Vamos analisar a frase: "A investigação à nível municipal, ainda que limitada pela disponibilidade de dados". A expressão "ainda que" é uma conjunção que introduz uma ideia de concessão, ou seja, indica que algo acontece apesar de uma limitação. Agora, vamos analisar as alternativas: A) contudo - Essa conjunção é usada para introduzir uma ideia que contrasta com a anterior, mas não mantém o mesmo sentido de concessão. B) embora - Essa conjunção também expressa uma ideia de concessão, semelhante a "ainda que", e mantém o valor semântico da frase. C) portanto - Essa conjunção indica uma conclusão, o que não se encaixa no contexto da frase. D) tanto que - Essa expressão indica uma consequência, não uma concessão. Portanto, a alternativa que pode substituir "ainda que", mantendo o valor semântico, é: B) embora.