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Existem diversas metodologias para buscar a melhor árvore filogenética. Todas estas abordagens são fundamentais para o avanço da compreensão da evolução. Dentre estes métodos está a aplicação do neighbor-joining.
Qual é a melhor definição desta técnica?
A - Uma árvore é estimada com base na proximidade dos táxons em uma matriz de dados.
B - Uma busca em árvore é conduzida para encontrar a árvore que minimiza a diferença entre as distâncias observadas e previstas.
C - A árvore mais curta é encontrada sob a suposição de que há uma árvore mais curta.
D - Um protocolo para adicionar táxons a uma árvore construída por parcimônia ou máxima verossimilhança.
E - Um algoritmo rápido que encontrará uma árvore com base em distâncias entre pares.
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Vamos analisar as alternativas para encontrar a melhor definição da técnica de neighbor-joining: A - Uma árvore é estimada com base na proximidade dos táxons em uma matriz de dados. Essa definição é um pouco vaga e não captura a essência do método neighbor-joining. B - Uma busca em árvore é conduzida para encontrar a árvore que minimiza a diferença entre as distâncias observadas e previstas. Essa descrição se aplica mais a métodos como o de máxima verossimilhança, não especificamente ao neighbor-joining. C - A árvore mais curta é encontrada sob a suposição de que há uma árvore mais curta. Essa definição se relaciona mais com o método de parcimônia, não com neighbor-joining. D - Um protocolo para adicionar táxons a uma árvore construída por parcimônia ou máxima verossimilhança. Isso não descreve o neighbor-joining, que é um método independente. E - Um algoritmo rápido que encontrará uma árvore com base em distâncias entre pares. Essa é uma descrição precisa do neighbor-joining, que utiliza distâncias entre pares de táxons para construir a árvore filogenética. Portanto, a alternativa correta é: E - Um algoritmo rápido que encontrará uma árvore com base em distâncias entre pares.

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Para compreender o que diz uma árvore filogenética, diversas terminologias e conceitos são empregados.
Assinale a alternativa que retrata de forma correta um conceito das árvores filogenéticas:
A- Terminal, num cladograma, significa um ramo com dois nós (duas divergências) nas extremidades.
B- O ponto no qual o gráfico se inicia é denominado clado inferior, onde está a raiz da árvore.
C- Quando queremos apontar um táxon duplicado dentro da árvore filogenética, dizemos que existe um grupo irmão.
D- Podemos rodar os ramos em seu próprio eixo sem alterar as relações de parentesco, mas se cortarmos e colarmos um ramo em outra parte, dizemos que a topologia mudou.
E- Topologia significa o táxon terminal, aqueles nomes que estão inseridos no topo da árvore filogenética.

O quadro a seguir mostra uma matriz de dados táxons x caracteres, sendo apresentados 9 espécies (de A ao I) e 9 caracteres (de 1 ao 9):
Como uma análise de parcimônia seria afetada pela remoção das duas primeiras posições (1 e 2) e da última posição (9) da matriz de dados fornecida?
A topologia de árvore ideal definitivamente não mudará, e nem seu comprimento.
A topologia de árvore ideal definitivamente não mudará; a árvore ótima será três etapas mais curta.
A topologia de árvore ideal certamente mudará; a árvore ótima será menor.
A topologia de árvore ideal definitivamente não mudará; a árvore ótima terá três etapas a mais.
A topologia de árvore ideal pode ou não mudar; o comprimento ideal da árvore pode ser maior ou menor.

Durante uma análise cadeia Markoviana Monte Carlo (MCMC), o que determina quando uma cadeia se move da árvore atual para uma nova árvore?
A cadeia Markoviana aceitará uma proposta com uma probabilidade que é fixada no início da pesquisa.
A cadeia sempre aceitará uma proposta que produza uma probabilidade posterior maior do que o estado atual.
A cadeia Markoviana sempre aceitará uma proposta que seja consistente com a anterior.
A cadeia rejeitará uma proposta que produza uma probabilidade de log maior do que o estado atual.
A probabilidade de aceitar uma proposta depende da razão entre as probabilidades posteriores entre o estado atual e proposto.

Observe o cladograma abaixo:
A seguir são listadas alguns grupos de espécies. Analise as alternativas que, segundo o cladograma, se refere a um grupo parafilético.
O conjunto de espécies A F.
O conjunto de espécies J K L M.
O conjunto de espécies U V H.
O conjunto de espécies G H I.
O conjunto de espécies P Q R.

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