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BIOQUÍMICA METABÓLICA Transcrição Profa Dra Amanda C. E. Amaro Baron Plano de aula Pontos Importantes para Discutir 1. Introdução; 2. Transcrição T r a n s c r i ç ã o | 2 0 2 0 • Transcrição é a síntese de RNA cuja sequência é complementar a de um DNA molde. A transcrição começa numa sequência chamada promotor e acontece na direção 5’ para 3’. (Nelson; Cox, 2014) 1. Introdução (Nelson; Cox, 2014) (Nelson; Cox, 2014) A informação genética é transmitida do DNA para o RNA por transcrição. A sequência do RNA é, então, traduzida numa sequência de proteína nos ribossomos. O DNA funciona como molde para sua própria replicação. (D EV LI N , 2 0 1 1 ) • A maioria dos RNAs desempenha suas funções como fita simples, que se dobram sobre si mesmas. • O RNA é adequado para uma variedade de funções celulares: Armazenamento da informação; Catálise (ribozimas). A expressão da informação em um gene envolve a produção de uma molécula de RNA transcrita a partir de um molde de DNA. (Alberts et al., 2017) Uma célula pode expressar diferentes genes em diferentes taxas (Alberts et al., 2017) A transcrição produz RNAs mensageiros (RNAm): codificam a sequência de aminoácidos de um ou mais polipeptídeos especificados por um gene ou conjunto de genes. RNAs transportadores (RNAt): leem a informação codificada no RNAm e transferem o aminoácido adequado para uma cadeia polipeptídica em crescimento durante a síntese de proteínas. RNAs ribossomais (RNAr): são constituintes dos ribossomos, as máquinas celulares intrincadas que sintetizam proteínas. Pequenas moléculas RNAs especializados, que desempenham funções estruturais catalíticas e regulatórias. • Durante a replicação, o cromossomo inteiro é em geral copiado, mas a transcrição é mais seletiva: Apenas genes ou grupos de genes particulares são transcritos a qualquer momento, e algumas porções do genoma de DNA nunca são transcritas. A célula restringe a expressão da informação genética à formação dos produtos gênicos necessários em qualquer momento particular. Sequências regulatórias específicas marcam o início e o final dos segmentos de DNA a serem transcritos e designam qual fita no duplex de DNA será usada como molde. A soma de todas as moléculas de RNA produzidas em uma célula sob um determinado conjunto de condições é chamado transcriptoma celular. • A transcrição se parece com a replicação do DNA no seu mecanismo químico fundamental, na sua polaridade (direção da síntese) e no seu uso de um molde. • Fases: Iniciação: refere-se ao reconhecimento de uma sequência específica no DNA, pela RNA polimerase e o começo do processo de formação de ligações. Elongação: é o processo real da síntese da cadeia de RNA. Término. 2. Transcrição (Alberts et al., 2017) • A transcrição eucariótica ocorre no núcleo ou na matriz das mitocôndrias e cloroplastos necessário o DNA molde. (Nelson; Cox, 2014) • Catalisam a adição de ribonucleotídeos durante a elongação em cadeia do RNA: Requerem a fita molde de DNA; Utilizam precursores 5’-NTP (ATP, GTP, UTP e CTP); Não requerem uma molécula iniciadora ou primer. 2.1 RNA polimerase: • As RNA polimerases são enzimas grandes, com múltiplas subunidades. (Alberts et al., 2017) • A fita dupla de DNA deve se desenrolar em um pequeno trecho formando uma “bolha” de transcrição. • As RNA polimerases não apresentam um sítio ativo distinto de exonuclease de revisão 3’ 5’ (como a da DNA polimerase): Taxa de erro de transcrição é mais alta do que a de replicação do DNA 1 erro a cada 104 a 105 ribonucleotídeos incorporados ao RNA. Muitas cópias de um RNA são produzidas a partir de um único gene e todos os RNA são, por fim, degradados e substituídos erros tem menor consequência para a célula. (Devlin, 2011) A transcrição pode ser visualizada em microscopia eletrônica. (Alberts et al., 2017) • A RNA polimerase não precisa de um primer para a síntese. • A iniciação ocorre quando a RNA polimerase se liga a sequências específicas de DNA chamadas promotores: Dirigem a transcrição de segmentos adjacentes de DNA (genes). • Os pares de bases de DNA que correspondem ao início de uma molécula de RNA recebem números positivos, e aqueles que precedem o sítio do início do RNA recebem números negativos. 2.2 A síntese de RNA começa nos promotores: • Diferentes promotores frequentemente contem sequências semelhantes sequência “consenso” do promotor. (Alberts et al., 2017) As bases da extremidade crescente da nova fita de RNA pareiam temporariamente com o molde de DNA para formar um pequeno RNA-DNA híbrido de dupla-hélice O RNA se solta após a sua formação. • Fatores proteicos de transcrição eucarióticos se ligam a um sítio específico (sequência) no DNA; • Depois se ligam à RNA polimerase (com ou sem envolvimento de fatores intermediários) mecanismo chamado de “recrutamento”: Principal mecanismo de ativação de genes em eucariotos. 2.3 Recrutamento da RNA polimerase: 2.3.1 Enhancers: • Algumas sequencias de DNA estimulam a transcrição. Tais sequencias regulatórias são chamadas de enhancers (amplificadores). Enhancers aumentam muitas vezes a expressão de um gene. Localizam-se mais longe do sítio de iniciação, e algumas delas podem estimular a transcrição independentemente da distância, da localização e da orientação, em relação ao sítio de início da transcrição. • Fatores de transcrição que se ligam a enhancers são chamados ativadores. As proteínas ativadoras têm, pelo menos, dois domínios: o Um se liga à sequência enhancer. o Outro se liga a fatores proteicos ou à RNA polimerase. • Quando um ativador se liga a um enhancer, uma mudança estrutural ocorre: A cromatina (no DNA molde) forma uma alça ou uma dobra que permite que o enhancer e o promotor fiquem próximos no espaço, embora separados por uma sequência relativamente longa de DNA. Essa interação facilita a transcrição porque “recruta” a RNA polimerase e outros fatores para formar um complexo de iniciação. 2.4.1 RNA polimerase I (Pol I): • Responsável pela síntese do RNA ribossômico (RNAr). • O RNAr são sintetizados no nucléolo, e os genes de RNAr localizam-se na região cromossômica específica chamada organizador nucleolar. • Cada unidade transcripcional contém sequências para os RNAr 28S, 5,8S e 18S, nessa ordem. • Várias centenas de cópias de cada unidade transcripcional ocorrem uma atrás da outra no cromossomo. • As unidades transcripcionais são separadas por sequencias espaçadoras. 2.4 As células eucariontes têm três tipos de RNA polimerases nucleares: • Cada unidade repetitiva é transcrita gerando uma cópia de cada uma das sequências 28S, 5,8S e 18S, o que garante a síntese de quantidades equimolares desses três RNAs. • O transcrito primário é, então, processado por ribonucleases e enzimas modificadoras para as três espécies maduras de RNAr. • Os promotores da Pol I diferem enormemente de uma espécie para outra. Estrutura de uma unidade transcripcional de rRNA. (Devlin, 2011) 2.4.2 RNA polimerase II (Pol II): • Responsável pela síntese de RNAm no núcleo e de alguns RNAs especializados. • As sequencias do DNA que controlam a transcrição do RNAm são complexas: Um único gene pode ser controlado por dúzias de elementos de sequências de DNA, além do promotor, que inclui o sítio no qual a RNA polimerase II se organiza complexo de pré- iniciação: o Composto por vários fatores de transcrição cuja função é posicionar a RNA polimerase II no sítio correto (recrutam), ajudar a separação das fitas de DNA no ponto de início e controlar a transcrição da polimerase do modo de iniciação para elongação. • São necessárias proteínas adicionais para o controle da transcrição interagindo com enhancers. • Os fatores de transcrição que agem em conjunto com a RNA polimerase II podem reconhecer várias classes de sequencias de consenso que precedem o ponto de início do RNA: A mais importante é a TATAbox: TATA(A/T)(A/T)A o Os nucleotídeos entre parêntesis podem ser A ou T. o Centralizado cerca de 25 pares de bases (-25) antes da unidade de transcrição. • Outras sequências promotoras são encontradas, por exemplo a CAAT box: GG(T/C)CAATCT (Devlin, 2011) 2.4.3 RNA polimerase III (Pol III): • Responsável pela síntese de RNAt, o RNAr 5S e alguns outros RNA pequenos especializados. • Algumas das sequências necessárias para o início regulado da transcrição pela Pol III estão localizadas no interior do próprio gene (regiões de controle internas); • Outras estão em localizações mais convencionais antes do sítio de iniciação do RNA. • A RNA polimerase continua o ciclo de ligação do nucleotídeo e deslocamento a uma velocidade média de 40 nucleotídeos por segundo. • À medida que a RNA polimerase se move ao longo da dupla hélice, continua a separar as duas fitas de DNA molde. • Esse processo permite que a fita molde do DNA estabeleça pares de bases com a cadeia nascente de RNA. 2.5 Elongação: • O complexo RNA polimerase também reconhece as extremidades dos genes. • O término da transcrição pode ocorrer de dois modos, de acordo com a característica de ser dependente ou não da proteína fator ρ (rho). Terminadores ρ-independentes e ρ-dependentes. • Terminadores ρ-independentes: Sequência tipo consenso palíndromo rico em G-C que precede uma sequência de 6-7 resíduos U na cadeia de RNA. o A cadeia de RNA forma uma estrutura em haste e alça imediatamente antes dos resíduos de oligoU. 2.6 Término: (Nelson; Cox, 2014) o A haste e alça que ficam depois do término estabilizam o RNAm procariótico contra degradação nucleotídica. (Devlin, 2011) • Os terminadores ρ-dependentes são menos definidos. O fator ρ é uma proteína hexamérica que tem uma atividade essencial de ATPase dependente de RNA. Apresentam sequências ricas em C localizadas a alguma distância antes do sítio de término. o O fator ρ se desloque ao longo da cadeia nascente de RNA, de forma dependente de ATP, até que alcance a RNA polimerase elongadora ρ desestabiliza complexo de elongação, levando à separação entre o DNA molde, a cadeia completa de RNA e a polimerase. (Nelson; Cox, 2014) Bibliografia BERG, J. M.; TYMOCZKO, J. L.; STRYER, L.; Bioquímica. 7.ed. Rio de Janeiro: Guanabara Koogan, 2017. (Minha Biblioteca) BROWN, T.A. Bioquímica. Rio de Janeiro: Guanabara Koogan, 2018. (Minha Biblioteca) CAMPBELL, M. K.; FARRELL, S. O. Bioquímica. 2.ed. Sâo Paulo: Cengage Learning, 2015. (Minha Biblioteca) RODWELL, V.W. et al. Bioquímica ilustrada de Harper. 30.ed. Porto Alegre: Artmed, 2017. (Minha Biblioteca). Bibliografia AREAS, Ana Paula. Bioquímica humana. São Paulo: Pearson, 2015 (Biblioteca Virtual) BELLÉ, Luziane Potrich. Bioquímica Aplicada: reconhecimento e caracterização de biomoléculas. São Paulo: Érica, 2014. (Minha Biblioteca) BETTELHEIM, Frederick A. Introdução à química geral, orgânica e bioquímica. São Paulo: Cengage Learning Editores, 2016. (Minha Biblioteca)