Microbiologia e micologia básica NP2

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Microbiologia NP2
· MICROBIOTA
- Microrganismos que compõem nosso corpo > precisamos dessas bactérias para a homeostase, está em simbiose, sinergismo com nosso organismo, faz uma cooperação com nosso corpo.
Quebra de homeostase > infecção causa isso > por exemplo, e.coli do intestino que vai ao trato geniturinário, é uma alteração do habitat natural
Intestino ajuda no sistema imune, metabolismo
Transplante de fezes: altera microbiota, feito em pessoas com muitas alergias, intestinais por exemplo > Também chamado de transplante de microbiota fecal, o procedimento é simples e tem como objetivo transferir bactérias intestinais de um doador saudável para uma pessoa que está com a flora danificada.
Temos bactérias que fazem parte da microbiota normal e temos bactérias transitantes/transientes
 (temporal), microrganismos são trocados com o passar dos anos
· A flora vaginal passa microrganismos para a criança através do parto normal. É feito cesárea para diminuir o contato da microbiota da mãe com o bebê, caso haja contato pelo parto normal a bactéria da flora vaginal da mãe irá fazer parte da 1ª microbiota do recém-nascido, sendo a microbiota intestinal
· O bebê também forma uma nova microbiota através da respiração
Parto cesárea > menor imunidade formada
· Bactérias a partir do trato gastrointestinal ajuda na produção de anticorpos contra outros tipos sanguíneos
Bactérias no nosso corpo causam a maioria das infecções, por exemplo, no caso da espinha, cresce no caso de aumento do consumo de alguns alimentos, proporciona mais nutrientes para bactéria se proliferar, como por exemplo a S.aureus
70% das infecções hospitalares são com bactérias do nosso corpo (nossa microbiota), 30% das infecções são cruzadas, sendo por materiais contaminados, bactérias de outros pacientes (infecção hospitalar/nosocomial)
Antagonismo microbiano de exclusão: proteção que as bactérias nos dão
Exemplo: Bacilos de Doderlein, que protegem contra Trichomonas, cândida (quando sofre algum desequilíbrio se prolifera, antibióticos além de acabarem com as bactérias patológicas, diminuem bacilos de doderlein, de modo que aumente a produção de cândida)
· Microrganismos obrigatoriamente patogênicos que o paciente adquiriu enquanto estava internado, indica infecção hospitalar, pode ocorrer após o paciente sair do hospital e apresentar febre, tosse purulenta > no caso de Klebsiela (não faz parte da microbiota), ou seja, foi contaminação cruzada (de outro paciente) ou algum material contaminado.
Diagnóstico laboratorial das doenças bacterianas
· Fluídos como escarro, sangue, líquor, urina, líquidos sinoviais, usar swab no caso de amigdalite 
· Coleta > para visualizar ists por exemplo
Começa a diagnosticar por coccus gram positivas
· Coloração: gram positivas > morfologia > coccus > diferenciar principalmente Staphylococcus e Streptococcus (são parecidos, sintomas parecidos, coloração, o que diferencia é a toxina produzida)
Precisa saber o tipo para depois começar o fluxograma de identificação
Catalase > está presente na estrutura da staphylo, enzima que gera peróxido, é uma característica apenas da staphylococcus, coloca água oxigenada com a colônia, se borbulhar, é catalase positiva
Streptococcus não vai borbulhar no teste da catalase
QUESTÕES
1 - Explique postulado de Koch: O Postulado de Koch consiste na sequência de procedimentos utilizados para estabelecer a relação causal, entre um microrganismo e uma doença, ele é dividido em 4 etapas, sendo elas a associação constante patógeno-hospedeiro, isolamento/cultivo, inoculação do organismo em plantas sadias e reisolamento
1.O microrganismo deve estar sempre presente nas lesões das plantas doentes (ASSOCIAÇÃO CONSTANTE); 
2. O microrganismo deve ser isolado e cultivado em CULTURA PURA; 
3. O microrganismo isolado, deve REPRODUZIR OS SINTOMAS quando inoculado em uma planta sadia; 
4. O microrganismo deve ser REISOLADO da planta inoculada artificialmente e corresponder, em todas as suas características, com o isolado das lesões.
2 - Explique quais provas bioquímicas podem ser realizadas através da investigação de fontes de carbono
Prova de Citrato: Avalia a capacidade da bactéria de utilizar o citrato como única fonte de carbono. Bactérias que podem fazer isso, como Escherichia coli, crescerão e alcalinizarão o meio.
- Teste de citrato: Transferir um inoculo leve da cultura para a rampa dos tubos de ágar Citrato de Simmons e incubar a 35 oC/48h. O crescimento com viragem alcalina, alterando a cor do meio de verde para azul, é indicativo de teste positivo. O não crescimento e a não alteração da cor do meio indicam teste negativo
3 - Explique os testes bioquímicos para fonte de nitrogênio
Os testes bioquímicos para fonte de nitrogênio, como a produção de indol, são usados para identificar a capacidade de uma cepa bacteriana em utilizar compostos de nitrogênio específicos. O teste de produção de indol é comumente usado para distinguir entre diferentes espécies de bactérias, especialmente no gênero Enterobacteriaceae.
4 – Explique a produção de indol (ácido indol acético)
Algumas bactérias produzem a enzima triptofanase que agindo sobre o aminoácido triptofano, leva à formação de indol, que ao reagir com o paradimetilaminobenzaldeído, adicionado ao meio de cultura, formará um anel róseo neste
Teste do indol (caldo triptona 1%): Inocular uma alçada com inoculo leve da cultura e incubar a 35 oC/24h. Adicionar 5 gotas do reagente de kovacs a cada 4,0 ml de cultura e agitar levemente. Observar se há desenvolvimento de um anel vermelho-violeta na superfície do meio de cultura (teste positivo) ou se o anel permanece na cor amarela do reagente (teste negativo).
Fases > 1º coleta (com swab, líquor, hemocultura) – 2º coloração (gram, BAAR)
TESTES DE AVALIAÇÃO METABÓLICA
Teste de carbono, nitrogênio, glicose, ph
Teste de oxidação/fermentação de glicose (anaeróbico/aeróbico) (OF) > como fonte avalia carbono, utiliza dois tubos, semeia nos dois tubos, um fecha e o outro deixa aberto, se crescer bactéria no aberto (se ele ficar amarelo), e o fechado ficar verde/azulado, é por que tem bactéria aeróbica obrigatória e utiliza glicose como fonte de energia em condição aeróbica, por isso fica amarelo, no azul/verde não cresceu (anaeróbica). Se no tubo aberto ficar verde e no tubo fechado amarelo, é por que a bactéria é anaeróbica obrigatória. Se os dois ficarem amarelo, é por que é anaeróbica facultativa.
Carbono > Citrato de Simmons, glicose, TSI (tríplice açúcar > averigua fermentação de açúcares)
TSI > Se fermenta 3 açúcares > o tubo todo fica amarelo
Se fermenta só glicose > só o fundo fica amarelo, o resto fica vermelho
Fermenta sacarose e ou lactose > fica amarelo em cima e vermelho em baixo
Se a bactéria produz gás H2S+ no meio fica uma mancha preta
Avalia carbono > lactose > MacConkey (seletivo, pois só cresce gram negativa e diferencial, pois cresce E.coli, Klebsiela) > se fermentar vai ficar rosa, se lactose for negativa, fica amarela
VP > teste vermelho de metila > avalia carbono, bactérias entéricas
Nitrogênio > teste que avalia lisina, indol, teste de ácido sulfídrico, teste de hidrolase da ureia
Rugai: avalia 9 fontes
Toxinas de Staphylo ou Strep > induz coagulação intravascular disseminada, faringite, meningite
Sequência de testes: catalase positiva > fermentação em ágar manitol (para saber qual staphylo é), se ficar amarelo fermenta, se fermenta é S.Aureus, se não fermenta fica laranja, negativo pra S.Aureus
Próximo teste > coagulase > pega o soro (não o plasma, pois plasma tem anticoagulante), pegar colônia da bactéria e misturar no soro > depois, verificar se tem coagulação, se ficar um gelzinho, induz cascata de coagulação, assim, é coagulase positiva (presença de S.aureus), se o soro continua líquido, é coagulase negativo (ausência de S.aureus)
Catalase > se a bactéria for semeada em ágar sangue, vai dar falso positivo
DNAse > verificar se tem degradação, DNAse positiva > indica S. Aureus
Resistência a novobiocina > Aureus é sensível a novobiocina, então ela não cresce em cima desse antibiótico,se crescer bactéria em cima do antibiótico, é resistente, então é outro tipo de bactéria
Catalase negativa > hemolítico e não hemolítico (Strepto), Streptococcus cresce em ágar sangue, para avaliar tipo de hemólise.
Hemólise total (beta hemolítico): Camp (O CAMP test é realizado no exame de pesquisa para Streptococcus Beta-hemolítico, o teste visa a identificação de Cepas de S. Agalactiae), 
Bile esculina (O Ágar Bile Esculina é um meio indicado para isolamento e diferenciação de Enterococos e estreptococos grupo D. A presença de bile no meio inibe o crescimento de organismos Gram positivos e estreptococos à exceção dos enterococos e estreptococos grupo D.)
Hidrólise de hipurato (A hidrólise do hipurato de sódio é um teste qualitativo útil para identificar bactérias como Streptococcus agalactiae (estreptococo hemolítico ẞ do Grupo B), Campylobacter jejuni, Gardnerella vaginalis, Listeria sp. e outras bactérias aeróbias.)
CIM > concentração mínima inibitória, avalia susceptibilidade microbiana, avalia resistência e susceptibilidade 
Escala de Macfarland > antibiograma em meio líquido, avalia turbidez
Difusão em água > antibiograma > mede halo de inibição de cada uma
MICOLOGIA
- Importância clínica, fungos oportunistas que necessariamente vão causar patologias, como cândida, aspergilus
É mais difícil de tratar por causa da estrutura eucarionte
Fungos dimórficos > que a 23ºC se apresenta na forma de micela, e em 37ºC, na forma de levedura
Fungos que fazem infecção cutânea/sub cutânea:
Fungos causadores de micoses superficiais 
As micoses ditas superficiais são aquelas cuja principal característica é acometer as camadas mais superficiais da pele e/ou dos pelos; normalmente não causam lesões ou feridas sensíveis e/ou dolorosas, são um problema sob aspectos estéticos e sociais. Tais micoses estão associadas à presença de manchas em razão de seus agentes em sua maioria interferirem na melanogênese, pela produção de ácido azaleico; muitos deles são lipofílicos, demandando alto teor de gordura, água e umidade para poderem se adaptar e se multiplicar, razão pela qual em situações de cultura não é raro adicionarmos ao preparo do meio de cultura substâncias como azeite de oliva. Entre os principais agentes fúngicos causadores de micoses superficiais destacam-se: Malassezia furfur, Piedraia hortae, Phaeoannellomyces weneckii, Trichosporon ovoides, Trichosporon inkinn, T. mucoides > piedra, pitiriase
Fungos causadores de micoses cutâneas
As micoses cutâneas, também conhecidas como dermatomicoses, são aquelas tipicamente localizadas em maior extensão sobre a pele, pelos e unhas, podendo atingir o couro cabeludo e o pavilhão interno do ouvido. As dematomicoses podem apresentar características antropofílicas quando da transmissão homem a homem; zoofílicas, animal-homem; geofílicas, pela manipulação direta do homem com o solo, onde o fungo pode ter seu habitat. As doenças fúngicas típicas de dermatófitos são descritas como tineas (afecção de pelos e/ou cabelos); onicomicoses (micose de unha); otomicoses (micose de ouvido); pele glabra (irritação da pele – pele de assadura); lesões interdigitopalmares e interdigitoplantares, conhecidas popularmente pelo nome de frieira ou “pé de atleta”. Os fungos descritos como dermatófitos de maior relevância clínica apresentam-se divididos em três gêneros principais, a saber: Microsporum spp., Tricophyton spp. e Epidemophyton sp > tinea, candidose
Fungos causadores de micoses sub cutâneas
As micoses subcutâneas caracteristicamente são conhecidas por serem encontradas na pele e tecidos subcutâneos, muitas são de características ocupacionais, atingindo, sobretudo trabalhadores de áreas rurais. A grande maioria destas ocorre por traumas físicos, perfurações, mordeduras e arranhaduras, sobretudo com materiais contaminados como vegetais, madeiras, além da picada de insetos > cromomicose, esporotricose
Fungos causadores de micoses endêmicas
As micoses sistêmicas são originadas principalmente pela inalação de propágulos e/ou conídeos presentes no meio ambiente. Os fungos normalmente associados a essas infecções são em sua maioria fungos dimórficos e saprófitas, que em certas condições liberam conídeos (reprodução assexuada), os quais são inalados pelo homem e por animais. Outra característica importante das micoses sistêmicas é que são endêmicas, de regiões de clima quente e úmido (tropical). Os fungos apresentam fatores de virulência bastante individualizados e inerentes a cada espécie e não se aventa a possibilidade de contágio direto ao simples contato com pessoa infectada. Os agentes mais comumente associados são: Paracoccidioides brasiliensis, Coccidioides immitis, Blastomyces dermatitidis e Histoplasma capsulatum. criptococose
Fungos causadores de micoses oportunistas 
As micoses oportunistas normalmente ocorrem por ação de agentes fúngicos na maioria saprófitas e em linhas gerais não são consideradas patogênicas, devendo haver correlação da clínica/laboratório. As infecções são comuns em pacientes imunocomprometidos e a maioria das doenças é causada quando há comprometimento das barreiras naturais de defesa do hospedeiro, como: antibioticoterapia e granulocitopenia prolongada no tratamento de câncer e transplantados. Entre os agentes fúngicos causadores de micoses oportunistas, podemos destacar: Cryptococcus neoformans, Candida albicans, Aspergillus spp., Penicillium spp
Patogênese das doenças fúngicas 
 
Fungo é corado com tinta nanquim (azul de algodão)
Meio sabouraud > meio de cultura fúngica (filamentosos ou levedura)
VÍRUS
Estrutura virion (intracelular obrigatório)
Encapsulado ou não, tem RNA e DNA
Fases: imediata (inicial) > adsorção e penetração > fase de replicação do vírus
Fase tardia > desnudamento, síntese proteica e liberação
Quem vai penetrar é o capsídeo viral
HIV > no ELISA é identificado por gp 120 (proteína viral, responsável pela ligação do vírus com as células hospedeiras.)
· Quando o vírus entra na célula (fase inicial) e passa pelo desnudamento, o DNA vai pro núcleo e o RNA fica no citoplasma, no DNA o vírus induz síntese proteica do que ele quiser, no RNA também
· Síntese proteica: produz moléculas para ele mesmo, específicas para o vírus
Após produzir proteína, ele faz montagem para produzir mais capsídeo viral (virion)
- Liberação de partículas virais para fora da célula
1. Adsorção: Nessa primeira etapa, o vírus liga-se à membrana da célula que ele parasitará. Essa ligação ocorre graças a receptores presentes nas células.
2. Penetração: Após se ligar à célula, o vírus começa o processo de penetração, ou seja, ele começa a entrar na célula que será parasitada.
3. Desnudamento: Já no interior da célula, o vírus sofre a ação de enzimas que destroem seu capsídeo (uma cápsula rica em proteínas que envolve o material genético do vírus). Após destruir o capsídeo, o material genético é liberado no citoplasma da célula ou no núcleo.
4. Síntese viral: Nesse momento, o material genético do vírus afeta a atividade da célula, que passa a produzir as proteínas necessárias para a criação de novos vírus.
5. Montagem e maturação: Nesse processo, novos vírus são formados a partir das proteínas produzidas pela célula.
6. Liberação: Após estarem completamente montados, os vírus saem da célula para parasitar outra. Essa saída pode ocorrer por meio do rompimento da membrana da célula ou, ainda, por uma espécie de brotamento, em que levam parte da membrana da célula parasitada.
HIV positivo > vírus sendo controlado, coquetel inibe replicação viral (transcriptase reversa)
AIDS > se o coquetel parar de funcionar, há uma maior replicação, afetando a CD4+ que combate o vírus, ele provoca a lise celular da CD4+
Ciclo lítico: provoca lise da célula. O ciclo lítico acontece quando o vírus assume o comando do funcionamento celular e passa a produzir as moléculas que ele precisa para gerar novos vírus. Após  formados ocorre a liberação deles e a célula morre. As partículas virais podem então infectar novas células. 
Ciclo lisogênico: não há lise da célula. Já no ciclolisogênico, o material genético do vírus se incorpora ao DNA da célula infectada. Quando essa célula se multiplicar, ela vai gerar novas células que  já vão estar infectadas pelo vírus, pois o material genético viral foi replicado junto com o material genético da célula. 
Vírus é identificado pela sorologia, biologia molecular (hibridização)
HIV > tem lise celular, queda dos CD4+, destruição tecidual
Vírus oncogênico > induz mutação/linfoma associado a pessoas com HIV
Detecção > pesquisa de antígenos (proteína 24), hibridização, PCR, sorologia, modificações celulares no tecido, como no caso do HIV que apresenta células binucleadas
IST > citomegalovírus, HPV, hepatite b, c, d (a hepatite D ocorre quando a pessoa já teve a hepatite B, virou crônica e depois pegou a D, ou, adquiriu tanto a B, e depois a D, persistindo com as duas infecções) A Hepatite D, também chamada de Delta, está associada com a presença do vírus do B da hepatite para causar a infecção e inflamação das células do fígado. Existem duas formas de infecção pelo HDV: coinfecção simultânea com o HBV e superinfecção do HDV em um indivíduo com infecção crônica pelo HBV.
Poliomielite viral > erradicado no Brasil desde 1994, pode deixar paraplégico
DIAGNÓSTICOS DE IST’s
- Gonorreia: bactéria gram negativa, aeróbica, neisseria gonorreia, mulher transmite mais, pois gonorreia é assintomática, tem secreção purulenta, que é branca a acinzentada, ligada a casos de infertilidade, artrite gonocóxica, causada pela gonorreia (que foi disseminada), no bebê pode causar cegueira
- Sífilis: primária (bolinhas, vista em lesões na área genital), indolores, tem maior indicie de transmissão na fase primária, o treponema está presente nas lesões. Secundária: mancha avermelhada, que pode causar coceira, doem. Terciária: paciente pode ficar cego, demente, comprometido neurologicamente. Exame: VDRL (cardiolipina), porém não é específico pra identificar sífilis, serve de triagem, trata com bezetacil, que é a penicilina
- Clamídia: intracelular obrigatória, assintomática, pode causar uretrite, cervicite, proctite (inflama reto), para diagnóstico: cultura da bactéria, biologia molecular que detecta antígeno-anticorpo
ARTIGO DO MICROBIOMA, ESTUDAR POIS CAI NA PROVA
TAMBÉM cai na prova > replicação viral, síntese, montagem e desnudamento, liberação, ciclo lítico e lisogênico, fungo, criptococcus (micose sistêmica, inalação de solo contaminado), tubo germinativo para fungo, com meio e amostra, pra observar crescimento de levedura, microbiota, vírus, antibiograma, coleta hemocultura, testes staphylo e strepto
Criptococcus > A infecção geralmente ocorre quando as pessoas inalam os esporos do fungo. Portanto, a criptococose normalmente afeta os pulmões. Ela se dissemina comumente para o cérebro e tecidos que envolvem o cérebro e a medula espinhal (meninges), resultando em meningite.
 Os esporos ou conídios, para germinarem, necessitam de calor e umidade e o resultado desta germinação é a formação de um ou mais filamentos finos, conhecidos como tubos germinativos.
Um teste de hemocultura é solicitado quando existe a suspeita que o paciente tenha uma infecção no sangue, para confirmar a presença de microrganismos circulantes, identificar esses microrganismos e ajudar a determinar a fonte da infecção e a escolha da terapia antimicrobiana mais adequada.
O exame de hemocultura é feito, em regra, quando há suspeitas de endocardite, sepse, bacteremia, meningite, pneumonia grave e infecção hospitalar. Porém, ele não é necessário diante de qualquer quadro infeccioso.
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