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Analisando as árvores da esquerda e direita é possível afirmar que:
Possuem topologias idênticas, mas a árvore da direita possui nós mais profundos. São árvores diferentes porque possuem relações entre grupos diferentes. São perfeitamente similares, apenas a forma de apresentação mudou e alguns ramos giraram em seu próprio eixo. Alguns clados foram cortados e colados em diferentes ramos na árvore da direita. O grupo A B C D E é mais próximo relacionado ao grupo I J K L M na árvore da esquerda do que na da direita.
A - Possuem topologias idênticas, mas a árvore da direita possui nós mais profundos.
B - São árvores diferentes porque possuem relações entre grupos diferentes.
C - São perfeitamente similares, apenas a forma de apresentação mudou e alguns ramos giraram em seu próprio eixo.
D - Alguns clados foram cortados e colados em diferentes ramos na árvore da direita.
E - O grupo A B C D E é mais próximo relacionado ao grupo I J K L M na árvore da esquerda do que na da direita.
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Para analisar as afirmações sobre as árvores, precisamos considerar o que cada alternativa diz em relação à topologia e às relações entre os grupos. A - "Possuem topologias idênticas, mas a árvore da direita possui nós mais profundos." - Isso sugere que as árvores são semelhantes, mas com diferenças na profundidade dos nós. B - "São árvores diferentes porque possuem relações entre grupos diferentes." - Isso implica que as relações entre os grupos são distintas nas duas árvores. C - "São perfeitamente similares, apenas a forma de apresentação mudou e alguns ramos giraram em seu próprio eixo." - Isso sugere que as árvores são idênticas em termos de relações, mas apenas apresentadas de forma diferente. D - "Alguns clados foram cortados e colados em diferentes ramos na árvore da direita." - Isso indica que houve uma manipulação nas relações entre os grupos. E - "O grupo A B C D E é mais próximo relacionado ao grupo I J K L M na árvore da esquerda do que na da direita." - Isso sugere uma diferença nas relações de proximidade entre os grupos nas duas árvores. Analisando as opções, a que parece mais correta, considerando que as árvores podem ter topologias idênticas mas com diferenças na profundidade dos nós, é a opção A. Portanto, a resposta correta é: A - Possuem topologias idênticas, mas a árvore da direita possui nós mais profundos.

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Para compreender o que diz uma árvore filogenética, diversas terminologias e conceitos são empregados.
Assinale a alternativa que retrata de forma correta um conceito das árvores filogenéticas:
A- Terminal, num cladograma, significa um ramo com dois nós (duas divergências) nas extremidades.
B- O ponto no qual o gráfico se inicia é denominado clado inferior, onde está a raiz da árvore.
C- Quando queremos apontar um táxon duplicado dentro da árvore filogenética, dizemos que existe um grupo irmão.
D- Podemos rodar os ramos em seu próprio eixo sem alterar as relações de parentesco, mas se cortarmos e colarmos um ramo em outra parte, dizemos que a topologia mudou.
E- Topologia significa o táxon terminal, aqueles nomes que estão inseridos no topo da árvore filogenética.

O quadro a seguir mostra uma matriz de dados táxons x caracteres, sendo apresentados 9 espécies (de A ao I) e 9 caracteres (de 1 ao 9):
Como uma análise de parcimônia seria afetada pela remoção das duas primeiras posições (1 e 2) e da última posição (9) da matriz de dados fornecida?
A topologia de árvore ideal definitivamente não mudará, e nem seu comprimento.
A topologia de árvore ideal definitivamente não mudará; a árvore ótima será três etapas mais curta.
A topologia de árvore ideal certamente mudará; a árvore ótima será menor.
A topologia de árvore ideal definitivamente não mudará; a árvore ótima terá três etapas a mais.
A topologia de árvore ideal pode ou não mudar; o comprimento ideal da árvore pode ser maior ou menor.

Durante uma análise cadeia Markoviana Monte Carlo (MCMC), o que determina quando uma cadeia se move da árvore atual para uma nova árvore?
A cadeia Markoviana aceitará uma proposta com uma probabilidade que é fixada no início da pesquisa.
A cadeia sempre aceitará uma proposta que produza uma probabilidade posterior maior do que o estado atual.
A cadeia Markoviana sempre aceitará uma proposta que seja consistente com a anterior.
A cadeia rejeitará uma proposta que produza uma probabilidade de log maior do que o estado atual.
A probabilidade de aceitar uma proposta depende da razão entre as probabilidades posteriores entre o estado atual e proposto.

Observe o cladograma abaixo:
A seguir são listadas alguns grupos de espécies. Analise as alternativas que, segundo o cladograma, se refere a um grupo parafilético.
O conjunto de espécies A F.
O conjunto de espécies J K L M.
O conjunto de espécies U V H.
O conjunto de espécies G H I.
O conjunto de espécies P Q R.

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