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GENÉTICA BIOMEDICINA, 5º P MÉDICA E DIAGNÓSTICO MOLECULAR POR: PAULA PAIXÃO Reação da cadeia polimerase •A PCR é uma técnica de biologia molecular utilizada para amplificar sequências específicas de DNA por meio de uma reação enzimática que envolve a DNA polimerase. O processo é controlado por mudanças de temperatura e pH, e realizado em um equipamento chamado termociclador •ETAPAS BÁSICAS DA PCR A PCR ocorre em ciclos, e cada ciclo tem três etapas principais: Desnaturação (95°C): separação das fitas de DNA. 1. Anelamento (60°C): ligação dos primers às fitas simples de DNA. 2. Extensão (72°C): a DNA polimerase sintetiza a nova fita complementar. 3. Obs: A cada ciclo, a quantidade de DNA amplificado aumenta exponencialmente •COMPONENTES DA REAÇÃO -DNA molde -dNTPs (nucleotídeos) -Primers (iniciadores) específicos -DNA polimerase (ex: Taq) -Tampão com íons Mg²⁺ (MgCl₂ ou MgSO₄) -Termociclador -Gel (agarose ou poliacrilamida) para visualização •APLICAÇÕES DA PCR -Diagnóstico molecular: detectar presença/ausência de genes específicos. -Medicina forense: identificação humana por marcadores genéticos. -Teste de paternidade -Clonagem Detecção de mutações -Identificação de espécies -Expressão gênica -Filogenia molecular •VARIAÇÕES DA TÉCNICA DE PCR -RT-PCR (Transcrição Reversa + PCR): converte mRNA em cDNA para análise de expressão gênica. -qPCR (PCR em tempo real): monitora a amplificação em tempo real com fluoróforos, permitindo quantificação precisa do DNA. -Multiplex PCR: amplifica vários alvos ao mesmo tempo. -Nested PCR, Touchdown PCR, Hot Start, RACE, PCR digital, entre outras. -Diagnosticar doenças genéticas com mais precisão. -Prever predisposições a doenças antes mesmo de surgirem sintomas. -Personalizar tratamentos (como na farmacogenética). -Avançar na medicina de precisão, na oncologia, e até em testes forenses e de paternidade. •TECNICAS E TESTES GENÉTICOS Cariótipo e Banda G -Identifica alterações estruturais e numéricas dos cromossomos. -Importante para detectar síndromes genéticas, como a de Down ou Turner. -Cada cromossomo tem um padrão de bandas único — como uma impressão digital. Sequenciamento genômico FISH (Hibridização in situ fluorescente) -Usa sondas fluorescentes para marcar regiões específicas do DNA. -Confirma mutações e síndromes (ex: Williams), com alta precisão e agilidade (resultados em até 24h). -Pode analisar núcleos em interfase, não precisa de metáfase, o que amplia suas aplicações. CGH (Hibridização Genômica Comparativa) -Detecta ganhos e perdas de segmentos genéticos (deleções/duplicações). :Mede a quantidade do numero de copias de DNA. -Muito usada em tumores e aneuploidias. -Compara DNA do paciente com DNA saudável. SNPs (Polimorfismos de Nucleotídeo Único) -Pequenas variações no DNA que ajudam a identificar traços genéticos ou personalizar tratamentos. - Base para testes de ancestralidade e farmacogenética (ex: metabolismo de antidepressivos via gene CYP2D6). Sequenciamento genômico SEQUENCIAMENTO DE DNA: DA TÉCNICA CLÁSSICA ÀS MODERNAS •SEQUENCIAMENTO DE SANGER -Técnica original (didéoxi) de leitura do DNA. -Alta precisão, mas lenta e cara — por isso foi substituída. APLICAÇÕES CLÍNICAS E ÉTICAS •Citogenética e Microarranjos -Técnicas modernas permitem detecção de alterações mínimas (CNVs). -Surgem “síndromes sem nome”, identificadas só pela assinatura genética (ex: deleção 1q21.1). •Rastreamento Genético -Busca em indivíduos saudáveis genes ligados a doenças futuras ou que podem passar para descendentes. -Pode ser populacional (geral) ou focado em grupos de risco, como os judeus Ashkenazi. -Exemplo prático: Triagem neonatal que detecta doenças tratáveis precocemente. •Correlação Clínica e Questões Éticas Exemplo: Síndrome de Kabuki -Por anos sem diagnóstico genético, até que o sequenciamento do exoma revelou mutações no gene MLL2. -Mostra como técnicas modernas esclarecem casos antes inexplicáveis. •SEQUENCIAMENTO DE NOVA GERAÇÃO (NGS) -Realiza milhões de leituras em paralelo, com alta performance e custo mais baixo. -Fragmentos de DNA são ligados a esferas, amplificados por PCR e lidos simultaneamente. -Fundamental em estudos genéticos complexos e em larga escala. •Exoma e Transcriptoma -Exoma: Sequencia só os éxons (regiões codificadoras de genes). Mais prático, mas pode deixar passar mutações em regiões reguladoras. -Transcriptoma: Sequencia os RNAs expressos em um tecido num momento específico. Importante no estudo de câncer e expressão gênica. Sequenciamento genômico SEQUENCIAMENTO DE DNA: DA TÉCNICA CLÁSSICA ÀS MODERNAS -Com a evolução da pesquisa, novas técnicas são rapidamente aplicadas na clínica. -A citogenética e a biologia molecular avançaram bastante nos últimos anos. AVANÇOS EM TESTES GENÉTICOS CITOGENÉTICA Padrões de Bandas -Antes: padrões de bandas G com resolução de 650 a 700 bandas. -Agora: técnicas modernas superaram as limitações e melhoraram a precisão do diagnóstico. Técnica FISH (Hibridização In Situ por Fluorescência) -Permite confirmar alterações genéticas específicas, como na Síndrome de Williams, onde há deleção do gene da elastina. -Antes da FISH, o diagnóstico era apenas clínico (baseado em características físicas e cognitivas). -Agora, um exame com FISH pode confirmar 100% o diagnóstico. -Pode analisar núcleos interfásicos e regiões teloméricas. -Resultado rápido: até 24h. -Útil em diagnóstico pré-natal. FISH Multicor & Bandeamento Multicolor -Detecta translocações (ex: t(1;11), t(4;12)), inversões, deleções, duplicações, etc. -Muito útil em citogenética clínica e no estudo da progressão do câncer. Obs: A FISH revolucionou o diagnóstico de síndromes genéticas específicas, tornando-o mais preciso e menos dependente de achados clínicos subjetivos. Microarranjo Cromossômico -Detecta CNVs (Copy Number Variants) – variações no número de cópias de segmentos de DNA. -Espera-se 2 cópias por região, exceto no cromossomo X masculino. -Muitas variantes identificadas ainda têm significados desconhecidos. -Com o aumento da quantidade de sondas (de 400 para 180 mil), surgiram “síndromes sem nome”, como a deleção 1q21.1 (relacionada a distúrbios neurológicos e comportamentais). O microarranjo é extremamente sensível, detectando até microdeleções/microduplicações que métodos tradicionais não veem. Sequenciamento genômico RASTREAMENTO GENETICO Busca por pessoas assintomáticas com predisposição genética para doenças. • Pode identificar: -Risco pessoal. -Risco de transmitir para descendentes. -Variantes com significado ainda desconhecido. Tipos de Rastreamento: -Populacional geral: ex: triagem neonatal em países desenvolvidos. -Populacional selecionado: foca em subgrupos com maior risco (ex: judeus Ashkenazi, com tendência a distúrbios monogênicos). O rastreamento pode ser estratégico para prevenção e intervenção precoce, mas também levanta dilemas éticos sobre o que fazer com os resultados, especialmente quando não há cura. CORRELAÇÃO CLÍNICA Síndrome de Kabuki -Por muito tempo, diagnóstico só era feito pela aparência clínica. -Em 2010, o sequenciamento de exoma revelou o gene MLL2 (12q12–14) como causador em ¾ dos casos. -O restante apresentava mutações no gene KDM6A (Xp11.3), detectadas só com uma combinação de citogenética, microarray e sequenciamento. Esse caso mostra como integrar diferentes técnicas é essencial quando o diagnóstico não aparece nos testes convencionais. Questões Práticas dos Testes Genéticos -Dilemas incluem custo, ética, e utilidade clínica. -Muitas doenças genéticas não têm cura: o teste deve ser feito mesmo assim? -A decisão deve sempre ser do paciente, com total entendimento das implicações. A consulta com geneticistas e conselheiros genéticos é fundamental para orientar decisões sobre exames e interpretação de resultados. Base molecular da hereditariedade O DNA é a base molecular da hereditariedade, sendo responsável pela replicação, transcrição e tradução das informações genéticas. Experimentos Históricos -Griffith (1928) Descobriu o princípio transformante:bactérias mortas de uma cepa virulenta podiam transformar bactérias vivas não virulentas em virulentas. obs: Isso sugeriu que algum “fator” era transferido entre bactérias — mais tarde descobriu-se que era o DNA. -Avery, MacLeod e McCarty (1944) Confirmaram que o fator transformante era o DNA, não proteínas. -Hershey e Chase (1952) Usando vírus bacteriófagos com DNA marcado com fósforo e proteínas com enxofre, mostraram que apenas o DNA era injetado na célula bacteriana para produzir novos vírus. Estrutura do DNA Bases nitrogenadas (Chargaff – 1948) Descobriu que: -A quantidade de A = T -A quantidade de G = C Nucleotídeos Compostos por: -Base nitrogenada (A, T, G, C) -Pentose (desoxirribose) -Fosfato Watson e Crick (1953) – O “pulo do gato” Desenvolveram o modelo da dupla hélice, baseado nos dados da Foto 51 de Rosalind Franklin. Características: -Duas fitas antiparalelas (sentidos opostos) -Giro para a direita -Bases nitrogenadas voltadas para dentro, ligadas por pontes de hidrogênio -10 pares de bases por volta da hélice Esse modelo explica como o DNA pode se duplicar, já que uma fita serve de molde para outra. Replicação do DNA Replicação Modelos propostos: -Conservativo: DNA original é mantido inteiro. -Dispersivo: partes antigas e novas misturadas. -Semiconservativo (correto): cada fita nova tem uma fita velha – confirmado por Meselson e Stahl. Replicação nos Eucariotos: Ocorre de forma linear, com múltiplas origens de replicação. Enzimas da Replicação (E. coli) DNA Polimerases: -Pol I: inicia síntese 5’→3’, remove primers (atividade 5’→3’), revisa erros (3’→5’). -Pol II: atua no reparo. -Pol III: principal na replicação. -Pol IV e V: também atuam em reparo. Outras enzimas importantes: Topoisomerase I/II: alivia a tensão do DNA enrolado. Primase (RNA polimerase): produz primers de RNA, necessários para iniciar a síntese. Ligase: junta os fragmentos de DNA. Fragmentos de Okazaki e Fita Lagging -A fita leading é replicada de forma contínua. -A fita lagging é replicada em pequenos trechos (fragmentos de Okazaki). -DNA pol III inicia, mas quando encontra o primer, DNA pol I assume e substitui o RNA por DNA. -A ligase une os fragmentos. primossomo é o complexo de proteínas que auxilia a primase na fita lagging. Replicação Replicação nos Eucariotos -Polimerases específicas Nos eucariotos, há diferentes polimerases (ex: Pol α, δ, ε), com funções parecidas às da E. coli, mas adaptadas a cromossomos maiores e lineares. -Nucleossomos DNA está enrolado em proteínas chamadas histonas. Durante a replicação, as ligações DNA- histona precisam ser afrouxadas. Isso é feito por complexos remodeladores de cromatina e acetilação de histonas (H3 e H4). Replicação nos Telômeros O problema: Na extremidade da fita lagging, quando o primer é removido, não há como substituí- lo por DNA, pois falta uma extremidade 3’-OH. Sem solução, o DNA encurtaria a cada replicação. Solução: Telomerase É uma enzima ribonucleoproteica. Contém uma sequência de RNA complementar ao final do DNA (GGGGTT). Estende a extremidade da fita leading, fornecendo espaço para completar a lagging A ponta estendida pode se dobrar sobre si mesma e formar um loop terminal, protegendo o cromossomo. Transcrição O que é Transcrição? A transcrição é o processo no qual a informação contida no DNA é copiada para o RNA. Essa etapa é essencial para a síntese de proteínas. A unidade básica de transcrição contém: -Promotor: região onde a RNA polimerase se liga para iniciar a -transcrição. -Região codificante: parte do DNA que será transcrita. -Finalizador: sinal que indica onde a transcrição deve terminar. Características gerais -O RNA formado é complementar ao DNA (lembre-se que no RNA, a timina é substituída pela uracila). -Apenas um dos filamentos do DNA é transcrito (o molde). -A transcrição ocorre na direção 5’ → 3’. Estrutura do RNA -Primária: sequência linear de nucleotídeos. -Secundária: estruturas como alças e hastes que influenciam na regulação gênica. Transcrição em Procariotos Iniciação: -Realizada pela RNA polimerase, composta por 4 subunidades (2α, β, β’) e um fator sigma (σ), que reconhece regiões promotoras. -Regiões consenso importantes: caixa de Pribnow (-10, TATAAT) e sequência -35 (TTGACA). Alongamento: -Após a iniciação, o fator sigma é liberado e o RNA é alongado pela enzima. Término: -Pode ser dependente ou independente de rho: -Independente de rho: forma uma estrutura de haste e alça no RNA que faz a RNA polimerase se desprender. -Dependente de rho: a proteína rho se liga ao RNA e interrompe a transcrição. Transcrição em Eucariotos Diferenças importantes: -Os eucariotos possuem três RNA polimerases principais: -RNA pol I: transcreve RNAr. -RNA pol II: transcreve RNAm (mensageiro). -RNA pol III: transcreve tRNA e alguns RNAr pequenos. Iniciação: -A RNA polimerase não se liga diretamente ao DNA, e sim a fatores de transcrição. -O promotor é dividido em: -Promotor regulador: se liga a enhancers (aumentam transcrição) e insulators (diminuem). -Promotor cerne: contém a caixa TATA (-25) e elementos como o TFIIB (-35). Transcrição TranscriçãoAlongamento: -A enzima TFIIF desenrola o DNA, e outros fatores se juntam ao complexo para iniciar o processo. Término e processamento: -O RNA sofre clivagem e adição de cauda poli-A (adeninas na extremidade 3’). -Também há a adição de 7- metilguanosina na extremidade 5’, importante para estabilidade e transporte do RNA. Processamento do RNA (pós- transcrição) Splicing (em eucariotos): -Remove íntrons (partes não codificantes). -Os éxons (partes codificantes) são unidos. -Feito por um complexo chamado spliceossomo, formado por snRNPs (U1, U2, U4, U5, U6) e proteínas. Tipos de splicing: -Normal: só íntrons são removidos. -Alternativo: pode resultar em proteínas diferentes a partir do mesmo gene. -Múltiplos sítios de clivagem: variações nos locais onde o RNA é cortado. Tipos de RNA produzidos Além do RNA mensageiro (RNAm), a transcrição também gera: -tRNA (transportador): leva aminoácidos ao ribossomo. -rRNA (ribossômico): componente estrutural dos ribossomos. -(nuclear pequeno): participa do splicing. -Outros RNAs não codificantes que regulam expressão gênica (como os siRNA e miRNA). Complementando: -A transcrição ocorre no núcleo dos eucariotos e no citoplasma dos procariotos. -Ao contrário da replicação, a transcrição não precisa de primer para começar. -O primeiro nucleotídeo do RNA mantém seus três fosfatos, o que é importante na regulação e processamento. Tradução A tradução é o processo no qual a informação contida no RNA mensageiro (RNAm) é usada para construir proteínas. Esse processo ocorre no citoplasma e envolve ribossomos, RNA transportador (tRNA) e aminoácidos. Etapas da Tradução Início -Nos procariotos, a subunidade menor do ribossomo (30S) se liga ao RNAm na sequência de Shine-Dalgarno, localizada antes do códon de início (geralmente AUG, que codifica a metionina). -Nos eucariotos, a subunidade menor se liga à estrutura 5’ cap do RNAm (uma modificação feita pós- transcrição) e escaneia até encontrar um códon de início, auxiliada pela sequência de Kozak (região consenso que ajuda a posicionar o ribossomo no local correto). Extra: A metionina, embora sempre codificada por AUG, pode ser modificada posteriormente em muitas proteínas, ou removida. Alongamento -O ribossomo “lê” o RNAm de três em três nucleotídeos (trincas), formando os códons. -Cada códon corresponde a um aminoácido específico. -Um tRNA com o anticódon complementar carrega o aminoácido correto até o ribossomo. -O ribossomo catalisa a formação de ligações peptídicas entre os aminoácidos, construindo uma cadeia polipeptídica (futura proteína). Curiosidade: Existem 64 códons possíveis (4 bases combinadas em trincas: 4³ = 64), mas apenas 20 aminoácidos diferentes, o que faz com que muitos aminoácidos sejam codificados por mais de um códon (essa propriedade é chamada de redundância do código genético ou códons sinônimos). Finalização -A tradução termina quando o ribossomo encontra um dos códonsde parada (UAA, UAG ou UGA), que não codificam nenhum aminoácido. -Fatores de liberação se ligam ao ribossomo, promovendo a liberação da cadeia polipeptídica recém- sintetizada. Papel da Estrutura 5’ cap e da Cauda poli-A (em eucariotos) - A estrutura cap 5’ ajuda no reconhecimento e ligação do ribossomo ao RNAm. -A cauda poli-A 3’, junto com o cap 5’, contribui para a estabilidade do RNAm e também auxilia no início da tradução. -Essas estruturas podem até dobrar o RNAm, aproximando suas extremidades, o que otimiza o processo de tradução. Diferenças entre Procariotos e Eucariotos Tradução Código Genético -Redundante mas não ambíguo: um mesmo aminoácido pode ter vários códons, mas cada códon só codifica um aminoácido. -Universal: praticamente o mesmo para todos os organismos (bactérias, humanos, plantas…). -Início e parada: AUG é quase sempre o início; UAA, UAG e UGA são paradas. Resumo Visual do Processo RNAm chega ao citoplasma com códon de início (AUG). 1. Ribossomo se posiciona e começa a tradução. 2. tRNAs trazem os aminoácidos certos. 3. A proteína cresce códon a códon.4. Encontra um códon de parada e finaliza. 5. A proteína funcional é liberada e pode passar por modificações pós- traducionais. 6.