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Relatórios das Aulas Práticas de Enzimologia 2017 Introdução A enzimologia é a ciência responsável por estudar as enzimas e todos os demais fatores relacionados à sua atividade. As enzimas são moléculas em sua maioria de natureza proteica que atuam como catalisadores de reações específicas e que atuam em condições de um ambiente favorável. O substrato é aquela substância que terá interação específica com o sítio catalítico também chamado de sítio ativo, que é o local presente na molécula de enzima, que tem conduzir a reação,a ação das enzimas diminuem a energia de ativação formando o complexo enzima-substrato e posteriormente liberando o produto. Logo se tem a cinética enzimática que é o estudo do mecanismo pelo qual as enzimas se ligam aos substratos, transformando-os em produtos, onde são utilizados dados sobre a velocidade de reação de enzimas através de ensaios enzimáticos, mostrando a relação entre a concentração do substrato e a velocidade de reação, um dos modelo cinético mais aceitos foram descritas por Michaelis e Menten,cujo o objetivo básico é explicar a influência da concentração inicial de enzima e de substrato na velocidade inicial de reação enzimática. Os aspectos moleculares da interação entre a enzima e o substrato ainda não estão completamente esclarecidos, importantes variáveis podem afetar essa interação da enzima, como temperatura, pH,concentração das enzimas,concentração do substrato,concentração dos agentes inibidores e imobilização das enzimas. Essas variáveis devem ser observadas, pois podem provocar alterações na conformação da enzima e consequentemente alterar a interação enzima-substrato,e modificar a cinética enzimática, sendo assim temos 4 experimentos que relaciona diversos fatores que influenciam a cinética enzimática e que discorremos sobre eles. 1ª Aula Prática - Cinética Enzimática A atividade enzimática é uma propriedade medida pelo aumento de velocidade de conversão de uma reação química que uma enzima produz, o objetivo desta prática é demonstrar experimentalmente a cinética das reações enzimáticas. Usamos nesta prática a enzima β D-Frutctofuranosidase que converte a sacarose em glicose e frutose, também conhecida como Invertase, neste experimento foi incubada por 5 minutos em sua temperatura ótima de atuação (550C) para soluções diluídas de sacarose (Brenda, 2017). Posteriormente a glicose é medido pela Glicose oxidase, onde a quantidade de produto obtido é corresponde proporcionalmente à quantidade de substrato consumido, podemos assim determinar os parâmetros cinéticos através da curva dos duplo-recíprocos.Os dados utilizados por este grupo é apresentado na figura abaixo.Com concentração de sacarose de 50g/L. *Diluição 1:1 **Diluição 2:1 Tabela 1. Dados do experimento 1. Os dados obtidos no espectrofotômetro ,que é medido pela absorção de luz na região espectral do produto formado na reação, são convertidos através de uma curva-padrão apropriada para o produto detectado, foram feitas os devidos acertos decorrente as diluições realizadas nos frascos 3, 4, 5, 6 e 7. As velocidades iniciais foram calculadas com base no tempo em que os tubos foram incubados, de 5 minutos ou 300, foi elaborada a conversão de litros e de segundos para uma melhor uso da curva padrão e comparações com a literatura. *Diluição 1:1 **Diluição 2:1 Tabela 2: Dados linearizados do experimento 1. A atividade de uma enzima é geralmente descrita através de Vmax e também da constante de Michaelis-Menten (KM), que representa a concentração de substrato à qual se detecta uma velocidade de reacção igual a metade de Vmax,porém o gráfico de velocidade face a [S] não é linear, assim o gráfico de Lineweaver-Burk ou representação de duplo recíproco é a forma mais comum, e simples,de mostrar os dados da cinética enzimática. Para tal, tomam-se os valores inversos de ambos os lados da equação de Michaelis-Menten. Como se pode apreciar na figura da acima, o resultado deste tipo de representação é uma linha reta cuja equação é e = mx + c, sendo o ponto de interceção entre a reta e o eixo das ordenadas equivalente a 1/Vmax, e o ponto de intercepção entre a reta e o eixo de abcissas equivalente a -1/Km. Para o cálculo de Vmáx e Km, foi necessário linearizar os dados por meio do cálculo dos inversos da velocidade da reação, e da quantidade do substrato. Deste gráfico foram usados todos os pontos. A curva padrão utilizada foi a curva Abs=0,1053*(Concentração em g/L ) + 0,0198), vale ressaltar que se experimentou todas as curva fornecidas, e a exclusão dos primeiros pontos pois os mesmo estavam fornecendo um coeficiente linear negativo indicando um Vmax negativo que não se deve ter. A primeira curva padrão (Abs=0,4179*(Concentração em g/L) + 0,1946) fornecida não foi possível utilizar devido um R2 inferior a 0.95, que deve ser descartado por não fornecer uma alta confiabilidade,e a segunda curva Abs=0,2394*(Conc em g/L)+0,0736 apresentou um R2 dentro do limite, porém foi testando a terceira curva e forneceu um R2 superior sendo assim aceita por garantir uma maior confiabilidade . Gráfico 1: Comportamento da enzima no experimento 1 Os parâmetros cinéticos foram calculados através da equação da reta obtida com pelo gráfico dos inverso de Velocidade e concentração de substrato com R2=0,962 foram utilizando a fórmula . Obtemos os valores de Vmax=0,39 g/(L*s) e Km=83 g ou 461 mM. De acordo com o banco de dados BRENDA Enzymes para este substrato o Km varia de 0.05 – 5000 mM e número de renovações que corresponde ao Vmax com variação de 5.7 – 7300000 s-1. Os dados obtidos de Km estão dentro dos valores encontrados na literatura, entretanto vale ressaltar que esta enzima possui uma ampla faixa de variação para sacarose, esta variação se deve a amplas fontes de organismos em que a enzima é obtida, visto que ela é obtida principalmente de leveduras de panificação. Outra observação que podemos inferir é quanto aos valores de Vmax, que deu abaixo da variação da literatura ,o que pode indicar uma inibição tanto da concentração do substrato, provavelmente devido à água de baixa concentração, quanto do produto no caso a D-frutose, que tem inibição com a enzima que pode ter influência na obtenção dos parâmetros cinéticos.Outro adendo que se deve discutir é quanto à erros que podem estar vinculado a erros aleatórios, como manuseio do material no laboratório, e a erros sistemáticos, originados do próprio espectrofotômetro. Concluímos a partir dos dados que o aumento da concentração de substrato causa um aumento gradual na velocidade (Vo) da reação catalisada. Porém como este experimento só considera uma temperatura (55ºC) e uma concentração de enzima (3 mL), não é possível concluir qual o efeito da temperatura considerada. E que os parâmetros da cinética enzimática pode sofrer outros tipos de interferências como inibição, temperatura e concentração do substrato confirmando o conteúdo aprendido em aula. 2ª Aula prática - Influência da temperatura na cinética enzimática Tabela 3. Dados do experimento 2, segunda aula prática. Esta prática pode ser dividida em duas partes, a primeira condiz com o estudo da cinética enzimática em diferentes concentrações de sacarose em um mesmo tempo de incubação (5 minutos) na temperatura selecionada de 65°C e a segunda a influência do tempo de incubação para uma mesma concentração de sacarose final (20 g/L). Tabela 4: Absorbância e concentração de sacarose Primeira parte: Dado a curva padrão, pode-se calcular o valor da concentração de glicose através da equação da reta fornecida: y= 0,1053 x + 0,0198 R2= 0,99 sendo y=A (absorbância) e x= Concentração de glicose ([glicose]). Portanto, [glicose] = (A– b) / a Tabela 5: Absorbância e concentração de glicose Para se encontrar a velocidade de formação de glicose em 5 minutos, utilizou-se a relação: Obteve-se os seguintes dados: Tabela 6: Velocidades iniciais e dados linerizados Plotando dados em um gráfico se obtém o seguinte gráfico: Gráfico 2: Gráfico linearizado da relação concentração x velocidade de formação do produto. A partir da equação da reta gerada, Y = 12,471x + 0,0409 (com R²= 0,9992), calculou-se o Km e o Vmáx a partir da comparação com a equação Lineweaver-Burk: Onde: 1/V=Y 1/S=x 1/Vmax=0,0406 Km/Vmax=1,4972 Sendo assim, Vmax= 24,45 g/L.min e Km=304,914 mol/l Segunda parte: Tabela 7: Tempo de incubação e absorbância Dado a mesma curva padrão da primeira parte, calcula-se a glicose: Com R2 = 0,99 e sendo y=A (absorbância) e x= Concentração de glicose ([glicose]). Portanto, [glicose] = (A – b) / a Tabela 8: dados para o cálculo do tempo de meia vida Gráfico 3: Tempo de meia vida da Enzima Pela equação, sabe-se que a constante de degradação (Kd) é 0,1315. Para encontrar o tempo de meia-vida utiliza-se a fórmula (t½) = ln2/kd. Logo, o valor do tempo de meia-vida é 5,271081 min. Apesar de ser possível calcular o tempo de meia-vida, os dados não são confiáveis devido ao R2 . Acesso em 28/11/2017. BORZANI, W.; SCHMIDELL, W.; LIMA, U.A.; AQUARONE, E. Biotecnologia Industrial. Processos Fermentativos e Enzimáticos São Paulo, Edgard Blücher Ltda, vol.1, 2001.