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TRANSCRIÇÃO EM EUCARIOTOS pág 220
O processo de transcrição dos genes das células eucariotas apresenta diversas peculiaridades em relação à transcrição em bactérias, apesar do mecanismo de síntese de RNA usando o DNA como molde ser praticamente idêntico
Transcrição em eucariotos:
Em primeiro lugar, o DNA está localizado no núcleo das células, enquanto a grande maioria das moléculas de RNA desempenha seu papel no citoplasma. Nas células eucariotas, os RNAs devem ser transportados do núcleo para o citoplasma. Assim, os processos de transcrição e tradução são completamente separados, ao contrário do acoplamento existente em bactérias
Em segundo lugar, os genes eucariotos que codificam proteínas são frequentemente interrompidos por sequências que não fazem parte da mensagem final, traduzida em proteínas. Essas sequências, denominadas íntrons, devem ser retiradas na maturação do RNA mensageiro, que também sofre outras modificações para garantir sua estabilidade na viagem com destino ao citoplasma
Em terceiro lugar, o DNA dos eucariotos está num estado de condensação muito mais compacto que o DNA de procariotos, com a presença de nucleossomos e outras proteínas que compõem a cromatina. Para que as RNA polimerases tenham acesso ao DNA, ele precisa ser exposto. O processo de modificação da cromatina é altamente preciso, para que os genes certos sejam expressos no tipo celular e no tempo certos
Finalmente, eucariotos apresentam múltiplas RNA polimerases especializadas na transcrição de classes diferentes de genes, ao contrário da única RNA polimerase dependente de DNA presente em procariotos
	CONCEITOS
	DEFINIÇÃO E APLICAÇÃO
	
RNA Polimerase
	
Fazem parte das RNA polimerases as subunidades que não se dissociam durante todo o processo de transcrição, da iniciação ao término
	*Fatores de Transcrição Basal
	Reconhecem estruturas conservadas nos promotores, formando com a RNA polimerase o complexo de transcrição basal
	
Ativadores de Transcrição
	São proteínas necessárias para aumentar a frequência com que os genes são transcritos e, na maioria dos casos, são também essenciais para a expressão gênica. Esses fatores reconhecem sequências específicas no DNA e podem se associar diretamente a proteínas do complexo basal de transcrição e à própria RNA polimerase, ligando-se a sítios de ativação localizados nas proximidades do promotor
	Co-Ativadores
	Alguns ativadores, entretanto, se ligam a regiões no DNA distantes dos promotores e necessitam de proteínas que funcionam como uma ponte de ligação entre os ativadores e o complexo basal. Essas proteínas intermediárias (as “pontes”) são conhecidas como co-ativadores e não se ligam diretamente ao DNA, mas fazem diversas interações entre proteínas
Os co-ativadores podem apenas servir como intermediários entre proteínas distantes, ou ainda podem modular a atividade dos ativadores de transcrição por modificações como a fosforilação ou desfosforilação, por exemplo
	Fatores de Remodelamento da Cromatina
	Tornam os promotores mais ou menos acessíveis ao aparato de transcrição
	
	
Os fatores de transcrição reconhecem a sequência promotora, fazendo com que o RNA Polimerase se liga a ela. Fator Transcrição + RNA II Complexos basais de transcrição
Ativadores de transcrição podem se ligar a esses complexos ou simplesmente se ligarem a regiões do DNA, aumentam a frequência de genes a serem expressos. Quando se ligam a regiões distantes do promotor, precisam de proteínas, os chamados co-ativadores para fazerem uma ponte intermediária com os complexos basais
*Os fatores de transcrição são necessários porque, assim como as RNA polimerase de procariotos não conseguem reconhecer as sequências iniciadoras. Esses fatores, com função análoga aos fatores sigma de bactéria, são essenciais para o posicionamento correto das polimerases no promotor, mas se dissociam dela assim que a transcrição propriamente dita se inicia Então NÃO FAZ PARTE da RNA Polimerase
RNA POLIMERASES TRANSCREVEM DIFERENTES CLASSES DE GENES
Existem pelo menos três RNA polimerases nucleares, denominadas I, II e III, em todos os eucariotos estudados até o momento
	
RNA I
	Transcreve os genes dos RNAs ribossomais 28S e 18S, sendo assim responsável pela maior atividade de síntese de RNA na célula, em termos de quantidade de transcritos gerados Deve ser porque os ribossomos estão em maior quantidade na célula 70%
	
	
RNA II
	Responde pela maior diversidade de transcritos. Todos o hnRNAs (RNAs nucleares heterogêneos), que compreendem os mRNAs ainda não processados e diversos RNAs não codificantes 2,5 a 5% RNA HETEROGÊNEO
	
	RNA III
	Sintetiza pequenos RNAs não codificantes, envolvidos na regulação gênica, no processamento de outros RNAs e na tradução, dentre eles o rRNA 5S e os tRNAs 25%
Apesar da grande diversidade de promotores de RNA polimerase II, é possível distinguir algumas regiões conservadas na maioria deles, ainda que sejam pequenas. Os promotores mínimos para a RNA polimerase II, ou seja, aqueles que atendem aos requisitos básicos para o início da transcrição, apresentam a região iniciadora (Inr)
O que faz com que cada RNA polimerase transcreva apenas seu conjunto particular de genes é a combinação das sequências em cis nos promotores com os fatores de transcrição basal que recrutam a RNA polimerase comprometida com aquele conjunto de genes
Transcrição do gene:
- Elemento Cis
- Elemento Regulador
- Enhancer
Existem os promotores com sequências TATAA, o TATA-box, geralmente na posição -25, relativo ao início de transcrição. É na sequência TATA-box que se liga a proteína TBP (TATA binding protein), parte do grande fator de transcrição basal TFIID
Então, o TATAA / TATA-box são sequências que FAZEM PARTE do promotor, ou seja, não tem só eles de sequência presente no promotor
Então pelo o que eu entendi, o TATAA = TATA-box sendo uma sequência que faz parte do promotor, na qual se liga um fator de transcrição que irá reconhecer e posicionar a RNA II. Além de fazer parte do promotor, o TATAA é um elemento regulatório em cis. Elementos em cis regulam a iniciação da transcrição 
‘’Quando há ausência da caixa TATA e a TBP não está presente, o elemento promotor a jusante (DPE) em cooperação com o elemento iniciador (Inr) liga-se ao fator de transcrição II D (TFIID), iniciando a transcrição em promotores sem TATA (TATA Less)’’
As sequências promotoras mais comuns são o TATA Box e o DPE. O primeiro é reconhecido pela subunidade TBP do TFIID. Quando ausente, outras subunidades do TFIID reconhecem o segundo e iniciam um processo de transcrição
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‘’Um gene é apenas um potencial. Ele pode ficar inativo muito tempo, ou até por toda uma vida. Para que este potencial vire realidade, o gene precisa ter como seu vizinho e aliado um trechinho de DNA que chamamos de sítio promotor, ou simplesmente “PROMOTOR”. TATA-box é o nome dado a uma parte importante da maioria dos  promotores dos genes de plantas e animais, onde há várias repetições das letras T e A (timina e adenina). Assim como o botão de um televisor, que precisa ser acionado para que a imagem apareça, a TATA-box é uma peça indispensável para que a maioria dos nossos genes cumpra a sua função e deixe de ser apenas uma receita que nunca será utilizada’’
Ao se ligar a TBP, o DNA sofre uma curvatura de cerca de 80°C . Essa alteração estrutural tem um grande papel na organização do complexo de transcrição, facilitando a interação entre proteínas que se associam a diferentes motivos no DNA e permitindo que a transcrição se inicie num ponto específico
Entretanto, uma grande proporção dos promotores não apresenta TATA-box e geralmente contém outro elemento em cis, denominado DPE (downstream promoter element), localizado entre +28 a +32 do início de transcrição
	PROMOTORES
	FATOR DE TRANSCRIÇÃO QUE O RECONHECE
	TATA Box
	Subunidade TBP do TFIID
	DPE
	Outras subunidades do TFIID
	
	
Nesses casos, outras subunidades de TFIID reconhecem as sequênciasInr e/ou DPE, posicionando a RNA polimerase II no promotor e a TBP não faz contato direto com o DNA. Além de TFIID, outros fatores de transcrição basal são necessários para o início de transcrição. Estes fatores se ligam ao DNA e/ou a outros fatores numa ordem determinada, recrutando a RNA polimerase e ativando-a
Dentre estes, podemos destacar as funções de TFIIB, que determina a polaridade do promotor, e de TFIIH, que fosforila a subunidade maior da RNA polimerase II em sua porção carbóxi-terminal (CTD, carboxi terminal domain), permitindo a saída da polimerase do promotor e promovendo a elongação
	EXEMPLOS DE FATORES DE TRANSCRIÇÃO
	FUNÇÕES E CONTRIBUIÇÃO
	TFIID
	Reconhece a TATA Box
	TFIIB
	Determina a polaridade do promotor
	TFIIH
	Fosforila a subunidade maior da RNA II em sua porção CTD, permitindo a saída da polímerase do promotor
Diferentes estados de fosforilação do CTD modulam a interação com proteínas envolvidas no início, na elongação e no término da transcrição, bem como no processamento e transporte do mRNA de uma maneira ordenada e regulada por diferentes proteínas quinases
Então a THIID pode reconhecer a TATA Box, e a TFIIB e a THIIF auxiliam nesse processo de transcrição, sendo que a TFIIB fosforila a parte CTD da RNA II, influenciando na retirada da RNA II do promotor
ELEMENTOS REGULATÓRIOS DE AÇÃO CIS
Para que a RNA polimerase II transcreve DNA em RNA na velocidade máxima, vários elementos regulatórios de ação cis devem agir cooperativamente podemos distinguir três classes de elementos com bases em suas localizações relativas:
perto do sítio de início de transcrição está o promotor, a região que se liga à RNA polimerase II ao promotor;
perto do promotor estão as sequências de ação cis proximais ao promotor que se ligam a proteínas que por sua vez ajudam a ligação da RNA polimerase II seu promotor;
elementos adicionais de sequências de ação cis podem agir a uma distância considerável, e estes elemento, e estes elementos, que são independentes de distância, são chamados de acentuadores silenciadores
Promotores eucarióticos RNA-polimerase II-dependentes promotores podem conter um elemento TATA (sequência consenso TATAAA), que é reconhecido pelo fator geral de transcrição proteína ligante de TATA; e elemento de reconhecimento B (BRE), que é reconhecida pelo fator geral de transcrição TFIIB
OS MRNAS DE EUCARIOTOS SOFREM PROCESSAMENTO E MODIFICAÇÃO
	Enquanto os mRNAs de bactérias podem ser policistrônicos, ou seja, podem conter informações que serão traduzidas em mais de um peptídeo, os mRNAs de eucariotos carregam a informação necessária para apenas uma cadeia polipeptídica. Ainda assim, os transcritos eucariotos frequentemente são muito mais longos que o necessário para conter a informação essencial para sua tradução em proteínas. Isso se deve principalmente à presença de íntrons
 Os íntrons devem ser removidos ainda no núcleo da célula, durante o processo de splicing
Assim que um gene vai sendo transcrito, a extremidade 5´do RNA, que retém o grupo 5´trifosfato, deve ser prontamente protegida para evitar a ação de nucleases e para que a elongação possa continuar após uma breve caminhada da polimerase sobre o molde de DNA
 
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Fatores de transcrição que são ativadores impulsionam a transcrição de um gene. Os repressores reduzem a transcrição
Então os fatores que transcrição que reconhecem a sequência promotora enquadram se como fatores de ativação ?
Além do promotor, elementos regulatórios participam da regulação do início da transcrição, como por exemplo os ENHANCERS = Aumentador da transcrição. Mas há também os SILENCERS, que são menos frequentes
Ativadores de transcrição
Ligam DNA (seq. ativadoras ou enhancers) 
• Transcrição só inicia quando estão presentes 
• Modulam frequência de início da transcrição 
• Podem ligar moléculas sinalizadoras 
• Estrutura modular: vários domínios
TERMINAÇÃO
A terminação tem início quando um sinal de poliadenilação aparece no transcrito de RNA. Essa é uma sequência de nucleotídeos que marca onde um transcrito de RNA deve terminar. O sinal é reconhecido por uma enzima que corta o transcrito de RNA nas proximidades, liberando-o da RNA polimerase.
Curiosamente, a RNA polimerase continua a transcrever após o transcrito ter sido liberado, frequentemente gerando de 500 a 2.000 nucleotídeos a mais de RNA. Eventualmente, a enzima se desprende do DNA por meio de mecanismos ainda não totalmente compreendidos. O RNA adicional não é traduzido e aparenta ser um subproduto desnecessário da transcrição
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A poliadenilação é o processo de ligação de caudas poli(A) a uma molécula de RNA mensageiro. Faz parte do processo de maturação do RNA mensageiro com vista à tradução, dentro do processo de síntese protéica. Nos eucariotas, a maioria das moléculas de RNA mensageiro termina com uma cauda poliadenilada na sua extremidade 3'. Esta cauda terminal protege a molécula de RNA das exonucleases
3.2 EUCARIOTOS
	Em eucariotos as euRNAPs não se ligam diretamente à sequência do promotor, que primeiro é reconhecida pelos fatores de transcrição (TFs) que dirigem a ligação das euRNAPs para o início da transcrição 
[Promotor]: Um promotor é uma região do DNA que inicia a transcrição de um determinado gene. Os promotores estão localizados perto do sítio de início da transcrição de genes. Ou seja, são sequências de DNA
Tais sequências são reconhecidas por algumas proteínas específicas, chamadas de fatores de transcrição, que trazem a RNA polimerase para realizar a montagem dos RNAs
[Fatores de Transcrição]: Proteínas que regulam a transcrição dos genes—isto é, sua cópia em RNA, a caminho de fazer uma proteína. Fatores de transcrição que são ativadores impulsionam a transcrição de um gene. Os repressores reduzem a transcrição
Em geral, os promotores de eucariotos têm uma sequência principal capaz de produzir a transcrição em nível basal, que é denominada promotor principal (core promoter). Os promotores principais “dirigem” o início da transcrição
Em eucariotos...
O processo é mais complicado, e pelo menos sete diferentes fatores são necessários para a ligação de uma RNA polimerase II ao promotor.
Promotores representam elementos essenciais que podem trabalhar em conjunto com outras regiões reguladoras (enhancers, silenciadores, elementos de fronteira/isolantes) para direcionar o nível de transcrição de um determinado gene. Um promotor é induzido em resposta a alterações na abundância ou conformação de proteínas reguladoras em uma célula, que permitem a ativação de fatores de transcrição para recrutar RNA polimerase
A polimerase II transcreve os genes cujos RNAs serão traduzidos em proteínas (RNAm), precursores de microRNA e lncRNA. As outras duas polimerases transcrevem os genes correspondentes a molécula de RNA que têm função catalítica ou estrutural
O microARNs ou miARN (em inglês: miRNAs) é um ARN monocatenário, com um comprimento de entre 21 e 25 nucleótidos, cuja principal função é atuar como silenciadores pós-transcricionais, pois pareiam-se com mRNAs específicos e regulam sua estabilidade e tradução. São pequenos RNAs não codificantes
RNAs não codificantes (ou ncRNA, do inglês non coding RNAs) são moléculas transcritas a partir do genoma e não traduzidas em polipeptídeos, permanecendo geralmente no núcleo da célula, onde exercem sua função principal de regulação da expressão gênica tanto transcricional como pós-transcricional
RNAs não-codificadores longos ( ncRNAs longos , lncRNA ) são um tipo de RNA , definido como sendo transcritos com comprimentos superiores a 200 nucleotídeos que não são traduzidos em proteínas. [1] Esse limite um pouco arbitrário distingue ncRNAs longos de RNAs não codificadores pequenos , como microRNAs (miRNAs)
As análises de genomas de mamíferos mostraram dois tipos de sítios de iniciação de transcrição e levaram a uma redefinição da estrutura dos promotores, propondo dois tipos de promotores principais para as euRNAPII:
- O promotorfocalizado, no qual a transcrição inicia em um único nucleotídeo ou em uma região bastante restrita com grupos de vários nucleotídeos; e 
- O promotor disperso, no qual a iniciação da transcrição ocorre em múltiplos sítios em uma região ampla de 50 a 100 nucleotídeos
Em vertebrados, mais de 70% dos genes apresentam promotor do tipo disperso e são encontrados nas “ilhas CpG”
Estudos de análise ampla sobre promotores em genomas propuseram que os promotores do tipo focalizado ocorrem em genes regulados, ao passo que os promotores do tipo disperso ocorrem em genes constitutivos
Essa diferença pode ter como base a maior facilidade em regular a atividade de promotores com início de transcrição único
Da mesma forma, variações dos níveis de expressão em genes constitutivos seriam reduzidas pela existência de sítios múltiplos de início de transcrição. Alguns promotores possuem as características dos dois tipos, focalizado e disperso, sendo compostos por vários sítios +1 dispersos, mas apresentando um, em particular, forte (mais frequente)
A análise dos genes transcritos pela euRNAPII mostrou que existem sequências atuando na regulação da expressão gênica, localizadas tanto na região 5' a montante do sítio de início da transcrição, como em outras regiões do gene. As porções dos genes envolvidas na regulação transcricional são constituídas por duas regiões distintas, o promotor principal e as regiões regulatórias (enhancer, silenciador, ativador
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Os locais CpG ou locais CG são regiões de DNA onde um nucleotídeo de citosina é seguido por um nucleotídeo guanina na seqüência linear de bases ao longo de sua direção 5 '→ 3'
A metilação da citosina dentro de um gene pode mudar sua expressão, um mecanismo que faz parte de um campo maior da ciência que estuda a regulação gênica, chamada epigenética
CpG é a abreviatura de 5'-C-fosfato — G-3 ' , isto é, citosina e guanina separadas por apenas um grupo fosfato ; o fosfato liga quaisquer dois nucleosídeos juntos no DNA. A notação CpG é utilizada para distinguir esta sequência linear de cadeia simples do emparelhamento de bases CG de citosina e guanina para sequências de cadeia dupla
O promotor principal foi definido como a sequência mínima capaz de iniciar a transcrição correta pela euRNAPII. Na maioria dos casos, o promotor principal é constituído por uma região que contém o sítio de início da transcrição (sítio +1 ou IT) e se estende a montante ou a jusante por cerca de 35 nucleotídeos
Um promotor principal contém a sequência mínima necessária para permitir a transcrição por RNAPII. Para efeito da formação dos PICs deve-se considerar as duas categorias de promotores principais, a com TATA box e a chamada de TATA less. Embora o elemento TATA box seja o mais conhecido, os promotores TATA less representam a maioria dos promotores principais dos genes da classe II e apresentam muita diversidade de organização
TATA BOX e TATA LESS exemplos de promotores principais
Em geral, os elementos canônicos são necessários para a funcionalidade do promotor, incluindo a montagem do PIC e a sua regulação. Elementos diferentes podem ocorrer simultaneamente no mesmo promotor, mas determinadas combinações ocorrem com mais frequência do que outras. Entretanto, alguns promotores não apresentam nenhum elemento identificável
Alguns genes cujo nível de expressão é baixo, como os genes que codificam enzimas do metabolismo intermediário, não apresentam TATA box nem Inr, mas uma região rica em GC
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[TATA Box]: O TATA box é um dos principais promotores eucarióticos conhecidos e encontra-se a 5' do ponto de início da transcrição da grande maioria dos genes. Essa sequência localiza-se, normalmente, cerca de 25 nucleotídeos antes do local de início da transcrição e foi chamada de TATA box
	O TATA box é semelhante à sequência consenso –10 de procariotos (TATAAT) e frequentemente é flanqueado por regiões ricas em G e C. Mutações nessa sequência diminuem bastante a eficiência do promotor e diminuem a taxa de transcrição do gene
Existem ainda os elementos reguladores localizados próximos aos promotores (promotores proximais), situados a uma distância de 50 pb a algumas poucas centenas de pares de bases a montante do sítio de início de transcrição, e os elementos localizados a uma distância razoável (milhares de pares de bases), tanto a montante como a jusante do sítio de início de transcrição, denominados promotores distais ou reforçadores (enhancers)
INÍCIO DA TRANSCRIÇÃO pág 224
4.2 EUCARIOTOS 
	O início da transcrição em eucariotos envolve mais etapas e um número maior de fatores, quando comparado com os procariotos
Em eucariotos, o início da transcrição ocorre pela ligação dos fatores de transcrição (TFs) às sequências de DNA na região do promotor. O conjunto de TFs e a euRNAP nuclear (I, II ou III) formam o PIC, que é o complexo mínimo capaz de iniciar a transcrição in vitro
	INÍCIO DA TRANSCRIÇÃO
	ELEMENTOS NECESSÁRIOS
	Bactérias
	Fator sigma
	Arqueas
	1 RNA e 2 Fatores de Transcrição
	Eucariotos
	RNA II e 5 Fatores de Transcrição
O início da transcrição promotor-específico por RNAPII, por exemplo, depende de cinco fatores basais de transcrição, compreendendo cerca de 30 polipeptídeos e formando com a RNAPII um complexo de cerca de 2.000 KDa, que deve ser montado a cada ciclo de transcrição.
Cada uma das três RNAPs nucleares necessita de TFs característicos para transcrever os genes de classe I, II e III, forma PICs característicos e reconhece promotores específicos
Existe uma ordem hierárquica de ligação dos TFs para a montagem dos PICs funcionais. Uma vez formados, esses complexos podem iniciar a transcrição mínima ou basal dos genes. Os fatores de transcrição eucarióticos podem ser classificados como TFs basais, necessários para a maioria dos genes de cada classe; TF universal, que é a proteína TBP, necessária para todas as classes de euRNAP nucleares; e TFs específicos. A transcrição mediada por RNAPII, conta ainda, com a participação do mediador, um complexo multiproteico muito grande que pode ser considerado um TF basal e transmite sinais de fatores regulatórios, que interagem com regiões regulatórias de genes transcritos ao complexo RNAPII
4.2.1 INÍCIO DA TRANSCRIÇÃO POR RNAPII
A RNAP II transcreve todos os genes que produzem mRNA, além dos genes que codificam vários snRNAs
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	Os pequenos ARN nucleares (em inglês, small nuclear RNA, abreviado como snRNA) são uma classe de pequenas moléculas de ARN que podem ser encontradas dentro do núcleo de células eucarióticas. São trascritos pela RNA polimerase II ou pela RNA polimerase III e estão envolvidos numa variedade de importantes processos tais como o splicingde RNA, a regulação de factores de transcrição ou RNA polimerase II, e manutenção do telómero. Estão sempre associados a proteínas específicas e estes complexos são denominados pequenas ribonucleoproteínas nucleares (snRNP). Estes elementos são ricos em uridina
Como visto anteriormente, os promotores de eucariotos apresentam grande variabilidade e o reconhecimento das sequências do promotor é o passo inicial para a montagem dos PICs
	PROMOTOR
	Sequência de DNA que determina o início da transcrição
	FATORES DE TRANSCRIÇÃO
	Se ligam aos promotores os reconhecendo. O início da transcrição se inicia com esse reconhecimento
	
COMPLEXO MEDIADOR
	Transmite sinais de fatores regulatórios, que interagem com regiões regulatórias de genes transcritos ao complexo RNAPII
Os TFs basais reconhecem e se ligam aos promotores em uma ordem hierárquica fundamental: promotor + TFIID; TFIIA; TFIIB; TFIIF + RNAPII; TFIIE e TFIIH. Esse é o complexo básico para a formação dos PICs nos genes de classe II em eucariotos
O primeiro reconhecimento do promotor é realizado por TFIID. Esse TF foi descrito srcinalmente como sendo capaz de reconhecer a sequência canônica TATA box. Entretanto, como se sabe, TFIID reconhece todos os promotores principais de genes da classe II, mesmo aqueles promotores classificadoscomo TATA less
4.2.2 INÍCIO DA TRANSCRIÇÃO POR RNAPI E RNAPIII
	A RNAPI é especializada na síntese do pré-rRNA que irá produzir os três rRNAs principais (28S, 18S e 5S), representando 80% de todo o RNA da célula. Essa síntese ocorre no nucléolo e os precursores são processados até seus produtos finais funcionais, antes de atingirem o citoplasma para fazerem parte dos ribossomos
A RNAPI deve ter alta eficiência e os promotores dos genes para rRNA devem ser altamente especializados e eficientes. A razão para isso é que a célula deve produzir a cada ciclo uma quantidade suficiente de rRNA para compor os milhões de ribossomos (1 a 2 milhões por geração), que participarão da síntese de todas as proteínas da célula. Assim, a RNAPI deve sintetizar cerca de dez milhões de cópias dos pré-rRNAs
Uma das estratégias desenvolvidas para responder a essa demanda foi o aumento do número de cópias desses genes, podendo variar entre cerca de 100 a 5.000. Essas cópias são organizadas em tandem no cromossomo e cada cópia (unidade de transcrição) é separada por regiões não transcritas, denominadas espaçadores não transcritos
A maior parte dos promotores para RNAPI são compostos por dois domínios de atividade: o promotor principal, que tem sequências ricas em GC e está localizado entre –45 e +20, a partir do TSS (localizado em uma região rica em AT); e o elemento promotor a montante, UPE (de upstream promoter element , também denominado UCE), rico em GC e localizado entre –180 e –107)
5.2 ALONGAMENTO EM EUCARIOTOS
A transcrição nos eucariotos, mesmo no modelo mais simples de levedura, ocorre em um contexto estrutural muito diferente do que ocorre em procariotos. A estrutura da cromatina impõe restrições espaciais à acessibilidade das sequências contidas nas diferentes regiões regulatórias e os nucleossomos impõem uma barreira ao alongamento da transcrição
Além disso, a diversidade das três euRNAPs é um fator adicional de complexidade nos eucariotos. Ainda assim, os estudos estruturais nos complexos de alongamento da transcrição de bactérias, arqueas e eucariotos têm evidenciado muitas semelhanças, mostrando grande conservação estrutural e mecanística em seus fundamentos
Portanto, muito do que foi descrito, para o alongamento da transcrição em bactérias, tem analogia com os modelos eucarióticos, em sua essência. O processo em arqueas ocupa uma posição intermediária de complexidade e apresenta algumas características do modelo eucarioto
Assim como ocorre com o fator sigma em bactérias, os TFs, que participam da formação do PIC nos eucariotos, se dissociam do complexo na transição entre as fases de início e de alongamento
Os fatores de transcrição então só estão relacionados em reconhecer o promotor, a sequência de DNA, e ajudar o RNA II a se ligar nessa sequência
 Entretanto, outros fatores são recrutados e participam do complexo de alongamento. A transcrição é regulada por alterações na cromatina e o RNA deve ser, no caso dos mRNAs, concomitantemente processado (adição de 5'-CAP, remoção dos íntrons e poliadenilação) e, por isso, muitos fatores e complexos participam desse processo
Os modelos estruturais eucarióticos mais estudados e detalhados são os da euRNAPII
As etapas de associação da euRNAPII em um complexo fechado, com o DNA no promotor, a formação do complexo aberto e o “escape” (clearance) do promotor para o início da fase de alongamento da transcrição são análogos ao da bacR-NAP
Como mostrado na Figura 10.5B, após a formação do PIC os fatores basais TFIIE e TFIIH exercem suas atividades de helicase e de hidrólise de ATP, que provocam a abertura das fitas de DNA e proveem energia para o complexo RNAPII se movimentar para o escape do promotor.
Após a incorporação dos primeiros ribonucleotídeos na cadeia de RNA o complexo deve ser deslocado, liberando o promotor e iniciando o alongamento. Os TFs e o mediador que estavam complexados no promotor, deixam, na sua grande maioria, o complexo e não acompanham o movimento da RNAPII sobre o molde de DNA. Na iniciação abortiva de eucariotos, RNAs de apenas 2 a 3 nt são sintetizados e rapidamente metabolizado até que a fase de alongamento seja iniciada. Uma etapa adicional ocorre em muitos genes de eucariotos, a pausa na transcrição após a formação de RNAs de 20 a 50 nt de tamanho