seja, aquele que tem alterado os hábitos celulares de divisão, responsável pelo câncer (PIERCE, 2013; COX; DOUDNA; O´DONNELL, 2012). Após décadas de pesquisa sobre o metabolismo dos ácidos nucleicos, nos anos 60, foram identifica- das enzimas de restrição em bactérias que eram utilizadas por organismos para defesa contra o vírus. Atualmente, elas são rotineiramente utilizadas nos laboratórios para separar fragmentos específicos de DNA de interesse. São conhecidos três tipos de endonucleases de restrição, identificadas com os algarismos romanos (I, II e III). Esses tipos se diferem quanto à complexidade e à distância típica entre a sequência de reconhecimento do sítio de clivagem. Descreve-se, na literatura, que existem mais de 800 enzimas de restrição, as quais reconhecem e cortam o DNA em mais de 100 sequências diferentes reconhecidas por elas. Muitas delas são disponibilizadas comercialmente, assim como pode ser obser- vado na Figura 1 (PIERCE, 2013; COX; DOUDNA; O´DONNELL, 2012). Nãoé difícil perceber que existem diferentes tipos de câncer que afetam a humanidade. Den- tre os mais frequentes, temos o câncer de mama nas mulheres e o de próstata nos homens. Normalmente, são feitos exames sanguíneos que identificam as alterações, como a produção de proteínas anormais que não são regularmente encontradas nas amostras sanguíneas, as chamadas marcadores tumorais. Alguns marcadores são específicos para determinados tipos de câncer, enquanto outros são encontrados em vários tipos da doença. Um marcador bem conhecido para identificar o câncer de próstata é o PSA (antígeno prostático específico). Por outro lado, é possível, em alguns tipos de câncer, como o de mama, fazer exames que rastreiam as mutações ou as mudanças que tenham ocorrido no DNA da célula, os quais mostram o risco de desenvolvimento do câncer. Os genes conhecidos como BRCA1 e BRCA2 são exemplos de mutações relacionadas ao risco genético de câncer de mama e câncer de ovário. Fonte: adaptado de Lopes (2020). 58 UNICESUMAR O passo crucial para iniciar o isolamento do gene de interesse, a fim de estudar o câncer é utilizar uma enzima de restrição. Essas enzimas agem como uma tesoura, visto que reconhecem uma sequência de tamanhos de DNA de 4 a 8 pb (pares de bases). Uma particularidade do reconhecimento é a identificação das sequências palindrômicas, que podem ser lidas do mesmo modo em relação à frente e ao inverso (Figura 2). Enzima Sequencia de reconhecimento e clivagem Padrão de clivagem Fonte EcoRI HindIII BamHI TaqI AluI HoeIII BalI Sou3AI Escherichia coli R Haemophilus in uenzae Rd Bacilus amyloliquefaciens H Thermus aquaticus Anthobacter luteus Haemophicus aegypticus Brevibacterium albidum Staphylococcus aureus 3A G-A-A-T-T-C C-T-T-A-A-C G C-T-T-A-A A-A-T-T-C G A-A-G-C-T-T T-T-C-G-A-A A T-T-C-G-A A-G-C-T-T A G-G-A-T-C-C C-C-T-A-G-G G C-C-T-A-G G-A-T-C-C G T-C-G-A A-G-C-T T A-G-C C-G-A T A-G-C-T T-C-G-A A-G T-C C-T G-A G-G-C-C C-C-G-G G-G C-C T-G-G-C-C-A A-C-C-G-G-T T-G-G A-C-C C-C-A C-C G-G G-G-T G-A-T-C C-T-A-G C-T-A-G G-A-T-C Descrição da Imagem: na figura, estão distribuídas quatro colunas. Na primeira, à esquerda, estão os tipos de enzimas de restrição usualmente utilizados (EcoRI, Hind III, BamHI, TaqI, AluI, HaeIII, BalI, Sou3AI). A segunda coluna mostra a sequência de reconhecimento e clivagem de cada uma dessas enzimas. Já a terceira coluna ilustra os padrões de clivagem. As quatro primeiras enzimas e a última fazem cortes coesivos, enquanto AluI, HaeIII e BalI fazem cortes cegos. Por fim, na quarta coluna, são descritos os nomes dos organis- mos extraídos de cada enzima. Figura 1 - Tipos de enzimas de restrição e os modos de identificação de sequências de clivagem / Fonte: Klug et al. (2010, p. 13). 59 UNIDADE 3 As maneiras de cortes das enzimas de restrição podem variar sob duas formas, pois nem sempre os cortes são efetuados de forma simétrica entre a dupla fita de DNA. Quando é feita de forma simétrica, não deixa pares de bases não pareados nas extremidades, formando pontas robustas ou extremidades cegas. No entanto, o corte também pode ser feito de forma assimétrica, deixando as extremidades da fita cortada de 2 a 4 nucleotídeos não pareados, apresentando extremidades chamadas de coesivas (Figura 1). O número de fragmentos disponíveis depois do corte efetuado pela enzima varia de acordo com o tamanho dele. Quando se tem a formação de sequências curtas, há um maior número de fragmentos. O contrário acontece quando as sequências são longas, visto que a quantidade é menor. Segundo Cox, Doudna e O´Donnell (2012), o tamanho do fragmento pode ser aumentado com o auxílio de uma endonuclease especial chamada “homing”, que reconhece e cliva as sequências muito mais longas (12 a 40pb) (PIERCE, 2013; COX; DOUDNA; O´DONNELL, 2012). Visto que vários fragmentos são produzidos depois da ação da endonuclease, o próximo objetivo é selecionar aquele de interesse, ou seja, o responsável por estar prejudicando o funcionamento normal da divisão das células. Dessa maneira, o próximo passo é identificar esses fragmentos dentre o conjunto de DNA (ALBERTS et al., 2017). A eletroforese em gel é um método que auxilia na determinação das quantidades de fragmentos ge- rados após a ação da enzima e no tamanho dos fragmentos. O princípio da ação dessa técnica é separar 5´ 3´ 3´ 5´ CLIVAGEM EXTREMIDADE “COESIVA” 5´ 3´ EXTREMIDADE “COESIVA” 3´ 5´ G A A T T C C T T A A A A T T C G G C T T A A G Descrição da Imagem: a figura mostra uma sequência de corte de uma enzima de restrição (EcoRI). Na horizontal, é mostrada uma dupla fita de DNA (a fita 5´- 3´ como a superior e a 3´- 5´como a inferior) no formato de traço na cor cinza. Na cor azul, são evidencia- das as sequências de bases de corte pela enzima (EcoRI) por um contorno vermelho na forma de seta, delimitando a região do corte da enzima. Abaixo da imagem, por meio de uma seta na vertical e na cor preta, indica-se a representação da fita de DNA separada na região de corte pela enzima EcoRI. A clivagem acontece sobre as duas fitas de DNA, originando extremidades 5´ soltas, denominadas “extremidades coesivas”. É possível, ainda, observar que a sequência cortada representa palíndromos (GAATTC- CTTAAG). Figura 2 - Representação do sítio de clivagem feita pela enzima de restrição (EcoRI) de corte coesivo / Fonte: Watson et al. (2015, p. 7). 60 UNICESUMAR moléculas com base no tamanho e na carga elétrica. Como o DNA contém o fosfato na constituição dos nucleotídeos e este carrega carga negativa, os fragmentos são separados apenas com base no tama- nho, já que todos irão em direção à carga positiva (Figura 3) (PIERCE, 2013; ALBERTS et al., 2017). Dessa forma, a técnica de eletroforese em gel se baseia na preparação de uma solução que tem como um dos constituintes principais a agarose ou poliacrilamida, que é preparada na consistência de um gel semelhante a uma gelatina dura. Ele se apresenta na forma de rede de tramas de poros microscó- picos, em que, em uma das extremidades, são formados poços com pentes (colocados no gel antes da polimerização). É nesses poços que é aplicada a mistura dos fragmentos DNA que foram cortados. + - E B A D C F G Tamanho menor C A B C D E F G Sítios de EcoRI ( ) + + B A B BA - - Eletrodos A Cuba de eletroforese Solução-tampão Fragmentos de DNA Gel de agarose - + Eletrodo (cátodo) Eletrodo (ânodo) - Eletrodo (cátodo) + Eletrodo (ânodo) Os fragmentos de DNA menores deslocam-se mais rápido ao longo do gel do que os fragmentos maiores Descrição da Imagem: a figura é dividida em A, B e C. Em A, esquematiza-se uma cuba, recipiente em que são colocados um tampão e o gel de poliacrilamida. Na extremidade dela, há um fio de voltagem que é submetido a uma corrente elétrica. São mostrados os fragmentos de DNA aplicados na extremidade superior do gel, que se desloca para a extremidade positiva e inferior do gel. Em B, é mostrado o esquema do gel visto de cima, com poços ou canaletas representados como retângulos brancos. As setas mostram a di- reção da partida dos fragmentos para os polos positivos do gel. Na imagem C, são evidenciados um esquema de DNA e os pontos de cortes da enzima de restrição EcoRI. Na parte inferior da figura C, há outro desenho que mostra os fragmentos no gel, os quais, após serem submetidos a uma corrente elétrica, separam-se e assumem posições diferentes, devido à diferença dos pesos moleculares, com disposição do maior para o menor na direção do polo positivo da cuba. Figura 3 - Eletroforese em gel de poliacrilamida / Fonte: Watson et al. (2015, p. 7). 61 UNIDADE 3 Após a aplicação da mistura, o gel contido em uma cuba (estrutura que acomoda o gel junto a uma solução-tampão) é ligado a uma corrente elétrica. Nesse momento, inicia-se a movimentação dos fragmentos, que são separados pelo tamanho. Os mais curtos passam mais facilmente pela barreira do gel,migrando mais rapidamente em direção ao polo positivo, enquanto os fragmentos grandes e, por consequência, mais pesados apresentam maior resistência à migração (Figura 3) (PIERCE, 2013; ALBERTS et al., 2017). Conheça a técnica de eletroforese em gel com apenas um clique no QR Code a seguir. Após a finalização da eletroforese, ainda não é possível visualizar os fragmentos. O modo mais utilizado para torná-los visíveis é corar um gel com um corante específico que se associa ao DNA. O mais usado é o brometo de etídio, que age intercalando as bases de DNA e fluoresce em laranja, quando exposto à luz ultravioleta (Figura 4). Outra forma de visualização dos fragmentos é tratá-los com marcadores radioativos ou químicos antes de serem colocados no gel. Um exemplo é a incorporação de um radioisótopo 32P nos fosfatos das moléculas de DNA. Para visualizar os fragmentos marcados, é usada uma técnica chamada “au- torradiografia”. Nela, um pedaço de filme de raio X é colocado em cima do gel. A radiação do DNA marcado expõe um filme fotográfico em uma câmera, que revela os fragmentos do gel como uma banda escura (PIERCE, 2013; ALBERTS et al., 2017). REALIDADE AUMENTADA Técnica de Eletroforese em Gel 62 UNICESUMAR Efetuadas todas etapas em que o DNA foi tratado com as enzimas de restrição, separado por eletro- forese e visualizado em gel, ainda não é possível identificar exatamente a sequência específica. Para tanto, rotineiramente, é utilizada uma sonda com uma molécula de DNA ou RNA com sequência de bases complementares, a qual se ligará ao fragmento da sequência do gene de interesse, ou seja, ela terá exatamente a sequência de nucleotídeo do gene responsável pela alteração das condições de divisão da célula cancerígena a ser investigada (PIERCE, 2013; ALBERTS et al., 2017). O uso de sondas necessita que os fragmentos de DNA separados na técnica de eletroforese sejam desnaturados, de modo que a dupla fita de DNA se separe. Após a desnaturação, os fragmentos são transferidos para um meio sólido (uma espécie de papel de nitrocelulose ou membrana de náilon). Essa técnica é conhecida como “transferência de Southern” (Southern blot). Após a transferência, o meio que contém os fragmentos é colocado em uma solução de hibridização que carrega as sondas. Para facilitar a visualização, quando a sonda se associa ao DNA específico de interesse, é marcada ra- dioativamente. Finalizado o processo de complementação das sondas aos fragmentos, o meio sólido é lavado para remover qualquer sonda não ligada e, em seguida, parte-se para o processo de detecção por autorradiografia ou outro método (Figura 5) (PIERCE, 2013; ALBERTS et al., 2017). Descrição da Imagem: na figura, mostra-se a revelação de géis de eletroforese. Foi utilizado o brometo de etídio, que se intercala nas bases de DNA. Na Figura 4 (a), os fragmentos revelados são fluorescentes, em laranja, quando expostos à luz ultravioleta. Na Figura (b), o gel revela que os fragmentos menores migram mais rapidamente e mais longe do que os maiores. Figura 4 (a) – Fragmentos fluorescentes; (b) – Gel mostrando a migração dos fragmentos menores / Fonte: Klug et al. (2010, p. 13). 63 UNIDADE 3 1. Amostras de DNA cortadas com enzima de restrição são aplicadas em gel de agarose para eletroforese. - Canaleta 1: Marcadores radioativos de tamanho - Canaleta 2: DNA cortado com enzima de restrição A - Canaleta 3: DNA cortado com a enzima de restrição B. 2. DNA é separado por eletroforese; DNA é desnaturado Gel é colocado sobre mecha de esponja 1 2 3 3. O �ltro de ligação ao DNA, as toalhas de papel e o peso são colocados sobre o gel, o tampão atravessa a esponja por ação capilar, transferindo o fragmento de DNA ao �ltro. - Peso -Tolhas de papel -Gel - Mecha (esponja) -Tampão. 4. Após a desnaturação do DNA, o �ltro é colocado no saco selado termicamente com solução que contém a sonda marcada; a sonda hibridizada com as sequencias complementares 5. O �ltro é lavado para remover a sonda não ligada, depois é secado; o �lme de raio X é aplicado para a autorradiogra�a -Autorradiogra�a Coloque o �lme de raio x sobre o �ltro Autorradiogra�a: todos os marcadores de tamanho se mostram porque são radioativos; nas canaletas 2 e 3 somente as bandas que hibridizam com a sonda são visíveis Sonda radioativa 1 2 3 1 2 3 Descrição da Imagem: na figura, é representada uma série de figuras que demonstram as etapas para identificação de fragmentos específicos pela técnica de transferência de Southern. Representando a etapa 1 e a etapa 2, é mostrado o processo de eletroforese. Nele, o gel é aplicado nos fragmentos resultantes da ação da enzima de restrição e há outro gel (etapa 2) com os fragmentos em posições diferentes após a corrida. Na etapa 3, é evidenciada a técnica de Southern. Nela, é prensado e transfere os fragmentos para a membra- na de nitrocelulose. Na etapa 4, a membrana com os fragmentos transferidos é colocada em um saco plástico vedado contendo uma solução com a sonda radioativa. Na etapa 5, a membrana é lavada para retirar as sondas não ligadas e, posteriormente, são revelados os fragmentos específicos com traços, após colocar um filme de raio X sobre a membrana. Figura 5 - Identificação de fragmentos específicos pela técnica de transferência de Southern (Southern blot) / Fonte: Klug et al. (2010, p. 13). 64 UNICESUMAR Findada a identificação do gene de interesse pelas sondas, para prosseguir com um estudo detalhado da estrutura e da função desse gene, será necessária a cópia de grandes quantidades do gene individual purificado. Para isso, é disponível uma variedade de técnicas que permitem preparar grande número de moléculas de DNA idênticos. Um mecanismo muito utilizado é a inserção dos fragmentos do DNA de interesse em vetores de clonagem. Esses vetores serão capazes de replicar o DNA inserido. Segundo Nel- son e Cox (2014), são considerados três vetores populares de clonagem que utilizam a E. coli e leveduras: plasmídeos, cromossomos artificiais de bactérias e cromossomos artificiais de leveduras (Figura 6). A origem de uma sonda depende do que se conhece sobre o gene que está sendo investigado. Às vezes, pode ser utilizado um gene homólogo clonado de outra espécie, o qual permite cons- truir uma sonda adequada. Outro modo utilizado é purificar o produto proteico de um gene e criar sondas trabalhando de trás para frente, a partir da sequência de aminoácidos, deduzindo a sequência de DNA que o codificaria. Atualmente, os pesquisadores obtêm informações da sequência do DNA a partir das bases de dados de sequências que detalham a estrutura de milhões de genes de uma gama de organismos. Fonte: adaptado de Nelson e Cox (2014). Descrição da Imagem: a figura representa os vetores plasmidiais usados para clonar DNA, os quais são mostrados em amarelo por uma fotomicrografia eletrônica de coloração acentuada. Estão dispostas várias moléculas de plasmídeos circulares isoladas de E. coli. Figura 6 - Vetores plasmidiais / Fonte: Klug et al. (2010, p. 13). 65 UNIDADE 3 Os vetores, para os pesquisadores, seriam como o combustível de um carro, que faz o transporte. Por outro lado, o gene inserido, o carona, presente no interior do carro, utiliza o combustível para deslocamento. O gene que utiliza o combustível seria o metabolismo do vetor para se multiplicar. Os vetores de clonagem oferecem várias alternativas de estudo, dependendo do objetivo do pesquisador, que pode variar entre a identificação da sequência de nucleotídeos do DNA de interesse, a observação da expressão gênica para purificação de proteínas, os efeitos da mutação ou a criação de vários tipos de alterações genéticas (COX; DOUDNA; O´DONNELL, 2012). No início desta unidade, descrevi a importância de se estudar os genes envolvidos nos processos de divisão celular para melhor entender as ações das células cancerígenas, visto que, compreendendo a ação desses genes, seria possível desenvolver produtos ou técnicaspara inibir a divisão descontrolada que o gene pode estar envolvido. Diante disso, o intuito do uso do vetor é reproduzir várias cópias do gene e estudar os efeitos da mutação para, posteriormente, adequar-se e desenvolver algo que a venha agir de maneira a impedir o progresso da perpetuação da célula mutada. O plasmídeo, um dos vetores utilizados para reproduzir cópias do DNA de interesse, está presente no interior de bactérias. Trata-se de moléculas circulares de DNA bacteriano que se encontram fora do DNA cromossomal. Para as bactérias, as sequências de gene contidos nesse DNA plasmidial conferem a elas algumas funções, como a resistência a antibióticos. Outra possibilidade é elas apresentarem características que permitem a colonização de células hospedeiras sem serem prejudicadas. No laboratório, esses plasmídeos são modi- ficados a partir da retirada de porções desnecessárias de plasmídeos naturais, a fim de que sejam utilizados como vetores no interior de bactérias. Assim, toda vez que a bactéria se reproduzir, serão formadas novas cópias do DNA inserido no plasmídeo (COX; DOUDNA; O´DONNELL, 2012; NELSON; COX, 2014). Para prosseguir a cópia de segmentos gênicos específicos, como o gene de interesse iso- lado, é utilizada, primeiro, uma das enzimas já citadas, as endonucleases de restrição. Elas serão utilizadas para cortar tanto a sequência de DNA que será alvo da clonagem quanto o DNA plasmidial. Após submeter a digestão pela enzima de restrição, os DNAs citados são colocados em contato com outra enzima, o DNA ligase, que será o responsável por ligar os fragmentos cortados que se deseja clonar com as regiões dos espaços deixados pelos cortes feitos pela endonuclease no DNA plasmidial. Posteriormente, eles são transferidos do vetor recombinado para o interior de um hospedeiro, no caso, a bactéria (Figura 7). O processo de transferência é chamado de transformação. Ele pode ocorrer naturalmente quando as bactérias captam os plasmídeos modificados ou sinteticamente, quando tratados com cloreto de cálcio e choques térmicos ou pulsos de alta voltagem, os quais induzem a entrada do plasmídeo. No interior da bactéria, o plasmídeo alterado terá a maquinaria enzi- mática completa para fazer a replicação do DNA de interesse (Figura 7) (COX; DOUDNA; O´DONNELL, 2012; NELSON; COX, 2014; LODISH et al., 2014). 66 UNICESUMAR DNA hospedeiro 4 O DNA é introduzido na célula hospedeira 5 Vetor recombinante DNA Girase 3 2 Cromossomo eucariótico Os fragmentos de DNA de interesse é obtido pela clivagem dos cromossomos com uma endonuclease de restrição A propagação (clonagem) da célula transformada produz várias cópias do DNA recombinante. O vetor de clonagem é clivado pela endonuclease de restrição 1 Vetor de clonagem (plasmídeos) Os fragmentos são ligados aos vetores de clonagem preparados Descrição da Imagem: a figura representa as etapas de inserção do fragmento do DNA específico ao vetor plasmidial. Observa-se o vetor de clonagem (plasmídeo totalmente na cor amarela) e o cromossomo eucariótico (emaranhado de fios azuis com uma pequena extremidade em vermelho) com a sequência de interesse destacada em vermelho. Tanto o vetor de clonagem quanto o DNA eucariótico são tratados com a enzima de restrição. Posteriormente, a enzima DNA ligase associa o fragmento de interesse (fragmento vermelho) ao vetor plasmidial. Em seguida, o vetor recombinante (na cor amarela, com parte de um fragmento em vermelho) é inserido na célula hospedeira, neste caso, uma bactéria. É mostrada a propagação da célula bacteriana transformada replicando os vetores recombi- nantes inseridos. Figura 7 - Inserção do fragmento do DNA específico no vetor plasmidial / Fonte: Nelson e Cox (2019, p. 304). 67 UNIDADE 3 Depois de vários ciclos de reprodução é, então, feita a seleção das células hospedeiras que contêm o DNA recombinante. Essa seleção pode ser realizada a partir das características do próprio vetor, que carrega marcadores de seleção. Os marcadores são genes que se expressam quando submetidos às condições con- troladas. Portanto, as células que contêm o vetor são selecionadas nesse meio. Outra maneira de detectar os vetores modificados após sucessivas replicações é por meio do uso de sondas de hibridização. Essas sondas radioativas, depois de se ligarem ao DNA de interesse, são visualizadas na autorradiografia das colônias de bactérias marcadas (Figura 8) (NELSON; COX, 2014; COX; DOUDNA; O´DONNELL, 2012). Descrição da Imagem:trata-se de uma representação do processo de identificação das colônias de bactérias por meio de sondas que foram inseridas no fragmento de interesse. 1- Para a identificação dos fragmentos de interesse, é colocado um filtro (papel) sobre a placa de Petri contendo as bactérias (pontos representados em azul, dispersos no meio de cultura de cor laranja) que foram transfor- madas. 2- Após a transferência das colônias ao filtro, 3- Ele é colocado em um saco fechado, em que foi vertido o conteúdo de um tubo de ensaio contendo a solução com as sondas (uma solução laranja com pontos pequenos na cor azul) de hibridização. 4- Em seguida, o filtro é lavado para retirar as sondas não hibridizadas e é colocado sobre ele um filme de raio X para a autorradiografia. 5- Mostra-se uma colônia da placa original que reagiu positivamente com a sonda, fazendo a indicação com uma ponteira (um cabo alongado marrom com uma ponta fina azul). 6- Depois, é exposto um recipiente com um meio nutritivo (Erlenmeyer com solução nutritiva laranja em seu interior), em que é colocada a colônia que hibridiza com a sonda que será analisada. Figura 8 - Identificação das colônias de bactérias por sondas / Fonte: Klug et al. (2010, p. 13). 1. As colônias das bibliotecas são cobertas por �ltro de ligação ao DNA 2. As colônias são transferidas ao �ltro depois são lisadas, e o DNA é desnaturado 3. O �ltro é colocado em um saco selado termicamente, com uma solução que contém a sonda marcada; essa sonda é hibridizada com o DNA desnaturado das colônias 4. O �ltro é lavado para remover o excesso de sonda, depois secado; o �lme de raiox é colocado sobre o �ltro para a autorradiogra�a Filme 5. Usando a placa original, são selecionadas as células da colônia que hibridizou com a sonda 6. As células são transferidas a um meio nutritivo para multiplicação e posterior análise Hibridização da sonda com uma colônia da placa original é indicada por um ponto no �lme de raio X 68 UNICESUMAR Há alguns marcadores selecionáveis que são introduzidos no plasmídeo junto ao DNA a ser clonado. São chamados de marcadores de rastreamento e nada mais são do que um gene que codifica para uma proteína, que faz com que a célula produza uma molécula colorida ou fluorescente. Um tipo muito utilizado é o gene lacZ, introduzido ao plasmídeo junto ao DNA a ser clonado. A identificação se deve à expressão ou não. Quando não ocorre a inserção do DNA de interesse, o gene lacZ é ativo e produz ß- Galactosidase, que mostra as bactérias na colônia em uma coloração azul. No entanto, quando um DNA exógeno é inserido junto ao lacZ, ele perturba a ação de lacZ, que não produz ß- Galactosidade, permanecendo branca a cultura (Figura 9) (PIERCE, 2014). A B Sítio de policlonagem Gene lacZ Resistência à ampicilina 3´ 3´5´ 5´ Gene lacZ Gene lacZ Resistência à ampicilina 5´ 3´ DNA a ser clonado clivado com a mesma enzima de restrição Inserção de DNA causa a interrupção do gene lacZ Gene lacZ Gene lacZ Resistência à ampicilina Plasmídeo recombinante não pode metabolizar Xgal e formará colônia branca Corte no sítio de policlonagem com enzima de restrição Gene lacZ intacto do plasmídeo pUC18 pode metabolizar Xgal e formará colônia azul Descrição da Imagem: trata-se de uma representação do vetor plasmidial pUC18 com um marcador selecionável lacZ. Na Figura 9 (a), temos três vetores. À esquerda, temos um vetor plasmídeo azul com dois fragmentos na cor roxa,um representando a parte do gene que proporciona a resistência à ampicilina, e outra parte indicando o gene lacZ. Ele não é não associado com o fragmento de interesse. Dessa forma, o lacZ ficou intacto e formará colônia de bactérias com a coloração azul. O plasmídeo representado no centro demonstra o local do gene lacZ (uma parte do fragmento roxo retirado), que corresponde ao corte da enzima de restrição e, consequentemente, à área que se ligará ao fragmento específico (na cor laranja e cortado com a mesma enzima de restrição). O plasmídeo da extremidade direita (com a cor azul, mesclando duas regiões na cor roxa), mostra o fragmento de interesse ligado ao lacZ, o que causa a interrupção, impedindo o plasmídeo de metabolizar o composto Xgal. Isso desencadeia a cor azul. Dessa forma, as colônias, com o fragmento, são vistas com a coloração branca. Na Figura 9 (b), há uma placa de Petri com as colônias bacterianas azul e branca (representadas por pontos em um meio de cultura transparente opaca), ou seja, sem e com o fragmento de interesse, respectivamente. Figura 9 (a) – Três vetores; (b) - Placa de Petri com as colônias bacterianas / Fonte: Klug et al. (2010, p. 13). 69 UNIDADE 3 Os plasmídeos não são os únicos vetores de clonagem. Outros, como os vírus que atacam bactérias, chamados de bacteriofágos, também são frequentemente utilizados, assim como cromossomos bacterianos artificiais (BACs) e cromossomos artificiais de leve- duras (YACs). Tais vetores apresentam uma característica muito importante não encontrada nos plasmídeos de bactérias, que é a capacidade de clonar segmentos muito longos de DNA. Essa característica é vista como uma das limitações dos plas- mídeos, que podem carregar apenas DNA com menos de 15Kb de tamanho, sendo instáveis quando introduzidos tamanhos maiores (Figura 10) (PIERCE, 2013; NELSON; COX, 2014). Além disso, o DNA clonado em YAC pode ser alterado para se estudar a função de sequências especializadas no metabolismo dos cromossomos, os mecanismos de regulação e expressão gênica e outros problemas da biologia eucariótica (COX; DOUDNA; O´DONNELL, 2012). 70 UNICESUMAR Sítio de clonagem (com lacZ) Genes par de plasmídeo F CmR Vetor BAC Ori Endonuclease de restrição Grande fragmento de DNA exógeno com extremidade coesivas apropriadas DNA-ligase BAC recombinante Eletroporação As colônias contendo BAC recombinantes são brancas Ágar contendo clorofenicol e substrato para β- galactose Seleção de células resistentes a clorofenicol Gene lacZ (vermelho) interrompido; nenhuma �-galactosidade produzida Descrição da Imagem: a figura representa o processo de recombinação de um grande fragmento que pode ser inserido em vetores artificiais de bactérias (BAC). É mostrado que o vetor BAC contém o sítio de clonagem com lacZ (plasmídeo colorido com diferentes cores, em que parte é a sequência lacZ, representada por um fragmento vermelho) e, após ser submetido ao tratamento com a enzima de restrição e DNA ligase, é possível fazer a associação desse grande fragmento de DNA (fita azul com as extremidades na cor verme- lha, representando a parte que se ligará ao vetor) a ele. Em seguida, há uma bactéria com o vetor recombinante (plasmídeo em cinza contendo o fragmento azul com as pontas vermelhas inseridas) no interior, conseguido pelo processo de eletroporação. Por último, é representada uma placa de Petri com solução nutritiva (cor laranja) e as colônias (pontos) que se associaram ao fragmento (pontos na cor branca) e que não se associaram (pontos na cor azul). Figura 10 - Vetor de clonagem do tipo BAC / Fonte: Nelson e Cox (2019, p. 309). 71 UNIDADE 3 As ferramentas apresentadas são as bases para a expansão de outras metodologias da biologia molecular que ajudam a entender e a encontrar modos de interferir nos problemas que anseiam a humanidade. Aos poucos, são publicadas, por pesquisadores de todo o mundo, ferramentas que têm a capacidade de alterar o material genético para condições desejáveis ou desenvolver medicamentos que inativam ou impedem a ação de genes não favoráveis. O intuito é desenvolver algum produto ou técnica capaz de alterar as células cancerígenas. Emilly Mullin (2019), em uma reportagem concedida à revista One Zero, explica que a grande maio- ria dos medicamentos existentes são para tratar apenas os sintomas da doença, e não a causa. Assim, apresenta uma tecnologia que vai muito além do simples tratamento de doenças e mostra uma técnica capaz de editar genes, o que permite que os cientistas ajustem o DNA e promovam curas definitivas em um futuro não muito distante. A técnica descrita na reportagem se refere ao CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Pa- lindromic Repeats), uma poderosa ferramenta de edição de genes que pode revolucionar a medicina. O primeiro estudo publicado sobre o CRISPR foi em 2013. Nele, cientistas apresentaram a capacidade da técnica de cortar e colar o DNA em células humanas vivas in vitro em um laboratório (Figura 11). Atualmente, algumas empresas de biotecnologia dos Estados Unidos, Alemanha e China estão testando essa ideia em pacientes humanos. Muitas possibilidades foram trazidas com o avanço das tecnologias desenvolvidas da biologia molecular. Uma reportagem publicada pela revista Superinteressante em março de 2020 mostra um novo exame de sangue que pode detectar até 50 tipos de câncer. Para acessar, use seu leitor de QR Code. https://apigame.unicesumar.edu.br/qrcode/10920 72 UNICESUMAR De forma geral, o maior benefício do CRISPR é a possibilidade de retirar fragmentos errados do DNA ou alterar os genes não funcionais ou com problemas de expressão. Há relatos de que, nos primeiros testes dessa técnica, os profissionais buscaram trocar genes não funcionais por novos. No entanto, na prática, sabe-se que é uma tarefa minuciosa e, provavelmente, só será validada após serem feitos testes em animais. enzima Cas9 RNA guia CLIVAGEM Fita de DNA CLIVAGEM reparação inserção Descrição da Imagem: a imagem representa a técnica de CRISPR. Nela, são feitos cortes (indicados por duas setas na cor rosa) em regiões específicas do DNA (dupla fita de DNA representado pela cor azul na direção horizontal) e a inserção de sequências de interes- se. O RNA guia (representado pela cor laranja) se associa à fita dupla de DNA (dupla fita na cor azul) juntamente com a enzima Cas9 (estrutura em cinza que recobre toda a parte do DNA a ser clivado juntamente com o RNA guia). A enzima (Cas9), direcionada pelo RNA guia, provoca o corte (duas setas rosas) em uma parte específica da dupla fita de DNA. Em seguida, é mostrado o DNA (dupla fita azul na direção horizontal) cortado e separadas as duplas fitas. Logo abaixo, está representado o DNA reparado e inserido o gene de interesse em verde. Figura 11 - Técnica de CRISPR 73 UNIDADE 3 Outra técnica proveniente das bases da biologia molecular é o desenvolvimento de vacinas que agem diretamente no DNA, também conhecidas como vacinas gênicas. São fragmentos, normalmente, uma proteína de microorganismo, que desencadeia, no organismo humano, a resposta imunológica prote- tora. Nesse caso, o indivíduo não recebe a vacina pronta, mas apenas a mensagem de produção. Assim, o próprio DNA passa a produzir a vacina no organismo. O imunoterápico de DNA está sendo usado em um estudo clínico com pacientes acometidos pelos cânceres de cabeça e de pescoço, e tem apre- sentado respostas contra determinadas infecções e alguns tipos de tumores (VASCONCELOS, 2006). Para o sucesso da terapia de ambas as técnicas apresentadas, é essencial a produção do material genético. Em relação ao CRISPR, é necessário produzir um RNA guia que se ligará ao DNA de forma complementar e, junto a ele, uma proteína que auxiliará na quebra das fitas de DNA para, então, pos- teriormente, ligar o gene funcional correto. No que diz respeito à imunoterapia de DNA, é essencial a produção da proteína recombinante com grau de pureza que atenda às exigênciasdos órgãos regula- dores. Para desenvolver esses processos, são importantes as técnicas básicas da biologia molecular e o conhecimento do funcionamento das endonucleases de restrição, das enzimas de ligação, da revelação, da transferência, da identificação de fragmentos específicos e da amplificação. As técnicas da biologia molecular abriram espaço para o estudo e o desenvolvimento de outras metodologias. Uma delas é o CRISPR, técnica capaz de modificar o funcionamento do DNA, pois, por meio dela, é possível editá-lo. Acompanhe o vídeo disposto no QR Code a seguir para conhecer como essa técnica surgiu e as possibilidades que ela poderá trazer para o futuro. Para acessar, use seu leitor de QR Code. https://apigame.unicesumar.edu.br/qrcode/10921 74 UNICESUMAR As tecnologias da biologia molecular apresentadas nesta unidade representam uma das ferramentas de maior potencial para a realização de pesquisas na área médica, tanto em nível clínico quanto epidemio- lógico, e para a possibilidade de aplicação dessas ferramentas na investigação, identificação, prevenção e alteração da manifestação de um número amplo de doenças. Em consequência, um grande interesse é despertado nessa área e é observado um número cada vez maior de profissionais da área de saúde motivados em aprofundar os conhecimentos e produção científica. Provavelmente, você terá a oportunidade de fazer parte dessa busca do melhoramento da vida humana com o uso das técnicas de biologia molecular e terá condições de iniciar a sua interpretação a partir daqui. Com os conhecimentos adquiridos nesta unidade, você será capaz de entender que os princípios da biologia molecular te auxiliarão na trajetória, a fim de encontrar uma possibilidade de cura para doenças. Apesar de saber que ainda não há uma resposta definitiva para muitas pesquisas diante dos vários testes realizados, uma vez que muitas questões éticas devem ser levadas em conside- ração, o importante, neste primeiro momento, é entender que existem maneiras de fazer investigação. Apesar das questões éticas envolvidas, toda vez que uma nova téc- nica da biologia molecular é utilizada para transformar, criar ou con- sertar moléculas, vários benefícios trazidos com o uso são marcados ao longo dos anos e modificam vidas, preservando e oferecendo condições melhores. Vários exemplos já foram citados no decorrer desta unidade, como as vacinas, os remédios, as plantas e os ani- mais. No podcast desta unidade, você conhecerá a primeira droga do mundo fabricada a partir da tecnologia do DNA recombinante. Aperte o play que a história vai começar! https://apigame.unicesumar.edu.br/qrcode/9063 75 Vamos sintetizar o que você aprendeu nesta unidade? A seguir, é representado um mapa conceitual dos principais tópicos abordados sobre a tecnologia de manipulação do DNA. Siga as informações descritas em cada um dos balões e preencha os que estão vazios com a descrição correta. Componentes comerciais provindos do auxilio das ferramentas da biologia molecular; Ferramenta promissora para edição de genes; O gel é pressionado sob um membrana de nitrocelulose, faz-se a desnaturação do DNA e a membrana é colocada em contato com a sonda; Técnica de visualização dos fragmentos de acordo com seu tamanho; TECNOLOGIA DA MANIPULAÇÃO DO DNA Fragmentos menores se locomovem mais rápido que os maiores; Identi�cação de fragmentos especí�cos por sondas. Enzima que corta sequências especí�cas de DNA; É uma defesa contra vírus para as Bactérias; Ligam sequências de DNA especí�cas em Vetores; Tipos de vetores de ampli�cação de DNA; Multiplicam sequências de interesse 76 1. As tecnologias para manipular o DNA são aplicadas na biologia para a produção de novas técnicas, materiais e compostos de uso farmacêutico, médico e agrícola, por exemplo. Em relação às tecnologias para manipular o DNA, assinale a alternativa correta: a) A tecnologia de manipulação do DNA se baseia na troca de pedaços de genes entre organismos de mesma espécie, formando um ser recombinante. b) Todos os vetores utilizados para amplificação de DNA de interesse são capazes de carregar sequências de tamanhos variados. c) As enzimas de restrição são especializadas em cortar fragmentos de DNA em sítios aleatórios da molécula. d) Dependendo do tipo, as enzimas de restrição podem efetuar dois tipos de cortes. Quando o corte é efetuado de forma simétrica entre a dupla fita de DNA, não deixa pares de bases não pareados nas extremidades, formando pontas robustas ou ex- tremidades cegas. e) Plasmídeos são moléculas circulares de DNA com função desconhecida, presentes no material genético de algumas bactérias. 77 2. A biologia molecular é a área da ciência que envolve o estudo e a manipulação das moléculas que constituem o material genético dos organismos. Os avanços desse estudo se iniciaram após o auge da identificação da estrutura e da função do ácido desoxirribonucléico (DNA). Em relação às ferramentas de manipulação do material genético, associe corretamente as colunas a seguir: Coluna I a) Enzima de restrição b) Plasmídio c) Vetor d) Eletroforese Coluna II ) ( Tem propriedade de cortar o DNA em pontos específicos. Foi identificada pela primeira vez em células bacterianas, tendo como papel biológico natural protegê-las contra os vírus. ) ( Moléculas circulares duplas de DNA capazes de se reproduzir independentemente do DNA cromossômico. Ocorrem geralmente em bactérias. ) ( Técnica usada para separar fragmentos de DNA de acordo com o tamanho. As amos- tras de DNA são submetidas a uma corrente elétrica, separando fragmentos DNA que se movem na direção do eletrodo positivo. ) ( Organismos que têm as condições necessárias para clonagem molecular das molécu- las de DNA. São capazes de formar centenas de cópias da informação genética que neles foi inserida. Diferem-se quanto ao tamanho de fragmentos que podem replicar. Assinale a sequência correta: a) A-C-D-B. b) C-A-D-B. c) B-C-D-A. d) D-A-B-C. e) A-B-D-C. 78 3. Em um experimento, um pesquisador deseja isolar dois fragmentos de interesse de igual tamanho, correspondente a um gene identificado por ele por A e a. Para isso, ele utilizou uma enzima de restrição capaz de clivar (cortar) o segmento de DNA que corres- ponde ao gene A em duas partes de diferentes tamanhos, medidos em pares de bases (pb). Todavia, a mesma enzima não foi capaz de clivar o segmento de DNA do gene a. Ele utilizou células de três indivíduos (1, 2 e 3) e obteve o trecho de DNA que corres- ponde ao gene citado. Tais sequências foram misturadas com a enzima de restrição e, após o procedimento, o material foi submetido a uma eletroforese em gel de agarose. O resultado da digestão revelado pela eletroforese é representado no esquema a seguir. As faixas claras horizontais representam o tamanho dos fragmentos do DNA obtido. Com base nos resultados, analise as afirmativas a seguir: I) Provavelmente o indivíduo 01 tem apenas o gene a, visto que é mais pesado e se localiza no gel na extremidade próxima do polo negativo. II) O indivíduo 02 possui duas cópias do gene a. III) O indivíduo 03 possui um gene a e um gene A. IV) O indivíduo 03 possui um gene a, clivado, posicionado entre os pesos de 400pb e 300pb, e um alelo A com aproximadamente 700pb. V) O gene A, quando clivado, origina dois fragmentos com cerca de 700pb. VI) O gene A, após ser clivado, possui um tamanho de, aproximadamente, 400pb e 300pb. VII) Os fragmentos maiores do gene A ficam mais próximos do pólo positivo. É correto o que se afirma em: a) I, II, III, IV, VI e VII. b) I, II, V e VII. c) I, II, III, IV e VI. d) III, IV, V e VII. e) I, III e VI. 79 4. Os marcadores moleculares são utilizados para detecção da localização e identificação de compostos orgânicos, tais como ácidos nucleicos e proteínas. O uso deles permite o monitoramento de processos biológicos. Em geral, são produzidos laboratorialmente e amplamente utilizados empesquisas da área da biologia molecular. Sobre os marcadores moleculares utilizados para rastrear informações de interesse, assinale a alternativa correta: a) Um marcador de rastreabilidade utilizado na técnica de Southern blot são as sondas. Elas são constituídas por duas estruturas: uma biologicamente ativa, responsável por se ligar a uma molécula de interesse, e outra porção contendo um grupo funcional fluorescente responsável pela emissão luminosa. b) As sondas se referem a um fragmento de RNA de cadeia dupla que é muito utilizado como marcador de rastreabilidade usado na técnica de Southern blot. c) As sondas se referem a um fragmento de DNA de cadeia dupla que é muito utilizado como um marcador de rastreabilidade na identificação de bactérias transformadas. d) O LacZ é uma sonda de rastreabilidade que emite coloração azul quando é detectada a associação do gene de interesse. e) Um marcador de rastreabilidade utilizado em culturas de bactérias transformadas é o Southern blot, que representa as sondas que contêm uma porção fluorescente, responsável pela emissão luminosa. 80 5. A empresa Editas Medicine, em parceira com a farmacêutica Allergan, anunciou, em julho de 2019, que, em breve, testarão o CRISPR em pacientes com uma forma heredi- tária de cegueira chamada “amaurose congênita de Leber”, um tipo de perda de visão que começa na primeira infância. Essa enfermidade se deve a uma mutação no gene CEP290, que faz com que os fotorreceptores (células sensoriais à luz e que possibilitam a visão) se deteriorem com o tempo. MULLIN, E. Scientists are using CRISPR in attempts to restore vision, cure blood disor- ders, and more. OneZero, 2 ago. 2019. Disponível em: https://onezero.medium.com/ scientists-are-using-crispr-in-attempts-to-restore-vision-cure-blood-disorders-and-mo- re-860e4be91fd9. Acesso em: 19 nov. 2021. Considerando as informações apresentadas, avalie as asserções a seguir e a relação proposta entre elas: Acredita-se que técnica de CRISPR reparará os fotorreceptores restantes e restaurará a visão. PORQUE É uma ferramenta capaz de fazer a edição de genes, cortando os fotorreceptores res- tantes e substituindo por novos, sem a mutação. Assinale a alternativa correta: a) As duas asserções são proposições verdadeiras, e a segunda é uma justificativa correta da primeira. b) As duas asserções são proposições verdadeiras, mas a segunda não é uma justificativa correta da primeira. c) A primeira asserção é uma proposição verdadeira, e a segunda, uma proposição falsa. d) A primeira asserção é uma proposição falsa, e a segunda, uma proposição verdadeira. e) Tanto a primeira quanto a segunda asserção são proposições falsas. https://onezero.medium.com/scientists-are-using-crispr-in-attempts-to-restore-vision-cure-blood-disorders-and-more-860e4be91fd9 https://onezero.medium.com/scientists-are-using-crispr-in-attempts-to-restore-vision-cure-blood-disorders-and-more-860e4be91fd9 https://onezero.medium.com/scientists-are-using-crispr-in-attempts-to-restore-vision-cure-blood-disorders-and-more-860e4be91fd9 https://onezero.medium.com/scientists-are-using-crispr-in-attempts-to-restore-vision-cure-blood-disorders-and-more-860e4be91fd9 4 Nesta unidade, você terá a oportunidade de conhecer mais uma metodologia da biologia molecular. Ela é capaz de amplificar as se- quências gênicas de interesse. Trata-se da PCR (reação em cadeia de polimerase). Assim, você compreenderá como a PCR é desenvolvida, entenderá as vantagens e as desvantagens dela, além dos tipos de variações da PCR e as aplicações nas análises forenses. Reação em cadeia da polimerase e suas aplicações Dra. Ana Luisa Monezi Lucena 82 UNICESUMAR Em 26 de fevereiro de 2020, foi registrado o primeiro caso de Covid-19 em território nacional. O registro foi de um homem de 61 anos que mora no estado de São Paulo. No entanto, na ocasião, foi informado que ele havia estado na Itália, país no qual já tinham sido identificados mais de 100 casos do vírus (SARS- CoV-2). Passados dez meses do primeiro infectado no Brasil, além de muitos afetados, foi encontrada uma nova variante do vírus, a chamada B.1.1.7, já identificada em mais de 17 países e considerada 56% mais contagiosa. Você já pensou na forma como é detectado o vírus da Covid-19? Será que os testes disponíveis são eficazes para a verificação da nova variante? Será que existe alguma tecnologia da biologia molecular considerada padrão-ouro para o diagnóstico da Covid-19? Nesta unidade, você compreenderá algumas tecnologias da biologia molecular e as aplicabilidades delas. Segundo a Associação Brasileira de Medicina Diagnóstica (ABRAMED), devido ao aumento de casos da Covid-19 e das mortes, a procura por testes para detectar o vírus na rede particular de saúde, no Brasil, tem aumentado continuamente desde dezembro de 2020 (MEDICINA..., 2021). De acordo com especialistas, a procura pelos testes foi alta devido aos avanços dos casos e das festas de fim de ano e feriados nacionais. Renata Pires (2020) relata a importância da busca por testes, tendo em vista vez que, no momento, a pandemia deflagrada pela Covid-19 continua avançando no Brasil e no mundo. Assim, o diagnóstico preciso e correto é fundamental para propor quaisquer medidas relacionadas à prevenção e ao prognóstico da infecção. Além do mais, a Organização Mundial da Saúde (OMS, 2021, on-line)¹ orienta a relevância da realização em larga escala de exames, combinado com o isolamento social. Esse é o caminho ideal para proteger a população da pandemia, evitando, assim, a disseminação em massa da doença. Diante das informações citadas e que estão vinculadas ao nosso cotidiano e ao profissional biomé- dico, é importante que você, enquanto futuro(a) profissional, compreenda como é feita a detecção de doenças a partir do uso das técnicas de biologia molecular, já que é fundamental para o crescimento da sua qualidade profissional. Essas metodologias são rotineiramente utilizadas em laboratórios que, futuramente, poderão ser o seu ambiente de trabalho. De acordo com Ministério da Saúde, em março de 2021, o Brasil bateu o recorde de mortes por Covid-19, situando, no ranking mundial, o segundo lugar com mais mortes, atrás apenas dos Estados Unidos (511 mil óbitos). Informações como essa mostram a importância que deve ser dada ao uso das metodologias desenvolvidas pela biologia molecular, para que haja a identificação de doenças em estágios iniciais, como a Covid-19. Partindo desse princípio, faça uma breve pesquisa em alguma revista de circulação on-line, tais como G1, Veja, Exame e Uol, sobre os exames de detecção mais utilizados para a identificação de vírus, como a Covid-19. Relacione os métodos e os diferencie quanto ao tempo de espera do resultado, ao tipo de coleta e à confiabilidade dos resultados. Organize e anote todos os seus resultados no diário de bordo. Haja vista que o grande número de doenças é causado por seres microscópicos, podemos considerar que foi extraordinária a contribuição dos estudos da biologia molecular, posto que é capaz de detectar a nível molecular os fatores causadores de doença. Antes do advento dessa ciência, muitas vezes, eram apenas estudados, por meio de observações macroscópicas, os sintomas e o progresso da enfermidade. 83 UNIDADE 4 As metodologias da biologia molecular, tal como a PCR e a reação da transcriptase reversa, seguida pela reação em cadeia da polimerase (RT-PCR, do inglês, Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction), utilizadas para detectar um vírus, carregam variações devido ao tipo de ácido nucleico a ser analisado, dado que há vírus com DNA e outros com RNA. Atualmente, essas metodologias permitem não só a verificação da presença de um vírus em um corpo, mas também de outras doenças causadas por outros organismos. Além disso, ajudam no estudo de testes de medicamentos, resquícios de DNA deixados na cena de crime ou de DNAs de restos fósseis para exploração da evolução. Como aspectos fundamentaispara a reflexão da abordagem desta unidade, encontram-se: • A importância da identificação da circulação de doenças na população. • A aplicabilidade da biologia molecular na identificação de doenças e outras abordagens eficazes. Em outro momento deste livro, falamos que a molécula de DNA, detentora da informação gené- tica, é capaz de fazer cópias de si mesma. O mecanismo de replicação responsável por essa ação também está envolvido na produção de RNA, por meio do processo chamado de “transcrição”. O RNA formado proporciona a tradução da informação genética, o que, na maioria das vezes, resulta na formação de proteínas. DIÁRIO DE BORDO 84 UNICESUMAR Esses processos ocorrem de forma natural no interior das células, ou seja, no momento em que há a necessidade de formar células, o DNA se replica e, no instante que precisa de certa proteína, a trans- crição do RNA específico começa. Em detrimento do avanço da tecnologia da biologia molecular, hoje, é possível providenciar o desenvolvimento desses eventos in vitro. Evidenciaremos, nesta unidade, um desses processos, o da replicação, que pode ser feito por intermédio do uso da técnica de PCR (reação em cadeia de polimerase), também conhecida como a técnica de amplificação da sequência de DNA ou reação em cadeia da polimerase. A replicação de um material genético de forma artificial teve início com a utilização dos plasmídeos de bactérias e, posteriormente, foram desenvolvidos outros vetores para esse ofício. No decorrer dos anos, as técnicas utilizadas para manipular os plasmídeos de bactérias foram sendo aplicadas artificialmente no próprio laboratório, em conjunto com o uso das enzimas envolvidas no processo de replicação do DNA. O objetivo era formar moléculas de ácidos nucleicos in vitro. Apesar de ainda ser usada a técnica de clonagem de DNA com o uso de plasmídeos, hoje, a inovação dos estudos permitiu o surgimento da técnica de PCR. A PCR (reação em cadeia de polimerase) foi desenvolvida em abril de 1983 por Kary Mullis. A técnica de PCR teve o primeiro relato em 1985, em um artigo na revista Science. Ela foi descrita como uma nova tecnologia para a detecção da mutação da hemoglobina que causa a anemia falciforme. A PCR permite que os fragmentos de DNA sejam amplificados um bilhão de vezes em poucas horas e é caracterizada como uma técnica rápida, totalmente automatizada e sem a necessidade de uso de células (COX; DOUDNA; O´DONNELL, 2012; BORGES-OSÓRIO; ROBINSON, 2013). Para iniciar uma PCR, é necessário ter a molécula de DNA que se deseja amplificar, ou seja, fazer cópias. Dessa forma, é válido lembrar que, para se obter a molécula de DNA, é preciso extraí-la do interior da célula, obtendo-a de maneira íntegra e pura, a fim de garantir um bom resultado da PCR. Por que amplificar o DNA in vitro? De forma natural, a replicação ocorre no interior da célula toda vez que uma nova célula se formará. Um exemplo é a renovação das células bucais e intestinais, que ocorre diariamente. Uma replicação ainda pode acontecer apenas por um período da vida, como na formação das células nervosas e musculares, ou, ainda, ser induzida por lesões, como no caso de traumas em determinados tecidos. Todavia, de forma manual, fora da célula, a metodologia de replicar parte do material genético é bastante corriqueira para estudos voltados à funcionalidade de certos genes, à multiplicação de genes que são encontrados em pequenas quantidades na cena de um crime ou à utilização desses genes para fabricação de medicamentos e vacinas. O fato é que conseguir multiplicar in vitro uma pequena amostra de DNA em milhões delas em pouco tempo facilita muito a resolução de vários problemas, principalmente na área forense. 85 UNIDADE 4 Atualmente, para se fazer a extração de DNA, estão disponíveis vários kits e é escolhido aquele que se adequa ao objetivo a ser buscado, como para fins diagnósticos ou para a prática de PCR (CONHEÇA..., 2018). No entanto, de forma geral, a extração de DNA inclui duas fases muito importantes: a de lise ou quebra da membrana celular para liberação do DNA e, posteriormente, a purificação. De posse do material do qual se deseja extrair o DNA, o primeiro passo é fazer a quebra (lise) das mem- branas da célula. Para isso, são usados detergentes (N-LauroilSarcosino ou o Sodium Dodecyl-Sulphate -SDS) ou outros métodos, como altas concentrações de glicose para bactérias ou nitrogênio líquido para a quebra das paredes celulares em amostra de vegetais. Durante esse processo, acontece a degradação dos com- ponentes considerados contaminantes, incluindo proteínas, lipídeos e carboidratos que estejam nas células. Dessa forma, é adicionada uma solução-tampão que contém enzimas que degradam esses contami- nantes e garantem a liberação da molécula do ácido nucleico. Após a lise, o material é submetido a altas concentrações de sais (tiocianato de guanidina ou a guanidina-HCl), as quais inibem a formação de duplas-fitas e impedem que o DNA (ou RNA) fique preso em restos celulares. No caso das partículas virais, a etapa de lise não ocorre: os compostos de guanidina são suficientemente eficazes na quebra dos capsídeos (VIEIRA, [2021]). Após a fragmentação do material, é preciso acrescentar uma solução de fenol, solvente orgânico que não se mistura à água, mas é altamente solúvel em moléculas orgânicas, como o DNA e o RNA. Essa mistura é submetida a centrifugação, na qual são obtidas, pelo menos, duas fases: uma aquosa e outra fenólica. A fase fenólica contém o DNA; a aquosa, após a centrifugação, carrega o RNA. Assim, o material de interesse pode ser separado (VIEIRA, [2021]). O processo é finalizado com a purificação do material. Para isso, é feita a lavagem e a precipitação dele. Para a lavagem, é utilizado o isopropanol para a recuperação de RNA. Ainda é recomendada incubação durante a noite a -20º C para otimizar a precipitação. Em relação ao DNA, é feita a centri- fugação por alguns minutos. Descarta-se o isopropanol e é adicionado etanol, preferencialmente, 70% e gelado, com a função de precipitar totalmente as cadeias de ácido nucléico durante a centrifugação. Após a centrifugação, é possível visualizar, no tubo, um pellet, o qual varia do transparente ao branco. Em seguida, é retirado o etanol e o tubo contendo o DNA é levado para a secagem em temperatura ambiente. Finalizada a secagem, é adicionado um tampão (TE- tris+ EDTA) para ressuspensão, o que permite que o material seja armazenado em freezer por - 20º C por meses ou até anos (VIEIRA, [2021]). Para ilustrar como ocorre a extração do DNA e entender melhor como os componentes utilizados atuam no processo, acesse o QR Code a seguir e compreenda como é feita, na prática, a extração de DNA de leucócitos. Para acessar, use seu leitor de QR Code. https://apigame.unicesumar.edu.br/qrcode/10922 86 UNICESUMAR A obtenção de ácidos nucleicos de alta qualidade é essencial, visto que promove o sucesso das etapas seguintes da PCR. Existem diferentes tipos de reação que se adequam de acordo com o material a ser utilizado para a extração, as características quanto à concentração de reagentes e as condições de temperatura. Em PCR, essa escolha é decisiva, visto que a sensibilidade de detecção é diferente e a demora, em algumas etapas, pode aumentar a probabilidade de falha devido à manipulação, alterando o resultado final (CONHEÇA..., 2018; VIEIRA, [2021]). Finalizada a extração do DNA, inicia-se a condução voltada à técnica de PCR. Contu- do, é sabível que a PCR é um processo artificial de replicação do DNA, já que é dirigida por um sistema automatizado. A partir disso, pode emergir a seguinte dúvida: como é possível reproduzir o ambiente celular e as reações fisiológicas dele em sistema automa- tizado? Para esse processo, são disponibilizados alguns componentes da técnica de PCR, tais como (BORGES-OSÓRIO; ROBINSON, 2013): • Solução-tampão para garantir o pH e concentrações iônicas adequados à reação. • Deoxinucleosídeos trifosfatos(dATP, dGTP, dCTP, dTTP). • Enzimas, como a Taq-polimerase (DNA polimerase), que adicionará os nucleo- tídeos na formação da fita. • Um molde de DNA. • Fita simples, para que uma cópia de fita de DNA seja feita. • Iniciadores (primers). A partir deles, novos nucleotídeos serão adicionados. • Artifícios de variação de temperatura que o termociclador fará e que o organismo realiza naturalmente em condições fisiológicas. A PCR utiliza um DNA polimerase termoestável, a denominada Taq polimerase (derivada de uma bactéria, a Thermus aquaticus), que permanece ativa a cada reaquecimento e não precisa ser reposta (NELSON; COX, 2019). O DNA conduzido para o processo de PCR percorre três etapas principais, o que pode ser visualizado na Figura 1. Na etapa 1, o DNA isolado, contendo o segmento a ser amplificado, é submetido a uma desnaturação quando é exposto a um aumento da temperatura, resultando na separação de fitas. Em seguida, é submetido a um resfriamento e são adicionados dois oligonucleotídeos (primers) em excesso, que se ligam aos segmentos das extremidades do DNA a ser amplificado. Na etapa 2, ocorre a hibridização dos oligonucleotídeos iniciadores. As extremidades 3’ são orientadas uma em direção a outra, para iniciar a síntese do segmento do DNA desejado. Já na etapa 3, os quatros desoxinucleotídeos trifosfato (contendo o grupamento fosfato, açúcar e uma das bases nitrogenadas- A, T, C e G) são adicionados e o segmento de DNA selecionado pelos iniciadores é replicado de modo seletivo (NELSON; COX, 2019). 87 UNIDADE 4 Os processos de aquecimento, resfriamento e replicação são repetidos 25 a 30 vezes em al- gumas horas de forma automá- tica, amplificando os segmentos de DNA entre os iniciadores (NELSON; COX, 2019). Com o tempo, o processo de automatização da PCR foi se desenvolvendo e gerando os termocicladores, os quais substituíram a realização ma- nual dos ciclos de temperatura. Isso exigia que os tubos fossem submetidos a banhos-maria de temperaturas diferentes. Em 1989, o DNA Thermal Cycler apareceu como o primeiro ter- Ciclo 1 Ciclo 2 5’ 5’3’ 5’ 5’ 3’ 5’3’ 5’3’ 5’ 5’ 5’ 5’ 5’ 3’ 3’ 3’ 3’ 5’3’ 5’3’ 5’3’ 5’3’ 5’3’ 3’ 5’ 3’ 3’ 3’ 5’ 5’ 3’ 5’ 3’ 5’ 3’ 5’ 5’ 3’ 5’ 3’ 5’ 3’ 5’ 3’ 5’ 3’ 5’ 3’ 3’ 3’ 25 ciclos aumentam as cópias de DNA em > 106 DNA a ser ampli�cado Passo 1 desnaturar o DNA Passo 2 anelar os iniciadores Passo 3 estender os iniciadores (O produto do primeiro ciclo dobra o número de moléculas de DNA) Passos 1 e 2 Desnaturar e anelar novos iniciadores Passo 3 Estender os iniciadores (O produto do segundo ciclo são quatro novas moléculas de DNA) Iniciadores + Descrição da Imagem: a figura re- presenta a sequência de etapas que ocorre para amplificar a amostra de DNA. Na parte superior da imagem, é apresentado o fragmento do DNA fita dupla (forma de uma escada deitada) que será amplificado. Na sequência, representando o passo 1, temos a desnaturação do DNA (es- cada deitada e separada ao meio de cada degrau) quando submetida ao aumento da temperatura. O passo 2 mostra as fitas de DNA desnatura- das e o anelamento dos primers ou iniciadores (são adicionadas partes (primers) que completam a extremi- dade de cada degrau da escada que foi separada). No passo 3, para ter- minar o primeiro ciclo, temos a de- monstração da extensão da fita, ou seja, a formação da nova fita sobre a fita molde (neste momento, cada degrau da escada se refaz, ação do DNA polimerase). Logo abaixo, temos uma continuação, com a re- petição de todo o processo nos três passos (ciclo 2), com a obtenção de um total de quatro novas moléculas de DNA. Após 25 ciclos, é descrito que as cópias de DNA são maiores que 10. Figura 1 - Representação do processo de PCR convencional / Fonte: adaptada de Klug et al. (2010). 88 UNICESUMAR mociclador automático. Os termocicladores, em sua maioria, funcionam com o mes- mo princípio: aquecimento por resistências elétricas e refrigeração com ventoinhas e tubulações em serpentina preenchidas por etileno glicol. Além disso, os sistemas de contagem de tempo foram aplicados, a fim de aumentar a confiabilidade das rea- ções. Em meados dos anos 90, surgiu o padrão Peltier, cujo bloco de aquecimento é composto por uma liga metálica que aquece ou resfria de acordo com o sentido da corrente elétrica aplicada (VIEIRA, [2021]). Os iniciadores chamados primers são os elementos fundamentais para iniciar o processo de amplificação via PCR. O papel deles é o de se associar às regiões com- plementares do DNA que há interesse em copiar. De acordo com Cox, Doudna e O´Donnell (2012), por meio do desenho cuidadoso dos primers utilizados na PCR, é possível modificá-lo, nesse caso, introduzindo sequências nos primers que não estão presentes no DNA a ser clonado. No entanto, após a PCR, essas sequências são acopladas aos segmentos repli- cados. Apesar de não ser o original da sequência, esse método pode ajudar na identificação por uma enzima de restrição. Dessa forma, posteriormente, você teria a chance de utilizar essa endonuclease (enzima de restrição) para separar o clone de interesse (Figura 2). Te convido a assistir a um vídeo que esclarece, de forma breve, a história da PCR (reação em cadeia de polimerase) e explica como foi identificada a Taq polimerase, que ajudou na revolução do desenvol- vimento da técnica. Acesse por meio do seu leitor de QR Code! Para acessar, use seu leitor de QR Code. https://apigame.unicesumar.edu.br/qrcode/10923 89 UNIDADE 4 Aquecimento para separação das �tas Anelamento dos iniciadores contendo regiões não complementares com sítio de clivagem para endonuclease da restrição 5´GAATTC CTTAAG- 5´ Replicação 5´-GAATTC 5´-GAATTC CTTAAG- 5´ CTTAAG- 5´ PCR 3´CTTAAG GAATTC- 3´ Endonuclease EcoRI G AATTC CTTAA G Clonagem por meio de inserção em um sitio para EcoRI em um vetor de clonagem 1 2 Descrição da Imagem: no topo da figura, encontra-se o DNA em fita dupla. Ele é representado por duas barras divididas em três partes. A porção central de cada barra re- presenta o fragmento de interesse (em azul). No processo 1, as fitas se separam, enquanto, no processo 2, os primers (pequenos quadrados em amarelo, próximos às extremida- des do fragmento de interesse) são anelados. Os primers contêm, além dos nucleotídeos complementares à fita, uma sequência de nucleotí- deos (GAATTC e outro CTTAAG) que não estão presentes no DNA a ser clonado, mas que correspondem a uma sequência identificada por uma enzima de restrição. É descrito, no final da imagem, que, após a PCR, os fragmentos são submetidos a ação da endonuclease EcoRI, a qual permite separar o clone de interesse (não mostrado). Figura 2 - Representação de primers modificados com sequências que são identificadas por enzimas de restrição / Fonte: adaptada de Cox, Doudna e O´Donnell (2012). 90 UNICESUMAR A técnica de PCR é bastante sensível, uma vez que pode detectar e amplificar uma pequena quan- tidade de DNA de uma amostra, como amostras antigas. Relata-se, nos livros, que foram possíveis a identificação e a amplificação do DNA de humanos e de animais extintos, como o mamute peludo, por amostras deixadas de fragmentos de DNA a 40.000 anos (NELSON; COX, 2019). Outros registros mostram que a PCR admite a habilidade de recuperar sequências de DNA de ossos e dentes expostos por algum tempo a uma variedade de condições ambientais, tornando-se uma ferramenta valiosa para a identificação de indivíduos desaparecidos e ossadas não identificadas (LIMA; MEDEIROS, 2015). Apesar de a PCR ser utilizada em substituição à clonagem feita em vetores celulares e a aplicabilida- de dela ser extensa para vários estudos, ela apresenta algumas limitações. No nível de construção dos primers, o ideal é que se saiba, pelo menos, parte da sequência do DNA-alvo, apesar de ser eficiente na amplificação e na detecção de uma sequência disponível em pequenas quantidades. Outralimitação está na alta probabilidade de contaminação da amostra. Em casos de sequências muito pequenas, elas podem ser contaminadas por pequenas quantidades de DNA do examinador, como pele, partículas de poeira ou bactérias que podem entrar no tubo de reação. Esses contaminantes podem ser ampli- ficados juntos com o DNA-alvo e é extremamente importante o uso de controles de qualidade para evitar problemas (BORGES-OSÓRIO; ROBINSON, 2013). Mais uma limitação detectada na PCR está no uso da Taq Polimerase, que não é bem vista pela capacidade de revisão (correção de nucleotídeos colocados incorretamente), uma vez que, se compa- rada ao DNA polimerase in vivo, que faz as revisões sobre os nucleotídeos que são adicionados à fita complementar, a Taq Polimerase extraída de bactérias não é capaz de fazer essas correções, podendo adicionar nucleotídeos incorretos a cada 20.000 pb. Contudo, já se conseguiu isolar outras DNA po- limerases que são capazes de fazer revisões, dando resultados mais precisos a essa técnica. Destaca-se, ainda, a limitação do tamanho dos fragmentos que podem ser amplificados, pois, geralmente, somente é possível amplificar fragmentos de até 50.000 pb ou menos (BORGES-OSÓRIO; ROBINSON, 2013). O avanço da bioinformática permitiu o desenvolvimento de ferramentas, a fim de desenhar primers para PCR. A plataforma conhecida como NCBI (The National Center for Biotechnology Information) disponibiliza sequências genômicas já identificadas de organismos e necessárias para a criação de primers. Dessa forma, com o conhecimento do genoma, é possível selecionar determinadas regiões a serem analisadas, seja DNA, seja RNA. No manuseio do desenho de primers, é preciso se atentar aos padrões de qualidade que determinarão a eficiência da ação de um primer. Eles são efetuados por meio de programas computacionais e utilizada a plataforma primer BLAST, oriunda do NCBI. Fonte: adaptado de Banaganapalli et al. (2019). 91 UNIDADE 4 A técnica de PCR não apenas permite detectar e amplificar fragmentos de DNA, mas também de RNA. No entanto, algumas adaptações para efetuar essa análise repercutiram no desenvolvimento de diferentes tipos de PCR. Dentre as principais técnicas resultantes de modificações da reação em cadeia da polimerase, encontram-se a PCR em tempo real, a PCR multiplex e nested- PCR e RT-PCR (converte o RNA da amostra em cDNA). A PCR convencional inclui a necessidade de oligonucleotídeos iniciadores específicos, desoxir- ribonucleotídeos trifosfatados e a enzima DNA polimerase. Além disso, é preciso que as moléculas de DNA passem pelos ciclos de amplificações. Normalmente, a detecção dos fragmentos é feita pela técnica de eletroforese em gel de agarose, na qual é possível visualizar os fragmentos amplificados por meio de um equipamento chamado de transiluminador, a partir de bandas que são separadas de acordo com o peso molecular e corados com brometo de etídeo. A PCR em tempo real, também chamada de PCR quantitativo (qPCR), corresponde a uma mo- dificação da técnica tradicional. Ela é valorizada por identificar o DNA-alvo com maior sensibilidade, uma vez que a detecção da amplificação é feita por meio da captação de fluorescência. Nesse caso, o resultado é visualizado imediatamente por meio de um gráfico construído automaticamente por progra- mas computacionais à medida que vai sendo amplificando. Isso dispensa a eletroforese, que é necessária para a PCR convencional. Na qPCR, à medida que o DNA é amplificado, o nível de fluorescência cresce proporcionalmente, pois, junto aos oligonucleotídeos (primers), são inseridas sondas marcadas. Elas emitem sinal de fluorescência quando clivadas pela enzima exonuclease 5´- 3 ' (geralmente, utiliza-se a Taq polimerase), assim que vai sendo finalizada a adição dos nucleotídeos (Figura 3). As sondas são específicas para o segmento gênico cuja expressão se deseja estudar. Elas apresentam uma substância (fluoróforo repórter na posição 5’ da sonda) capaz de absorver a energia luminosa emitida pelo equipamento e dissipá-la na forma de luz e calor, em um comprimento de onda diferente do original. No entanto, na posição nativa, toda a luz emitida por esse fluoróforo é absorvida por uma substância (quencher) presente na extremidade 3’ da sonda (PCR..., [2021]). Para a captação da fluorescência, o termociclador responsável por fazer qPCR fica acoplado a um sistema ótico para a excitação e a captura da emissão da fluorescência. Um computador faz a aquisição dos resultados e a análise final da reação. Como a amplificação e a detecção do DNA são realizadas simultaneamente em um só passo, detectando a fluorescência eventualmente produzida pela amostra, a reação e a apresentação dos resultados acontecem em tempo real (HAAS; TORRES, 2016; NASCI- MENTO; SUAREZ; PINHAL, 2010). Em geral, a PCR em tempo real é dividida em quatro fases. A primeira, em que o processo de amplifi- cação ainda está baixo, é denominada “baseline”. A segunda é a exponencial, quando a amplificação está ocorrendo com taxa máxima de eficiência e ocorre o aumento da fluorescência de acordo com o aumento do produto amplificado durante os ciclos. De acordo com Haas e Torres (2016), a duração dessa etapa depende da qualidade e da concentração dos reagentes, visto que é consumida a maior parte deles. Na penúltima fase, chamada de linear, ocorre um decréscimo na eficiência de amplificação, uma vez que os reagentes da reação foram consumidos na fase anterior. Por fim, a última fase, denominada “platô”, é alcan- çada rapidamente no final da reação, em que ocorrem os últimos ciclos da PCR (HAAS; TORRES, 2016). 92 UNICESUMAR Reação em cadeia da polimerase quantitativa / em tempo real RT / Q-PCR Sequência de cDNA A reação termociclador 40 ciclo ciclo 1 ciclo 2 ciclo 3 ciclo 4 modelo cDNA oligonucleotídeos de DNA dessoxinucleotídeos trifosfato DNApolimerase Solução Butter sonda desnaturação anelamento Bloqueio de sinal de �uorescência sonda de hibridização luz elongação produtos sonda degradada sinal de �uorescência Leitura de �uorecência de cada ciclo quantidade inicial alto baixo Fl uo re sc ên ci a re la ti va linha base de �uorescência número de ciclo Limiar de �uorescência Sem modelo de controle amostra �uoróforo repórter molécula silenciadora (quencher) Figura 3 - Técnica de PCR em tempo real 93 UNIDADE 4 O acompanhamento gráfico da emissão luminosa efetuada a partir do contato da Taq polimerase com a sonda permite avaliar, de forma quantitativa, o número de segmentos-alvos que estão sendo replicados em tempo real durante cada ciclo, devido ao sistema de monitoramento da emissão de fluorescência. Essa é uma grande inovação da técnica, uma vez que, com a PCR convencional, não é possível observar a quantificação dos resultados, mas somente é realizada a observação qualitativa das replicações por meio da análise dos géis submetidos à eletroforese, que apresenta os resultados de detecção (presença e ausência ou as bandas aparecem, ou não, no gel). Já a qPCR determina a quantidade de produto amplificado. Outro tipo é a PCR multiplex, provinda de uma variação da PCR tradicional. Nesse caso, assim como o nome sugere, é possível, em uma única reação, reproduzir várias regiões diferentes do DNA ao mesmo tempo. Para isso, são adicionados, no mesmo recipiente, vários pares de primers específi- cos para cada sequência a ser identificada (Figura 4). No entanto, é importante que a temperatura de anelamento dos diferentes primers sejam semelhantes e os diversos fragmentos de DNA produzidos apresentem tamanhos distintos, sendo possível o diagnóstico feito pela PCR multiplex (LEAL et al., 2018). Uma das vantagens da técnica é a maior rapidez na obtenção do resultado, além de uma maior economia de reagentes, quando comparada à realização de uma PCR para cada detecção de cada fragmento individualmente (HASS; TORRES, 2016). O uso da PCR multiplex pode ser escolhido para detectar microrganismos, por exemplo,bactérias ou vírus de diferentes espécies, em um único teste, colocando-os em uma única amostra. Poroca et al. (2009) utilizaram essa técnica para identificar e diferenciar a espécie Mycobacterium tuberculosis de outras cepas do complexo Mycobacterium tuberculosis, o Mycobacterium bovis e das micobactérias não tuberculosas de interesse para a saúde pública. Assim, foi relatado que a técnica de PCR multiplex possibilita a detecção de várias sequências de DNA-alvo em uma única reação, apresentando vantagens, como rapidez, especificidade e reprodutibilidade na detecção, contribuindo com a identificação de focos primários de infecção por micobactérias de forma mais rápida. Descrição da Imagem: a figura mostra a técnica de PCR em tempo real. Na primeira imagem, no topo, é mostrado o cDNA-fita dupla, representado por uma fita torcida na cor azul. Em seguida, são evidenciados os materiais que são utilizados para fazer a PCR: parte do cDNA, evidenciado a partir de uma linha com vários pontos coloridos provindos de um retângulo demarcado da imagem anterior do cDNA que será utilizado para cópia; os dois primers (fita curta com pontos coloridos que se associaram ao cDNA); dNTs (pontos coloridos); DNA polimerase, representada por um quadrado verde-escuro nas extremidades superiores e inferiores e, no meio, verde-claro; um tubo de eppendorf aberto com a solução-tampão, e a sonda, representada por um traço com pontos coloridos e, nas extremidades, à esquerda, há a luz fluorescente (um retângulo invertido na cor verde). Por outro lado, na extremidade direita, há uma pequena bola preta representado o silenciador. Em um quadro maior, é mostrado o processo da PCR. A imagem do traço colorido do cDNA é desna- turada. Em seguida, por meio de uma seta azul, é mostrado o cDNA com adição do primer e uma sonda duplamente marcada com um fluoróforo repórter (luz fluorescente) em uma extremidade e um fluoróforo “silenciador” (quencher) na outra, que anela especificamente na parte interna do segmento a ser amplificado entre os dois primers. Além disso, é mostrada mais uma seta azul, indicando a ação da DNA polimerase fazendo o alongamento da fita recém-sintetizada e construindo uma nova fita. Nesse momento, também é evidenciado o momento em que essa enzima (exonucleásica 5’-3’ Taq DNA Polimerase) degrada a sonda e os fluoróforos repórter e quencher são separados, ocorrendo a emissão de fluorescência detectada e quantificada no gráfico. Há um gráfico logo abaixo da imagem anterior, indicado por uma seta verde, o qual mostra a medição da fluorescência na vertical, enquanto, na horizontal, é evidenciada a passagem dos ciclos de amplificação. É desse modo que o sinal fluorescente é captado a cada ciclo até atingir um limiar (threshold- em azul). No gráfico, são observadas as etapas da visualização da amplificação. A primeira é chamada de baseline e está do lado esquerdo (de cor vermelha, na extremidade horizontal, eixo X do gráfico). Nela, a amplificação está abaixo do nível de detecção do instrumento, pois ainda não se passaram muitos ciclos de amplificação. A fase exponencial ocorre quando a amplificação está acontecendo com a taxa máxima de eficiência. Já a fase linear acontece quando ocorre um decréscimo na eficiência de amplificação. A quantidade de fluores- cência gerada pela amplificação das amostras se torna significativamente maior. 94 UNICESUMAR Sequência A Sequência B Sequência C Sequência D PCR com todos os quatro pares de primers em um único tubo Marcador 422 318 275 232 181 109 371 275 202 141 Descrição da Imagem: são representadas quatro sequências de DNA (A, B, C, e, D) no interior de círculos pequenos. Cada uma dessas sequências passou por um processo de amplificação com primers diferentes, representados por fragmentos curtos coloridos. As cores dos fragmentos estão na sequência A (duplo traço preto), em vermelho, B (duplo traço preto), em azul, C (duplo traço preto), em verde e D (duplo traço preto), em roxo. Essas sequências são adicionadas em um tubo único, o qual é submetido à amplificação. Posteriormente, é mostrado um esquema de um gel de eletroforese com a primeira coluna com as bandas (pretas) do marcador e a segunda coluna representando as bandas detectadas com as cores dos primers utilizados no processo de amplificação. A banda com o primer verde está posicionada mais próxima da extremidade superior do gel, com um peso de 371. A vermelha tem um peso de 275 e a roxa tem um peso de 202. Elas ficam na posição intermediária do gel, enquanto a azul fica na extremidade inferior, com 141 de peso molecular. Figura 4 - Técnica de PCR multiplex / Fonte: Premier Biosoft ([2021], on-line)². http://www.premierbiosoft.com/tech_notes/multiplex-pcr.html 95 UNIDADE 4 A nested PCR (nPCR) é outra variante da PCR convencional. A base do processo de amplificação é o mesmo. O que diferencia é a origem da amostra do material genético utilizado na reação. O produto utilizado para iniciar a amplificação na nPCR é o de uma primeira PCR feita de forma tradicional. Assim, é utilizado como molde o produto de uma primeira PCR para a iniciar a segunda, nPCR. Além disso, adiciona-se um par de primers internos ao par utilizado na primeira reação, gerando um produto menor no final das duas etapas (Figura 5). A vantagem dessa técnica é que o DNA da segunda PCR está em concentrações altíssimas e os pri- mers têm menos chances de anelamento em sequências inespecíficas, devido à redução do tamanho do molde (DEMATHE et al., 2010). Por outro lado, a grande desvantagem é o aumento da probabilidade de contaminação com material genético endógeno, pois os tubos de reação contendo concentrações altas de produtos da primeira PCR têm que ser abertos e manipulados, para que a segunda amplifica- ção seja realizada. Além disso, como o processo exige duas PCR consecutivas, a técnica se torna cara devido ao uso de reagentes envolvidos na reação. Nos casos em que as amostras utilizadas não são muito boas, essa variação da PCR é utilizada para aumentar a sensibilidade e a especificidade, ou seja, detectar e amplificar exatamente o fragmento de interesse. Quando repetido o processo, os resultados são semelhantes. Considerando que a técnica é amplamente utilizada para o diagnóstico de vários patógenos infectantes tanto de interesse veterinário e humano quanto no campo alimentício, seria uma opção para evitar o aparecimento de resultados falso-positivos (quando o teste é positivo e o indivíduo não tem a doença) ou falso-negativos (quando o teste é negativo e a pessoa tem a doença). PCR primer F1 primer R1 Produto da PCR Tamanho: 750 pb NESTED PCR primer F2 primer R2 Produto �nal Tamanho: 600 pb Descrição da Imagem: no canto superior à esquerda, o DNA é representado por duas barras paralelas e vermelhas com uma pequena porção das extremidades em azul. Nela, os primers F1 e R1 (representados por pequenas barras verdes) estão ligados ao espaço interno das barras (entre as fitas de DNA). O primer F1 se liga à porção inicial da fita superior do DNA, enquanto o R1 se liga à porção final da fita inferior de DNA. Na parte inferior da figura, ainda à esquerda, temos os produtos amplificados da PCR, sendo quatro fragmentos de DNA com tamanho de 750 pares de bases. Eles são representados, na figura, por quatro barras vermelhas. Por indicação de uma seta (preta) que direciona o produto da PCR (as quatro barras vermelhas) ao lado direito da imagem, é mostrada a nested PCR. Esse produto é representado por duas barras paralelas amarelas com uma pequena porção das extremidades em vermelho, onde os primers F2 e R2 (representados por pequenas barras pretas) estão ligados ao espaço interno das barras (entre as fitas de DNA). O primer F2 se liga à porção inicial da fita superior do DNA, enquanto o R2 se liga à porção final da fita inferior de DNA. Na parte inferior da figura, ainda à direita, temos os produtos amplificados da PCR, sendo quatro fragmentos de DNA com tamanho de 600 paresde bases, representados, na figura, por quatro barras amarelas. Figura 5 - Esquema da PCR tradicional e da nested PCR / Fonte: adaptada de Weidner, Cote e Weiss (2009). 96 UNICESUMAR Para as situações em que a amostra fornece o RNA como ácido nucleico a ser amplificado, está dispo- nível outra variante de PCR, a chamada RT- PCR. Ela inclui uma fase inicial adicional antes de fazer qualquer outro tipo de PCR (PCR convencional, qPCR, PCR multiplex ou nPCR). Na fase inicial, a presença da enzima transcriptase reversa converte o RNA em um DNA complementar (cDNA). Após a formação do cDNA, é continuada a PCR. Para o teste de detecção do vírus SARS-Cov- 2, a PCR em tempo real é a comumente utilizada. Acompanhe o processo na Figura 6. Descrição da Imagem: a figura apresenta as etapas da RT-qPCR. Inicialmente, é mostrada uma fita de RNA que é convertida em cDNA após a ação da transcriptase reversa. Em uma segunda etapa, é mostrado o processo de desnaturação do Cdna e a adição do primers e da sonda duplamente marcada, etapa em que inicia o processo de qPCR. Na terceira etapa, é mostrado o processo de anelamento da polimerase e da sonda. Na quarta etapa, é evidenciada a extensão. Nela, a polimerase vai adicionando os nucleotídeos e alongando o fragmento recém-formado. Ainda é mostrado o momento em que a polimerase encontra a sonda e a degrada, emitindo a fluorescência. Figura 6 - Etapas da RT-qPCR / Fonte: Labtest... (2020, on-line). 97 UNIDADE 4 O diferencial da técnica de RT-qPCR é que a reação não parte de um molde de DNA diretamente ex- traído da amostra, mas de uma amostra de RNA, que é convertido em cDNA. Essa é uma ferramenta útil em estudos de expressão gênica, pois, avaliando o RNA mensageiro (mRNA), pode-se detectar quais proteínas estão sendo efetivamente expressas. No entanto, o estudo direto do RNA (principalmente o mRNA) é inviável, devido à alta sensibilidade a vários fatores, como as altas temperaturas. Dessa maneira, o primeiro passo da reação consiste na síntese de uma fita de DNA utilizando como molde uma fita de RNA em uma reação catalisada por uma transcriptase reversa. As transcriptases mais utilizadas nesse processo são extraídas de vírus e incluem dois tipos principais: a AMV (Avian Mieloblastosis Virus) e a M-MuLV (Moloney Murine Laeukemia Virus). Além disso, são utilizados primers e oligonucleotídeos compostos por várias timinas consecutivas (6 a 35), para que possam ser anelados às regiões Poli-A do RNA, ricas em adeninas. Após esse ciclo, obtém-se o cDNA que será utilizado na PCR (VIEIRA, [2021]). As variantes de tipos de PCR vieram para complementar a técnica tradicional e, em algumas situações, direcionar investigações específicas. Atualmente, a aplicabilidade da técnica é diversa. Na área clínica, a PCR em tempo real, que faz o uso de sondas, são as mais úteis, uma vez que é possível visualizar, em tempo real, a presença, ou não, de um gene de interesse. Nesse aspecto, pode-se considerar a possibilidade em detectar uma mutação, mesmo que seja de poucos nucleotídeos. Como a técnica se baseia na utilização de primers e de sondas e, ao finalizar a amplificação de um fragmento gênico, há a degradação da sonda e a emissão de fluorescência, a ausência da fluorescência corresponderia a presença de uma mutação. Por outro lado, a RT-qPCR pode ser uma técnica utilizada para investigar a presença de produtos gênicos que estão sendo traduzidos no organismo, uma vez que ela realiza a investigação a partir do RNA, por exemplo. Esse é um modo de investigação da expressão de determinado gene quando uma pessoa é tratada com um medicamento específico e pode ser detectada como sendo a resposta da expressão dos genes envolvidos (NASCIMENTO; SUAREZ; PINHAL, 2010). A RT-qPCR também é o teste perfeito e utilizado para a investigação da Covid-19. Por meio da técnica, é possível detectar se o material genético do vírus (RNA) está sendo expresso no corpo do indivíduo. O protocolo da RT-PCR para a detecção do vírus SARS-CoV-2 foi padronizado logo após o sequenciamento do material genético do vírus, uma vez que seria necessário saber os nucleotídeos contidos no material genético para poder detectá-lo. Apesar das limitações do uso da técnica, como a fácil degradação do RNA e os cuidados para não haver a contaminação da amostra na execução da coleta, é possível detectar o produto gênico (RNA) do vírus no corpo (LABTEST..., 2020). A aplicabilidade não se baseia somente nisso. Na farmacogenética, a técnica RT-PCR pode ser utilizada para investigar o funcionamento de um medicamento no organismo, incluindo a análise da expressão gênica sob a utilização do medicamento, que pode ser visto por intermédio da PCR, quando se investiga a resposta do tratamento devido à reação de transportadores ou de enzimas do metabolismo que estejam associados à distribuição ou à eliminação do fármaco. Pode, ainda, auxiliar no teste de novos medicamentos e na verificação se a droga tem potencial mutagênico. Além do mais, é mostrada, em artigos científicos, a utilização da técnica para fazer a genotipagem do indivíduo e 98 UNICESUMAR determinar ou predizer o status metabólico dele e saber se apresentará o risco de ineficácia ou de toxicidade a um determinado medicamento que depende de uma determinada enzima para exercer a atividade (NASCIMENTO; SUAREZ; PINHAL, 2010). Em outros campos, como na indústria alimentícia e na agricultura, a PCR tem sido utilizada na identificação de micróbios, parasitas ou organismos geneticamente modificados. Na área forense, talvez, tenha tido a estreia mais marcante, pois permite resultados de elevada sensibilidade, especificidade e velocidade, o que garante as investigações criminais. Nelas, o tempo é crucial para a solução do caso e a quantidade de amostra normalmente é limitada (NASCIMENTO; SUAREZ; PINHAL, 2010). Entender o mecanismo de desenvolvimento da técnica de PCR é compreender que não se trata apenas de obter um resultado para a reprodução de fragmentos gênicos de interesse, mas visualizar que a PCR, tanto a convencional quanto as variantes, auxiliam na investigação de diferentes áreas. Talvez, você, futuro(a) biomédico(a), depare-se, no âmbito profissional, com a necessidade da busca dessa técnica para ações investigativas. A escolha da técnica permitiu a averiguação do causador da Covid-19, por exemplo, que gerou impactos não somente à saúde pública, devido às taxas de morbidade, mortalidade e prejuízos psi- cológicos, mas também causou impactos econômicos e sociais devido à circulação globalizada do vírus (pandemia). Nesse caso, o uso da metodologia ajudou na indicação de métodos preventivos e na diminuição da disseminação da doença. A pesquisa científica tem auxiliado muito na facilitação do dia a dia de diversos profissionais, não é? As curiosidades e as buscas por ino- vações por parte dos pesquisadores têm apresentado grande valor ao longo da história. Neste podcast, você acompanhará as inovações que aprimoraram a técnica de PCR. Vamos lá, aperte o play e conhe- ça essa trajetória de maneira divertida. https://apigame.unicesumar.edu.br/qrcode/9064 99 Agora vamos fazer um feedback do que você aprendeu nesta unidade. Observe o mapa mental a seguir, que descreve as características da técnica de PCR, e preencha os quadros que solicitam as complementações da técnica. PCR Replicação de fragmentos gênicos Extracelular Automatizado Termociclador Desnaturação do segmento a ser ampli�cado Alongamento da a �ta em replicação pela Taq. Polimerase VantagensLimitações - Conhecer parte da sequência a ser ampli�cada; - Alta probabilidade de contaminação; -Tamanhos a ser ampli�cados limitados. Tipos de PCR: Convencional PCR- multiplex PCR-Nested RT-PCR Observação da ampli�cação em tempo real, usa-se sonda que emitem �uorescência após serem degradadas Utiliza-se do produto de uma 1ª PCR para iniciar Aplicabilidade: Identi�cação de Vírus Farmacogenética Identi�cação de mutações Princípioda Técnica em três etapas 100 1. A PCR é uma tecnologia que pode ser utilizada para a amplificação de segmentos gêni- cos. O propósito de replicar esses segmentos de interesse é variado, incluindo a iden- tificação de paternidade, a análise de DNA de criminosos e a identificação da evolução de uma determinada espécie. O processo de desenvolvimento da PCR convencional perpassa três etapas principais. Uma delas é marcada pela hibridização dos primers. Considerando a etapa marcada pela hibridização dos primers, assinale a alternativa que descreve corretamente as características dos primers dessa técnica: a) É utilizado um par de primers, que será alocado no início do fragmento a ser replicado. b) Na PCR convencional, são necessários primers únicos, para que o DNA polimerase faça o papel de introdução dos nucleotídeos complementares. c) Os primers serão adicionados na primeira etapa, antes mesmo de iniciar o processo de desnaturação da molécula de DNA que será amplificada. d) Os primers, no processo de PCR, em pares, reconhecem a sequência a que associará. No entanto, exige a identificação de, pelo menos, parte da sequência que se deseja amplificar e, precisamente, o início e o fim da sequência. e) Os oligonucleotídeos ou primers são adicionados aleatoriamente na amostra a ser amplificada. Eles podem, ou não, ser aderidos a ela para replicar. 2. A PCR foi desenvolvida em 1983 por Kary Mullis. A técnica proporciona a amplificação de fragmentos de interesse um bilhão de vezes em poucas horas. É caracterizada como uma técnica rápida, totalmente automatizada e sem a necessidade de uso de células. Em relação às vantagens e às limitações dessa técnica, assinale a alternativa correta: a) É uma técnica sensível e que pode detectar e amplificar um fragmento de DNA que esteja em pequenas quantidades. Todavia, a contaminação deve ser evitada e inves- tigada devido à sensibilidade. b) Umas das vantagens da técnica é a possibilidade de separar os fragmentos de DNA de acordo com o tamanho, mas ela se limita por não apresentar a visualização em tempo real. c) A sensibilidade da técnica é uma das vantagens mais apreciadas, porém necessita de uma grande quantidade de amostras do fragmento a ser amplificado. d) A técnica é bastante exigente, cara e trabalhosa. Contudo, em questão de minutos, é possível ter um bilhão de sequências amplificadas. e) A maior desvantagem do uso da técnica é a sensibilidade dela, que exige muitas concentrações de DNA para serem copiados. Todavia, o aspecto positivo é a baixa probabilidade de contaminação. 101 3. A técnica de PCR foi um grande avanço da biologia molecular, já que substituiu, muitas vezes, a clonagem feita por vetores de bactérias. Em horas, é possível amplificar frag- mentos gênicos de interesse sem necessitar de células. Sobre a aplicabilidade da técnica de PCR, assinale a alternativa que descreve as aplicabilidades da técnica e as características dela: a) Permite identificar patógenos, desde que faça previamente a realização de isolamento em cultura e crescimento. b) É possível utilizar a técnica para estudos de evolução, pois, como a PCR se baseia na amplificação de RNA, apresenta maior estabilidade. Ela permite utilizar amostras com mais de 40.000 anos. c) É uma técnica que tem a possibilidade de identificar sequências de DNA presentes em vírus e em outros patógenos, uma vez que os primers são desenhados para detectar e amplificar apenas os fragmentos desses organismos. d) Pode ser utilizada para a investigação da dosagem de medicamentos, já que detecta os aminoácidos que estão sendo produzidos com o uso destes. e) Muito utilizada na investigação criminal, baseia-se no uso de primers, RNA polimerase e enzimas de restrição. 102 4. Desde o início da utilização da técnica de PCR, algumas complementações ocorreram, ou seja, surgiram outras variedades de PCR. Sobre os tipos de PCR e a aplicabilidade deles, leia as afirmativas a seguir: I) A RT-PCR tem como princípio a utilização de uma enzima, a transcriptase reversa, para converter o RNA em cDNA, uma vez que a PCR utiliza o DNA como fonte de amplificação. II) A PCR multiplex é um tipo de PCR que inicia o ciclo de cópias a partir de um produto de uma amplificação já concluída. III) A PCR em tempo real é assim denominada, dado que utiliza uma sonda que, quando degradada pela DNA polimerase, à medida que vão sendo adicionados os nucleotí- deos complementares, emite uma fluorescência que permite visualizar os fragmentos amplificados em tempo real. IV) A nested PCR é uma técnica que possibilita a amplificação de vários fragmentos de DNA ao mesmo tempo, uma vez que são introduzidos vários primers na amostra. É correto o que se afirma em: a) I e II. b) I, II e III. c) II e IV. d) II, III e IV. e) I e III. 5. A técnica de biologia molecular conhecida como PCR permite o estudo das sequências de ácidos nucleicos. O princípio da técnica abrange três etapas fundamentais que são repetidas em vários ciclos. Em relação às etapas da técnica PCR, assinale a alternativa que descreve corretamente a se- gunda etapa: a) Ocorre a extensão ou polimerização, com a ativação do Taq polimerase, adicionando os nucleotídeos para a síntese de novas cadeias. b) Inicia-se a desnaturação do DNA, que é efetuada pelo aumento da temperatura que rompe as pontes de hidrogênio. Assim, permite a abertura da dupla fita. c) No posicionamento, são determinadas as frações que são quantificadas por densito- metria ou eluição, em que é gerado um gráfico, de forma que as bandas podem ser comparadas, possibilitando qualquer sinal de desequilíbrio. d) O anelamento dos primers na região específica que se quer amplificar é definido pela redução da temperatura. e) Ligações de sondas e primers com o aumento da temperatura. 5 Nesta unidade, você conhecerá as técnicas para determinar as se- quências de nucleotídeos presentes na estrutura de uma molécula de DNA de diversos organismos vivos a partir do método da biologia molecular chamado de sequenciamento. Assim, compreenderá os tipos de sequenciamentos utilizados, tais como o método de San- ger e os de Nova Geração (NGS). Além disso, conhecerá o histórico de desenvolvimento e o aperfeiçoamento ao longo do tempo, e entenderá as características necessárias para o desenvolvimento das técnicas e as diferenças de cada uma. Por fim, conhecerá a aplicabilidade das técnicas em diferentes áreas de estudo. Métodos de sequenciamento de DNA Dra. Ana Luisa Monezi Lucena 104 UNICESUMAR Vicente, dono de uma conhecida indústria de produtos de panificação localizada na região Nordeste do Paraná, produz um mix variado de produtos que atende mercados, supermercados, padarias e empó- rios, somando mais de 1.400 pontos de venda em 127 cidades da região. Tem entrega própria e rápida para garantir que o pão chegue fresco à mesa dos consumidores. Nos últimos dias, recebeu algumas reclamações dos clientes, que afirmaram que o pão de hambúrguer não estava correspondente à data de validade, pois ele estava sendo consumido por microrganismos antes do vencimento. Preocupado com a qualidade dos produtos, Vicente foi aconselhado a buscar ajuda, a fim de analisar as causas da manifestação dos microrganismos antes da data prevista. Para isso, o dono da empresa buscou a solução do problema e, orientado pela fiscalização, procurou levar os produtos contaminados para fazer testes laboratoriais. A representante do laboratório explicou a Vicente que as análises do alimento, do ambiente de fabricação e dos ingredientes utilizados seriam importantes para identificar os problemas e forneceriam resultados analíticos sobre a qualidade ou o processo de produção para apoiar o controle. O objetivo das análises foi identificar contaminantes em qualquer parte do processo de produção, o que compreende desde a matéria-prima até o produto final. O laboratório prometeu utilizar uma tecnologia de biologia molecular chamada “sequenciamento”. Você conheceessa tecnologia? Você sabia que ela analisa o DNA dos microrganismos presentes na amostra? Sabia que essa técnica, dependendo do tipo utilizado, apresenta resultados e gera laudos de análise com uma qualidade de dados robustos e conclusivos, se comparada ao uso apenas da uma reação de PCR? Você sabia que a metodologia de sequenciamento da biologia molecular poderia ser utilizada na análise de alimentos? Nesta unidade, entenderemos o sequenciamento, uma tecnologia de biologia molecular. Ela é utilizada em diversas áreas da biologia, da agronomia, da paleontologia, da medicina veterinária, da medicina humana, da nutrição e da biotecnologia, por exemplo. Trata-se de uma metodologia que lança mão da precisão das análises de DNA. Devido ao importante papel do DNA para os seres vivos, visto que, nele, estão contidas todas as informações funcionais do corpo, ele é uma das moléculas mais estudadas do mundo. Analisar di- 105 UNIDADE 5 retamente a molécula de DNA, de modo a identificar as sequências dos nucleotídeos presentes no organismo que se deseja investigar, é uma das respostas que se pode alcançar com o sequenciamento de DNA. O uso desse procedimento é efetivo para identificar, diagnosticar e desenvolver tratamentos para doenças genéticas, além de ser muito usado em pesquisas envolvendo patógenos, nas quais é possível indicar os tratamentos ideais para doenças contagiosas. Além disso, a técnica pode ser usada para o estudo da contaminação de alimentos, com o intuito de indicar uma ação de higienização mais eficaz, incluindo produtos químicos ou conservantes espe- cíficos de acordo com o tipo de organismo envolvido no contágio. O emprego do sequenciamento na metagenômica tem sido regularmente utilizado para aprimorar estudos filogenéticos sobre o potencial biotecnológico de microrganismos. Assim, eles são analisados diretamente no ambiente natural, não necessitando do isolamento e cultivo (NEOPROSPECTA, 2018). A técnica de sequenciamento genético tem colaborado consideravelmente para os avanços e as melho- rias da vida humana, principalmente na área de saúde, na qual recebe mais destaque. Contudo, atualmente, essa tecnologia é utilizada por muitas áreas, assim como é o caso da indústria alimentícia, inserida no problema anterior. Diante disso, também tem gerado ganhos significativos pela maior precisão e agilidade. No caso de Vicente, ele optou por investir no controle da qualidade dos alimentos por meio de análises do DNA, um ganho para os consumidores, que adquirem muito mais segurança no consu- mo. Partindo da análise de problemática exposta, suponha que você seja o profissional que trabalha no laboratório de análise de alimentos e deseja mostrar ao cliente as diferenças entre os métodos de análise microbiológica e os métodos moleculares. Para complementar os seus argumentos, faça uma pesquisa sobre o método tradicional de diag- nóstico de organismos contaminantes em alimentos e compare com o método molecular, incluindo, por exemplo, o sequenciamento. Destaque, no seu estudo, os seguintes fatores: tempo de espera de resultados, confiabilidade e número de amostras que podem ser exploradas. Organize e anote todos os seus resultados no diário de bordo. O sequenciamento do DNA de um determinado organismo é o ponto de partida para iniciar uma investigação, independentemente de o intuito ser a classificação do genótipo ou a avaliação e a descri- ção da função de um gene, uma vez que, a partir da sequência identificada, é possível compará-la com outras sequências de DNA presentes nos bancos de dados. Dependendo do objetivo de estudo, como os microrganismos causadores de doenças ou aqueles que causam a deterioração de alimentos, é possível indicar estratégias específicas para tratamento e controle. Entretanto, a determinação da sequência de nucleotídeos também pode indicar um modo de encontrar possíveis alterações, as quais podem estar vinculadas aos fatores que não são apenas maléficos, mas também benéficos no organismo. Dessa forma, é importante destacar alguns pontos de reflexão: • O sequenciamento é uma técnica de reconhecimento da sequência de nucleotídeos presentes no genoma. • As sequências, caso sejam detectadas, poderão ser analisadas de acordo com a expressividade e o comportamento. 106 UNICESUMAR O estudo da informação genética descrita na forma de códigos de nucleotídeos permitiu que a informa- ção fosse lida e descrita de forma ordenada, a partir do desenvolvimento da técnica de sequenciamento. Essa técnica revela a sequência de nucleotídeos presente em um genoma. Pesquisadores observaram uma possibilidade de identificar, a partir da técnica, elementos genéticos funcionais e diferenças entre os organismos que podem revelar a base molecular de doenças genéticas humanas ou características específicas de uma espécie (COX; DOUDNA; O´DONNELL, 2012). Grandes avanços sucederam após a descoberta da estrutura tridimensional do DNA em 1953 por Watson e Crick, tais como as contribuições com o intuito de elucidar a replicação do DNA e a tradução de ácidos nucléicos em proteínas. No entanto, a habilidade de sequenciar o DNA não acompanhou esses avanços. Por muito tempo, os métodos desenvolvidos para compreender a sequência de cadeias de proteínas não se adequavam à identificação das sequências nos ácidos nucleicos, tendo em vista que as moléculas de DNA eram constituídas por inúmeras unidades similares, o que gerava dificuldade em diferenciá-las. Assim, os pesquisadores conseguiram mensurar a composição dos nucleotídeos, mas não exatamente determinar a ordem deles (HEATHER; CHAIN, 2016). DIÁRIO DE BORDO 107 UNIDADE 5 Até o final da década de 70, determinar a sequência de um ácido nucleico contendo até cinco ou dez nucleotídeos era muito trabalhoso. Por volta de 1977, duas novas técnicas (uma consolidada por Alan Maxam e Walter Gilbert, e outra por Frederick Sanger) possibilitaram o sequenciamento da molécula de DNA de grandes tamanhos com uma facilidade jamais pensada (COX; DOUDNA; O´- DONNELL, 2012; NELSON; COX, 2019). Ambas as técnicas foram acrescidas com conhecimentos da química dos nucleotídeos e do metabolismo do DNA, além dos métodos eletroforéticos para a separação das cadeias de DNA. Neles, era possível distinguir, a partir dos tamanhos dos fragmentos, cada nucleotídeo que finaliza o segmento gerado. Apesar de ambos os métodos apresentarem certas semelhanças, o método de Sanger foi o mais difundido, provando ser mais fácil tecnicamente (COX; DOUDNA; O´DONNELL, 2012). Antes de iniciar o método de Sanger, é preciso especificar o fragmento que se deseja sequenciar e é necessário conter uma grande quantidade desse fragmento. Já sabemos que isso é possível somente a partir da clonagem do fragmento em vetores ou a partir do produto de uma PCR, que amplifica o fragmento específico e disponibiliza uma quantidade o suficiente dele para ser sequenciada. Em am- bos os casos, a qualidade da amostra é essencial para a obtenção de uma sequência de alta qualidade. Dessa forma, as amostras são, primeiro, analisadas por eletroforese em gel de agarose, a fim de verificar se há degradação e, para os produtos de PCR, se somente uma banda está presente (LAMEB, [2021]). Caso a PCR não seja específica, já que múltiplas bandas se apresentam, os produtos são conside- rados inespecíficos, o que pode interferir durante o sequenciamento. Para solucionar a problemática, as condições da PCR deverão ser modificadas até que apenas o produto desejado seja amplificado. É possível extrair somente a banda desejada do gel usando kits comerciais de purificação específicos para esse fim. No entanto, a purificação dos produtos de PCR, independentemente da presença de bandas inespecíficas, deve ser realizada, pois busca retirar dímeros de primer, nucleotídeos não incorporados e demais produtos não utilizados durante a reação. Finalizada a purificação, os produtos da PCR devem ser quantificados, com o objetivo de verificar a qualidade da amostra(LAMEB, [2021]). Após a obtenção dos fragmentos de interesse purificados e quantificados, eles estão prontos para iniciar a técnica de sequenciamento. Contudo, é interessante elucidar que a técnica de Sanger é um processo de amplificação que utiliza os mesmos materiais da PCR, com exceção do didesoxinucleotídeo, o qual foi adicionado por Sanger, a fim de interromper a amplificação e gerar produtos de fragmentos curtos. Dessa maneira, os nucleotídeos presentes na fita podem ser lidos à medida que ela está sendo copiada. Os fragmentos curtos gerados pela técnica de Sanger se devem ao fato de o pesquisador ter en- contrado uma maneira de interromper a replicação de um mesmo DNA em pontos diferentes. Dessa forma, ele poderia juntar as fitas menores e elaborar a sequência completa do DNA. O método de Sanger, também conhecido como Método Didesóxi de Terminação de Cadeia, faz uso do mecanismo de síntese de DNA, os DNA polimerases, uma fita de DNA complementar, um iniciador marcado ra- dioativamente, desoxinucleotídeos trifosfatos (dNTP- nucleotídeos normais contendo o grupamento 3´hidroxila) e didesoxinucleotídeos (ddNTP’s), que são nucleotídeos modificados que não têm o grupo OH livre no carbono 3’ da pentose (Figura 1). 108 UNICESUMAR Fita do iniciador 5’ 5’ P P P P P P G G G G A A A A A H ddATP dGTP OHOH : T T T T T C C C CCFita molde 3’ (a) (b) Base O O OP O O OP O O OP O O H2C H H ddNTP ddATP interrompe a síntese porque o 3´- H não pode atuar como nucleó�lo na formação da ligação fosfodiéster Figura 1 (a) - Estrutura química da fita de um iniciador; (b) - Estrutura química de didesoxinucleotídeos (ddNTP’s) Fonte: Nelson e Cox (2019, p. 293). Descrição da Imagem: a Figura 1 (a) mostra a estrutura química dos nucleotídeos da fita de um iniciador (primer). Nesse primer, há cinco nucleotídeos, cujas bases nitrogenadas G, A, T, T e C estão representadas pelas seguintes cores: verde (G), azul (A), amarela (T) e vermelha (C). A extensão está descrita como uma fita 5´- 3´. Esse iniciador está conectado a uma fita-molde de DNA complementar 3´- 5´. O primeiro nucleotídeo adicionado pelo DNA polimerase (não mostrado), associado ao iniciador e à fita complementar, é o deso- xinucleotídeo, que carrega a base guanina (dGTP). O nucleotídeo, com a guanina (verde), contém o grupamento OH livre na extremidade 3´ do açúcar. Próximo ao nucleotídeo adicionado, há um didesoxinucleotídeo com a base adenina (ddATP), que é um tipo modificado de nucleotídeo que não contém o grupamento hidroxila (OH) na extremidade 3´, razão que interrompe o progresso da replicação. Por outro lado, a Figura 1 (b) mostra a estrutura química de didesoxinucleotídeos (ddNTP’s). Assim, é evidenciado, em vermelho, na posição 3 do açúcar do nucleotídeo, o hidrogênio (H), ao contrário do grupamento OH. Acesse o QR Code a seguir e perceba como a técnica de sequencia- mento de Sanger é interessante. Você entenderá as diferenças entre os nucleotídeos utilizados e saberá como o mecanismo é processado de forma clara e divertida. https://apigame.unicesumar.edu.br/qrcode/11341 109 UNIDADE 5 A reação de Sanger consiste na ação do DNA polimerase, que adiciona os nucleotídeos complementares à fita-molde à medida que encontra um nucleotídeo com o grupamento 3´OH livre. No início da reação, o primeiro a ser detectado é do iniciador (primers). O progresso da reação se perpetua até ser adicionado pelo DNA polimerase um ddNTP complementar presente na reação, o qual interrompe a síntese de DNA, por não possuir o grupamento 3´hidroxila necessário para associar o próximo nucleotídeo (dNTP). Nessa reação, a quantidade de dNTP comparada ao ddNTP é maior, tendo, portanto, o grupo aná- logo (ddNTP), uma menor probabilidade de associar a fita molde. Contudo, a quantidade adicionada garante que, pelo menos, um dos complementares à fita molde se associe e interrompa a replicação (Figura 2) (COX; DOUDNA; O´DONNELL, 2012). Iniciador 5´ OH CTAAGCTCGACTMolde 3´ + dATP, dCTP, dGTP, dTTP + ddATP GATTCGAGCTGddA GATTCGddA GddA + ddCTP GATTCGAGddC GATTddC + ddGTP GATTCGAGCTddG GATTCGAddG GATTCddG ddG +ddTTP GATTCGAGCd GATddT GaddT A C G T Autoradiograma do gel de eletroforese Sequência da �ta complementar (c) 12 11 10 9 8 7 6 5 4 3 2 1 3´ A G T C G A G C T T A G 5´ Descrição da Imagem: a figura mostra o processo de sequenciamento de acordo com o método de Sanger. Assim, são expostos os componentes necessários para o processo. Um iniciador é representado por uma barra na cor laranja com o grupo OH livre, o qual se encontra pareado com uma fita-molde, simbolizada por uma barra de cor azul ligada às sequências CTAAGCTCGACT. Além disso, são mostrados os desoxinucleotídeos (dATP, dCTP, dGTP, dTTP) e os didesoxinucleotídeos (ddATP, ddCTP, ddGTP, ddTTP). De cada um dos ddNTPs, partem-se setas. Em conjunto com os demais componentes citados, são utilizadas as quatro reações preparadas. Abaixo de cada um dos didesoxinucleotí- deos, é exposto um primer, simbolizado por uma barra laranja, que é ligado ao fragmento formado até ser interrompido à medida que a replicação acontece. Para o ddATP, são mostrados três fragmentos (GATTCGAGC- TGddA, GATTCGddA e GddA). Para o ddCTP, dois fragmentos (GATTCGAGddC e GATTddC). Para o ddGTP, quatro fragmentos (GATTCGA- GCTddG, GATTCGAddG, GATTCddG, ddG) e, para o ddTTP, três fragmentos (GATTCGAG- Cd, ATddT e GaddT). Uma seta é desenhada a partir de cada um dos didesoxinucleotídeos presentes em direção à um poço de um gel de eletroforese representado. Nele, temos, na vertical, os fragmentos que foram finalizados pelos didesoxinucleotídeos de A, C, G e T. O gel, na posição vertical, com o polo negativo na parte superior e positivo na parte inferior, mostra os fragmentos na forma de bandas (barras) de cor preta, produzidos pela rea- ção. Os fragmentos mais curtos migram mais rapidamente para a extremidade positiva do gel, enquanto os mais longos ficam mais próximos da superfície extremidade negativa do gel. Do lado esquerdo, são colocados os números de 1 a 12, de baixo para cima. Eles serão utilizados para a análise dos fragmentos formados. Do lado direito, na mesma posição, é exposta a sequência do DNA replicado e lido após a análise dos fragmentos do gel. De cima para baixo: 3´AGTCGAGCTTAG 5´. Figura 2 - Processo de sequenciamento de acordo com o método de Sanger / Fonte: Nel- son e Cox (2019, p. 293). 110 UNICESUMAR O processo da técnica de Sanger, no passado, era realizado utilizando quatro tubos de ensaio. Cada um deles se diferenciava por ter um dos quatro ddNPs diferentes, um para cada base nitrogenada (A,- T,G,C). Assim inseria-se um ddCTP (didesoxinucleotídeo) com a citosina em um tubo, ddGTP (didesoxinucleotídeo) com a guanina no segundo, ddATP (didesoxinucleotídeo) com a adenina no ter- ceiro e ddTTP (didesoxinucleotídeo) com a timina no quarto tubo. Além deles, eram adicionados os demais elementos para a reação (DNA molde, DNA polimerase, primer e nucleotídeos) (Figura 2). Dentro de cada tubo, a replicação terminava em lugares dife- rentes. Por exemplo, a adição de um ddCTP a um dos tubos de reação fazia com que algumas fitas sintetizadas fossem terminadas de modo antecipado na posição onde normalmente um ddCTP seria adicionado, em oposição ao nucleotídeo (dGTP) contendo a guanina do molde. O resultado seria uma solução contendo uma mistura de fragmentos da fita de DNA de diferentes tamanhos. Neles, seriam, posteriormente, aplicados gel de poliacrilamida ou agarose (dependendo do tamanho dos fragmentos: poliacrilamida para fragmentos com até centenas de nucleotídeos e o de agarose para os fragmentos maiores) e separados por tamanho. Quanto ao posicionamento do gel, quando feito com agarose, normalmente, é acondicionado em um recipiente (cuba) na forma horizontal. Apresentam-se os polos positivo e negativo e é adiciona- da uma solução-tampão. Por outro lado, em géis de poliacrilamida, a eletroforesena forma vertical é a usualmente utilizada. Os polos da cuba se encontram em um recipiente com tampão em níveis separados (o negativo em cima e o positivo embaixo) e conectados pelo gel. Assim, a partir da análise eletroforética, os fragmentos me- nores seriam observados mais embaixo e os maiores mais em cima, considerando um gel na posição vertical. A leitura é feita de baixo para cima para obter a sequência do DNA, resultando em fragmen- tos que se sobrepõem e formam a fita completa de DNA (Figura 2) (COX; DOUDNA; O´DONNELL, 2012; NELSON; COX, 2019). Com o passar dos anos, o processo de sequenciamento foi atualizado mediante as ideias de Sanger. A primeira variação dessa atualização, em 1998, partiu da adição de didesoxinucleotídeos 111 UNIDADE 5 fluorescentes coloridos em cada um dos quatro tipos identificados por cores diferentes (Figura 3). Além disso, todos os elementos da reação, inclusive, os ddNTPs, seriam adicionados juntos em um mesmo tubo. Com o uso de um termociclador que desencadeia o processo de replicação em várias etapas (ciclos), disponibili- zando a variação de temperaturas ideais, repetidas várias vezes cada condição para os ciclos, o resultado seria a formação dos fragmentos gerados durante a reação de sequenciamento. No momento da adição de um ddNTP, a extensão do fragmento seria interrompida e, consequentemente, marcada com o último didesoxinucleotídeo incorporado. A leitura da sequência de cada nucleotídeo seria condiciona- da aos diferentes ddNTPs, marcados com fluoróforos distintos, os quais são identificados em um sequenciador automático. O sequenciador automático tem o papel de excitar, por meio de um feixe de laser, os fragmentos formados, que emitem luz em diferentes comprimentos de onda, correspondentes ao fluoróforo do ddNTP do final do fragmento, os quais, posteriormente, são detectados por um fotomultiplicador (Figura 3). A informação será transmitida a um computador, que processa os dados. Depois, eles são restaurados em formato de eletroferograma ou de texto (fasta), seguidos da análise de bioinformática (GIUSTI; KETTE- NER; FUCHS-FERRAZ, 2016). Apesar de o método que utiliza o feixe de laser ser mais caro que as placas de vidro e os géis tradicionais, essa nova máquina de sequenciamento (Figura 4) demanda menos tempo e gera sequên- cias de dados mais baratas que qualquer outro método tradicional. Com essa tecnologia, foi possível expandir a detecção de sequên- cias de moléculas de DNA contendo milhares de nucleotídeos em poucas horas e genomas inteiros de centenas de organismos. Um exemplo do uso dessa tecnologia voltado à saúde humana foi o sequenciamento completo do genoma pelo Projeto Genoma Humano, realizado por Craig Venter e colaboradores, com muito esforço, entre 1990 e 2000, sequenciando os 3,2 bilhões de pares do DNA de uma célula humana (COX; DOUDNA; O´DONNELL, 2012; HEATHER; CHAIN, 2016; NELSON; COX, 2019). 112 UNICESUMAR Iniciador 3´ Sonda de sequênciadesconhecida DNA- polimerase Quadro dNTP, Quadro ddNTP Desnaturação Segmentos de DNA marcados com corante �uorescente, copiados do molde com sequência desconhecida Resultado gerado por computador após a passagem das bandas pelo detector Migração do DNA Segmento marcados com corante �uorescente aplicados a um gel capilar é submetido a eletroforese Detector Laser Feixe de laser 20 30 40 C TC G T T T G A T G G T G G T T C C G A A A T C G G Figura 3 - Primeiras modificações do método de Sanger / Fonte: Nelson e Cox (2019, p. 294). Descrição da Imagem: a figura mostra uma das primeiras modificações do método de Sanger. Nele, são utilizados ddNTPs marca- dos com fluorescência, os quais mostram as cores dos didesoxinucleotídeos que terminam os fragmentos. Além disso, são expostas seis moléculas de DNA molde (barra azul) ligadas à iniciadores (barra curta em amarelo). Por meio de uma seta voltada para baixo, é feita a indicação da adição do DNA polimerase, dNTP e ddNTP (descritos do lado esquerdo da seta). Abaixo da indicação da seta, são expostos os segmentos replicados (barra azul, na horizontal, que é o DNA molde, associado ao fragmento que está sendo replicado e em tamanhos diferentes, ligados a uma barra curta e amarela, a fim de simbolizar o primer). Em cada um deles, há, pelo menos, um dos ddNTPs contendo A, C, G ou T. Os ddNTPs estão representados no interior de círculos contendo a inicial da base do ddNTP e as cores dos corantes que os representam, a saber: verde (A), azul (C), amarela (G) e vermelha (T). Há outra seta com a ponta voltada para baixo, a qual mostra que os segmentos replicados passam por um processo de desnaturação. Todavia, agora, são mostrados somente os fragmentos de tamanhos diferentes (seis barras deitadas uma abaixo da outra. Cada uma contém, na extremidade esquerda, uma barra curta em amarelo, representando o primer, a extensão, simbolizada por uma barra azul e, na extremidade direita, os círculos com as cores de cada ddNTPs específicos), os quais foram formados e identificados pelas cores dos didesoxinucleotídeos. Do lado direito da figura, há uma coluna de eletroforese de tubo capilar que contém, no interior, o equipamento de sequenciamento, no qual são colocados os fragmentos replicados. Eles são separados em um único tubo. A observação das cores de cada fragmento gerado é detectada por um feixe de laser (caixa que se encontra do lado direito da coluna do tubo de eletroforese e que emite uma linha vermelha) o qual passa pela coluna à medida que as bandas passam pelo detector (caixa situada no lado esquerdo, paralelo ao feixe de luz). Essas informações vão diretamente a um computador. Por último, é mostrado um gráfico com picos coloridos. Na base de cada pico, existe um nucleo- tídeo, representado pela letra e correspondendo à cor de cada um dos didesoxinucleotídeos detectados nos fragmentos replicados. 113 UNIDADE 5 Figura 4 - Representação de um equipamento de sequenciamento moderno / Fonte: Thermofisher ([2021], on-line)². Descrição da Imagem: trata-se da representação do equipamento (analisador genético 3500xL) que faz o processo de sequenciamento. Ele está situado do lado direito e apresenta o formato de uma caixa quadrada nas cores azul e cinza. Na frente dele, há uma região de vidro transparente (de formato retangular, a qual ocupa a metade da parte superior do equipamento e é delineada, ao redor, pela cor azul), na qual é possível visualizar o interior. Um pouco abaixo do vidro, encontra-se uma faixa azul com os botões de comando. Do lado esquerdo, encontram-se um monitor menor que o equipamento de sequenciamento (com imagens de resultados do sequenciamento) e um CPU. Na frente do computador e do equipamento de sequenciamento, estão as caixas com o software de coleta de dados e um disco de CD. Outras caixas também estão presentes e são os kits de reagentes para a qualificação do sistema. “Após 30 anos, cientistas dizem que DNA humano foi 100% sequenciado” (DUARTE, 2021, on-line). Esse é um título de uma reportagem publicada em 2 de junho de 2021. Há algum tempo, pensávamos que já tivessem superado esse trabalho. No entanto, os resultados finais apresentados em abril de 2003 revelaram que ainda faltaram alguns pedaços, algumas lacunas que somavam cerca de 8% do genoma humano. Nesses 18 anos após a divulgação dos resultados do Projeto Genoma Humano (PGH), os estu- dos genéticos não pararam. Com o uso de novos métodos e tecnologias de sequenciamento genético, inclusive, de empresas do setor privado, como a Pacific Biosciences (PacBio), da Cali- fórnia (EUA), e a Oxford Nanopore, do Reino Unido, foi possível preencher todas as lacunas do histórico PGH. As células utilizadas na pesquisa também foram cuidadosamente selecionadas. A equipe sequenciou o DNA de uma linhagem celular chamada CHM13, proveniente de um tumor benigno no útero, resultante de falha na fertilização de um óvulo. Fonte: adaptado de Duarte (2021). 114 UNICESUMAR O maior passo dado na inovaçãodas novas tecnolo- gias de sequenciamento, descritas como tecnologias NGS (Sequenciamento de Nova Geração), em inglês, Next Generation Sequencing, aparece, inicialmente, em 2005, quando a forma comercial é utilizada. A partir disso, essas tecnologias só evoluíram. A grande vantagem delas está no fato de que todos os tipos pro- movem o sequenciamento de DNA em plataformas capazes de gerar informações sobre milhões de pares de bases em uma única corrida. Apesar de essas tecnologias apresentarem diferen- ças consideráveis entre si, todos os sequenciadores de NGS se baseiam no processamento paralelo massivo de fragmentos de DNA. Dessa forma, a principal dife- rença se refere ao número de fragmentos processados. Enquanto um sequenciador de eletroforese processa, no máximo, 96 fragmentos por vez, os sequenciadores de nova geração podem ler até bilhões de fragmentos ao mesmo tempo (NEOPROSPECTA, 2016). O primeiro sequenciador lançado da nova geração foi apresentado pela empresa de biotecnologia 454 Roche. Ele foi utilizado para sequenciar o genoma inteiro da bactéria Mycoplasma genitalium. A base desse método é a incorporação de um nucleotídeo que traduz a emissão de luz a partir de um pirofosfato liberado na reação no momento em que cada nucleo- tídeo específico é incorporado à molécula de DNA. Esse método foi chamado de pirosequenciamento (GOODWIN; MCPHERSON; MCCOMBIE, 2016). O pirosequenciamento proposto por Mostafa Ronaghi, em 1996, utiliza, no sequenciamento, uma combinação de reações enzimáticas que iniciam com a liberação de um pirofosfato oriundo da adição de um desoxinucleotídeo à cadeia. Em seguida, esse pi- rofosfato é convertido em ATP pela ATP sulfurilase e utilizado pela luciferase para oxidar a luciferina, pro- duzindo um sinal de luz capturado por uma câmera CCD (charge-coupled device) acoplada ao sistema (Figura 5) (CARVALHO; SILVA, 2010). 115 UNIDADE 5 A A A AA A A A A A A G G G G G G G G G G G T TT T TT C C C C C C C C P P P P P P S S Pulso de dATP 5’ 3’ 5’ 3’ Sem �ash de luz; dATP degradado pela apirase Pulso de dGTP Incorporação da base, liberação de pirofosfato A sulfurilase usa pirofosfato para converter adenosina-5’- -fosfosulfato em ATP Flash de Luz Na presença de ATP, a luciferase reage com luciferina (a) (b) Sequência de nucleotídeos A A GG T C G GTT C A G T C A G T C A G Nucleotídeo adicionado 2 1 In te ns id ad e re la tiv a da lu z Descrição da Imagem: a Figura (a) mostra uma fita de DNA molde, representada por uma barra azul deitada. Ela é ligada por uma linha curta e preta às bases nitroge- nadas (com a estrutura química representada por dois anéis para a A e G, e um anel para T e C). Cada uma delas estão representadas pelas seguintes cores: A- azul; G- ver- de; T- amarela; C- vermelha. A sequência é: TCCAGCAAGT. Acima da fita molde e associado a ela, é exposto um seg- mento curto (primer) com cinco nucleotídeos na seguinte sequência: AGGTC. Uma pequena seta acima dessa fita molde indica que está sendo adicionado um pulso dATP (três estruturas químicas em forma de dois anéis da base adenina na cor azul). Por meio de uma seta mais longa e com a ponta voltada para baixo, do lado direito, está escrito no interior de uma caixa de texto cinza: “Sem flash de luz” e “dATP degradado pela apirase”. Abaixo da ponta da seta, está redigido “Pulso de dGTP". Em seguida, por intermédio de uma seta curta, é mostrada a imagem da estrutura química do dGTP (dois anéis na cor verde com a letra G no interior de um deles, a fim de representar a guanina). A ponta da seta curta é direcionada à imagem repetida da fita molde ligada ao primer. Abaixo da fita molde com o primer, encontra-se mais uma seta longa e descrita do lado direito da seguinte maneira: “Incorpora- ção da base, liberação de pirofosfato”. Como a próxima base da fita molde é a C (citosina) e o pulso efetuado pelo sistema foi de dGTP, a base foi incorporada. Seguindo o desenho abaixo da ponta da seta, são expostos os grupos fosfatos sendo liberados no interior de um círculo com a letra P. O processo ainda apresenta mais uma seta após a liberação dos grupos fosfatos liberados. Do lado direi- to dela, está redigido: “A sulfurilase usa pirofosfato para converter adenosina- 5´ fosfosulfato em ATP”. Passa-se, no meio da seta, outra seta na forma de hélice. Do lado esquerdo, é evidenciada a entrada da enzima sulforila- se (S) e a estrutura química da adenosina 5 -́fosfosulfato (nucleotídeo contendo a adenina com o duplo anel em azul, além da pentose e do grupamento fosfato no interior de um círculo com a letra P, o qual está ligado à enzima sulfurilase, que está no interior de um círculo com a letra S). No lado direito, no final da ponta da seta, em forma de hélice, é indicada a saída da enzima (S) por um círculo com a letra S no interior. Na ponta, a seta longa (vertical) está indicando a liberação da molécula de ATP (estrutura quí- mica com as bases adenina em azul + pentose + PPP). Uma última seta abaixo da estrutura do ATP, do lado direito, apresenta a seguinte informação: “Na presença de ATP, a luciferase reage com luciferina”. Abaixo da ponta da seta, é apresentada uma luz amarela sendo emitida e, no interior dela, está escrito: “Flash de luz”. Aqui, é evidenciado que, na presença de ATP, a enzima luciferase adicionada na reação reage com o ATP, transformando-se em luciferina, e emite o flash de luz. Ao lado direito, encontra-se a Figura 5 (b), um gráfico que evidencia os picos, pela cor vermelha, das sequências de dNTPs adicionados. No eixo X, estão as letras que representam os nucleotídeos adicionados. Por outro lado, no eixo y, encontra-se a medição da intensi- dade de luz mostrada nos picos do gráfico. Quando são adicionados dois nucleotídeos de bases iguais seguidas, por exemplo, duas citocinas (C), os picos são maiores que quando adicionada uma única base. No entanto, quando nenhum nucleotídeo é adicionado, a linha vermelha fica na base, como uma reta, por exemplo. Figura 5 (a) - Fita de DNA molde; (b) - Gráfico dos picos das sequências de dNTPs adicionadas Fonte: Nelson e Cox (2019, p. 295). 116 UNICESUMAR Atualmente, vários métodos de nova geração surgiram ao mesmo tempo, baseados na inde- pendência da amplificação prévia da amostra e na detecção de uma única molécula. Além disso, já é possível fazer o sequenciamento de genomas completos de vários indivíduos simultaneamente, diminuindo, de maneira significativa, o custo e o tempo das análises (NEOPROSPECTA, 2016). O sequenciamento feito pelo método de NGS é distribuído em quatro etapas principais (Figura 6). A primeira etapa acontece quando a amos- tra coletada é submetida à extração do DNA ou RNA. Já a segunda etapa ocorre quando ela é conduzida à preparação de bibliotecas (refere-se às coletâneas de fragmentos de DNA de origem genômica, transcriptômica ou metagenômica). Dessa maneira, as amostras do material extraído são submetidas às fragmentações randômicas por métodos físicos ou químicos. São exemplos de métodos físicos de fragmentação: sonicação e nebulização. Por outro lado, são exemplos de métodos químicos: enzimas de restrição. Finalizada a segunda etapa, a de fragmentação, a amostra é submetida ao sequenciamento, que é a terceira etapa. Os aparelhos NGS sequenciam a amostra de DNA e geram milhões de fragmen- tos curtos (chamados de reads). Para saber exa- tamente onde essas sequências estão localizadas no genoma da amostra analisada, os reads são comparados a um genoma de referência construí- do no Projeto Genoma Humano. Nesse sentido, na quarta etapa, são realizadas as análises dos da- dos pela bioinformática. A partir disso, é possível investigar na literatura e nos bancos de dados a possível sequência de nucleotídeos extraídos e detectar se há a presença de variações (KREMER, 2019; ENTENDA..., 2020). 117 UNIDADE 5 Amostra Extração de DNA Sequenciamento Preparação de BibliotecaA G T G C G T A A G G T C G T C G G G T C C C C G T G A C C A G T T G A C T A G A G A A C G T A A G C A T G T C T T C A Análise Bioinofrmática Abracadabra Index Figura 6 - Principais etapas do Sequenciamento de Nova Geração (NGS) / Fonte: Entenda... (2020, on-line). O Sequenciamento de Nova Geração (segunda, terceira…) é coordenado por diferentes plataformas, ou seja, os equipamentos onde ocorrem o sequenciamento. Existem diferentes plataformas disponíveis no mercado, as quais se diferem em relação à tecnologia e ao método utilizado para o sequenciamento em massa. Os métodos chamados de segunda geração incluem as plataformas Ion Torrent e Illumina. Já os de terceira geração abrangem o Pacific Biosciences e o Oxford Nanopore, que utilizam desde polimerases modificadas imobilizadas em uma superfície até nanoporos que detectam variações de corrente elétrica ou, ainda, a liberação de íons resultantes do processo de polimerização da molécula nascente, como na tecnologia Ion. Todas as plataformas desenvolvidas são frequentemente utilizadas nas rotinas de laboratório e cada uma apresenta as vantagens e as especificidades. No quadro a seguir, é possível fazer algumas comparações. Esse Descrição da Imagem: trata-se de uma ilustração da ordem dos eventos necessários para sequenciar uma amostra utilizando o método de NGS. No topo da figura, são mostrados dois tubos. Um tem uma tampa azul contendo o equipamento de coleta, o swab, e, na extre- midade externa, há uma etiqueta de código de barras. Já o outro tem uma tampa roxa e mostra, no interior, um conteúdo interno de cor vermelha ocupando 1/3 do frasco. Por meio de uma seta na posição horizontal, é mostrada a imagem de uma molécula de DNA dupla fita (uma das fitas está na cor laranja-claro, enquanto a outra está na cor laranja-escuro. Internamente, elas estão unidas por traços na cor cinza) lateralmente. Após a representação do DNA, está escrito: “Extração de DNA”. Dando continuidade às etapas, mais uma seta indica a preparação da biblioteca de fragmentos. Ela mostra uma placa no formato de um quadrado cheio de pontos laranja no interior. Do lado direito da biblioteca, é exposta uma molécula de DNA no interior de um círculo e, abaixo dele, há um código de barras com a palavra “Index”. Mais uma seta transversal indica a imagem de um equipamento de sequenciamento, o qual é representado por meio do formato de uma caixa na cor cinza-claro com quatro faixas. A primeira é cinza-escuro, a segunda, mais fina, é verde, e tem escrita a palavra “Sequenciamento”. Separada por um espaço, está mais uma faixa cinza-escuro com o nome do equipamento redigido na parte superior do lado direito. Na base do sequenciador, está a última faixa cinza-escuro. Por outro lado, na parte superior do equipamento, é representada uma tela retangular com as letras das bases dos nucleotídeos distribuídos em cinco linhas e 12 colunas. Uma última seta horizontal, cuja ponta se volta ao lado esquerdo, mostra um monitor de computador com as imagens de vários gráficos da análise do sequenciamento. Na base do monitor, está escrita a seguinte frase: “Análise bioinformática Abracadabra” (plataforma de análise da bioinformática). 118 UNICESUMAR é um campo em constante desenvolvimento e aprimoramento. Dessa forma, a evolução de uma próxima geração facilitará a busca por uma maior quantidade de sequências com maior tamanho de fragmentos, melhor qualidade e menor custo por base sequenciada (SAFADY, 2019; NEOPROSPECTA, 2016). Plataforma Tamanho da sequência Capacidade Máxima Quantidade de Reads Tempo de corrida Taxa de Erro Sequenciamento por ligação SoliD 50-75pb 80- 32Gb ~700M- 1,4B 6- 10d ≤ 0.1% Viés AT Sequenciamento por síntese com terminação reversível a cada ciclo Illumina MiniSeq 75- 150pb 1- 75Gb 14- 50M 7- 24h < 1% substituição IlluminaMiSeq 36- 300pb 540Mb- 15Gb 12- 50M 4- 56h 0.1% substituição IlluminaNextSeq 75- 150pb 16- 120Gb 250- 800M 11- 26h <1% substituição IlluminaHiSeq 36- 250pb 9- 900Gb 300M- 4B 7h- 6d 0.1% substituição Sequenciamento por síntese com detecção de sinal na incorporação de nucleotídeo único 454GS 400- 1000pb 35- 700Mb 0.1- 1M 10- 23h 1% indel Ion PGM 200- 400pb 30Mb- 1Gb 0.4- 5.5M 3- 23h 1% indel Ion Proton até 200pb até 10Gb 60- 80M 2- 4h 1% indel Ion S5 200- 400pb 600Mb- 15Gb 3- 80M 2- 4h 1% indel Moléculas únicas em tempo real- reads longos Pacific BioSciences 8- 20Kb 500 Mb - 7Gb 0,05 - 0,35M 1- 6h ~13% Oxford Nanopore até 200Kb até 4Tb > 100.000 até 48h ~12% Quadro 1 - Comparativo entre as plataformas de Sequenciamento de Nova Geração (Solid, Illumina, 454 GS, ION, Pacific BioS- ciences e Oxford Nanopore) / Fonte: Goodwin, Mcpherson e Mccombie (2016, p. 341). O sequenciamento de Sanger era um método de sequenciamento muito utilizado até mesmo após a geração dos novos sequenciadores, uma vez que a principal vantagem dele era a possibilidade de fazer leituras de um número maior tamanhos de fragmentos. No entanto, atualmente, a tecnologia de NGS vem sendo aprimorada em relação ao tamanho médio dos fragmentos curtos de DNA gerados (reads), que podem alcançar o tamanho médio dos fragmentos obtidos pela técnica de Sanger, ou seja, 750 pares de bases. Quanto ao custo-benefício, o método de Sanger apresenta, como desvantagem, a dependência de uma grande quantidade de material genético, o que pode inviabilizar as análises em ampla escala (GIUSTINI; KETTENER; FUCHS-FERRAZ, 2016; KWOK; CHIANG, 2016). As aplicabilidades da técnica de sequenciamento são variadas. Se retornarmos ao início de nossa análise, no caso da deterioração dos produtos de panificação da empresa de Vicente, é possível prever a importância da técnica de sequenciamento e delimitar a técnica que seria possível utilizar para atingir os resultados de controle adequado. Reflita sobre qual técnica escolher. Muito provavelmente, seria inte- 119 UNIDADE 5 ressante optar pelo sequenciamento de nova geração NGS, uma vez que, para fazer a técnica de Sanger, seria mais demorado. Com o sequenciamento de DNA, é possível identificar todos os microrganismos presentes nas cadeias produtivas, além de rastrear os microrganismos encontrados, saber onde estão os repositórios e entender como estão se espalhando na empresa, para que se possa fazer o controle adequado, caso se trate de bactérias deteriorantes e patogênicas, por exemplo (NEOPROSPECTA, 2016). Além disso, a técnica vem sendo utilizada no ramo alimentício para a detecção de fraudes. Um exemplo foi uma operação que foi feita em 2017 pela Polícia Federal em frigoríficos do país. Na época, foi revelado que carne vencida e moída com papelão era vendida no Brasil. Também houve um grande escândalo revelando a presença de carne de cavalo em produtos na Europa. Em outro caso, um DNA de porco foi encontrado em grande parte dos produtos identificados como bovinos. Nesse aspecto, o sequenciamento pode identificar segmentos específicos de DNA presentes nos alimentos, os quais podem apontar claramente a composição deles. O DNA dos alimentos, sequenciado em plataformas de alto desempenho (NGS), revela os ingredientes animais ou vegetais que o compõem e auxilia no rastreamento de possíveis fraudes e adulterações (NEOPROSPECTA, 2016). O sequenciamento também pode ser aplicado à área de monitoramento ambiental. Suponha que em um hospital tenha registrado casos frequentes de infecções em pacientes de uma determinada área. Nesta situação, é possível, com o uso de swabs, recolher uma amostra dos microrganismos presentes em equi- pamentos eletrônicos, cadeiras, corrimão, porta de banheiros, torneiras, mãos ou qualquer superfície que possa estar presente um microbioma. A grande vantagem da técnica de sequenciamento é a possibilidade de identificar e conhecer, por apenas uma pequena quantidade de uma amostra, todos os microrganismos que estavam presentes no momento da coleta. Uma análise do microbioma dá a oportunidade de apre- sentar uma escolha específica em casos de contaminações microbiológicasou disponibilizar métodos de controle em ambientes que precisam estar limpos e livres de contaminações (NEOPROSPECTA, 2018). Já imaginou poder sequenciar todos os seus genes? Detectar a pro- babilidade de ter a propensão de desenvolver uma determinada doença? A atriz Angelina Jolie popularizou o feito, após divulgar que optou por retirar os seios para prevenir o câncer de mama, depois de realizar um sequenciamento genético que detectou a propensão para o desenvolvimento da doença. Essas e outras ações podem ser feitas com o conhecimento do funcionamento dos genes. Será que essa técnica está dis- ponível no Brasil? Qual é o custo? Essas e outras curiosidades você verá nesta reportagem. Acesse o QRCode e confira! https://apigame.unicesumar.edu.br/qrcode/11343 120 UNICESUMAR Na área da medicina, o sequenciamento pode monitorar o ambiente dos microrganismos presentes no nosso corpo. Por exemplo, amostras coletadas das fezes podem revelar algumas funções fisiológicas nossas. Segundo Christoff et al. (2019), por meio do sequenciamento da amostra, é possível conhecer os hábitos e a saúde das pessoas, medir a eficiência do uso de antibióticos, fazer uma otimização e uma avaliação da eficácia de tratamentos probióticos e prebióticos, conhecer os microrganismos patogêni- cos presentes na flora intestinal, além de fomentar estudos para diagnóstico e tratamento de doenças. As funcionalidades do sequenciamento não são apenas essas. Ele pode ser usado no estudo de genes e entender quais proteínas codificam, assim como é possível observar o que levam as trocas nos genes. Na biologia evolutiva, o sequenciamento do DNA é útil para entender como diferentes organismos estão relacionados e, na ciência forense, é o corriqueiro meio de identificação de organismos e utilizado em testes de paternidade. Você já ouviu alguém falar da medicina personalizada? Trata-se de uma forma revolucionária de investigação de uma doença. Nela, mostra-se a possibilidade de encontrar o tratamento certo de forma individualizada e, sobretudo, no tempo certo. A principal ferramenta utilizada para essa análise é a técnica de sequenciamento do DNA. Ela permite obter diagnósticos precisos. No podcast deste ciclo de aprendizagem, apresento algumas informações e curiosidades so- bre a medicina personalizada. Não deixe de ouvir! Não é por acaso que a biologia molecular é uma das disciplinas da sua grade curricular. Entender a estrutura, a funcionalidade e o processamento das moléculas de ácidos nucleicos, como o DNA e o RNA, é a base da biologia molecular. Desse modo, o estudo aprofundado com o uso das tecnologias existentes ajuda a compreender o funcionamento dos organismos vivos. Por exemplo, agora, você sabe muito mais que simplesmente os conteúdos básicos das infor- mações de DNA. Nesta unidade, você compreendeu que essas moléculas podem ser lidas ponto a ponto pelo método de sequenciamento e é possível aproveitar as informações, a fim de detectar características genéticas, como os patógenos, os quais iniciaram a nossa discussão. Vicente optou pela técnica de sequenciamento, provavelmente, sequenciamento em tempo real, para detectar qual era o microrganismo que estava causando prejuízos. Eventualmente ou frequentemente, esse será um dos conhecimentos que você necessitará resgatar em algum período de sua trajetória profissional, uma vez que a biomedicina apresenta um leque de aplicabilidades de investigações. Essa pode ser uma delas! https://apigame.unicesumar.edu.br/qrcode/9065 121 Chegou o momento de concluir este ciclo de aprendizagem fazendo uma verificação dos co- nhecimentos adquiridos sobre o sequenciamento de DNA. A seguir, está disposto um mapa de empatia. Nele, você deverá preencher as lacunas vazias que definem as características que estão interligadas. Vamos lá! SEQUENCIAMENTO DE DNA 1 Aplicabilidade Detecção de micro-organismos Monitoramento ambiental Detecção de fraude em alimentos 2 Em 1977 quando tudo começou Dois pesquisadores consolidaram o desenvolvimento do sequenciamento de DNA Alan Maxam e Walter GilbertFrederick Sanger Baseia na utilização de ddNTPs que interrompe o processo de replicação 3 Sequenciamento convencional Componentes: 5 DNA Polimerase ddNTPs (A, C, G, T) Direcionados para a eletroforese 4 6 Sequenciamento automatizado de Sanger Utiliza sondas �uorescentes em cada ddNTP A reação é aplicada Separados em tamanhos Computador revela picos que mostram cada nucleotídeo Sequenciamento de NGS - tipos: 7 PirosequenciamentoEmitem luz 122 1. O sequenciamento é uma técnica que surgiu após os estudos relacionados à compreen- são da molécula de DNA e os componentes dela. Por volta de 1977, foi consolidada a primeira estreia de dois protocolos para aplicar a técnica. Ela foi apresentada por dois pesquisadores: Alan Maxam e Frederick Sanger. Em relação à técnica de sequenciamento de DNA, assinale a alternativa correta: a) É uma técnica capaz de identificar as sequências de aminoácidos presentes na molé- cula de RNAm. b) O sequenciamento é uma técnica capaz de identificar os nucleotídeos, de forma or- denada, presentes no genoma de um organismo. c) O sequenciamento permite a identificação de nucleotídeos de uma molécula de DNA, mas não possibilita analisar a ordem. d) A técnica de sequenciamento corresponde ao modo com que a molécula de DNA pode se replicar durante o processo de reprodução celular. e) Sequenciar o DNA é o modo pelo qual os cientistas visualizam a estrutura geral e relaciona com a função gênica. 2. Historicamente, o sequenciamento de DNA foi iniciado em 1977 e o pesquisador que apresentou o processo mais aceito e fácil de desenvolver foi Frederick Sanger. Dessa forma, a metodologia foi chamada de sequenciamento de Sanger. Assinale a alternativa que melhor descreve os elementos essenciais e utilizados no sequenciamento de Sanger e o processo de desenvolvimento dessa metodologia: a) O sequenciamento de Sanger consiste na utilização do DNA polimerase, uma fita molde de DNA, um iniciador, desoxinucleotídeos e os didesoxinucleotídeos. O evento se processa pelo término da replicação de um DNA em pontos diferentes, que são visualizados e analisados por eletroforese. b) O sequenciamento de Sanger consiste na utilização do DNA polimerase, uma fita molde de DNA, um iniciador, desoxinucleotídeos e enzimas de restrição. O evento se processa pelo término da replicação de um DNA em pontos diferentes, por meio da ação da enzima de restrição. Depois, são visualizados e analisados por eletroforese. c) O sequenciamento de Sanger consiste na utilização do DNA polimerase, uma fita molde de DNA, um iniciador, desoxinucleotídeos e didesoxinucleotídeos. O evento se processa pelo término da transcrição de um DNA em pontos semelhantes, que são visualizados e analisados por autorradiografia. d) O sequenciamento de Sanger consiste na utilização do RNA polimerase, uma fita molde de DNA, um iniciador e desoxinucleotídeos. O evento se processa pelo término da replicação de um DNA em pontos diferentes, que são visualizados e analisados por eletroforese. 123 e) O sequenciamento de Sanger consiste na utilização do DNA polimerase, uma fita molde de DNA, um iniciador, desoxinucleotídeos e didesoxinucleotídeos. O evento se processa pelo início da replicação de um DNA em pontos diferentes, que são marcados por sondas e visualizados por técnicas computadorizadas. 3. O desenvolvimento da técnica de sequenciamento foi consolidado quando Sanger descobriu que, se conseguisse interromper a replicação de um mesmo DNA em pontos diferentes, ele poderia juntar essas fitas menores e formar a sequência completa do DNA. O aspecto essencial para efetuar o término da replicação se deve ao uso de qual elemento na reação? Assinale a alternativa correta: a) O elemento da reação que interrompe a replicação é o iniciador marcado radioati- vamente, pois não permite que mais nenhum nucleotídeo possa ser adicionado na replicação. b) O elementoque interrompe a síntese de DNA é representado pelos didesoxinucleotí- deos (ddNTP’s), por não terem o grupamento 3´hidroxila, necessário para permitir a associação do próximo nucleotídeo (dNTP). c) O componente que não permite a continuação da replicação é a enzima de restrição que é colocada no processo, a qual faz a quebra da fita e interrompe a síntese do DNA. d) O elemento-chave do sequenciamento de DNA é a introdução de grupamentos de pirofosfatos, que emitem luz e permitem verificar o nucleotídeo replicado. e) O componente que cessa a replicação e permite visualizar o nucleotídeo final introdu- zido durante a síntese são os nucleotídeos marcados radioativamente. 4. Com o passar dos anos, o processo de sequenciamento foi sendo atualizado a partir das ideias de Sanger. Atualmente, temos os Sequenciadores de Nova Geração (NGS), que são utilizados frequentemente nos laboratórios para análises diversas. Quais são as vantagens e as desvantagens que essas inovações trouxeram em relação ao método de Sanger? 5. O primeiro sequenciador lançado da nova geração foi apresentado pela empresa de biotecnologia 454 Roche. A primeira aplicação divulgada foi para sequenciar o genoma inteiro da bactéria Mycoplasma genitalium. Esse método foi chamado de pirosequen- ciamento. Sobre o pirosequenciamento, assinale a alternativa correta: a) O pirosequenciamento, diferentemente do método tradicional de Sanger, não utiliza didesoxinucleotídeos (ddNTP’s). Ao contrário, adiciona um grupamento de pirofosfato 124 no desoxinucleotídeo, combinação que ajuda no progresso de reações que fazem as enzimas presentes emitirem luz. b) O pirosequenciamento utiliza uma combinação de reações enzimáticas, além dos di- desoxinucleotídeos (ddNTP’s), que liberam um pirofosfato. Em seguida, o pirofosfato é convertido em ATP. Pela ATP sulforilase, é realizada a luciferase, a fim de oxidar a luciferina, produzindo um sinal de luz. c) A sulforilase é uma das enzimas presentes no processo de pirosequenciamento, que libera o grupamento pirofosfato e produz um sinal de luz capturado por uma câmera CCD (charge-coupled device) acoplada ao sistema. d) Os pirofosfatos liberados pelos nucleotídeos no processo de pirosequenciamento são convertidos em ATP pela ATP luciferase, sendo esta utilizada pela sulforilase para produzir um sinal de luz capturado por uma câmera CCD (charge-coupled device) acoplada ao sistema e) O pirosequenciamento, assim como o método de Sanger, utiliza, como modo de visua- lização, a eletroforese para analisar as sequências de nucleotídeos lidos. 6. De acordo com o professor Vasco Azevedo, do Departamento de Biologia Geral do ICB- UFMG, há uma grande relevância dada aos sequenciamentos para a prevenção de grandes contaminações de patógenos, como no atual caso do SARS-CoV-2. O do- cente explica que o sequenciamento veio como uma facilidade para área da genética, pois é possível analisar diretamente o ácido nucleico e comparar com outros, com o intuito de verificar a evolução de uma determinada doença, como o SARS-Cov-2. CORONAVÍRUS: entenda a importância do sequenciamento genético. Fundep, 16 mar. 2020. Disponível em: https://www.fundep.ufmg.br/coronavirus-sequenciamen- to-genetico/. Acesso em: 14 dez. 2021. Sobre a aplicabilidade da técnica de sequenciamento, descreva, pelo menos, outras cinco utilidades que esse método trouxe para a humanidade. 6 Nesta unidade, você saberá como identificar uma sequência de DNA que esteja alterada, quando comparada ao estado normal. Perceberá que a detecção das alterações de sequência gênica demonstra a variabilidade das características expressas nos in- divíduos, as quais podem estar associadas a elementos positivos ou negativos para o indivíduo. Além disso, conhecerá os tipos de metodologias utilizadas para identificar essas alterações, tais como os biomarcadores e as características. Verá, ainda, algumas aplicabilidades dessas técnicas na área da saúde. Marcadores moleculares que determinam e analisam o DNA e as aplicações dele na pesquisa na área biomédica Dra. Ana Luisa Monezi Lucena 126 UNICESUMAR Leia o estudo de caso a seguir: Antônio, há alguns anos, vem, exaustivamente, passando por tratamentos para tentar impedir a disseminação de um câncer no fígado. Mesmo depois de passar por três cirurgias por anos consecutivos, ainda não foi possível eliminar o tumor. Desde 2008, tem utilizado medicamen- tos e feito investigações constantes, a fim de obter uma melhor qualidade de vida. Recentemente, foi detectada, por meio de exames clínicos, uma alteração nas sequências de DNA presentes nas células do pulmão. Isso revela uma possível metástase. Diante do caso de Antônio, você já imaginou como poderiam ser identificados os cânceres de fígado e do pulmão por exames moleculares? Quais são as vantagens de se identificar uma determinada doença por meio de exames moleculares? Como a medicina tem se beneficiado do estudo dos genes? Quais são as aplicações e práticas imediatas? O que se espera para o futuro? Quais são as implicações éticas? Suponha que uma característica é associada a uma doença manifestada ou é detectada a resistência do indivíduo a determinadas qualidades: essas são situações condicionadas às informações presentes no DNA e aos fatores ambientais que determinam a expressão de tais características. Atualmente, com o advento da biologia molecular, essas modificações podem ser identificadas de forma rápida e menos invasiva, assim como acontece no problema de Antônio. A importância da análise evidencia que é possível entender como os nossos genes funcionam quando estão normalizados e compreender os motivos pelos quais causam doenças quando alterados. O diag- nóstico molecular tem sido utilizado para um número crescente de patologias, auxiliando no aconse- lhamento genético e no diagnóstico pré-natal, com o intuito de evitar a proliferação de determinadas anomalias. Devido ao entendimento do funcionamento de determinados genes, na atualidade, já se tem a possibilidade de identificá-los antes ou após a manifestação deles e prever tratamentos específicos, de maneira que, se não for alcançada a cura, possa ajudar no tratamento e no prolongamento da vida, mesmo com a presença de alterações. Considere que você trabalha em um laboratório e deseja indicar para um médico os exames mais modernos, com o objetivo de detectar uma determinada doença e solucionar a interpretação de casos, como o de Antônio. Dessa forma, você, profissional da saúde, teria a oportunidade de apresentar os métodos da biologia molecular capazes de revelar os resultados necessários sem serem tão invasivos. 127 UNIDADE 6 A melhor maneira de iniciar a conversa é apresentar os métodos laboratoriais que identificam os genes alterados e que apontam tipos celulares e patologias específicas, mostrando a participação dos marcadores que os identificam. Para compreender ainda mais o assunto, faça uma breve pesquisa sobre os biomarcadores moleculares mais recentes e confiáveis para a identificação de doenças ou outras características dos organismos. Você pode utilizar os meios de circulação on-line, tais como artigos científicos e sites de laboratórios clínicos. Você já sabe a importância da detecção e da compreensão da funcionalidade da molécula de DNA em relação à manifestação de determinadas características no corpo e à atuação delas na vida. Além disso, você já percebeu que, com o desenvolvimento das ferramentas de biologia molecular, foi possível manipular a molécula de DNA e detectar as alterações que se relacionam a determinadas doenças. Nesta unidade, você entenderá que os aspectos descritos são essenciais para entender as facilidades que a biologia molecular trouxe para a detecção de sequências diferentes no material genético, vin- culadas às características incomuns. Os biomarcadores moleculares são uma das otimizações nessa área. Reflita: como o avanço dessas ferramentas podem ser benéficas para pessoas como Antônio,por exemplo? Registre os pontos essenciais da sua reflexão sobre o advento dos biomarcadores. DIÁRIO DE BORDO 128 UNICESUMAR A ideia de identificar as características marcantes nos organismos iniciou em meados dos anos 60, com os marcadores morfológicos. Eles se baseavam na observação morfológica dos indivíduos, tais como altura, cor, textura e reprodutibilidade. No entanto, em consequência desse tipo de marcador apresentar uma capacidade reduzida de análise morfológica e, por vezes, sofrer influência ambiental, não foi considerado suficiente e seguro em determinadas situações. Dessa forma, houve a necessidade de estudar e desenvolver marcadores mais completos, que vieram a aparecer após o lançamento das diferentes tecnologias de manipulação do DNA, chamados de marcadores moleculares e que exa- minam o material genético (TURCHETTO-ZOLET et al., 2017). Quando pensamos no significado da palavra “marcador”, logo vem em mente algo que possa destacar um elemento de interesse. Na biologia molecular, para essa finalidade, destaca-se o desenvolvimento de marcadores moleculares que revelam uma sequência de moléculas químicas que expressam as carac- terísticas importantes dos organismos. O surgimento dos marcadores moleculares aconteceu a partir da descoberta da estrutura e da funcionalidade da molécula de DNA, passando pelas metodologias desenvolvidas para a manipulação, como as enzimas de restrição, o DNA polimerase, a eletroforese, as técnicas de PCR e o sequenciamento genético. Esses avanços permitiram que o DNA, antes, entendido como uma molécula de difícil acesso, fosse uma molécula de fácil manipulação. Em 1980, o uso de marcadores moleculares passou a integrar rotineiramente a análise do DNA das mais diversas espécies, como plantas, animais, microrganismos e humanos. Desde então, eles vêm sendo aperfeiçoados e evoluem em conjunto com os avanços voltados às técnicas de sequenciamento em larga escala. A presença de vários tipos de marcadores moleculares e as diferenças de princípios, metodologias e aplicações requerem uma consideração cuidadosa na escolha de um ou mais desses 129 UNIDADE 6 métodos de acordo com a aplicação e os recursos (técnico, financeiro, equipamentos) disponíveis em cada centro de estudo (TURCHETTO-ZOLET et al., 2017). Os marcadores moleculares são uma espécie de marcas digitais que podem ser localizadas em partes do DNA de qualquer organismo vivo. Essas marcas são herdadas geneticamente e podem variar entre os indivíduos de uma espécie. Além disso, representam alterações na sequência de nucleotídeos da molécula de DNA, denominadas polimorfismos. Considere que o genoma é composto por, aproximadamente, 90% de sequências não codificadoras, ou seja, que carregam uma sequência de nucleotídeos que não será transcrita em RNA mensageiro, nem traduzida em proteína, correspondendo às sequências com funções regulatórias. Há outras sem função conhecida. No entanto, também existem, em pequena porcentagem, mas com grande importância, as se- quências que podem ser transcritas e traduzidas. Elas expressam uma determinada característica. Portanto, a maioria das alterações que ocorrem no DNA pode ser estável e não promover mudanças fenotípicas, uma vez que o número de sequências não codificadoras é a maioria (DIAS-SALMAN; GIACHETTO; MALAGO JR., 2009). Quando as variações ocorrem, elas são resultantes das mutações nas sequências de DNA decorrentes de inserções, deleções e substituições de bases ou erros de replicação do material genético, o que se transforma em uma leitura incorreta. O desenvolvimento e o uso de marcadores moleculares para a detecção e a exploração desses polimorfismos do DNA constituem um dos avanços mais significativos no campo da genética molecular. Isso se deve ao fato de que a utilização de marcadores localizados no DNA fornece um número praticamente ilimitado de informações distribuídas aleatoriamente ao longo do genoma (PIERCE, 2013; TURCHETTO-ZOLET et al., 2017). As variações das sequências gênicas detectadas por marcadores constituem uma forma de entender as características herdadas e predizer comportamentos vantajosos, ou não, para determinada espécie. Por isso, os marcadores moleculares são extremamente valorizados por quem investiga as relações entre genótipo e fenótipo e pelas áreas que envolvem a genética, a biologia molecular e a biotecnologia, como a genética de populações, a filogeografia, a filogenia molecular, o mapeamento genético, o diagnóstico das doenças genéticas e os testes de paternidade (TURCHETTO-ZOLET et al., 2017). As variantes dos marcadores moleculares apresentam três características principais que os des- tacam: o modo de detecção, a ação gênica e o rendimento de genes analisados. Quando é considerado o modo de detecção, são incluídos aqueles baseados em hibridização, em reação em cadeia da polimerase (PCR) e, por fim, os marcadores calcados em sequenciamento. Em relação à ação gênica, os marcadores podem ser classificados de acordo com o tipo de herança alélica e podem ser dominantes ou codominantes (Figura 1). Os marcadores codominantes possibilitam diferenciar os indivíduos homozigotos e heterozigotos, o que não é possível por meio de marcadores dominantes. Com eles, apenas é possível identificar a presença ou a ausência de um determinado alelo. Essa característica é muito importante dependendo do objetivo do estudo, já que, por exemplo, não é possível realizar a análise de paternidade com marcador dominante. 130 UNICESUMAR Por sua vez, os marcadores moleculares baseados no rendimento são definidos de acordo com a quantidade de loci genotipados por vez, considerando os de genotipagem de baixo rendimento, que permitem identificar poucos loci por vez, e os de genotipagem de alto rendimento, que identificam milhares de loci simultaneamente (TURCHETTO-ZOLET et al., 2017). A A1 A2 A2A1A P1 P1 P2 F1 P1 P2 F1 P2 P1 P2 a a 150 pb 100 pb Dominante Codominante 150 pb 100 pb Figura 1 - Representação das heranças alélicas dominante e codominante na diferenciação da expressão de alguns tipos de marcadores / Fonte: Marcadores... ([2021], [s.p.]). Descrição da Imagem: trata-se de uma representação das sequências parentais P1 e P2, que estão classificadas, de acordo com o tipo de herança alélica, em dominante (quatro sequências e um gel com o resultado da eletroforese localizados à esquerda da figura) e co- dominante (quatro sequências e um gel com o resultado da eletroforese localizados à direita da figura). Cada sequência é representada por duas barras de cor cinza. Em relação aos marcadores dominantes das quatro sequências, dois são P1 e dois P2, representando uma amplificação. A identificação do alelo A se dá por meio de uma barra menor de cor vermelha. Por outro lado, o alelo a é representado por meio de uma marcação em azul. Ambos estão localizados na parte interna da sequência. Em P1, cada sequência apresenta uma barra vermelha na parte inicial da barra superior da sequência e outra na parte final e inferior da barra da sequência. Em P2, cada sequência apresenta uma barra vermelha na parte inicial da barra superior da sequência, enquanto, na barra inferior, a marcação azul é vista na porção final. Após a eletroforese das três colunas do gel, em P1, mostra-se uma banda (pequena barra retangular preta re- presentando os fragmentos com o gene dominante AA), enquanto a coluna contendo os fragmentos de P2 não apresenta uma banda, já que os alelos são Aa e esse tipo de marcador é dominante, não mostrando os heterozigotos. A coluna com F1 apresenta a banda do alelo AA na mesma altura que a banda de P1. Desse modo, fica demonstrado que não herdou ´´a´´ de P2´´. Para a classificação do tipo codominante, as quatro sequências (duas P1 e duas P2) apresentam as barras vermelhas representando os alelos A. Em P1, são mostrados os alelos A1 nas duas sequências, uma barra no início da barra superior de cada sequência e uma na parte final da barra inferior. Ambas as sequênciasP1 apresentam 150 pares de base. Em P2, os alelos A2 têm as mesmas localizações que P1 nas duas sequências, mas os fragmentos de DNA carregam 100 pares de base cada um. Na visualização do gel, a coluna P1 mostra uma banda mais alta (representando o fragmento maior - 150pb), P2 uma banda mais baixa (representando o fragmento menor – 100pb) e F1 mostra as duas bandas observadas em P1 e P2 (duas bandas com posições diferentes na mesma coluna de F1, 150 pb e 100pb). Em F1, fica evidente que a caracterização é feita por meio de um marcador codominante, uma vez que foram expostos os dois tipos de variação herdadas dos pais, sendo um indivíduo heterozigoto. 131 UNIDADE 6 Os marcadores moleculares de DNA se expandiram com o desenvolvimento das técnicas de hibridi- zação e PCR. O primeiro tipo de marcador baseado no sistema de marcador genético de hibridização foi o polimorfismo no comprimento de fragmento de restrição (RFLP), do inglês, Restriction Fragment Length Polymorphism, inventado no início dos anos 70. Com base na propriedade de pareamento de bases complementares, é um sistema que permitiu o desenvolvimento de métodos que utilizam pequenos fragmentos de DNA como sondas, a fim de revelar polimorfismos apenas nas sequências homólogas a essa sonda (TURCHETTO-ZOLET et al., 2017; CHERIYYEDATH, 2019). O procedimento do RFLP inicia a partir da extração do DNA. Depois de separado, ele é submetido à clivagem com as enzimas de restrição conhecidas, as quais fazem o reconhecimento de, geralmente, quatro a seis pares de nucleotídeos, sequências curtas em que um maior número de fragmento pode ser gerado. Após clivagem e a geração de um número de fragmentos com diferentes tamanhos, eles são aplicados em gel agarose ou em poliacrilamida e submetidos à eletroforese. Assim, os fragmentos são separados e geram diferentes bandas. Depois da eletroforese, o gel contendo os fragmentos passa pelo procedimento Você se lembra dos conceitos de alelo, lócus, dominância e codominância? Eles estão inter- -relacionados e provêm das características herdadas. Quando falamos de lócus, estamos nos referindo ao local onde se encontra uma sequência de nucleotídeos de DNA que correspon- derá a um gene responsável por uma determinada característica. Por outro lado, os alelos constituem a sequência de nucleotídeos alternativa de determinado gene. Para que o nosso genoma esteja completo, temos um par de alelos que herdamos, um do pai e outro da mãe. No entanto, esses dois alelos não precisam ser idênticos. Quando diferentes, são chamados de heterozigotos e, quando iguais, são chamados de homozigotos. A maneira de expressar essas características pode variar. Diante disso, adentra-se no conceito de dominância. Quando dois alelos diferentes estão presentes em um determinado genótipo do indivíduo, talvez, apenas as características codificadas por um deles sejam expressas. Nesse contexto, a característica que for identificada será considerada pertencente ao alelo dominante. Quando a característica dos dois alelos (em heterozigose) são expressos ao mesmo tempo, identificamos a herança como codominância. No caso dos marcadores citados, eles podem ser dominantes quando mostram apenas os alelos homozigotos, enquanto os marcadores codominantes expressam tanto os alelos homozigotos quanto os heterozigotos. 132 UNICESUMAR de Southern blot, em que o DNA é desnaturado em fita simples e transferido para uma membrana de nitrocelulose. Posteriormente, é feita a hibridização da membrana com sondas radioativas, as quais se associam aos fragmentos complementares. Por fim, com a ligação das sondas, é possível aplicar uma autorradiografia e visualizar os fragmentos hibridi- zados com a sonda pelo raio X (Figura 2) (BORÉM; CAIXETA, 2009). Na autorradiografia, cada banda visualiza- da corresponde a um determinado fragmento, que, de acordo com a posição, evidencia que são de diferentes tamanhos. Isso acontece devido às substituições de base única (deleções, muta- ções, inversões, translocações ou transposições) na sequência de reconhecimento da enzima de restrição, alterando o padrão dos fragmentos de restrição resultantes (CHERIYYEDATH, 2019). 133 UNIDADE 6 1 1. Amostras de DNA cortadas com enzima de restrição são aplicadas em gel de agarose para eletroforese. 2 3 Canaleta 1: Marcadores radioativos de tamanho Canaleta 2: DNA cortado com enzima de restrição A Canaleta 3: DNA cortado com a enzima de restrição B. 1 2 3 2. O DNA é separado por eletroforese DNA é desnaturado Gel é colocado sobre a mecha de esponja Peso Tolhas de papel Filtro de ligação ao DNA Gel Mecha (esponja) Tampão. Sonda radioativa 3. O �ltro de ligação ao DNA, as toalhas de papel e o peso são colocados sobre o gel. O tampão atravessa a esponja por ação capilar, transferindo o fragmento de DNA ao �ltro. Autorradiogra�a Coloque o �lme de raio x sobre o �ltro 4. Após a transferência do DNA, o �ltro é colocado no saco selado termicamente com a solução que contém a sonda marcada. A sonda é hibridizada com as sequências complementares 1 2 3 5. O �ltro é lavado para remover a sonda não ligada. Depois, é secado. O �lme de raio X é aplicado à autorradiogra�a Autorradiogra�a: todos os marcadores de tamanho se mostram, porque são radioativos. Nas canaletas 2 e 3, somente as bandas que hibridizam com a sonda são visíveis. Figura 2 - Representação da técnica utilizada para detectar marcadores do tipo RFLP / Fonte: adaptada de Klug et al. (2010). Descrição da Imagem: a figura mostra as etapas do processo de identificação dos fragmentos de RFLP. De cima para baixo, na etapa 1, é mostrado um gel agarose no formato retangular com três canaletas enumeradas da seguinte forma: 1, 2 e 3. Nelas, são aplicados os marcadores radioativos de tamanho na canaleta 1 e as amostras de DNA cortadas com enzima de restrição A e B nas canaletas 1 e 2, respectivamente. Na etapa 2, os fragmentos de DNA são separados por eletroforese. Assim, os fragmentos de cada canaleta são repre- sentados por meio de degraus de escadas com diferentes distâncias entre eles. Ainda nessa etapa, o DNA presente no gel é desnaturado (abertura das fitas). Na etapa 3, assim como na técnica de Southern Blot, a transferência dos fragmentos de DNA do gel para um filtro de ligação do DNA é feita. Na figura, essa etapa é representada por uma forma retangular preenchida com tampão (líquido azul). Nela, são colocados os seguintes componentes, de baixo para cima: mecha de esponja, representada em amarelo e em contato com o tampão; gel de agarose com os fragmentos desnaturados; filtro de ligação do DNA; bloco de toalhas de papel representado por um retângulo bege; e um peso simbolizado por um retângulo menor na cor alaranjada. O tampão atravessa a esponja por ação capilar e transfere os fragmentos de DNA para o filtro. Na etapa 4, a membrana com os fragmentos transferidos é colocada em um saco plástico vedado (saco transparente com vedação superior, selado termicamente) e é preenchida com um líquido laranja com vários riscos pequenos vermelhos distribuídos (sonda radioativa), para que ocorra a hibridização da sonda com as sequências complementares. Do lado direito do saco, é mostrado o tubo de onde foi proveniente a sonda. Na etapa 5, o filtro é lavado para remover as sondas não ligadas e, depois, de seco, o filme de raio X é colocado sobre o filtro para autorradiografia. Nesse momento, todos os fragmentos marcados são visíveis, por serem radioativos. Na revelação, são mostradas as três colunas: na 1, todos os fragmentos são mostrados (marcadores de tamanho), na 2, há duas bandas e, na coluna 3, há três bandas, das quais duas (de baixo para cima) apresentam posições diferentes em relação à coluna 2. 134 UNICESUMAR O RFLP foi um marcador utilizado para a construção do primeiro mapa molecular de humanos em 1980 e até hoje é empregado em diferentes abordagens de estudos, como no mapeamento genético em plantas, marcação gênica, dinâmica populacionale relacionamento taxonômico (TURCHETTO- -ZOLET et al., 2017). Em detrimento de ser codominante e identificar um lócus homozigoto e outro heterozigoto, proporciona um maior número de informações para os estudos genéticos e aumenta as possibilidades de aplicações (BORÉM; CAIXETA, 2009). Dentre as desvantagens da técnica RFLP, temos (BORÉM; CAIXETA, 2009): • Exige etapas numerosas e demora semanas para expor os resultados do rendimento. • Precisa de uma grande amostra do DNA. • O desenvolvimento das sondas usadas é considerado oneroso e laborioso. • O processo não permite automatização das etapas. • Na maioria das vezes, não existe uma biblioteca de sondas para espécies de menor importância econômica. Alguns autores afirmam que a utilização da técnica original do RFLP, atualmente, é bem menor em comparação às outras classes de marcadores baseados em PCR, uma vez que, com o advento da PCR, o procedimento de detecção de fragmentos polimórficos se tornou relativamente mais simples e menos caro. Todavia, o RFLP é reconhecido por ter sido o ponto de partida para vários avanços subsequentes de marcadores relacionados (CHAMBERS et al., 2014). Diferentes técnicas para a análise de marcadores de DNA utilizando, como modo de detecção, a PCR, estão disponíveis. A PCR permitiu que a amplificação de uma grande quantidade de uma sequência específica de DNA seja feita em poucas horas, sem a necessidade de clonagem, começando com ape- nas algumas moléculas da sequência-alvo. Uma vantagem dos métodos de marcadores baseados em PCR em comparação aos métodos de Marcadores baseados em hibridização é que o último requer o isolamento de grandes quantidades de DNA. Vamos sintetizar o RFLP por meio de um vídeo explicativo e ilustra- tivo? Nele, você compreenderá como é feita a técnica de RFLP e as aplicações dela de maneira dinâmica. Acesse o QR Code e se envolva nesta abordagem! https://apigame.unicesumar.edu.br/qrcode/11287 135 UNIDADE 6 Agora, você conhecerá algumas características gerais dos marcadores baseados em PCR. Com certeza, um deles foi utilizado para a detecção do câncer de Antônio, o per- sonagem do estudo de caso do início desta unidade. A inclusão da PCR nos métodos diagnósticos dos tipos de marcadores que serão apresentados facilita a detecção das sequências alteradas do DNA que venha influenciar o desenvolvimento de doenças, tal qual como a de Antônio, de maneira mais rápida. Aqui, será mostrada uma seleção dos marcadores baseados em PCR mais utili- zados, incluindo: polimorfismo do DNA amplificado ao acaso (RAPD), sequências repetitivas de pares de bases do DNA ou SSR (do inglês, Simple Sequence Repeats), segmentos entre sequências simples repetidas de DNA ou ISSR (do inglês, Inter Simple Sequence Repeats), polimorfismo de comprimento de fragmentos amplificados ou AFLP (do inglês, Amplified Fragment Lenght Polymorphism). O RAPD foi o primeiro marcador que surgiu após o desenvolvimento da PCR. Em 1990, dois grupos de pesquisadores desenvolveram essa técnica baseada na utilização de um primer (iniciador ou oligonucleotídeo) mais curto que normalmente utilizado na PCR e de sequência arbitrária para realizar as amplificações. Desse modo, não é preciso ter o conhecimento prévio dos fragmentos a serem amplificados. A amplificação ocorre quando o sítio do primer está presente no DNA alvo em orientação oposta dentro de aproximadamente 2000 bases. Os polimorfismos RAPD resultam da variação da sequência nos locais de anelamento do primer e/ou da varia- ção de comprimento da sequência-alvo situada entre os locais de ligação do primer. A detecção dos produtos da amplificação é feita, normalmente, em gel de agarose corado com brometo de etídio. Eles são visualizados sob luz ultravioleta (Figura 3) (TURCHETTO-ZOLET et al., 2017; BORÉM; CAIXETA, 2009). O RAPD (DNA polimórfico amplificado aleatoriamente) é uma técnica que não é radioativa, requer uma pequena quantidade de DNA (maior vantagem em relação à técnica de RFLP), pode ser realizada em poucas horas, não precisa de primers espe- cíficos e pode ser automatizada. Outra vantagem é o grande número de marcadores obtidos e distribuídos ao longo do genoma. Entretanto, o uso desse marcador é limitante por diversas características, incluindo o baixo conteúdo de informações genéticas em cada loco, dado que apenas um alelo é detectado pelo fragmento amplificado. Além disso, esse marcador se comporta como um marcador dominante e apresenta baixa reprodutibilidade entre diferentes laboratórios e experimentos, principalmente associados ao uso de baixa temperatura de anelamento, o que pode resultar em baixa especificidade ou no não anelamento do primer (TURCHETTO-ZOLET et al., 2017; BORÉM; CAIXETA, 2009). 136 UNICESUMAR 5’ 5’3’ RG AT AT TA TA TA TA TA TA TA TA TATAGCAGTAGCCAAGT TGCGTAC…..CCAARG TAGCGCCAAGT PCR RAPD 5´ 3´ 3´ 5´ Figura 3 - Demonstração da amplificação do DNA pela técnica de RAPD / Fonte: Marcadores... ([2021], [s.p.]). Segundo Ferreira e Grattapaglia (1996), a técnica de RAPD pode servir de ferramenta para aplicações que incluem: • A obtenção de identificadores genômicos de indivíduos, variedades e populações. • A análise da estrutura e diversidade genética em populações naturais. • O estabelecimento de relacionamentos filogenéticos entre diferentes espécies. • A construção de mapas genéticos de alta cobertura genômica para diagnósticos de doenças, análise de pedigree, construção de mapas de ligação e clonagem de genes de interesse. Descrição da Imagem: a figura mostra duas barras pretas horizontais paralelas, as quais representam o fragmento de DNA dupla fita a ser amplificado pela técnica de RAPD. Uma seta de cor verde e com a escrita “PCR” está abaixo das barras citadas e aponta para duas barras logo abaixo, semelhantes as de cima, mas separadas por um espaço entre elas, com as extremidades 5´ (à esquerda, na barra superior, e à direita, na barra inferior) e 3´ (à direita, na barra superior, e à direita, na barra inferior) identificadas e os primers, repre- sentados por barras menores em vermelho e ligados às fitas de DNA em três locais diferentes, isto é, ligados aleatoriamente. A partir dos primers, ocorre a amplificação das partes do DNA. Devido à posição contrária das extremidades 5´e 3´, a amplificação acontece do sentido 5´para 3, sendo essa direção indicada por uma seta pontilhada e preta. Abaixo das fitas, após a representação da amplificação via PCR, dois géis de eletroforese são mostrados. O fundo é preto e as bandas dos fragmentos amplificados, as quais foram geradas via PCR, estão evidenciadas em branco. 137 UNIDADE 6 Os microssatélites, sequências repeti- tivas de pares de bases do DNA ou SSR, constituem mais um tipo de marcador que detecta sequências repetidas do ge- noma. Em geral, é comum ter sequências simples de um a seis nucleotídeos repeti- dos. Os nucleotídeos que flanqueiam essas sequências repetidas são, geralmente, con- servados entre os indivíduos da mesma espécie, permitindo a seleção de primers específicos que amplificam essas regiões (Figura 4). Dessa maneira, por intermédio do método de PCR, as pequenas sequên- cias que se repetem em um número variá- vel no genoma podem ser amplificadas. O uso dessa técnica em humanos foi desenvolvida para a análise do mapea- mento genético. Desde então, vêm sendo amplamente utilizada em diversas áreas da ciência (LITT; LUTY, 1989; WEBER; MAY, 1989). Esse tipo de marcador, ba- seado na amplificação, por PCR, de re- giões específicas do genoma, utiliza um par de primers lócus específicos. Os mi- crossatélites apresentam grandes vanta- gens por serem abundantes no genoma, fáceis de automatizar, codominantes, multialélicos e reprodutíveis. O padrão de polimorfismos apresen- tado pelo SSR é um dos benefícios mais admirados quando comparado a qualquer outro sistema de marcador contemporâ- neo. O método de bibliotecas enriqueci- das para busca por SSR tem sido o mais popular e divulgadona comunidade cien- tífica (TURCHETTO-ZOLET et al., 2017; BORÉM; CAIXETA, 2009). 138 UNICESUMAR Regiões �anqueadoras conservadas Figura 4 - Demonstração do processo para a detecção de regiões repetidas do genoma (SSR) / Fonte: Marcadores... ([2021], [s.p.]). Descrição da Imagem: na figura, são apresentadas quatro fitas duplas de DNA fita dupla na cor cinza, na posição horizontal. Em cada uma delas, é representado um par de primers (barras curtas de cor rosa) específicos que flanqueiam as regiões repetidas do genoma (setas azuis em uma fita indicando o sentido esquerda para a direita e, na fita abaixo, as setas azuis seguem a direção direita para a esquerda). Cada um desses primers se ligam em distâncias diferentes, evidenciando que as sequências repetidas se posicionam em regiões distintas e com tamanhos variados para cada uma das moléculas de DNA. Abaixo desse esquema de representação das regiões em que os primers amplificaram, é representado um gel de eletroforese em que os fragmentos, depois de amplificados, são aplicados no gel e demonstrada a disposição das bandas em branco com o fundo do gel em preto. 139 UNIDADE 6 Outra técnica desenvolvida com o uso da PCR foi o marcador de segmentos entre sequências simples repetidas de DNA, também conhecido como ISSR (do inglês, Inter Simple Sequence Repeats). Ele incorporou, aos benefícios do RAPD, um grande número de marcadores obtidos e distribuídos sobre o genoma, com o aumento da reprodutibilidade e da especificidade. O ISSR é uma técnica baseada em SSR que envolve a amplificação de fragmentos de DNA presentes em uma distância amplificada entre dois SSRs ou microssatélites idênticos e repetidos em orientação oposta. O protocolo de ISSR usa um único “primer” complementar às sequências SSR, podendo ser não ancorado (BENZAQUEM, 2009) ou, mais usualmente, ancorado na extremidade 5´ ou 3´ com 1 ou 4 pares de bases degeneradas, que são utilizadas para prevenir o deslizamento da polimerase durante a amplificação. Isso torna o anelamento entre os “primers” e a extremidade do microssatélite mais específico e reproduzível (Figura 5). A reprodutibilidade decorre do fato de serem utilizados primers mais longos para a amplificação por PCR em comparação ao RAPD e temperaturas de anelamento mais altas na PCR. No caso dos RAPDs, praticamente nenhum conhecimento prévio da sequência-alvo é necessária aos ISSRs, podendo ser apli- cados com facilidade em espécies que não sejam modelos. A ancoragem das sequências de iniciadores Uma biblioteca genômica é uma coleção de fragmentos de DNA de uma determinada espécie de organismo que foram obtidos a partir da ação de endonucleases de restrição ligados aos vetores apropriados e clonados após terem sido inseridos em um hospedeiro. Sendo assim, atualmente, temos bibliotecas disponíveis para diferentes finalidades, assim como é o caso das sequências repetidas de microssatélites, de genes específicos, de cDNA e até mesmo de mRNA. Anteriormente, as sequências das bibliotecas de marcadores de SSR e a possibilidade de projeção de primers nas regiões flanqueadoras eram determinadas pelo método de Sanger, o que exigia um considerável investimento. Hoje, os microssatélites têm sido um dos marca- dores mais beneficiados com os avanços das técnicas de sequenciamento em larga escala. Com a disponibilidade de dados de sequências em domínio público e o desenvolvimento de ferramentas de bioinformática, a abordagem se tornou extremamente atrativa e conhecida. Isso levou ao avanço de um número de softwares para a identificação dos motivos de SSR e predição do potencial polimórfico dos microssatélites identificados. Fonte: adaptado de Turchetto-Zolet et al. (2017). 140 UNICESUMAR com sequências não repetidas garante que a amplificação seja iniciada na mesma posição de nucleotídeo em cada ciclo (ZIETKIEWICZ; RAFALSKI; LABUDA, 1994). As amplificações são visualizadas em gel de agarose ou poliacrilamida. A principal vantagem desse método é o fato de que esse tipo de marcador não requer etapas demoradas e caras, apesar de os ISSRs apresentarem herança dominante. Os ISSR são recomendados para as análises de espécies relacionadas evolutivamente. Também são usados para a diferenciação rápida entre indivíduos aparentados, pois apresentam resultados confiáveis, devido à abundância edispersão por todo o genoma (RODRIGUES, 2010). ISSR 5’ 5’3’ 3’ TA TA RG RG AT AT TA TA TA TA TA TA TA TA TA ATCGTCATCGGTTCA AT AT AT AT AT AT AT AT ATRGGCATG…..GGTTTG ATCGCGGTTCA microsatelite TAGCAGTAGCCAAGT TGCGTAC…..CCAARG TAGCGCCAAGT Figura 5 - Processo de amplificação das regiões que flanqueiam os SSR pela técnica ISSR / Fonte: Marcadores... ([2021], [s.p.]). Dando sequência, temos os marcadores de polimorfismo de comprimento de fragmentos amplifica- dos ou AFLP (do inglês, Amplified Fragment Lenght Polymorphism). Ele é o resultado da combinação entre as técnicas utilizadas nos marcadores tipo RFLP e RAPD, em que enzimas de restrição e amplificação por PCR são as bases da técnica. O AFLP se baseia na amplificação seletiva por PCR de fragmentos de restrição gerados por enzimas de restrição específicas (geralmente, uma que gera extremidades coesivas e outra que gera extremidades cega) e ligados a adaptadores oligonucleotídeos (Figura 6). Descrição da Imagem: a figura mostra uma dupla fita de DNA representada por duas barras paralelas na horizontal, com as extremidades da fita identificadas como 5´ (extremidade esquerda da fita superior e extremidade direita da fita inferior) e 3 ́ (extremidade direita da fita superior e extremidade esquerda da fita inferior). As duas fitas têm fragmentos de cores diferentes. Os fragmentos das extremidades e um fragmento do centro da fita estão coloridos de azul. Entre esses fragmentos em azul, há um fragmento vermelho, que representa os microssatélites. Dessa forma, as fitas são divididas, da esquerda para a direita, da seguinte maneira: azul, vermelho, azul, vermelho e azul. As fitas apresentam as bases nitrogenadas descritas da seguinte maneira: fita superior 5´-ATCGTCATCGGTTCAATATATATATRGGCATG..... GGTTTGATATATATATCGCGGTTCA-3´ e fita inferior 3´-TAGCAGTAGCCAAGTATATATATATGCGTAC.....CCAARGTATATATATAGCGCCAAGT-5´. As regiões com as bases ATATATATAT (primeiros fragmentos vermelhos das duas fitas, da esquerda para a direita) e as regiões ATATATAT (segundo fragmento vermelho de cada fita) flanqueiam uma sequência de bases (RGGCATG…..GGTTTG na fita 5´- 3´ e TGCGTAC…..CCAARG na fita 3´- 5´). São mostrados, ainda, dois primers (seta na cor amarela em direções contrárias e situadas na parte externa de cada fita) associados com nucleotídeos repetidos (TATA RG para a fita 5´- 3´e ATAT RG para a fita 3´- 5´) de forma complementar na região do DNA (no DNA, a sequência é AT; no primer, a sequência é TA). Ao final, é mostrado o resultado por meio de duas novas barras, com a presença da região da dupla fita que foi reconhecida e amplificada. Uma parte em vermelho representa a região repetida de bases posicionadas em cada uma das extremidades e, no meio, está a sequência que flanqueiam em azul. 141 UNIDADE 6 Assim como o marcador RAPD, o AFLP está distribuído ao longo do genoma e é adequado para a construção de mapas de ligação genética. Contudo, apresenta uma maior reprodutibilidade que os RAPDs, tornando-os mais confiáveis para estudos de genética de populações, por exemplo. Por outro lado, marcadores AFLPs mostram uma herança dominante e são identificados pela presença ou au- sência das bandas ou alelos (TURCHETTO-ZOLET et al., 2017). Descrição da Imagem: a figura é se- parada em duas partes: amplificação e disposição dos fragmentos no gel. Na parte superior, um fragmento de DNA em fita dupla é representado por duas barras de cor cinza na horizontal, se- paradas por um espaço entre elas. Na primeira etapa (duas fitas superiores), são indicadas e distribuídas na super- fície de cada fita, pontas de setas na cor verde-escuro (EcoRI) e verde-claro(MseI). Elas representam os pontos de corte das enzimas de restrição dessas enzimas (Msel e EcoRI). Em seguida, direcionadas por uma seta preta, as fi- tas, agora, fragmentadas, mostram os cortes gerados pela digestão do DNA com as enzimas EcoR I e Mse I. Adap- tadores de cada enzima são ligados nas extremidades de cada fragmento cortado. Os fragmentos que apresen- tam os adaptadores derivados de uma enzima de cada tipo nas extremidades (um pequeno retângulo verde-claro e um verde-escuro) são pré-amplifica- dos e representados por uma barra azul flanqueada pelos adaptadores. Os fragmentos pré-amplificados são selecionados para outra amplificação, a amplificação seletiva. Os fragmentos re- sultantes são ligados aos adaptadores e associados ao primer E+NNN (simboli- zado por uma seta de cor verde-escuro associada na extremidade esquerda do fragmento com a ponta indicada para a direita) e o primer R+NNN (simbolizado por uma seta-verde clara associada na extremidade direita com a ponta da seta indicada para a esquerda). Na últi- ma parte da imagem, é exposto um gel com vários fragmentos distribuídos pe- las colunas (21 colunas). Eles são vistos por bandas (barras curtas na cor preta) de diferentes tamanhos (o indicador de tamanhos é mostrado em pb na coluna do lado direito do gel e descrito por nú- meros) geradas pelo processo de AFLP. AFLP DNA genômico Digestão Msl EcoRI Ligação de adaptadores Pré- ampli�cação Ampli�cação seletiva Primer E-NNN 5´ 3´ AFLP Primer M- NNN Mi Mo F2 populações M Bp 1353 1078 872 603 310 287 271 234 184 Figura 6 - Representação esquemática do processo de reconhecimento das sequências da técnica de AFLP / Fonte: Marcadores... ([2021], [s.p.]). 142 UNICESUMAR Em relação aos custos, essa técnica ainda é relativamente cara e requer trabalho intenso e conhecimento técnico. A AFLP tem sido uma técnica popular para estudos ecológicos, evolutivos e voltados à genética das populações e à diversidade. Além disso, foi a base para a descrição de metodologias de isolamento de outros marcadores, como os SSR e SNPs (TURCHETTO-ZOLET et al., 2017). Por fim, temos os marcadores que utilizam, como base, a técnica de sequenciamento de DNA, que permite determinar a ordem das bases nitrogenadas presentes no material genético, revelando a existência de trechos de DNA que se diferenciavam entre indivíduos da mesma espécie. O poli- morfismo de nucleotídeo único ou SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) é um tipo de marcador que detecta os polimorfismos específicos e as diferenças em uma única posição no genoma, um único nucleotídeo gerado por substituição, deleção ou inserção de bases (Figura 7) (TURCHETTO-ZO- LET et al., 2017). Figura 7 – Identificação da alteração de um nucleotídeo único em uma sequência comparativa do genoma pela técnica de SNP. Fonte: Marcadores... ([2021], [s.p.]). Descrição da Imagem: a figura representa uma amostra que foi sequenciada. Os fragmentos amplificados durante o sequenciamento estão contidos em um microtubo e são representados por um conteúdo azul desse microtubo. Um zoom foi dado no conteúdo e, à esquerda da imagem, foram mostrados os fragmentos ligados aos respectivos ddNTPs (didesoxinucleotídeos), que, na imagem, estão representados por pontos vermelho (terminou com um ddNTP adenina), verde (terminou com um ddNTP timina), azul (terminou com um ddNTP citosina) e amarelo (terminou com um ddNTP guanina) em cada. Após a leitura do material amplificado (finalização do sequenciamento), duas sequências coloridas e alinhadas são mostradas em um retângulo. O alinhamento permitiu a comparação entre as duas sequências (fita superior – TCTGATTGGTGACCTTTTGCAATTGTGTAGGCTGTCGGAAAA e inferior - TCTGATTGGTGACCTTTTGAAATTGTGTAGGCTGTCGGAAAA) e a identificação de apenas uma base diferente em uma das sequências. As bases iguais são mostradas por meio de asteriscos localizados em uma linha acima dos nucleotídeos da sequência superior, de modo que, no centro da figura, um asterisco está faltando, destacando o nucleotídeo diferente e, consequentemente, o sítio polimórfico. Abaixo das sequências alinhadas, estão dois retângulos que demonstram, em forma de picos, cada nucleotídeo, representados pelas mesmas cores citadas (cada um representa uma sequência). Por comparação, é possível ver o local em que o nucleotídeo foi modificado, confirmando a leitura do SNP. SNP Sequenciamento A G G A T A C C T G ... Alinhamento de sequências 143 UNIDADE 6 A maioria dos SNPs ocorre em regiões não codificadoras do genoma. No entanto, existe um impor- tante subconjunto de sequências codificadoras detectadas de SNPs que corresponde às mutações em genes que estão associados a doenças ou outros fenótipos. A principal vantagem dos SNPs é o elevado potencial para uma análise automatizada de alto rendimento a custo moderado. O avanço nas plataformas de sequenciamento de alto rendimento tem contribuído para a descoberta de grande número de SNPs, revolucionando projetos de avaliação da diversidade genética e estudos de associação genômica. Independentemente do método de identificação de SNPs, é fundamental o uso de ferramentas de bioinformática para auxiliar nesse processo. Além disso, é preciso realizar a validação experimental desses polimorfismos, o que pode ser feito por microarranjos, DHPLC (cromatografia líquida de alta pressão desnaturante), espectroscopia de massa, PCR em tempo real e sequenciamento de única base, por exemplo (TURCHETTO-ZOLET et al., 2017). Em relação aos benefícios, o método SNP permite identificar milhares de loci simultaneamen- te, de forma a revelar a codominância de cada alelo. Já no que diz respeito às desvantagens, os SNPs não são multialélicos. Portanto, são limitados para os estudos direcionados à diversidade genética a nível de população e têm alto custo de desenvolvimento. Contudo, a aplicabilidade é constante em estudos de análise de genes e nas descobertas de base genética moleculares, seleção assistida por marcadores, mapeamento genético e de QTLs (detecção de locos de características quantitativas) (CAETANO, 2009). Certamente, você percebeu, ao longo da descrição de todas as técnicas, que existe uma diversi- dade de formas de identificação dos marcadores moleculares. Esse fato é atribuído principalmente às descobertas da biologia molecular, levando em consideração as expansões dos estudos nessa área. É conclusivo perceber que essas técnicas representam o aumento das possibilidades de acessar a variação genética nos organismos e, por consequência, a detecção de fatores positivos ou negativos da expressão das características. De acordo com Borém e Caixeta (2009), nem sempre o último marcador desenvolvido é o ideal para o trabalho. A escolha depende de uma série de fatores, como conhecer bem, na teoria e na prática, os tipos de marcadores moleculares, as vantagens e as desvantagens, inclusive, adaptações e modificações; verificar os marcadores que estão disponíveis para estudo de interesse; averiguar a quantidade de DNA disponível para o experimento; avaliar a disponibilidade de estrutura física, recurso financeiro, recursos humanos e equipamentos; e analisar o objetivo do trabalho que será realizado, pois as características dos marcadores podem ser vantajosas ou desvantajosas em função da finalidade do trabalho. Dentre as diferentes técnicas para investigar um determinado marcador que tenha relação com a ex- pressão de uma determinada doença, surgem formas práticas de identificar os biomarcadores frequentes e que caracterizam patologias ou permitem analisar uma resposta terapêutica. Esses biomarcadores, quando acoplados à história clínica e ao exame físico do paciente, são de grande valor para a determinação do prognóstico e da gravidade da enfermidade, e podem auxiliar na escolha terapêutica. Reflita sobre essas informações na prática. Você se lembra do caso do Antonio? O acompanhamento do histórico clínico de Antônio ajudou a determinar as escolhas daspróximas ações, como a procura pelo surgimento de câncer em outros órgãos do corpo, indicada pelo exame laboratorial com o uso de marcador específico. 144 UNICESUMAR Schriefer e Carvalho (2008) afirmam que os biomarcadores não devem ser utilizados isolada- mente no diagnóstico de enfermidades, e sim na monitorização clínica e terapêutica de pacientes e no acompanhamento clínico de indivíduos sadios que têm grande risco de desenvolvimento de uma determinada patologia. O quadro a seguir expõe alguns biomarcadores existentes, os quais confirmam o aparecimento de alterações que estejam vinculadas a certos órgãos, e a significação deles. Biomarcadores Doenças Anticorpo anti DNA Diagnóstico e atividade do Lúpus eritematoso sistêmico (LES) Anticorpo anti SSA e anti SSB Síndrome de Sjögren Anticorpo de anti citrulina Pior prognóstico de artrite reumatoide Antígeno prostático solúvel Câncer de próstata α feto proteína Câncer de fígado Antígeno cacino embrionário (CEA) Câncer de cólon CA 15.3 Câncer de mama CA 125 Câncer de ovário Quadro 1 - Biomarcadores associados às doenças e as significações / Fonte: Schriefer e Carvalho (2008, p. 48). São muitas as utilidades dos marcadores celulares. Em casos de en- fermidades humanas, os marcadores proporcionaram a esperança de dias melhores, principalmente para aqueles que apresentam respostas positivas no monitoramento da doença. Isso promoveu perspectivas de soluções e chances de sucesso no tratamento de diferentes tipos de patologias. Neste podcast, conheceremos casos de êxito, em que a tecnologia, com o uso de marcadores, contribuiu no prolongamento vidas. Aperte o play! As células armazenam, no interior, o material genético, que é constituído por milhões de pares de bases. Sabemos que uma alteração nessas bases, sobretudo, em regiões gênicas, destaca-se, por estar vinculada a diversas doenças, como o câncer desenvolvido em Antônio. Haja vista a relevância da atuação dos profis- sionais de saúde nas análises laboratorial e clínica para a detecção de diferentes doenças, você aprendeu que entender os marcadores moleculares é de grande valia para a interpretação de diferentes enfermidades. Os diferentes tipos de marcadores têm sido uma das técnicas eficazes e especializadas em detectar as variações genéticas de diversos organismos. Os profissionais preparados para o uso e interpretação das técnicas apresentam grandes vantagens, visto que disponibilizam resultados mais confiáveis, contribuindo para a rápida intervenção, além de auxiliarem na melhoria do estilo de vida de indivíduos portadores de doenças. https://apigame.unicesumar.edu.br/qrcode/9066 145 Entre em ação! Faça um checklist dos conhecimentos adquiridos nesta unidade. A seguir, é dispo- nibilizado um mapa mental das principais informações relacionadas aos marcadores moleculares. Com atenção, observe os quadros que não foram preenchidos e aqueles que estão com as letras na cor vermelha. Descreva as características relacionadas com cada informação apresentada. Marcadores Moleculares de DNA SSS-MICROSSATÉLITES Regiões não-codi�cantes, formadas por sequencias repetitivas Marcador baseado no sequenciamento Vantagens: ampla distribuição genômica, marcador co-dominante; sequências especí�cas; reproduzível MARCADORES MORFOLÓGICOS Relacionados a características fenotípicas Ex: cor da pele, altura, enrolar a língua... -São caracterizados pela variação nos nucleotídeos da sequencia de DNA - São herdados geneticamente e não são in�uenciados pelo ambiente. Características dos marcadores moleculares baseados no método de detecção Marcadores Moleculares baseados no modo de ação gênica Dominante: só identi�ca homozigotos (RAPD, AFLP)Serve para: - identi�car parentesco; - identi�cação criminal; - estudos de �logenética e diversidade Vantagens: co-dominância; - sequencias especi�cas; - reproduzível Desvantagens: Utiliza-se um único primer curto (10) e aleatório Etapas: - ampli�cação de fragmentos aleatórios no genoma (PCR); - eletroforese em gel agarose com brometo de etídio (polimor�smo presente nos locais de ligação ao primer são con�rmados pela presença ou ausência de bandas especi�cas. Vantagens: - simplicidade técnica; - não requer conhecimento da sequência; - pouca quantidade de DNA analisado Desvantagens: - padrão de dominância; - baixa reprodutibilidade; - alta qualidade do DNA analisado AFLP: "Polimor�smo de Comprimento de Fragmentos Ampli�cados ALFP = RAPD = RFLP Vantagens: - alta reprodutibilidade; - grande quantidade de informações por reação; - não requer conhecimento de sequencia ou geração de sondas DESVANTAGENS: Etapas: - extração do DNA; - digestão do DNA (enzimas de restrição); - eletroforese; - Southern blot 146 1. O material genético de todos os organismos vivos contém sequências de nucleotídeos que correspondem a uma característica a ser expressa e que vincula uma determinada função ao organismo. Cada indivíduo pode apresentar alterações nessas sequências e essas variações são chamadas de polimorfismo. Em relação ao estudo das sequências, assinale a alternativa correta: a) Os marcadores moleculares são metodologias de estudo para a identificação das varia- ções genéticas entre indivíduos. Baseiam-se na observação morfológica dos indivíduos e detectam as variações. b) Os marcadores morfológicos são metodologias de estudo para a identificação das variações genéticas entre indivíduos. c) Os marcadores bioquímicos correspondem à metodologia de estudo para identifica- ção das variações genéticas entre indivíduos, uma vez que se baseiam na observação morfológica dos indivíduos e detectam as variações. d) Os marcadores digitais são a metodologia mais utilizada para esse estudo, pois fazem a identificação das variações genéticas a partir da captura de imagens digitais. e) Os marcadores moleculares são metodologias de estudo para a identificação das variações genéticas entre indivíduos e se baseiam na identificação da sequência de nucleotídeos de DNA após a extração e análise das variações de diferentes modos. 2. Nem sempre o último marcador desenvolvido corresponde ao ideal para o trabalho e a escolha depende de uma série de fatores. BORÉM, A.; CAIXETA, E. (ed.). Marcadores moleculares. Viçosa: UFV, 2009. Em relação à triagem necessária para a escolha do marcador ideal, analise as assertivas a seguir: I) É importante que conhecer, na teoria e na prática, os tipos de marcadores molecu- lares e as vantagens e desvantagens deles. II) É preciso estudar os marcadores que estão disponíveis para o estudo de interesse. III) De acordo com a sensibilidade de cada marcador, não é preciso se preocupar com a quantidade de DNA disponível para o experimento. IV) É necessário avaliar a disponibilidade da estrutura física, recurso financeiro, recursos humanos e equipamentos para uso do marcador escolhido. É correto o que se afirma em: a) II e III. b) IV. 147 c) I, II, III e IV. d) I, II e IV. e) II e IV. 3. O desenvolvimento das ferramentas da biologia molecular permitiu o aparecimento de diferentes metodologias de investigação do material genético. Uma delas são os mar- cadores moleculares, que identificam sequências de interesse do DNA. Os marcadores moleculares podem utilizar de metodologias diferenciadas para análise das sequências polimórficas em relação ao modo de detecção feita pelos diferentes marcadores. Considerando o conteúdo apresentado no enunciado, assinale a alternativa correta: a) O marcador denominado RAPD se baseia método de detecção de espectrofotometria. b) O RFLP é um marcador que se baseia no método de detecção das sequências polimór- ficas da técnica de hibridização, também chamada de Southern blot. c) O AFLP é uma técnica de identificação de regiões polimórficas que utiliza, como método de identificação, a hibridização. d) O ISSR é uma técnica de identificação de sequências altamente repetitivas do DNA que utiliza a detecção por hibridização. e) O SSR é uma técnica deidentificação de alterações de sequências únicas no DNA que utiliza a detecção por hibridização e PCR ao mesmo tempo. 4. As variantes dos marcadores moleculares apresentam três características principais: modo de detecção, ação gênica e rendimento de genes analisados. Em relação ao modo de ação gênica, assinale a alternativa correta: a) Marcadores moleculares dominantes: possibilitam a identificação da presença ou da ausência de um determinado alelo. b) Marcadores moleculares codominantes: não possibilitam diferenciar indivíduos ho- mozigotos e heterozigotos. c) Marcadores moleculares codominantes: possibilitam a identificação da presença ou da ausência de um determinado alelo. Por isso, identificam os indivíduos apenas ho- mozigotos. d) Marcadores moleculares dominantes: possibilitam diferenciar indivíduos homozigotos e heterozigotos, diferentemente dos marcadores codominantes. e) Marcadores moleculares dominantes e codominantes: possibilitam a identificação da presença ou da ausência de um determinado alelo e os diferenciam em homozigotos e heterozigotos. 148 5. O SNP é um tipo de marcador que detecta os polimorfismos específicos e as diferen- ças em uma única posição no genoma, um único nucleotídeo gerado por substituição, deleção ou inserção de bases. A maioria dos SNPs ocorre em regiões não codificadoras do genoma, mas também pode ser encontrado em regiões codificantes. Em relação aos SNP, analise as asserções a seguir e a relação entre elas: I) A principal vantagem dos SNPs é o elevado potencial para uma análise automatizada. PORTANTO II) Os SNPs permitem identificar milhares de loci simultaneamente, de forma a revelar a codominância de cada alelo. Assinale a alternativa correta: a) As duas asserções são proposições verdadeiras, e a segunda é uma justificativa correta da primeira. b) As duas asserções são proposições verdadeiras, mas a segunda não é uma justificativa correta da primeira. c) A primeira asserção é uma proposição verdadeira, e a segunda é uma proposição falsa. d) A primeira asserção é uma proposição falsa, e a segunda é uma proposição verdadeira. e) Tanto a primeira quanto a segunda asserção são proposições falsas. 7 Nesta unidade, você entenderá como as biotecnologias podem ser aplicadas na área da saúde, a fim de produzir produtos ou serviços que promovam a saúde pública. Além disso, compreenderá a im- portância das biotecnologias para o desenvolvimento de vacinas, fármacos, testes genéticos e terapia gênica. Biotecnologias para a produção de vacinas, fármacos, testes genéticos e terapia gênica Dra. Ana Luisa Monezi Lucena 150 UNICESUMAR Em 17 de janeiro de 2021, a enfermeira Mônica Calazans, que atuava na linha de frente contra a Co- vid-19, foi a primeira pessoa a receber a vacina contra o vírus Sars-CoV-2 no Brasil. Enquanto o país batia a marca de mais de 200 mil mortes por Covid-19, um pouco de esperança despertava em muitos brasileiros, pois o uso emergencial da Coronavac, imunizante desenvolvido pela farmacêutica chinesa Sinovac e fabricado no Brasil pelo Instituto Butantan, foi aprovado. Você já pensou na forma como uma vacina é desenvolvida? Como o uso de vacinas e medicamentos podem ajudar no tratamento de determinadas doenças? Nesta unidade, você compreenderá como a biotecnologia atua no desenvolvimento de vacinas e fármacos. Além disso, saberá como é e qual é a importância dos testes genéticos e da terapia gênica para a saúde. Em 11 de março de 2020, a Organização Mundial da Saúde (OMS) declarou a pandemia defla- grada pela Covid-19 e pressionou que os governantes tomassem medidas de contenção (ORGA- NIZAÇÃO..., 2020). Essa declaração ocorreu em detrimento da alta capacidade de propagação do vírus e fez uma corrida contra o tempo começar, tendo em vista que era preciso identificar o vírus e buscar uma forma de controle da doença. Segundo Lima, Almeida e Kfouri (2021), os impactos socioeconômicos e humanitários foram cruciais para impulsionar o desenvolvimento das pesquisas. Além disso, os avanços tecnológicos permitiram que os cientistas iniciassem rapidamente os primeiros testes clínicos e começassem a propor o uso emergencial das vacinas. Dessa forma, o mundo todo tentava, de alguma maneira, controlar a pandemia. As informações citadas estão vinculadas ao nosso cotidiano e diretamente relacionadas ao campo da biomedicina. Dessa forma, é de extrema importância que você, futuro(a) profissional, compreenda como as biotecnologias são aplicadas à saúde, pois os produtos e os serviços biotecnológicos são dia- riamente usados na rotina do biomédico. Em outras palavras, em um futuro próximo, as biotecnologias farão parte do seu ambiente de trabalho. Segundo Schatzmayr et al. (2002), o Brasil recebeu a certificação da interrupção da transmissão do vírus da poliomielite em 1994. Isso foi resultado das grandes campanhas de vacinação que ocorreram ao longo dos anos e mobilizou os profissionais da saúde e a população brasileira durante décadas. Entretanto, a Sociedade Brasileira de Medicina Tropical publicou uma nota em 2019 que tratava do alerta epidemiológico da OMS a respeito da reintrodução do vírus da poliomielite (e outras doenças) nas Américas, o que ameaçaria o Brasil. 151 UNIDADE 7 Dessa forma, o controle da imunização das doenças deveria ser mais rigoroso, com forte campa- nha de vacinação, para que a cobertura vacinal se mantenha adequada. Partindo desse princípio, faça uma breve pesquisa sobre as principais doenças erradicadas pela vacina no mundo. Depois, relacione a disseminação dessas doenças com a pandemia deflagrada pela Covid-19 e busque compreender o risco de uma nova propagação. Tendo em vista a importância da biotecnologia na prevenção de doenças, podemos considerar que os avanços tecnológicos são fundamentais para o desenvolvimento da ciência, visto que, atualmente, a agilidade das informações e as metodologias biomoleculares aceleram a criação de produtos ou serviços biotecnológicos que solucionam problemas, como as doenças. Além disso, a biotecnologia contribui para a saúde pública e visa a uma maior qualidade de vida, pois esse ramo atua não só no desenvolvimento de vacinas ou fármacos, mas também ajuda no conhecimento e no mapeamento de genes, com a aplicação de testes genéticos para a identificação de informações que podem ser úteis para a prevenção de doenças ou escolhas de tratamentos mais assertivos. Os aspectos fundamentais que você deve refletir sobre a temática são os seguintes: a importância da biotecnologia para a saúde e a aplicabilidade dos diferentes produtos e serviços biotecnológicos para a identificação e o tratamento de doenças. DIÁRIO DE BORDO 152 UNICESUMAR A biotecnologia é a área de conhecimento que utiliza a tecnologia para explorar processos celulares e biomoleculares, com o intuito de desenvolver produtos e serviços biotecnológicos que possam melhorar a qualidade de vida da população (RESENDE, 2015). Desde uma simples fermentação na indústria alimentícia até a seleção de enzimas de interesse, esses processos utilizam ferramentas biotecnológicas para serem concluídos. Assim como qualquer outra área da ciência, a biotecnologia é uma área multidisciplinar com diversas aplicações. Alguns exemplos são a indústria alimentícia (produção de fermentados), a agropecuária (melhoramento genético de vegetais e produção de agrotóxicos) e, em especial, a saúde humana. Ao longo deste capítulo, conheceremos mais aplicações da biotecnologia na saúde humana. ÁREAS DA BIOTECNOLOGIA PRODUTOS DE INTERESSE Hormônios, interferon, fatores de crescimento, antibióticos, antifúngicos, antitumorais e outros insumos (hemoderivados, biomateriais, kits diagnósticos), anticorpos monoclonais, anticoagulantes (como heparina), medicamentos. SAÚDE HUMANA AGROPECUÁRIA Plantas resistentes a fatores bióticos e abióticos, biomoléculas a partir de animais e vegetais, vacinas, substancias bioativas da biodiversidade brasileira e bioindústriade transformação de produtos animais e vegetais. INDUSTRIAL Etanol e biodiesel, biopolímeros (plásticos biodegradáveis), inoculantes para �xação de N2 em gramíneas, metano destinado à geração de energia elétrica, combustão veicular e para síntese de outros produtos e produção de biohidrogênio. AMBIENTAL Processos biológicos aplicáveis ao tratamento de e�uentes industriais, agropecuários e domésticos, bioativos da biodiversidade brasileira e degradação de CO2 e metano residuais. Fonte: Brasil, 2007. Descrição da Imagem: a figura apresenta quatro quadros na vertical. Em cada um deles, estão descritos os componentes de interesse produzidos pelos processos da biotecnologia. No primeiro, estão aqueles relacionados à saúde humana. Portanto, há uma imagem de cápsulas de medicamen- tos do lado esquerdo, na parte superior. Por outro lado, do lado direito, encontra uma imagem com ampolas de medicamentos. No segundo quadro, são expostos exem- plos de elementos produzidos pela biotec- nologia, mas voltada à agroindústria. Como imagem representativa, na parte superior esquerda, está um pesquisador segurando um tubo de ensaio com um líquido verde no interior. Já do lado direito, é mostrado um grupo de pesquisadores no interior de uma sala de vegetação. Eles estão seguran- do frascos de vidro em que contém plantas. No terceiro quadro, estão descritos os pro- dutos provindos da biotecnologia e consi- derados da área industrial. Como imagem, é inserida uma flor de girassol na parte su- perior esquerda e, abaixo dela, uma bomba de combustível com uma mão abastecendo um carro. Do lado direito, é exposta uma sacola plástica biodegradável. Já no quarto quadro, são descritos os produtos advindos da biotecnologia na área ambiental. Além das descrições, temos as imagens repre- sentativas: do lado esquerdo superior, há a mão de uma pessoa com uma luva verde. Ela apanha produtos de poluição no meio ambiente. Do lado direito, também na par- te superior, temos uma folha de planta na cor verde. Ao redor dela, estão duas flechas em sentido circular com as setas em direção horária. Abaixo do infográfico, após o quar- to quadro, encontram-se duas imagens: a primeira é a de uma seringa. Ao redor dela, são expostas três imagens de vírus na cor azul e, do lado direito, como segunda ima- gem, há uma caixa amarela com um frasco de medicamentos. Figura 1 - Apresentação dos setores de in- teresse que utilizam as técnicas da biotec- nologia / Fonte: o autor. 153 UNIDADE 7 Já sabemos que é possível fazer uma cópia do material genético pela clonagem, resultando em inúmeras criações de fragmentos de um mesmo gene. A clonagem está relacionada ao avanço da tecnologia, pois, atualmente, contamos com ótimas metodologias biomoleculares, como o uso de enzimas de restrição e ligação, vetores, marcadores genéticos e sequenciamento do ácido desoxirribonucleico (DNA). Esse processo usa a tecnologia do DNA recombinante e tem muito interesse científico e econômico, pois é possível combinar esse processo com outras técnicas para solucionar problemas. Nesta unidade, expli- caremos como são produzidas as vacinas, os fármacos, os testes genéticos e a terapia gênica utilizando as ferramentas biotecnológicas. Você já pensou no modo como as vacinas são desenvolvidas? As primeiras vacinas utilizavam os métodos de atenuação, inativação ou purificação do patógeno. Contudo, ao longo dos anos, sofreram aprimoramentos para aumentar a eficácia do imunizante. Antes da biotecnologia, os principais tipos de vacinas eram chamados de “vacinas de primeira geração” e de “vacinas de segunda geração” (DINIZ; FERREIRA, 2010; RESENDE, 2015). Ambas foram impactadas pela utilização dos recursos biotecno- lógicos e serviram como suporte para o desenvolvimento das vacinas de terceira geração (Figura 2) (BRAZ et al., 2014; VACINA..., [2021]). Vacina de primeira geração vírus atenuado Vacina de segunda geração vacina de subunidades compostos de uma proteína ou fragmentos de um antígeno Vacina de terceira geração vírus atenuado recombinante (vetor viral) Reposicionamento de vacinas vacinas usadas para outras doenças Vacina genética (DNA e RNA) I II III Figura 2 - Tipos de vacinas de acordo com o modo de produção / Fonte: Oliveira et al. (2021, on-line). Descrição da Imagem: a figura apresenta cinco quadros ligados a figuras ilustrativas. Na parte superior, são representados três quadros. Cada um contém, na lateral, uma seringa de cores diferentes. Da esquerda para a direita, a primeira seringa é azul e, no quadro, está escrito: “Vacina de primeira geração (vírus atenuado ou inativo)”. No segundo quadro, há seringa laranja. Também há um quadro em que está escrito: “Vacina de segunda geração (vacina de subunidade, compostos de uma proteína ou fragmentos de um antígeno)”. Por sua vez, no terceiro quadro, há uma seringa verde. Além disso, há um quadro com a seguinte descrição: “Vacina de terceira geração (vírus atenuado recombinante - vetor viral)”. Também há dois quadros da parte inferior da figura. Da esquerda para direita, temos o desenho de um vírus posicionado ao lado do quadro com o seguinte texto: “Reposicionamento de vacinas (vacinas usadas para outras doenças)”. Por fim, o último quadro tem o desenho da estrutura do DNA posicionado ao lado do quadro com o seguinte texto: “Vacina genética (DNA e RNA)”. 154 UNICESUMAR As vacinas de primeira geração utilizam os agentes patogênicos atenuado ou inativado. O último é incapaz de induzir o processo infeccioso, mas mantém, na estrutura, a capacidade de induzir a produção de anticorpos. Essas vacinas são as mais comuns e muito eficazes. Como exemplos, temos as vacinas da febre amarela, poliomielite e sarampo. Já as vacinas de segunda geração têm, como alvo, uma única substância que causa algum tipo de sintoma da doença ou permite uma melhor resposta imunológica com a neutralização e a eliminação do patógeno. São exemplos: uma toxina ou uma proteína (DINIZ; FERREIRA, 2010; BRAZ et al., 2014). Nesse grupo, temos as vacinas da hepatite B, meningite meningocócica e pneumonia. Nelas, a ate- nuação ou a inativação do patógeno é feita com a inoculação em um hospedeiro não natural ou em outro que seja conveniente. A biotecnologia e os novos recursos tecnológicos permitiram um apri- moramento dessas vacinas, tornando-as mais eficientes e seguras. Isso foi possível pela manipulação genética, que permitiu a obtenção de diversos mutantes atenuados por meio da clonagem gênica e da mutagênese (DINIZ; FERREIRA, 2010; BRAZ et al., 2014). Com a tecnologia do DNA recombinante, uma terceira geração de vacina surgiu. O imunizante contém fragmentos de DNA que codificam antígenos potencialmente imunogênicos em vetores virais ou em DNA plasmidial, para, assim, induzir o organismo a expressar permanentemente a proteína exógena (BRAZ et al., 2014). Esse conceito de vacina surgiu em 1990, mas foi apenas em 1993 que foi comprovada a ação do método com uma vacina de DNA contra a Influenza A em ratos. Você já ouviu alguém falar que quem tem alergia a ovo não pode tomar certas vacinas? Isso acontece porque, para prover o processo de produção da vacina, utiliza-se o ovo embrionado para desencadear a atenuação do vírus. A atenuação é um processo em que é diminuída a virulência do causador da doença e, dessa forma, posteriormente, a vacinação pode ser con- siderada segura para a aplicação clínica. Para a obtenção de vírus atenuados, é preciso promover infecções sequenciais de vírus pato- gênicos em culturas celulares in vitro ou em ovos embrionados. Depois da introdução reinci- dente do vírus, no ovo, por exemplo, são obtidas cepas virais menos virulentas, chamadas de atenuadas, mas que podem conter uma pequena quantidade da proteína do ovo. Quando aplicado no corpo de um indivíduo, o vírus atenuado é capaz de se replicar, porém, de maneira lenta, sem causar maiores danos ao organismo. No entanto, para aqueles com alergias graves ao ovo, pode haver coceira,vermelhidão e até reações anafiláticas graves. A imunização do indivíduo é desencadeada com a exposição prolongada do vírus, em que a replicação viral lenta induz uma resposta imune. Fonte: adaptado de Vacinas... (2019). 155 UNIDADE 7 Os ratos receberam um inserto provindo de uma construção plasmidial que codificava uma nu- cleoproteína de H1N1 via intramuscular. Nesse trabalho, os animais imunizados foram expostos a doses letais do vírus e 90% deles sobreviveram. Essas vacinas ainda estavam em fase de testes, porém a pandemia deflagrada pela Covid-19 necessitou que a eficácia fosse comprovada com certa agilidade. Talvez, a falta de divulgação científica e a velocidade de compartilha- mento de informações atualmente sejam os principais problemas que a ciência enfrenta em relação às vacinas. Isso porque o movimento antivacina, ou seja, aqueles que são contrários à vacinação, vêm ga- nhando muita popularidade. Com isso, toda a população é afetada, já que, sem a vacinação, al- gumas doenças erradicadas podem voltar a acometer as pessoas (BELTRÃO et al., 2020). A seguir, confira uma entrevista com o Dr. Drauzio Varella e entenda como as falsas informa- ções divulgadas pelo o movimento antivacina prejudicam toda a população. Compreenda como os avanços tecnológicos permitiram a revolução da medicina com a chegada da vacina. Outro exemplo é a vacina de RNAm, da Pfizer, que também é proveniente da expansão dos métodos vinculados à tecnologia utilizada para a manipulação do DNA e incluída entre as vacinas de terceira geração. Nas vacinas de RNAm, há a presença de fragmentos de RNAm sintetizados no laboratório que, quando em contato com o sistema imunológico, induzem o organismo a produzir antígenos antecipadamente, caso venham a ter contato com o vírus. Essa vacina teve a eficácia comprovada, tornando-se um marco histórico para a ciência (BRAZ et al., 2014) (Figura 3). https://apigame.unicesumar.edu.br/qrcode/12169 156 UNICESUMAR RNAm codi�ca proteína spike do vírus Nanopartícula lipídica CÉLULA HUMANA Tradução de proteínas Proteína spike Anticorpo Linfócito Resposta imune Tradução viral proteína spike Figura 3 - Representação do modo de ação da vacina de RNAm Descrição da Imagem: na figura, é mostrado o vírus causador da SARS- CoV-2. Ele está na cor rosa, tem forma circular e contém, na superfície, proteínas spike na forma de letra T de cor roxa. Uma seta parte do vírus e indica uma proteína spike isolada do vírus. Dessa proteína isolada, parte outra seta indicando uma molécula de RNAm que codifica essa proteína envolta por uma capa de nanopartículas lipídicas (círculo constituído por pequenas bolas de cor laranja). Essas partículas (capa contendo o RNAm no interior) são sintetizadas em um laboratório a partir da manipulação do RNAm mensageiro do vírus e são elas que são inoculadas no corpo como vacina. Ao centro da imagem, uma célula humana é mostrada em contato com a partícula. Esse contato permite a entrada do RNAm na célula. Um quadro, no interior da célula, representa o processo de tradução de proteínas e, à direita, são evidenciadas as proteínas spike já produzidas pela célula. Ainda à direita da célula, são expostas as proteínas spike ligadas à membrana da célula, de modo que são identificadas como an- tígenos pelos anticorpos, na figura, representados em forma de Y e de coloração vermelha. Ao lado dessas moléculas (anticorpos), está uma célula produtora de anticorpos, o linfócito, simbolizado por uma célula em forma de círculo em vermelho preenchido pela cor rosa com outro círculo mais escuro no interior. Neste artigo, você entenderá como as novas vacinas agem enquan- to imunizantes para determinadas doenças e aprimoram vacinas já existentes para evitar a reintrodução de algumas doenças. Além disso, visualizará um panorama dos desafios atuais para lidar com o questionamento relacionado à eficiência da vacina e a aceitação dela. Acesse o QR Code e descubra essas curiosidades. https://apigame.unicesumar.edu.br/qrcode/12172 157 UNIDADE 7 De maneira semelhante às vacinas, a biotecnologia revolucionou a descoberta dos fármacos. Es- ses medicamentos podem conter, como princípio ativo, um agente biológico obtido de qualquer ser vivo para ser sintetizado in vivo. Dessa forma, recebem o nome de biofármacos (OLIVEIRA; SILVA, 2018). Os biofármacos, quando comparados aos medicamentos convencionais, têm alta complexidade, especificidade e eficácia (Quadro 1) (SALERNO; MATSUMOTO; FERRAZ, 2018). Principais diferenças entre medicamentos sintéticos e biológicos Fármacos sintéticos Biológicos Moléculas Pequenas Grandes Estrutura Simples Complexas Estabilidade Estáveis Instáveis Caracterização Simples e completa Difícil e incompleta Manufatura Previsível pelo processo químico Cópias idênticas podem ser feitas Variável, produzido por sistemas vivos Impossível de realizar cópias idênticas Patentes Geralmente única Múltiplas Imunogenicidade Ocasional Frequente Quadro 1 - Diferença entre os biofármacos e os medicamentos sintéticos / Fonte: adaptado de Entendendo... (2012). Basicamente, o desenvolvimento de um fármaco envolve pesquisas iniciais para identificar e otimizar as moléculas capazes de representar novas entidades químicas com potencial de desenvolvimento clínico. Depois, uma fase clínica é elaborada, a fim de avaliar a eficácia e a toxicidade do fármaco (GUIDO et al., 2010). No caso dos biofármacos, a revolução da biotecnologia fez com que novas áreas surgissem, como as ômicas (genômica, proteômica, metabolômica, transcriptômica e citômica), permitindo usar uma variedade de aplicações por meio do monitoramento de indicadores celulares ou bioquímicos. Assim geram um grande impacto na saúde, pois possibilitam novas opções de tratamentos para doenças complexas (GUIDO; ANDRICOPULO; OLIVA, 2010; OLIVEIRA; SILVA, 2018). Desse modo, a escolha das moléculas de interesse é mais assertiva, melhorando o potencial co- mercial de determinado medicamento. Após as pesquisas avaliativas, é necessário registrar o fármaco como patente, pois somente assim a indústria poderá produzi-lo em grande escala e comercializar. Já a produção dos biofármacos é um pouco mais complexa, afinal, envolve organismos vivos, por isso, requer regras de produção mais rígidas, tais como a bioética e a aplicação de mais testes (SALERNO; MATSUMOTO; FERRAZ, 2018). 158 UNICESUMAR Você consegue imaginar como os biofármacos são produzidos? A elaboração de um biofármaco envolve algumas etapas importantes, a saber: expansão celular upstream, purificação downstream, recuperação, purificação e formulação final (SÁNCHEZ, 2020). Na Figura 4, a seguir, você pode acompanhar os procedimentos que ocorrem para a produção de um biofármaco. DNA fonte DNA alvo Sequência genética da proteína desejada identi�cada Sequência de DNA funcional criada Sequência de DNA inserida em uma célula hospedeira, p. ex., bactéria Fármaco puri�cado a granel Proteína puri�cada, estabilizada e processada em um medicamento Proteína separada das células via �ltração/centrifugação A linhagem de células que produz a proteína com mais e�cácia é escolhida e cultivada em um biorreator Figura 4 - Processo de produção dos medicamentos biológicos / Fonte: Medicamentos... ([2021], [s. p.]). Segundo Sánchez (2020), primeiramente, deve-se realizar a expansão celular upstream, que consiste na aplicação de processos de fermentação bacteriana ou cultura celular para a obtenção do organismo produtor. Depois dessa etapa, é realizada a purificação downstream, que produzirá uma molécula pura. Nela, apenas as atividades biológicas e terapêuticas são preservadas. Na recuperação, o material precisa passar por diversas técnicas, como a centrifugação, a precipitação, a filtração e a ruptura celular. Essa etapa tem como objetivo produzir uma matéria-prima livre de impurezas. Descrição da Imagem: a figura representa as etapas da produção de medicamentos biológicos. Assim, há setas de cor laranja, as quaisrepresentam a passagem de uma etapa para outra, que se inicia à esquerda, no topo da figura, e termina à esquerda, na base da figura. Além disso, é mostrada uma molécula de DNA enovelada na cor verde, indicada por uma seta preta como DNA fonte. Em um ponto um pouco abaixo da estrutura de DNA, é indicado, por meio de uma seta preta, o DNA alvo (pequeno retângulo verde). Esse DNA alvo é descrito como uma sequência genética da proteína desejada identificada. Na etapa seguinte, ao centro/topo da figura, encontra-se uma sequência de DNA funcional criada a partir da inserção do DNA alvo. Ela é representada por um círculo de cor verde e com um retângulo ligado à parte superior desse círculo. Na etapa posterior, um retângulo verde-claro, que representa uma bactéria, tem, no interior, o DNA cromossômico enovelado e o DNA circular proveniente da etapa anterior. Essa etapa foi identificada como uma sequência de DNA inserida em uma célula hospedeira. Na próxima etapa, agora, mostrada da direita para a esquerda, na base da figura, está representado um biorreator por uma imagem que lembra uma autoclave. Nela, a linhagem de células que produz a proteína com mais eficácia é cultivada. Na próxima etapa, a proteína é separada das células via filtração/centrifugação, representada por um aparelho quadrado com pés e tampa em forma de grade. Por fim, há um retângulo escrito: “Fármaco purificado a granel”. Ele representa a proteína purificada e processada em um medicamento. 159 UNIDADE 7 Por outro lado, na segunda purificação, o processo é feito utilizando uma cromatografia líquida de imunoafinidade ou outras técnicas. Por fim, na última etapa, o material deve ser condicionado e precisa passar por um processo, a fim de obter um produto estável, esterilizado e pronto para o enva- se, atendendo a todos os requisitos da indústria farmacêutica. Veja, a seguir, o resumo das etapas do processo de produção de biofármacos (Figura 5). Expansão celular upstream Puri�cação downstream Recuperação Puri�cação Formulação �nal e envase Figura 5 - Resumo das etapas do processo de produção de biofármacos / Fonte: a autora. Descrição da Imagem: a figura representa um ordenamento vertical das principais etapas do processo de produção de um biofármaco. Cada etapa está escrita dentro de um retângulo. Também há setas abaixo de cada retângulo, as quais representam a passagem de uma etapa para outra. Na ordem, de cima para baixo, estão os seguintes retângulos: expansão celular upstream; purificação downstream; recuperação; purificação; formulação final; e envase. Neste vídeo, você compreenderá um pouco mais a história da desco- berta do primeiro antibiótico, a penicilina. Esse medicamento salvou a vida de muitas pessoas e aumentou a expectativa de vida da época. Além disso, abriu caminho para as pesquisas de outros medicamentos, possibilitando uma melhor qualidade de vida aos humanos. https://apigame.unicesumar.edu.br/qrcode/12173 160 UNICESUMAR O que você acha de fazer um exame que permite saber se você tem os genes de determinadas doenças? A genômica permitiu a realização de testes genéticos com informações genéticas detalhadas que via- bilizam uma tomada de decisão em diferentes aspectos da vida. Entretanto, é importante lembrar que esses testes são relativamente caros e várias doenças são multifatoriais, ou seja, têm diferentes fatores que interferem no desenvolvimento (STIVAL, 2020). Já sabemos que o sequenciamento do DNA, em específico, os sequenciamentos mais modernos, permitem conhecer o genoma de um determinado organismo. Isso é possível, tendo em vista que, após a coleta de alguma amostra biológica, ela será preparada em laboratório utilizando enzimas de restrição, com o intuito de isolar apenas o DNA das células. Assim, o DNA estará pronto para a leitura e o reconhecimento dos nucleotídeos. Neste vídeo, você saberá como ocorre o processo de um teste ge- nético. Aproveite para revisar outros conteúdos estudados, como as enzimas de restrição, o processamento de DNA e as reações de cadeia polimerase! Outra aplicabilidade da biotecnologia é a terapia gênica. Ela ainda está em fase experimental, mas é um potencial tratamento para algumas doenças, como a fibrose cística, a hemofilia, o câncer e a AIDS. A terapia gênica utiliza a tecnologia do DNA recombinante e tem capacidade de induzir a modificação genética por meio da correção de genes mutados com sítios específicos no DNA. Em outras palavras, um gene normal é inserido no genoma do paciente para substituir um gene causador de alguma doença (Figura 6) (NARDI; TEIXEIRA; SILVA, 2002; LINDEN, 2010; GONÇALVES; PAIVA, 2017). https://apigame.unicesumar.edu.br/qrcode/12174 161 UNIDADE 7 As células são removidas do paciente Em vírus de laboratório alterado, portanto, não pode reproduzir Gene normal inserido no vírus O vírus alterado é misturado com a célula do pacienteEntrada do novo gene no núcleo do paciente As células alteradas são injetadas no paciente A célula geneticamente alterada produz a proteína ou hormônio desejado 1 2 3 4 56 7 Figura 6 - Representação do processo de funcionamento da terapia gênica Para Gonçalves e Paiva (2017), dentre os desafios utilizados nesse tratamento, o principal seria escolher um bom vetor para fazer a liberação do gene na célula-alvo. Isso porque o gene liberado não pode ser reconhecido pelo sistema imune, mas deve ser produzido e disponibilizado em grande escala. O uso do vetor é utilizado em outras técnicas, mas o material genético viral no plasmídeo pode induzir uma resposta imune aguda. Descrição da Imagem: a figura apresenta, em sete etapas, a terapia gênica veiculada por um vírus. À esquerda, um perfil humano é mostrado em cinza. Dele, sai uma seta preta em direção ao centro da figura. Essa seta mostra a primeira etapa (etapa 1), em que células são retiradas do paciente. Essas células são representadas por três círculos amarelos com outro círculo menor no interior de cada uma, simbolizando o núcleo na cor roxa. A etapa 2, no topo e à direita da figura, mostra um vírion representado por um círculo rosa com estru- turas na superfície em formato de haste com um círculo na ponta (parecidos com alfinetes) na cor azul. Na parte interna do círculo, está representada uma molécula de DNA em azul, na qual se encontra parte uma ponta de uma seta que indica outra molécula de DNA em azul e cortada ao meio. Ela, após ser modificada, não possui a capacidade de reproduzir. Na etapa 3, o mesmo vírion é mostrado (apenas com o DNA cortado ao meio no interior). Ainda no centro da figura, uma seta sai da etapa 1 e segue em direção a uma célula situada na base à direita da figura. Essa célula está ligada à partícula viral proveniente da etapa 3 e, juntas, representam a etapa 4, em que o vírus alterado é misturado com a célula do paciente. Na etapa 5, a célula tem, agora, no interior do núcleo, um material genético hibridizado com o gene proveniente do vírus, formando uma única fita de DNA dupla hélice helicoidal de cor azul nas pontas e vermelho no centro. Outra seta indica a sexta etapa, que representa o momento em que a célula alterada é injetada no paciente. Na sétima e última etapa, são expostas três células modificadas no interior do corpo do homem. Dessas células, partem setas (de cor branca e em formato de hélice) que indicam a produção posterior da proteína ou do hormônio desejado no processo de terapia gênica. 162 UNICESUMAR Além disso, as modificações genéticas que ocorrem nas células germinativas, como no esperma- tozóide e no óvulo, são hereditárias. Dessa forma, os descendentes da linhagem modificada carregam os genes alterados, tornando uma alternativa para minimizar as doenças genéticas e hereditárias. De maneira oposta, em um tratamento para determinada doença que utiliza a terapia gênica em células somáticas, as modificações estariam restritas somente ao paciente submetido ao procedimento. Em outras palavras, não passaria aos descendentes os genes modificados(GONÇALVES; PAIVA, 2017). Quais são os usos da terapia gênica? A terapia gênica pode ser combinada com as células-tronco para gerar vetores de transferência gênica com o objetivo de criar células-tronco pluripotentes induzidas (iPSCs). Isso promove a diferenciação das células para proporcionar um fenótipo de interesse. Quando combinada às células tronco e aos linfócitos T (células de defesa), a terapia gênica permite manipular e reprogramar as células imunes dos pacientes, a fim de reconhecer e atacar as células tumorais (NARDI; TEIXEIRA; SILVA, 2002; LINDEN, 2010; GONÇALVES; PAIVA, 2017). Título: Seleção artificial Ano: 2019 Sinopse: da erradicação de doenças à escolha das características do bebê, a edição genética permite alterar a biologia humana. Saiba quem são os cientistas por trás de tudo isso. Comentário: assistir a esse documentário é uma ótima forma de com- preender a tecnologia do CRISPR e a ética na manipulação genética. Ao longo dos episódios, os indivíduos se questionam se seria possível utilizar as biotecnologias para realizar as modificações biológicas de interesse, mesmo sem compreender o impacto e a complexidade desse processo. Está disponível na Netflix. Uma importante ferramenta biotecnológica que pode mudar o rumo e os usos da terapia gênica e da biologia molecular é o CRISPR-CaS9 (CRISPR, do inglês, Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats, significa repetições palindrômicas curtas agrupadas e regularmente espaçadas; já CaS9 é a proteína capaz de cortar a fita dupla de DNA), uma vez que ela consegue realizar edições genômicas pontuais e precisas. Os primeiros testes com essa ferramenta, com foco médico, já apre- sentaram otimizações nos sistemas de entrega e especificidade, garantindo uma melhor segurança e efetividade (GONÇALVES; PAIVA, 2017). 163 UNIDADE 7 Entender o uso das biotecnologias aplicadas à saúde é compreender que a saúde humana é um resultado dos avanços tecnológicos que possibilitaram uma melhor qualidade de vida aos humanos. Além disso, compreender como alguns procedimentos e técnicas estudados são aplicados auxilia no seu preparo como profissional da saúde. Afinal, os conteúdos estudados nesta unidade farão parte da sua rotina de trabalho, seja na área da pesquisa, seja na área das análises clínicas, seja na área médica. Quantos avanços tecnológicos nós tivemos ao longo dos anos, não é mesmo? Na Biologia, acompanhando a tecnologia, surgiu uma nova área chamada Biotecnologia. Você ouviu alguém falar sobre ela? Ela está mais presente no nosso cotidiano que você imagina. Aperte o play para conhecer o uso das biotecnologias aplicadas à saúde. https://apigame.unicesumar.edu.br/qrcode/9067 164 Agora, faremos uma revisão de tudo o que você aprendeu nesta unidade. Observe o mapa mental a seguir, que descreve as características das biotecnologias para a produção de vacinas, fármacos, testes genéticos e terapia gênica. Preencha os quadros que pedem as complementações. Vacinas Tipos de vacinas Terapia gênica Combinações Combina a tecnologia com os conhecimentos sobre os processos biológicos para criar produtos ou serviços para resolver problemas Fármacos Produção do biofármaco Diferenças entre biofármacos e fármacos Testes genéticos Técnicas e metodologias estudadas anteriormente que podem estar envolvidas A genômica permitiu a realização de testes genéticos detalhados que viabilizam uma tomada de decisão em diferentes aspectos da vida Biotecnologias Aplicadas 165 1. Nesta unidade, você compreendeu a importância da biotecnologia para a saúde. Com base nos textos e nas atividades complementares, escreva um breve texto de até 10 linhas sintetizando os principais usos das biotecnologias e explique o impacto delas na sociedade. Você pode focar em um tema específico ou sintetizar todo o conteúdo. 2. As vacinas são imunizantes capazes de prevenir uma determinada doença, pois indu- zem o corpo a produzir anticorpos contra um agente patológico. Ao longo dos anos, algumas doenças foram erradicadas, resultado de uma boa campanha de vacinação e conscientização da população. Sobre as vacinas, assinale a alternativa correta: a) As vacinas de primeira geração têm como alvo uma substância específica do patógeno, seja uma toxina, seja uma proteína. b) As vacinas de primeira e segunda geração são, respectivamente, aquelas que usam agente patogênico atenuado e inativado. c) De modo geral, as vacinas de primeira geração sofreram um aprimoramento após os avanços tecnológicos, mas, atualmente, não são mais utilizadas, pois as vacinas de terceira geração são mais eficazes. d) As vacinas de terceira geração utilizam a tecnologia do DNA recombinante. No entanto, até o momento, nenhuma vacina foi aprovada para usos em humanos. e) As vacinas de primeira e segunda geração foram aprimoradas após os avanços tecno- lógicos, tornando-as mais eficazes e seguras. 3. Na produção de um biofármaco, é preciso escolher a molécula de interesse. Para isso é necessário realizar pesquisas avaliativas sobre a molécula, a fim de ter conhecimento sobre os efeitos dela. Depois, é preciso realizar testes de toxicidade, eficiência e segu- rança, com o intuito de garantir o sucesso do medicamento. Sobre a produção de biofármacos, leia as afirmativas a seguir: I) A produção de biofármacos é dividida em três etapas. A primeira é a expansão celular, em que ocorre a multiplicação do organismo produtor. A segunda é a purificação, que tem como objetivo deixar a matéria-prima mais pura. Por fim, há a formulação final, que finaliza o processo envasando e deixando o medicamento pronto. II) Existem duas etapas de purificação que são realizadas uma após a outra e tornam a matéria-prima pura, apenas com a proteína de interesse. III) A produção do biofármaco envolve o cultivo de organismos produtores. Após esse cultivo, eles são submetidos a outras etapas para a extração e a purificação da proteína de interesse. IV) A etapa de purificação é importante, pois os elementos, além da proteína de interesse, podem interagir e comprometer a eficácia do medicamento. 166 É correto o que se afirma em: a) I e II. b) I, II e III. c) II, III e IV. d) III e IV. e) IV. 4. Leia o fragmento a seguir: Terapia gênica é o tratamento baseado na introdução de genes sadios com uso de técnicas de DNA recombinante. O primeiro teste clínico bem-sucedido dessa técnica foi divulgado em 1990. Em que pese a ocorrência, em certos estudos clínicos, de efeitos adversos, alguns dos quais graves, laboratórios de pesquisa e empresas vêm continua- mente desenvolvendo novos materiais e procedimentos mais seguros e eficazes. Embora ainda em estágio experimental, progressos recentes indicam oportunidades crescentes de investimento pela indústria, bem como justificam a expectativa de que, em alguns casos, essa tecnologia poderá chegar à prática clínica dentro de poucos anos. LINDEN, R. Terapia gênica: o que é, o que não é e o que será. Estudos Avançados, v. 24, n. 70, 2010. p. 69. Considerando o conteúdo exposto no enunciado, leia as afirmativas a seguir: I) Utiliza seres multicelulares procariontes para induzir a resposta imunológica de um organismo. II) Um gene normal substitui um gene causador de alguma doença. III) É possível combinar a terapia gênica e fungos para produzir antibióticos mais eficientes. IV) Um grande potencial para a terapia gênica é a utilização do CRISPR, uma ótima fer- ramenta para a edição genômica. V) Os neutrófilos combinados com a terapia gênica permitem manipular e reprogramar as células imunes dos pacientes. É correto o que se afirma em: a) I e II. b) I, III e V. c) IV. d) II e IV. e) III, IV e V. 8 Nesta unidade, você conhecerá as ferramentas que facilitaram o armazenamento de dados gerados pelo estudo da molécula de DNA, do RNA e das proteínas. Em uma, os estudos da genômica e da proteômica se expandem com o apoio da bioinformática. Você adquirirá os conhecimentos e as ferramentas utilizadaspela bioin- formática na biologia molecular, além de conhecer as aplicações e as perspectivas. A bioinformática aplicada aos estudos da pesquisa e ao diagnóstico molecular Dra. Ana Luisa Monezi Lucena 168 UNICESUMAR Mário foi detectado com uma anemia grave. Após três internações e depois de muitas investigações, foi concluído que ele era portador da talassemia, uma doença que apresenta uma síntese ineficiente ou a ausência de uma proteína presente no sangue, a hemoglobina, que faz o transporte de oxigênio. Hoje, já habituado com os modos de tratamento da doença, encontra-se clinicamente estável, em regime de hipertransfusão a cada duas semanas e tratamento quelante para a retirada de ferro excedente. Os pais de Mário são primos de segundo grau e pretendem ter mais um filho. Todavia, optaram por fazer o estudo genotípico dos próprios genes e do filho (Mário) em relação ao tipo de anemia portada por Mário, uma vez que eles apresentam um histórico familiar da anemia diagnosticada nos pais, tios e primos paternos e maternos. A equipe multidisciplinar que acompanha o caso decidiu analisar as amostras sanguíneas dos pais e de Mário utilizando a técnica molecular de sequenciamento, que permite detectar as alterações da molécula de DNA que podem estar relacionadas com a anomalia da hemoglobina e comparar com os bancos de dados que possam ter registros desse quadro. Desse modo, posteriormente, é possível explorar as razões da manifestação grave em Mário, mas não nos outros familiares. No caso de Mário, por que seria interessante fazer o comparativo em bancos de dados das alterações genéticas das proteínas de hemoglobinas? Qual é a importância da investigação da sequência genética dos pais, já que, neles, a doença não foi relativamente manifestada? O desenvolvimento de bancos de dados biológicos atingiu o progresso a partir da expansão das técnicas de sequenciamento. Atualmente, há dados armazenados das sequências de nucleotídeos de DNA e RNA, além de amostras das sequências de aminoácidos e da estrutura de proteínas de diferentes organismos. A princípio, a criação dos bancos de dados biológicos tinha o objetivo de fazer a centra- lização das sequências analisadas e facilitar o acesso das informações. Atualmente, em detrimento da elevada importância deles, os bancos foram aprimorados e podem oferecer flexibilidade e portabilidade para outras ferramentas, integrar muitos programas e ter aplicações voltadas às análises biológicas. Diversas áreas da biologia utilizam a base de bancos de dados biológicos, pois ela permite a verifi- cação de sequências de diferentes genes, incluindo de humanos, microrganismos e vírus. As próprias sequências detectadas no genoma humano foram armazenadas em bancos de dados e, regularmente, a alimentação dos bancos cresce com sequências que estão associadas às alterações vinculadas às doen- ças humanas, assim como é o caso da anemia detectada no Mário. O comparativo de sequências pode ajudar a identificar as doenças mais graves e os métodos de tratamentos que estão sendo aplicados, ou seja, pode minimizar a exaustiva busca de informações. Na evidência dessa revolução científica, seria importante que você, futuro(a) profissional da saúde, explicasse como as inovações tecnológicas poderiam ser aproveitadas em todos os contextos. No campo profissional, não há dúvida de que será beneficiado com esses conhecimentos, uma vez que elas são ferramentas frequentemente utilizadas na área biomédica. Durante alguns anos, a principal forma de detectar o caminho percorrido pelas doenças, como a anemia, era por meio de exames hematológicos. Com o tempo, o crescente número de dados de sequências moleculares de vários organismos abriu novas oportunidades para o entendimento da evolução das doenças. 169 UNIDADE 8 Agora, o desafio dos cientistas é entender as motivações teóricas e práticas que sustentam as novas técnicas e compreender como elas se diferem dos métodos precedentes, utilizando, para isso, as aná- lises comparativas de sequências. Partindo desse princípio, faça uma breve pesquisa em uma revista de circulação on-line e tente solucionar as seguintes questões: onde podemos achar as sequências dos genes? Como determinar o compartilhamento? Por que comparar? As grandes conquistas nos campos da biologia molecular são evidentes. Diretamente ligada às eras genômica e pós-genômica, a biologia molecular tem se destacado com a utilização da informática, surgindo a bioinformática, uma ferramenta emergente e essencial. As ferramentas da bioinformática trabalham de forma on-line com todas as informações geradas. Assim, é possível obter, armazenar, classificar e interpretar os volumosos dados gerados por sequenciamento do DNA e proteínas, ca- racterizando as ômicas, como a genômica e a proteômica. Nesse sentido, o foco principal da análise da nossa solução-problema é entender os princípios da bioinformática como uma ferramenta para a detecção de problemas genéticos ou evolutivos de uma doença. DIÁRIO DE BORDO 170 UNICESUMAR Os avanços da biologia molecular, associados às técnicas da informática, facilitaram o modo de entendi- mento de como as características genéticas podem ser estudadas e possibilitaram a compreensão do motivo pelo qual, por vezes, elas não são manifestadas da maneira esperada. Esses progressos são marcados no que tange à possibilidade de identificar e determinar as sequências de nucleotídeos de um material genético ou de aminoácidos de uma proteína proveniente de uma informação herdada. Essa facilidade surgiu a partir da necessidade de armazenar essas informações para posterior análise e mediante a oportunidade de comparar e entender as variações genéticas nos organismos. O apoio da informática à biologia tem sido fundamental no progresso e no desenvolvimento da área de onde surgiu a bioinformática. A bioinformática surgiu na década de 80, a partir dos avanços na área de biologia molecular, espe- cialmente, com o advento dos projetos genomas, que geraram volumes intensos de informações que foram obtidas a partir do sequenciamento de fragmentos de ácido desoxirribonucleico (DNA). Quem diria que a bioinformática pudesse empregar ferramentas computacionais dentro da biologia para desenvolver estratégias a serem empregadas em investigações científicas? Todavia, nos últimos dez anos, a adaptação e os avanços dos recursos tecnológicos, especialmente na área das ciências da saúde, têm sido uma prioridade para suprir determinadas carências, como a criação de programas analíticos capazes de armazenar complexas sequências de genes. De modo geral, a bioinformática só teve expansão devido aos fatores decisivos, incluindo a ajuda da internet e a produção de processadores mais rápidos e eficientes, os quais consolidaram a possibilidade de com- partilhamento de dados biológicos (ARAÚJO et al., 2008). Essa nova ciência tem origem nas ciências da computação, na estatística e na biologia molecular (Figura 1), e vem sendo desenvolvida especialmente para ordenar os resultados gerados nas iniciati- vas de sequenciamento de genes, as quais produzem uma quantidade cada vez maior de dados sobre as sequências de DNA e os produtos proteicos. Com esses dados de sequência de proteínas e ácidos nucléicos de muitas espécies e de amostras populacionais, é possível fornecer uma base para os estu- dos que conduzem a novos entendimentos sobre a evolução e a história natural da vida e de doenças variadas. Também é possível predizer a configuração tridimensional de proteínas, identificar inibido- res de enzimas, organizar e relacionar informação biológica, agrupar proteínas homólogas e analisar experimentos de expressão gênica, por exemplo (ARAÚJO et al., 2008). Você sabe o que um bioinformata faz? Considerada uma profissão do futuro, você também pode fazer parte dessa equipe multidisciplinar. Observe a dica! Para acessar, use seu leitor de QR Code. https://apigame.unicesumar.edu.br/qrcode/12185 171 UNIDADE 8 De forma geral,a bioinformática tem por função rastrear os dados, extraindo informações úteis para estudos específicos. Um exemplo de utilização é a identificação de possíveis diferenças nas sequências gênicas e aplicação dessas informações no desenvolvimento de ferramentas para melhor diagnosticar doenças e anomalias, como as ferramentas estatísticas, que ajudam na definição das possibilidades de adoecimento, ou não, dos indivíduos de uma população. Considera-se, nesse âmbito, que cada ser vivo se transforma em informações, ou seja, é dotado de instruções sobre o próprio processo de funcionamento. Para tanto, a bioinformática assegura a potencialidade dela por desenvolver bancos de dados, pesquisa de algoritmos, análises estatísticas no computador, programas de previsão de genes e outras ferramentas analíticas que são usadas para dar sentido aos dados de DNA, RNA e sequências de proteínas (PIERCE, 2013; ARAÚJO et al., 2008). O reconhecimento da bioinformática como uma disciplina essencial para as áreas da biologia molecular, biotecnologia e biologia de sistemas só foi consolidado após a multiplicação, em tamanho e em número, dos bancos de dados de sequências resultantes dos projetos genomas. Atualmente, há vários bancos de dados em que são adicionadas as sequências recém-descobertas e disponibiliza- das pela internet aos cientistas e estudantes de todo o mundo. Até o momento, já estão disponíveis as sequências genômicas completas ou quase completas de mais de centenas de vírus, bactérias, leveduras, vegetais, camundongos, humanos e representantes de 35 filos de metazoários (Figura 2) (LODISH et al., 2014; ARAÚJO et al., 2008). Bioinformática Ciências de dados Ciências da Computação Biologia computacional Biologia Bioestatística Estatística Descrição da Imagem: na figura, há três conjuntos (representados por círculos coloridos) interceptados por parte entre si. Assim, há um círculo vermelho (à esquerda). Nele, encontra-se a área da estatística. Também há um círculo verde (à direita), que simboliza a ciência da computação. Abaixo, interceptando os outros dois, está o círculo da biologia (cor roxa). As intercepções desses conjuntos mostram, na parte central, a bioinformática (azul-escuro) e, na região que inter-relaciona com a biologia, está a bioestatística (cor roxo-escuro) junto ao campo da estatística e da biologia computacional (azul-claro). Por fim, a ciência de dados (verde musgo) intercepta com a bioinformática, a estatística (azul-escuro) e a ciência da computação (verde-claro). Figura 1 - Representação das áreas de abrangência da bioinformática / Fonte: Kanbe (2020, on-line). 172 UNICESUMAR O banco de dados é uma espécie de arquivo de armazenamento. Nele, é disponibilizado, de maneira uniforme e eficiente, várias informações que contemplam as áreas da biologia molecular. Os bancos de dados objetivam organizar os dados em um conjunto de registros estruturados para permitir a recuperação de informações (LORENZONI, 2019). São caracterizados dois tipos de bancos de dados. Ambos se diferenciam por um ter apenas a informação da sequência e outro conter análises da se- quência. Diante disso, podem ser classificados em primário e em secundário. Os bancos de dados primários contêm informações sobre a sequência em conjunto com as infor- mações que descrevem a fonte da sequência e a determinação dela. Já os bancos de dados secundários contêm os resultados de análises feitas nos dados primários de sequências, como informações volta- das aos padrões particulares de sequências, variações, mutações e relação evolutiva (PIERCE, 2013). Observe, na figura 3, alguns bancos de dados mais utilizados pela bioinformática. Descrição da Imagem: trata-se de uma ilustração de um DNA em túnel infinito na cor preta. No início do túnel, encontra-se a repre- sentação dos primeiros seres vivos. Eles vão em direção à superfície. Nas laterais, são ilustradas as imagens de plantas e animais que foram surgindo ao longo da evolução. O sequenciamento, em preto, apresenta os seguintes organismos: bactérias, protozoários, insetos, répteis, peixes, mamíferos e homem, que fica na ponta superior do infinito. Figura 2 - Representação da diversidade de organismos que podem ser detectados pela diferença de sequência de proteínas e ácidos nucléicos 173 UNIDADE 8 Figura 3 - Representação dos bancos de dados utilizados regularmente pela bioinformática / Fonte: adaptado de Pierce (2013). O uso dos bancos de dados para fazer as comparações e as análises se inicia após o DNA ser sequen- ciado. Contudo, nem sempre os pesquisadores detectam todas as regiões gênicas e funcionais, pois não existem características universais que marquem o início e o fim do gene. É importante recordar que nem todos os nucleotídeos da estrutura da molécula de DNA codificam genes que formam proteínas. Existem sequências que apresentam funções regulatórias, por exemplo, aquelas que são de reconhe- cimento de enzimas que iniciam a transcrição. Além disso, temos muitas sequências repetitivas conservadas. Estudos científicos demonstram que elas apresentam uma importância significativa ao funcionamento do organismo. Há, ainda, sequências no DNA que não formam RNAs envolvidos diretamente na síntese de proteínas, mas que carregam outras funções significativas, como os micro RNAs, por exemplo, que têm um tamanho muito pequeno, com 21 a 25 nucleo- tídeos, e podem se ligar a outros RNAs (como o RNAm) e modificar a continuidade de uma síntese proteica (PIERCE, 2013). Dessa forma, é possível fazer o alinhamento de sequências tanto gênicas quanto não gênicas. BANCOS DE DADOS COMUNS DE BIOINFORMÁTICA GENBANK (BANCO 1) Informação primária da sequência de DNA mantida pela U.S National Institutes of Health EMBL-BANK (BANCO 2) Informação primária da sequência de DNA mantida por pesquisadores europeus DBEST (BANCO 3) Banco de dados de EST de muitos organismos MMDB (BANCO 4) Banco de dados de modelagem molecular, estruturas macromoleculares tridimensionais de proteínas e nucleotídeos FLYBASE (BANCO 5) Informação genética diversa sobre Drosophila melanogaster UNIPROT (BANCO 6) Dados de sequência de proteínas e outras informações sobre proteínas de uma variedade de organismos https://apigame.unicesumar.edu.br/qrcode/12189 https://apigame.unicesumar.edu.br/qrcode/12190 https://apigame.unicesumar.edu.br/qrcode/12191 https://apigame.unicesumar.edu.br/qrcode/12192 https://apigame.unicesumar.edu.br/qrcode/12193 https://apigame.unicesumar.edu.br/qrcode/12194 174 UNICESUMAR Os programas da bioinformática auxiliam no desenvolvimento de ferramentas de computação que rastreiam essa enorme quantidade de DNA em um genoma e encontram os genes dentro de uma se- quência. Existem duas maneiras de realizar esse processo: a primeira é a chamada ab initio, a qual varre as sequências na procura por características que estão, geralmente, dentro dos genes. Por exemplo, os genes codificantes de proteínas são caracterizados por matrizes de leitura aberta (ORF, do inglês, Open Reading Frame), que incluem um códon de início e um códon de fim na mesma matriz de leitura. A segunda é a chamada enfoque comparativo, que procura similaridades entre uma nova sequência e todos os genes conhecidos. Se for encontrada uma correspondência, então, a nova sequência é consi- derada um gene similar (PIERCE, 2013). A literatura relata que os programas de bioinformática que buscam identificar genes são menos precisos que quando utilizados para comparar sequências de aminoácidos de proteínas já conhecidas. Devido à degeneração do código genético, proteínas relacionadas exibem, invariavelmente, mais simi- laridade de sequências que genes que as codificam. Esse fato ocorre porque as sequências de DNA não contêm apenas regiões gênicas. Como mencionado, elas carregam a presença de vários íntrons, que possibilitam, após os splices, a recombinação alternativa, variando as sequências que determinam cada tipo de RNAm que será transcrito, resultandoem várias cópias de alguns genes. Além disso, a presença de muitos DNAs não codificante entre os genes pode dificultar a identificação precisa e a contagem dos genes por programas comparativos da bioinformática (PIERCE, 2013; LODISH et al., 2014). Alinhar sequências pode revelar as características das formações funcional, estrutural e evolutiva das sequências biológicas. Por exemplo: sequências muito parecidas, provavelmente, têm a mesma fun- ção, mesmo que extraídas de organismos diferentes. Nesse caso, elas são definidas como homólogas (sequências de um mesmo ancestral). Destaca-se, também, o uso dessa técnica para a análise de regiões conservadas e de regiões que sofreram mutações em sequências homólogas. Trata-se de uma meto- dologia utilizada como ponto de partida para outras aplicações em biologia computacional, como o estudo de estruturas secundárias de proteínas e a construção de árvores filogenéticas. Dessa forma, o alinhamento procura, ao menos, identificar homologias de sequências ou uma similaridade estatisti- camente significante (IOSTE, 2016). Por certo tempo, a parte do DNA não codificante foi chamada de DNA “lixo”. Atualmente, com a expansão dos estudos científicos, essa região mostra a significância dela. Leia uma reportagem publicada pela Revista Superinteressante sobre esse fato. Para acessar, use seu leitor de QR Code. https://apigame.unicesumar.edu.br/qrcode/12186 175 UNIDADE 8 Os alinhamentos de sequências se dividem em três categorias: alinhamentos simples versus múltiplos, globais versus locais e heurísticos versus ótimos. O alinhamento simples é realizado entre duas sequên- cias de DNA ou proteínas. Já o múltiplo é o alinhamento realizado por mais de duas sequências de DNA ou proteínas simultaneamente. O alinhamento global é feito quando se compara uma sequência de aminoácidos ou nucleotídeos com outra, enquanto o alinhamento local não é feito ao longo de toda extensão da sequência, mas em pequenas regiões. Uma das vantagens do alinhamento global é que o software utilizado consegue compreender um conjunto de algoritmos de comparação de sequências montado, de forma a explorar toda a informação contida em bases de dados de DNA e proteínas com o máximo de velocidade. O alinhamento ótimo produz o melhor resultado computacional e com maior precisão, porém com maior gasto de tempo, ideal quando se deseja comparar apenas duas sequências de DNA ou nucleotídeos. Já o alinhamento heurístico produz um resultado o mais próximo possível do resultado ótimo. Isso é feito de maneira muito veloz (IOSTE, 2016). Os programas de alinhamento, assim que identificam o gene, o anotam, o que possibilita ligar a informa- ção da sequência à outra informação voltada à função e à expressão, como as proteínas são codificadas e a informação expressa em genes similares em outras espécies. Para fazer isso, a bioinformática utiliza diferentes softwares, os quais variam de ferramentas simples a programas gráficos mais complexos e serviços da web independentes. O programa mais utilizado para alinhar sequências é conhecido como BLAST (do inglês, Basic Local Alignment Search Tool) (Figura 3). Para fazer uma pesquisa com o BLAST, é submetida uma sequência de indagação. Depois, o progra- ma procura no banco de dados por outras sequências que tenham regiões de alta similaridade com a sequência de indagação. Desse modo, exibe todas as sequências nos bancos de dados que são similares, em conjunto com as informações voltadas ao grau de similaridade e ao significado da correspondência (PIERCE, 2013; LODISH et al., 2014; LORENZONI, 2019). Quer entender como se identifica uma sequência de proteína nos bancos de dados? Acesse o QR Code e aprenda a identificar uma sequência de proteína em um banco de dados da NCBI. Para acessar, use seu leitor de QR Code. https://apigame.unicesumar.edu.br/qrcode/12187 176 UNICESUMAR Apesar de o BLAST ser a ferramenta padrão para identificar semelhanças de sequência em grandes conjuntos de dados, diversos programas alternativos foram desenvolvidos para montar conjuntos de dados de sequência. A preferência dependerá da disponibilidade do hardware, do tamanho do conjunto de dados, do formato dos dados e da estrutura genética do organismo (LORENZONI, 2019). Os programas computacionais da bioinformática encurtaram o caminho da pesquisa, pois, dispo- nibilizadas as sequências genômicas, elas podem ser comparadas, caracterizadas e identificadas em relação às próprias características funcionais, extinguindo o processo trabalhoso de isolar e caracterizar Nucleotídeo BLAST nucleotídeo > nucleotídeo Proteína BLAST proteína > proteína Blastx tradução de nucleotídeos > proteína Tblastn proteína > tradução de nucleotídeos Descrição da Imagem: na figura, estão representadas, em quadros, as funcionalidades da plataforma BLAST. No primeiro quadro, localizado à esquerda (verde-claro), está desenhada uma molécula de DNA dupla fita na cor branca. Nele, também está redigido “BLAST” para a identificação de similaridade de sequências para nucleotídeos. No centro da figura, estão dois quadros menores. Eles têm cor azul e forma de flecha: um aponta para o lado direito e o outro para o lado esquerdo. No primeiro quadro, está redigida a palavra “blastx”, que faz a tradução de nucleotídeos em proteínas. Abaixo desse quadro, está o segundo, o tblastn, que faz as proteínas serem traduzidas em nucleotídeos. Por fim, do lado direito, está representado um quadro maior (azul-claro). No fundo dele, encontra-se a imagem de uma proteína na forma de hélice simples na cor branca com a informação: “BLAST proteínas”, para a identificação de sequências similares de proteínas. Figura 4 - Representação da interface do programa BLAST / Fonte: National Center for Biotechnology Information ([2021], on-line)¹. O programa BLAST divide a sequência de proteína em segmentos e a procura no banco de dados por correspondência com as sequências armazenadas. O algoritmo gera uma pontuação: a maior (high core) representa as sequências que apresentam maior similaridade, enquanto a pontuação menor (lower core) acontece quando a correspondência entre os aminoácidos relacionados é pequena. As características a serem analisadas incluem a presença de um aminoácido hidrofóbico, po- laridade e cargas positivas e negativas, por exemplo. Quando o programa completa a busca, ele classifica os achados entre a proteína nova e as várias proteínas conhecidas de acordo com o valor-p. Esse parâmetro é a medida da probabilidade de se encontrar aquele grau de semelhança entre duas sequências proteicas ao acaso. Quanto mais baixo for o valor-p, maior será a similaridade de sequência entre as suas proteínas. Um valor-p menor que 10-3 normal- mente é considerado uma evidência significativa de que as duas proteínas descendem de um mesmo ancestral. Fonte: adaptado de Lodish et al. (2014). 177 UNIDADE 8 as proteínas individuais. A chamada genômica funcional, que inclui a identificação de todas as molé- culas de RNA transcritas de um genoma (transcriptoma de genoma) e todas as proteínas codificadas pelo genoma de proteoma, está diretamente ligada aos enfoques da bioinformática relacionados aos experimentos baseados em laboratórios (PIERCE, 2013). As citações da aplicabilidade da bioinformática são várias. Os destaques são inseridos tanto nos avanços da pesquisa básica quanto na ciência aplicada, promovendo a elucidação das bases molecu- lares envolvidas em importantes eventos celulares. Isso garante a aplicação direta nos mais variados setores, tais como na medicina molecular, na terapia de genes, no desenvolvimento de drogas, em es- tudos evolutivos e filogenéticos, na biotecnologia, em estudos sobre mudanças climáticas, em fontes de energia alternativa, nos programas de melhoramento, na análise forense, na fitopatologia, na melhoria da qualidade nutricional e nas ciências veterinárias (LORENZONI, 2019; ARAÚJO et al., 2008). Dentro da área de desenvolvimento de fármacos, a bioinformáticatem sido utilizada para identificar sequências proteicas que, em outras situações, apresentaram o potencial de reagir diretamente com determinadas drogas. Desse modo, é testada a ação delas de minimizar os sintomas ou as causas de uma doença em pessoas com uma sequência parecida. Além disso, em consequência de o desenvolvimento de fármacos demorar anos, o uso da bioinformática tem facilitado o reposicionamento de fármacos disponíveis (ARAÚJO et al., 2008; VITALINO, 2020). O setor farmacêutico tem focalizado os esforços na seleção de potenciais moléculas, visando à produ- ção de novos medicamentos na área médica ou mesmo na agropecuária. Dessa forma, são identificadas moléculas que poderão atuar como princípio ativo na elaboração de produtos terapêuticos, inibindo ou acelerando certas reações bioquímicas. Isso promove efeitos vinculados à cura ou à atenuação de doenças (ARAÚJO et al., 2008). A utilização da bioinformática na área agropecuária tem proporcionado grandes feitos principal- mente no campo do melhoramento. A possibilidade de identificar sequências favoráveis para uma determinada espécie pode ser utilizada como objeto transformador para outras, permitindo o desen- volvimento de novos cultivares com melhor qualidade e custos econômicos e ambientais reduzidos. Também é possível fazer transformações, com o intuito de tornar os alimentos com uma melhor qualidade nutricional ou, ainda, torná-los resistentes a determinados patógenos. Tudo isso de maneira bem mais acelerada que antes (LORENZONI, 2019). Na área médica os benefícios da bioinformática são evidenciados por meio dos avanços promovidos nas áreas de manipulação e terapia gênica, com a identificação detalhada de novos genes e dos mecanismos regulatórios. Um exemplo é o desenvolvimento de medidas terapêuticas ou preventivas contra tumores e agentes infecciosos. No que se diz respeito à prevenção de doenças causadas por microrganismos, as ferramentas computacionais podem permitir a detecção molecular de parasitas, acarretando no emprego direto do diagnóstico e da epidemiologia de inúmeras patologias (ARAÚJO et al., 2008). O estudo da origem do SARS-CoV-2 (Covid-19) é um exemplo da aplicabilidade da bioinformática em estudos evolutivos. Pesquisadores utilizaram do alinhamento de sequências do vírus encontradas em diferentes espécies, com o objetivo de apresentar algumas evidências científicas sobre as possíveis origens do novo coronavírus e auxiliar na prevenção de futuros eventos zoonóticos (Figura 4). Com 178 UNICESUMAR a bioinformática de alinhamento de sequência, é possível traçar a história evolutiva de um conjunto de organismos e construir redes de interação de um determinado organismo, tecido ou tipo celular. Em outras palavras, a sequência de DNA é dotada de marcas relacionadas ao modo como o processo evolutivo deu forma a história e ao tempo que passou durante esse processo (VITALINO, 2020). SARS-CoV-2 GD Pangolin CoV Bat CoV RaTG SARS-CoV-2 GD Pangolin CoV Bat CoV RaTG SARS-CoV-2 GD Pangolin CoV Bat CoV RaTG SARS-CoV-2 GD Pangolin CoV Bat CoV RaTG A A A 380 380 380 N N N I I I T T T N N N L L L C C C P P P F F F G G G E E E V V V F F F N N N A A A T T T R T T F F F A A A S S S V V V Y Y Y W W W N N N R R R K K K R R R I I I S S S N N N C C C V V V A A A D D D Y Y Y S S S V V V L L L Y Y Y N N N S S S A T T S S S F F F S S S T T T F F F X X X C C C Y Y Y G G G V V V S S S P P P T T T K K K L L L N N N D D D L L L C C C F F F T T T N N N V V V Y Y Y A A A D D D S S S F F F V V V I V I R R T G G G D D D E E E V V V R R R O O O I I I A A A P P P G G G O O O T T T G G G K K K I I I A A A D D D Y Y Y N N N Y Y Y X X X L L L P P P D D D D D D F F F T T T 430 430 430 G G G C C C V V V I I I A A A W W W N N N S S S N N K N N H L L I D D D S S A K K K V V E G G G G G G N N N F F F N N N Y Y Y L L L Y Y Y R R R L L L F F F R R R K K K S S A N N N L L L X X X P P P F F F E E E R R R D D D I I I S S S T T T E E E I I I Y Y Y Q Q Q A A A G G G S S S T T K P P P C C C 480 480 480 N N N G G G V V Q E E T G G G F F L N N N C C C Y Y Y F F Y P P P L L L Q Q Y S S R Y Y Y G G G F F F Q H Y P P P T T T N N D G G G V V V G G G Y Y Y O O O P P P Y Y Y R R R V V V V V V V V V L L L S S S F F F E E E L L L L L L H N N A A A P P P A A A T T T V V V 524 524 524 Descrição da Imagem: o comparativo de sequência de aminoácidos é feito na região da proteína spike, a qual tem RDB (Receptor Bending D). A figura representa um comparativo da sequência do domínio de ligação da proteína Spike no receptor RBD do SARS-CoV-2 encontrado em humanos, morcegos e no pangolin (mamífero asiático). Os aminoácidos são mostrados nas colunas e representados por letras (N, I, T, L, C, P, V, F, A, R, S, Y, W, K, I, D, G, E, Q, H) e cores. As três sequências: SARS-CoV 2, GD Pangolin CoV e Bat CoV RaTG são apresentadas em quatro blocos. Em cada bloco, os três nomes das sequências se repetem. De cima para baixo, as três primeiras sequên- cias contêm 50 aminoácidos, enquanto a última carrega apenas 44 aminoácidos. À direita de cada bloco de sequências, são mostrados os números que representam a posição do último aminoácido, sendo: 380 no primeiro bloco de sequências, 430 no segundo, 480 no terceiro e 524 no quarto. Os cinco resíduos críticos para ligação entre SARS-CoV-2, RBD e proteína ACE2 (proteínas que fazem contato entre a proteína Spike do vírus com o receptor) são indicados em caixas vermelhas encontradas nos dois últimos blocos de sequências. Por outro lado, os resíduos em contato com ACE2 são indicados em caixas amarelas e são vistos nos três últimos blocos de sequências. Figura 5 - Representação da comparação de sequências de aminoácidos do genoma do vírus SARS-CoV encontrados em hu- manos, morcegos e no pangolin (mamífero asiático) / Fonte: Rossetti (2020, on-line). Confira uma reportagem sobre a aplicabilidade da bioinformática para a identificação do coronavírus. Ela foi feita pelo pesquisador Vasco Azevedo do Departamento de Genética, Ecologia e Evolução do Instituto de Ciências Biológicas (ICB) da Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG). Para acessar, use seu leitor de QR Code. https://apigame.unicesumar.edu.br/qrcode/12188 179 UNIDADE 8 Muitas são as aplicações e as expectativas da bioinformática em diferentes áreas e setores da sociedade. No entanto, é importante destacar que, para compreender a grandeza dessa nova área do conheci- mento, é preciso ter habilidades relevantes e indispensáveis ao uso dela. Um(a) profissional dessa área deve ter certo aprofundamento voltado à informática, domínio da língua inglesa, êxito nas pesquisas básicas na área de biologia molecular e compreensão da crescente otimização de técnicas moleculares mais sensíveis que surgem a cada dia. Portanto, os(as) profissionais que lidarão com essa tecnologia precisam ser multidisciplinares. Sem dúvidas, você percebeu que a bioinformática veio para facilitar e agilizar os resultados de vários trabalhos relacionados à biologia molecular. Atualmente, é uma ciência de intenso interesse, caracte- rizando-se como uma das mais importantes ferramentas para os profissionais da área da saúde graças às grandes descobertas e aos avanços gerados especialmente no âmbito biomédico. Em relação ao problema de Mário, que é portador da talassemia, anemia causada pela ineficiência da hemoglobina, a bioinformática ajudaria acessar a estrutura da proteína hemoglobina nos bancos de dados secundários, a fim de detectar as mutações ocorridas e compará-las com a hemoglobina extraída de Mário. Talvez, será encontrado um medicamento que poderá ajudar no tratamento da doença ou aparecerão informações precisas e que poderão auxiliar na produção de um fármaco específico. Futuramente, a identificação dessa alteração pela bioinformática poderá auxiliarna manipulação das sequências mutadas, transformando-as em sequências sadias. Dessa forma, o valor da bioinformática se torna indispensável no que se refere à manutenção das ciências que caminham concomitantes à tecnologia, principalmente à pesquisa biológica. Você já ouviu alguém falar do Big Data e da Inteligência Artificial (IA)? Essas são as tecnologias mais mencionadas na atualidade e são usadas em várias áreas do conhecimento. Na área da saúde, têm apresentado resultados de sucesso, contribuindo para o entendimento dos dados gerados da biologia molecular. No podcast desta unidade, você enten- derá como essas tecnologias se correlacionam com as características da bioinformática. Aperte e play e mergulhe nesta temática! https://apigame.unicesumar.edu.br/qrcode/9068 180 Agora é o momento de sintetizar os conceitos aprendidos nesta unidade. O mapa mental ilustrado a seguir mostra os principais aspectos estudados sobre a bioinformática. Observe que as caixas vazias devem ser completadas de acordo com as características que interligam cada palavra. Bioinformática Atribuição dos bancos de dados Aplicabilidade Terapia Gênica Melhoramento de plantas Conceito: A bioinformática é uma ciência multidisciplinar que surgiu da necessidade de se compreender as funções biológicas, utilizando-se de ferramentas computacionais. Áreas que compreendem a bioinformática Biologia Função - capazes de analisar grandes quantidades de dados biológicos e predizer funções dos genes e a demonstrar relações entre genes e proteínas Genômica funcional Transcriptoma Proteômica Ferramentas utilizadas Bancos de dados Exemplos GenBank Tipos Primário Secundário EMBL-Bank 181 1. A bioinformática é um campo interdisciplinar que combina a biologia molecular e a ciência da computação. O termo “bioinformática” foi citado pela primeira vez pelos bió- logos Paulien Hogeweg e Ben Hesper, que o descreveram como o método de detecção de informações de sistemas biológicos. Em relação à bioinformática, assinale a alternativa que descreve corretamente os sistemas biológicos que são avaliados por essa técnica: a) Analisa os comparativos das sequências de nucleotídeos de ácido nucleicos e aminoá- cidos de proteínas provindos de um sequenciamento genético. b) Procura a similaridade de genes com sequências incomuns. c) Encontra genes de RNAm com o uso de hibridização in situ. d) Analisa os comparativos das sequências de nucleotídeos de ácido nucleicos e aminoá- cidos de proteínas de fenótipos mutantes. e) Seleciona as sequências de aminoácidos diferentes provindas da eletroforese. 2. A bioinformática é uma ciência em expansão, devido ao desenvolvimento crescente de ferramentas mais úteis e métodos de gerenciamento, visualização, integração, análi- ses e modelagem das informações biológicas. Para alcançar os objetivos propostos, a bioinformática conta com algumas ferramentas. Assinale a alternativa que descreve corretamente as ferramentas utilizadas pela bioin- formática: a) Para organizar os dados provindos do sequenciamento em um conjunto de registros estruturados, a bioinformática utiliza diferentes softwares, os quais variam de ferramen- tas simples a programas gráficos mais complexos e serviços da web independentes. b) Os bancos de dados são as ferramentas de armazenamento da bioinformática. Eles ficam em uma central de registro disponibilizada apenas para pesquisadores. c) A bioinformática usa uma rede de computadores específicos para armazenar e dispo- nibilizar os dados biológicos para pesquisadores. d) Para comparar as sequências de uma molécula de DNA, a bioinformática disponibiliza o armazenamento na nuvem para que todos os interessados possam acessar. e) A bioinformática utiliza diferentes softwares, os quais variam de ferramentas simples a programas gráficos mais complexos e serviços da web independentes. Os dados provindos do sequenciamento são liberados apenas com as declarações de pesquisa. 182 3. O reconhecimento da bioinformática como uma disciplina essencial para a área da biologia molecular se deu após a multiplicação, em tamanho e em número, dos bancos de dados de sequências resultantes dos projetos genomas. As sequências recém-desco- bertas são disponibilizadas pela internet para cientistas e estudantes de todo o mundo. Sobre os bancos de dados, analise as assertivas a seguir: I) Os bancos de dados primários contêm informações sobre a sequência em conjunto com informações que descrevem a fonte da sequência e a determinação dela. II) O uso dos bancos de dados para fazer as comparações e as análises não necessita do DNA sequenciado. III) Os bancos de dados apresentam um enfoque comparativo. Eles procuram similari- dade entre uma nova sequência e todos os genes conhecidos. IV) O programa mais utilizado para o alinhamento de sequências é conhecido como BLAST (Basic Local Alignment Search Tool). É correto o que se afirma em: a) II e III. b) IV. c) I, II, III e IV. d) I, II e IV. e) I, III e IV. 4. A literatura relata que os programas de bioinformática para identificar genes são menos precisos que quando utilizados para comparar sequências de aminoácidos de proteínas já conhecidas. Assim, podemos concluir que os programas que foram desenvolvidos para identificar genes na sequência de DNA não são perfeitos, dando dados apenas de estimativas. Diante dos conhecimentos obtidos a partir desta unidade, explique, de forma geral, o motivo pelo qual os dados podem ser apenas estimados, e não obtidos com certeza. 5. As citações da aplicabilidade da bioinformática são várias. Os destaques são inseri- dos tanto nos avanços da pesquisa básica quanto na ciência aplicada, promovendo a elucidação das bases moleculares envolvidas em importantes eventos celulares. Em relação à aplicabilidade da bioinformática, faça uma lista com os principais aspectos da utilização desse método na investigação do novo coronavírus. Tome, como ponto motivador, as explicações descritas nesta unidade e o item “Eu Indico” sobre o assunto, apresentando as suas conclusões. 183 6. Considerada uma profissão do futuro, vários cursos são lançados na área de bioinfor- mática, para que os profissionais se especializem. Sobre os aspectos gerais da bioinfor- mática e os profissionais que desejam trabalhar na área, analise as afirmativas a seguir: I) Um profissional que pretende trabalhar com a bioinformática precisa apenas de um conhecimento simples de informática. II) A bioinformática entra na área da biologia após a finalização do sequenciamento de um genoma, empregando algoritmos computacionais para a montagem e a anotação. III) Na biologia molecular, a bioinformática é capaz de utilizar apenas os dados provindos do sequenciamento de DNA, uma vez que não detecta todas as bases nitrogenadas. IV) O bioinformata é o profissional que conta com os conhecimentos das biociências, da informática e das ciências exatas para a aquisição, o gerenciamento, a análise e o prognóstico de dados coletados de fontes biológicas, como DNA, RNA, proteínas e enzimas. É correto o que se afirma em: a) II e III. b) IV. c) I, II, III e IV. d) II e IV. e) I, III e IV. 184 9 Nesta unidade, você compreenderá a importância da biologia foren- se na identificação de crimes ou atos civis. Assim, apresentaremos as diferentes áreas de estudo que envolvem as ciências forenses nas investigações. Também exporemos algumas técnicas importantes da biologia molecular que são usadas nas ciências forenses. Ao final, serão evidenciadas diferentes representações da ciência forense na vida real, comparando-as com a ficção. Por fim, explicaremos alguns conceitos relacionados à ética e que os profissionais da área devem seguir. Biologia Forense e as aplicabilidades na área da saúde Dra. Ana Luisa Monezi Lucena 186 UNICESUMAR Você já deve ter assistido a um filme ou a uma série que utilizou técnicas muito interessantes e que confirmaram os resultados de investigações criminais. Não só naficção, mas, na vida real, os noticiários também apresentam casos em que os acusados são presos após a confirmação de digitais na cena do crime ou de exame de DNA. São muitas as técnicas da biologia forense para identificar ações criminosas. Elas não se restringem apenas às práticas contra o patrimônio ou contra a vida, mas também são incluídas na área ambiental. Você já pensou na importância da participação de profissionais especializados em diversas áreas para realizar investigações eficazes? Reflita: quais profissionais poderiam contribuir em uma investigação criminal? Atualmente, os métodos das ciências forenses têm sido validados e testados continuamente na área científica. Portanto, nesta unidade, você conhecerá algumas áreas de abrangência da biologia forense e a aplicabilidade delas. Por exemplo, a série americana Crime Scene Investigation (CSI) Las Vegas, que apresenta episódios de casos de investigações criminais, popularizou o trabalho dos cientistas forenses, materializado pelos peritos que desvendam os mais variados crimes e conduzem à identificação do culpado. A biologia forense conta com uma interdisciplinaridade de metodologias para a execução dos exames periciais. Assim como os advogados lançam mão de vários elementos para mostrar a interpretação da lei, os peritos utilizam os conhecimentos das diversas áreas da ciência para analisar os vestígios encontrados na cena de um crime. Com o avanço da criminalidade e a sofisticação com que os crimes são cometidos, os métodos de investigação utilizados tiveram que avançar, a fim de resolver situações mais complexas. Muitas técnicas desenvolvidas para detectar os vestígios deixados na cena de um crime são lançadas continuamente, tais como os materiais que detectam substâncias orgânicas ou inorgânicas e os exames de DNA feitos em corpos em estado de decomposição, devido à presença de insetos específicos. De acordo com a lei processual penal brasileira, nos crimes que deixam vestígios, é indispensável a realização do exame de corpo de delito. Esse exame, por conseguinte, envolve tanto a materialidade dos fatos que deixam vestígios da prática de um crime quanto os indícios de autoria (BRASIL, 1941). Os vestígios encontrados nas cenas de crimes se tornam, portanto, uma prova material indispensável. Por meio de análises dos materiais biológicos, eles podem ser de grande importância na solução de crimes. Considere que você está prestes a decidir por um campo de atuação na investigação forense e, para isso, decide realizar uma pesquisa sobre as áreas de atuação de acordo com os principais vestígios que são analisados por esses profissionais. Utilize o diário de bordo para registrar os resultados de sua busca. Um crime pode envolver uma ou mais cenas ou locais específicos. Durante a ação, muitos são os vestígios que podem ser deixados, os quais podem ser investigados e fazer parte do levantamento das evidências do crime. A partir do estudo das evidências colhidas no âmbito da investigação, as ciências forenses ajudam a identificar os suspeitos e a elucidar determinado crime, criando hipóte- ses sobre o ocorrido. O foco principal do profissional forense é confirmar a autoria ou descartar o envolvimento do(s) suspeito(s). 187 UNIDADE 9 Nas ciências forenses, existem muitas áreas profissionais que atuam separadamente, porém conver- gem, a fim de fornecer resultados precisos e confirmar a autoria do crime ou descartá-la. A credibilidade do trabalho do perito é alcançada com a experiência dele e o estudo amplo e aprofundado, mostrando competência para formular o relatório final. Dessa forma, é extremamente importante a ação eficiente dos profissionais envolvidos. Para começarmos a trabalhar a biologia forense, é importante entender o significado das palavras e fazer uma associação. Primeiramente, você sabe de onde provém o significado da palavra forense? Ela tem uma significação jurídica e se refere ao sentido de foro judicial. Já biologia tem o significado voltado ao estudo da vida e aos fatores envolvidos. Associar a biologia à área forense é relacionar os testes científicos, incluindo o uso dos elementos biológicos, para ajudar a polícia na solução de um crime. Ao relacionarmos as duas palavras, ou seja, biologia forense, incluímos o estudo de materiais biológicos para investigação. Isso repercute na palavra “forense”, que apoia a Justiça nas decisões a serem tomadas (DICIO, [2021], on-line¹). DIÁRIO DE BORDO 188 UNICESUMAR A ciência forense, foco de estudo desta unidade, também pode ser chamada de criminalística. Para essa ciência alcançar o objetivo de trabalho, conta com a junção de várias áreas do saber, as quais usam conhecimento, métodos e técnicas científicas para investigações criminais. Por ser uma ciência de caráter judicial, a função básica dela é descobrir, a partir de investigações, os motivos, as circunstâncias e as datas em que foi efetuado determinado crime (JNDS; GABRIEL, [2021]). Em virtude das diferentes espécies de crime (pessoa, patrimônio, família e am- biente, por exemplo) e dos locais que eles venham a ser efetuados, considera-se que muitas são as provas ou os vestígios que podem ser encontrados na trajetória e no local do crime. Diante dessa abrangência, os profissionais envolvidos são de várias áreas, contribuindo com conhecimentos específicos. A especialidade dos profissionais de cada área é extremamente importante para a validação dos resultados. A ciência forense é uma área interdisciplinar que envolve física, biologia, química, matemática e outras ciências de fronteira (Figura 1). O objetivo é dar suporte às investigações relativas à Justiça civil e criminal (SEBASTIANY et al., 2013). A biologia, enquanto ciência, é um campo muito amplo, haja vista que o es- tudo da vida não se restringe apenas à vida humana. Dessa forma, a ciência forense é multidisciplinar e é composta por diversas áreas da biologia com aplicações úteis para desvendar crimes, como antropologia forense, botânica forense, entomologia forense, ornitologia forense, toxicologia forense, pato- logia forense e várias técnicas baseadas em DNA ou proteína. Para obter informações importantes sobre os prazos de um crime e saber se o corpo foi movido entre duas ou mais localizações diferentes, é possível analisar folhas, sementes e pólen encontrados tanto em um corpo quanto na cena de um crime. Isso pode produzir resultados específicos do local da morte, decomposição e época do ano, por exemplo. Fonte: adaptado de Marcel (2021). 189 UNIDADE 9 Na ciência forense, os conhecimentos científicos e as técnicas de diferentes áreas são utilizados para apurar crimes e assuntos legais diversos (cíveis, penais ou administrativos). Muitos são os campos de atuação dos peritos, tais como contábeis, informática, ambiental, química forense, balística, medicina legal e grafotecnia. O perito criminal está vinculado à materialidade das provas, analisando outros vestígios. Logo, pode apresentar áreas distintas de formação, incluindo química, farmácia, biomedicina, engenharias, contabilidade, física e biologia, o que facilita o entendimento da especialidade de cada vestígio a ser investigado (Quadro 1) (BRANT, 2019). CIÊNCIAS FORENSES Criminologia Entomologia Antropologia Toxicologia Psicologia e Psiquiatria Genética Biologia Medicina Legal Odontologia Balística Descrição da Imagem: a figura apresenta um esquema circular. Assim, há um círculo maior central de cor rosa. Nele, está escrito “Ciências forenses”. Ao redor dele, estão dispostos vários círculos menores de cores diferentes e, em cada um, está escrito as áreas que podem auxiliar a ciências forenses. A partir do topo, no sentido horário, estão: criminologia (verde), entomologia (roxo), antropologia (azul), toxicologia (laranja), psicologia, psiquiatria (vermelho), genética, biologia (verde), medicina legal (roxo), odontologia (verde) e balística (verde). Figura 1 - Algumas áreas que auxiliam a ciência forense nasinvestigações / Fonte: a autora. 190 UNICESUMAR Áreas de atuação forense Características Perito digital ou de informática Analisa sites, mídias de armazenamento, computadores, celu-lares, ataques de hackers e localização de criminosos on-line. Perito contábil e financeiro Elucida crimes tributários, contra as finanças públicas, lava-gem de dinheiro e outros. Perito em documentação e grafotécnica Investiga registros documentais que podem ser questionados em juízo. A documentoscopia investiga fraudes nesse campo. Perito em química Analisa e identifica substâncias químicas que estejam rela- cionadas às práticas criminosas, tais como drogas, fármacos, bebidas, fluidos biológicos e combustíveis. Perito em meio ambiente Busca elucidar crimes que envolvem a fauna, a flora e os recursos naturais e arqueológicos como um todo. Perito em engenharia Investiga diferentes aspectos em obras públicas, ou não, como superfaturamento, descumprimento de contrato de constru- ção e falhas em normas de segurança que causam acidentes. Perito em balística Estuda as armas de fogo, a munição e os efeitos dos tiros, visando ao esclarecimento e à prova da ocorrência. Perito em medicina legal Objetiva determinar e documentar os danos físicos em pes-soas vivas ou mortas. Perito em genética Faz a realização de perícias referentes aos casos de filiação, criminalística biológica e identificação individual (genética). Quadro 1 - Diferentes áreas de abrangência da investigação forense / Fonte: adaptado de Cirilo, Leite e Vale (2019). É notável que a biologia é uma das áreas de grande abrangência das ciências forenses, que dispõe de conhecimentos específicos. Isso abre um leque de fatores que podem ser investigados, como a anato- mia forense, a botânica forense, a entomologia forense, a ornitologia forense, a toxicologia forense, a patologia forense e a tão utilizada e mencionada genética forense. A anatomia forense, também descrita como antropologia forense, é muito utilizada na inves- tigação de pessoas desaparecidas por acidentes aéreos ou mortas em crimes por atentados contra a pessoa com o uso de fogo, por exemplo. A análise óssea de traumatismos também pode ser utilizada para identificar a quantidade e a qualidade de informações das lesões traumáticas, o que tem im- plicações marcantes na resolução de casos criminais e na Justiça, fornecendo uma resposta rápida e eficiente (CUNHA, 2019). Segundo Cunha (2019), os ossos e os dentes são os tecidos corporais mais resistentes, pois, na maioria das vezes, mesmo quando já se passou muito tempo do óbito, são as únicas testemunhas daquilo que aconteceu no momento da morte (Figura 2). Dessa forma, a análise dos ossos e dos dentes possibilita a identificação do sexo, da idade e da estatura do indivíduo. Um exemplo típico é a distinção de ossos femininos em relação aos masculinos, já que os ossos da pelve feminina são adaptados para o parto. Assim, são mais largos e baixos quanto à estrutura da bacia. Além disso, é possível identificar a estima- tiva da idade por meio da arcada dentária, a partir da observação das erupções dentárias, e por meio da estatura, mediante o tamanho dos ossos longos, como o fêmur. 191 UNIDADE 9 O estudo da cena de um crime pode ser analisa- do até mesmo pela botânica forense, uma vez que as folhas, as sementes e o pólen encontrados em um corpo ou na cena de um crime podem oferecer informações valiosas sobre a época de um crime e esclarecer se o corpo foi movido entre duas ou mais localizações diferentes, por meio de pistas vegetais deixadas no corpo (BE- ZERRA; CAVALCANTE; LIMA, 2020). A entomologia forense é outra área da biologia que utiliza informações importantes e relacionadas ao comportamento, à alimentação, à reprodução e às características morfológicas de insetos necrófagos. Essas informações possibilitam caracterizar o tempo de morte de um indivíduo a partir das análises dos insetos que são encontrados no interior e na superfície de um corpo, além da causa da morte e a localidade do indivíduo. Segundo Ventura et al. (2016), após a morte, o corpo libera gases que são atraídos por insetos e passa a ser um ambiente ideal para a proliferação dos insetos. Os grupos de insetos são identificados e pode ser estimado o estágio cadavérico do corpo. Por exemplo, a colonização das moscas varejeiras indica o primeiro estágio da morte. Já quando o corpo se encontra inchado, há a produção de gases por ação bacteriana e a presença de larvas de diferentes espécies de insetos, tais como os gêneros Calliphoridae, Sarcophagidae e Muscidae. Quando o cadáver se encontra reduzido a cabelos, pelos, pele e ossos, as moscas são reduzidas e há o predomínio de coleópteros. Descrição da Imagem: a figura representa um crânio huma- no na forma óssea. Nele, é mostrada a região ventral da face óssea e pode ser visualizada a calota craniana com os orifícios do olho, nariz, região da maxila e mandíbula com os dentes. Figura 2 - Crânio, uma das peças-chave para o exame an- tropológico A literatura indica muitas conquistas provindas dos conhecimentos da botânica forense. No artigo intitulado A ciência para a resolução de crimes: o papel da botânica forense no âmbito criminal, você tem a possibilidade de conhecer essas informações. Para acessar, use seu leitor de QR Code. https://apigame.unicesumar.edu.br/qrcode/12268 192 UNICESUMAR Até mesmo os estudiosos de aves podem auxiliar na interpretação de um crime. Por exemplo, o encontro de penas de aves em turbinas de avião pode ser uma estratégia de análise feita pelos ornitólogos, os quais podem confirmar ou indicar um desastre aéreo. Essa área pericial é chamada de ornitologia forense. Merecem destaque, ainda, a patologia e a toxicologia. A patologia forense estuda as doenças que podem ser responsáveis pela confirmação de uma morte. Desse modo, abrange as investigações microscópica e macroscópica, com o intuito de encontrar algum tipo de alteração anatômica ou fisiológica de tecidos e órgãos. Um exemplo é uma vítima que morre por causas violentas: se, durante o exame de perícia, o médico perito legista não conseguir detectar a causa da morte por meio do exame feito a “olho nu” ou se há a suspeita de outro fator patológico que tenha contribuído para a morte da vítima, o profissional solici- tará uma perícia microscópica, que será feita por um patologista forense. Por intermédio das análises feitas pelos patologistas, é possível detectar doenças cardiovasculares, traumas em órgãos, neoplasias, doenças trombogênicas, coagulopatias e alterações anatomopatológicas que tenham contribuído para a morte (SOUZA, 2020). Já a toxicologia forense tem por finalidade identificar a presença de substâncias químicas em investigações de violência, homicídios, suicídios, acidentes, uso de drogas de abuso e envenenamentos para aplicação legal. Os objetos de investigação da toxicologia são os fluidos biológicos (sangue, urina, conteúdo gástrico, fluido oral, humor vítreo, suor e bílis), os órgãos, os tecidos (fígado, rim, pulmão, cérebro, baço, ossos e medula óssea, músculo cardíaco, músculo esquelético e tecido adiposo) ou outros elementos (cabelo, unhas, ar expirado, líquido cefalorraquidiano, efusão pleural, fluido pericár- dico e amostras entomológicas). Os maiores casos de intoxicação detectados pela toxicologia forense são os medicamentos, os agrotóxicos e as drogas de abuso (RODRIGUES et al., 2019). No Brasil, os profissionais oficiais para a realização de perícias incluem os concursados e os pertencentes à Polícia Civil e à Polícia Federal, que enfati- zam a análise principalmente na identificação humana por meio das papilas dérmicas, os papiloscopistas. A papiloscopia é uma ciência que tem como base o estudo da identificação humana a partir da observação das saliências da pele dos pés, mãos e dedos, também chamadas de impressões digitais (Figura 3) (MULLER, 2012). Os pequenos desenhos presentes nos dedos são a forma mais precisa de identificação,