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1º GRUPO DE DISCUSSÃO DE BIOQUÍMICA BÁSICA – 2020/2 QUESTÃO 01: Suponha que os tripeptídeos Ala-Phe-Leu e Lys-Asp-Ser foram adicionados a uma mistura de água e óleo. Após agitação e separação de fases, em qual delas eles seriam encontrados? Resposta: Ala-Phe-Leu possuem características hidrofóbicas, então após agitação eles seriam encontrados na fase oleosa, já os tripeptídeos Lys-Asp-Ser, possuem características hidrofílicas, e seriam encontrados na fase aquosa. QUESTÃO 02: Considere a sequência abaixo e responda: Ile -Ala-His-Thr-Gly-Pro-Phe-Glu-Ala-Met-Cys-Lys-Glu-Gln-Asp A) Onde ocorre a ligação dissulfeto nesta proteína? Resposta: A ligação dissulfeto vai ocorrer entre Met-Cys B) Assumindo que esta sequência é parte de uma proteína globular encontrada no plasma sanguíneo, onde na estrutura tridimensional (no interior ou exterior da proteína) poderiam ser encontrados os seguintes aminoácidos: Asp, Ile,Thr, Ala, Gln, Lys? Resposta: PLASMA SANGUÍNEO: (Asp - polar, exterior ), (Ile - apolar, interior), (Thr - apolar interior) , (Ala -apolar, interior), (Gln- apolar, interior), (Lys - polar exterior) E se esta proteína fizesse parte da membrana das células onde seriam encontrados estes aminoácidos? Resposta: MEMBRANA: (Asp - polar, interior), (Ile - apolar, exterior), (Thr - apolar exterior) , (Ala -apolar, exterior), (Gln- apolar, exterior), (Lys - polar interior) QUESTÃO 03: Uma proteína tem 52% dos resíduos de aminoácidos estabilizados por ligações de hidrogênio entre a C= O e NH de ligações peptídicas intracadeia e o restante sem estrutura regular. Qual o nível de organização dessa proteína e como ela é estabilizada? Resposta: A estrutura da proteína depende de sua conformação natural para desempenhar suas funções biológicas, as proteínas são macromoléculas formadas pela união de aminoácidos. Os aminoácidos são unidos entre si por ligações peptídicas. As proteínas apresentam quatro níveis estruturais: estrutura primária, secundária, terciária e quaternária. A sequência de aminoácidos determina quais sãos os peptídeos que irão formar a proteína, já que uma proteína é um conjunto de peptídeos, cada peptídeo encaixado em outro irá determinar a função das proteínas e suas propriedades físicas e químicas. São estabilizadas por pontes de hidrogênio, com isso, as ligações são individualmente fracas, mas coletivamente estabilizam a α-hélice. A estabilidade da hélice depende, do tipo de cadeia lateral, e muitas sequências de aminoácidos podem adotar essa configuração. A α-hélice é uma estrutura helicoidal que consiste em um esqueleto polipeptídico central em espiral, com as cadeias laterais dos aminoácidos para fora. QUESTÃO 04: O oxalacetato é o substrato da oxalacetato desidrogenase A) Por que oxalato é um potente inibidor dessa enzima? Qual o tipo de inibição observada? Resposta: O oxaloacetato é substrato da oxalacetato desidrogenase. Ele é um composto orgânico cuja fórmula química é HO2CCCH2CO2H. É um ácido dicarboxílico de quatro carbonos, cuja base conjugada é chamada de oxaloacetato. O oxalacetato é composto integrante do Ciclo de Krebs. É o composto que da início ao ciclo de Krebs quando condensado a um grupamento acetil proveniente de uma acetil_CoA. O oxaloacetato também pode ser sintetizado pelos aminoácidos asparagina e aspartato. B) Desenhe um gráfico hipotético de velocidade de reação (Vo) da oxalacetato desidrogenase em função da concentração de substrato [S] para o caso da reação na presença do inibidor. QUESTÃO 05: O que são enzimas alostéricas? Defina utilizando-se de gráficos esquemáticos de V em função de[S], compare uma enzima michaeliana com uma enzima alostérica. Resporta: Enzimas alostéricas são enzimas que possuem uma região diferente do sítio ativo,ou seja, necessita de um modulador que se ligue em outro sítio que não o catalítico para aumentar ou diminuir sua atividade. Essa modulação também pode ser por adição de grupamentos químicos em sítios específicos da enzima. Uma enzima alostérica não depende somente do sítio catalítico para realizar sua atividade enzimática, ela precisa de um outro sítio, que está em outra posição da enzima. •Enzima Micheliana: HIPÉRBOLA •Enzima Alosterica:SIGMOIDE QUESTÃO 06: O decametônio (um relaxante muscular) é um inibidor da acetilcolinesterase. O substrato normal da acetilcolinesterase é a acetilcolina. Serão mostradas as fórmulas da acetilcolina e do decametônio. a) Que tipo de inibidor deve ser o decametônio? Explique como chegou nessa conclusão. Resposta: O Cloreto de Acetilcolina atua na contração muscular, e o decametônio como relaxante muscular, tornando então, como inibidor competitivo, competindo o substrato com o sítio ativo da enzima. b) A inibição pelo decametônio poderia ser suplantada in vitro pela adição de grandes quantidades de substrato? Explicar Resposta: Sim. Um inibidor competitivo aumenta o KM para determinado substrato, isso significa que na presença do inibidor, mais o substrato é necessário para atingir o ½ Vmax. c) Esse inibidor se ligaria reversivelmente ou irreversivelmente à enzima? Explique. Resposta: Se ligaria reversivelmente, as moléculas do inibidor e das enzimas se unem através de ligações não covalentes, podendo ser instáveis e se romper, fazendo com que a enzima retome sua atividade. d) Representar graficamente as velocidades da reação em ausência e presença do decametônio em função da concentração de acetilcolina, indicando os parâmetros cinéticos que levam ao diagnóstico do tipo de inibição mais precisamente. Resposta:Decametônio é inibidor. QUESTÃO 07: Dado o peptídeo simplificado: asp-glu- ala-val-ser-asp-leu-gli A) Escrever sua fórmula química assinalando: as ligações peptídicas, os resíduos N e C terminais e os grupos que tornam esta molécula um polieletrólito. B) Supondo que esse peptídeo desempenhe uma função importante na célula, escreva qual será a consequência da substituição do resíduo número 3 por lisina. Qual estrutura seria alterada com esta substituição? Resposta: asp-glu- ala-val-ser-asp-leu-gli --- asp-glu- lys-val-ser-asp-leu-gli ala> hidrofóbico lys > hidrofílico QUESTÃO 08: A enzima desidrogenase succínica catalisa a oxidação do succinato originando fumarato, conforme reação abaixo. Na presença de malonato e em baixas concentrações do succinato a velocidade de conversão do succinato em fumarato diminui. Por quê. Resposta: