Os microrganismos encontram-se nos ambientes aquáticos de diversas formas, dependendo de suas características biológicas e das condições físico-químicas do meio. De modo geral, eles podem estar suspensos na coluna d’água (plâncton microbiano), aderidos a partículas em suspensão ou associados a superfícies sólidas, como sedimentos, biofilmes e organismos aquáticos. Forma livre (planctônica): muitos microrganismos, como bactérias, algas unicelulares e protozoários, vivem dispersos na água, onde realizam processos metabólicos essenciais — por exemplo, a fotossíntese (no caso das cianobactérias) e a decomposição da matéria orgânica. Aderidos a partículas orgânicas ou inorgânicas: em águas com maior turbidez ou carga orgânica, os microrganismos frequentemente se fixam em detritos, sedimentos em suspensão e flocos, o que lhes fornece nutrientes e proteção contra agentes adversos. Na interface água-sedimento: muitos microrganismos bentônicos colonizam o fundo dos corpos d’água, participando da degradação de compostos orgânicos e dos ciclos biogeoquímicos (como os do nitrogênio e fósforo). Em biofilmes: formam comunidades complexas sobre superfícies submersas (rochas,