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Recebimento das amostras:
Quando o material chega ao laboratório ele deve estar contendo dados identificação do laboratório, os órgãos colhidos, o tipo de procedimento realizado com o animal experimental (por exemplo, infecção), o títulos do projeto e as observáveis necessárias para avaliação do pesquisador ou tecnologista.
Tipos de amostras:
São amostras de tecido de um determinado organismo. Essa coleta pode ser feita quando o organismo ainda está vivo, por meio de biópsia ou durante uma cirurgia, ou de necropsia. Em tecidos ósseos deve ser feita uma descalcificação, feita por EDTA.
Conservação das amostras:
A base de uma boa preparação histológica é a fixação que deve ser completa e adequada. A escolha de um fixador depende da natureza do processo patológico presente no tecido, da estrutura celular e/ou tecidual, ou, então, da natureza bioquímica do elemento que se deseja preservar. O fixador mais utilizado é o formol. 
Existem alguns fatores que podem interferir no processo de fixação como a espessura do tecido (o ideal é que seja mais fino e menor), tempo de fixação, relação do volume de fixador com o tamanho da amostra, etc.
Após o processo de fixação da amostra realiza-se a clivagem, que consiste em reduzir as dimensões dos fragmentos dos tecidos coletados. O ideal é que o tecido possua em torno de 4mm de espessura para que caiba no cassete.
Processamento das amostras:
O princípio do processamento histológico consiste na difusão de reagentes para o interior dos tecidos e na remoção do líquido tecidual que, após a fixação do material, é o próprio fixador empregado. O processamento para inclusão de material em parafina passa por três etapas: desidratação: consiste na remoção de água dos tecidos com álcool ; clarificação: visa remover completamente o álcool do interior dos tecidos utilizando o xilol; e impregnação: a deve ser realizada em estufa a 60°C. Os fragmentos serão transportados de uma parafina a outra em intervalos de tempo predeterminados. Este processo ocorre em um processador de tecidos automático.
Inclusão em parafina:
A inclusão se baseia em colocar, com o auxílio de uma pinça aquecida, os tecidos que foram previamente infiltrados em parafina no interior de um molde que já contém parafina líquida com a superfície a ser seccionada (a ser cortada ao micrótomo) para baixo. Após isso a base do cassete é colocada em cima do molde para identificá-lo.
Corte histológico:
Após a secagem da parafina, o bloco é retirado do molde e fixado no micrótomo. Logo após, uma navalha é colocada no micrótomo e a microtomia é efetuada obtendo os cortes. A fita então é retirada do micrótomo com o auxilio de uma pinça e é transportada para o banho maria. A fita é “pescada” com uma lâmina e a lâmina é transferida para uma estufa para retirar o excesso de parafina e melhorar a adesão do corte a lâmina.
Montagem da lâmina histológica:
As lâminas devem ser muito bem limpas e desengorduradas para que os cortes não se desprendam da lâmina. 
Coloração histológica:
Após a microtomia, o preparado histológico está pronto para ser corado. Deve-se, inicialmente, utilizar uma coloração que proporcione uma visão geral de todo o tecido de modo a permitir a identificação dos elementos teciduais, propiciando o diagnóstico histológico. A coloração pela hematoxilina (H) e pela eosina (E) cumpre muito bem esse papel.
Após a coloração da lâmina, a mesma é coberta com uma lamíluna de vidro para análise no microscópio de luz. Para resinas acrílicas, usa-se o Entellan. Uma gota do meio de montagem é colocada sobre o corte ou na lamínula de vidro, e esta é posicionada sobre o corte de forma delicada, de tal modo que o meio de montagem cubra completamente o corte.
Captura e armazenamento da imagem histológica:
Após a lâmina estar pronta, realiza-se uma captura de imagem a partir do microscópico com uma câmera digital e a imagem é salva no computador. O armazenamento das lâminas é realizado em caixas de lâminas histológicas.