Para identificar a frase em que o verbo "ser" está empregado no pretérito mais-que-perfeito do modo indicativo, precisamos procurar a forma verbal que termina com a desinência -ra. Vamos analisar as opções: a) Não seria o caso de você se acusar? - "seria" está no futuro do pretérito, não é mais-que-perfeito. b) Quando cheguei, ela já se fora, muito zangada. - "fora" é a forma do pretérito mais-que-perfeito do verbo "ir", mas não é "ser". c) Bem depois soube que não fora ele o culpado. - "fora" é a forma do pretérito mais-que-perfeito do verbo "ser". Esta é a opção correta. d) Se não fosse ele, tudo estaria perdido. - "fosse" está no pretérito imperfeito do subjuntivo, não é mais-que-perfeito. Portanto, a frase em que o verbo "ser" está empregado no tempo mais-que-perfeito é: c) Bem depois soube que não fora ele o culpado.