Estas Unidades são entidades com autonomia técnica e administrativa, estão sediadas, nas diversas regiões, geralmente em Instituições Universitárias de Ensino e/ou Investigação em Saúde, exercendo a sua atividade em estreita colaboração com o Infarmed, com o qual celebram protocolos de colaboração ou contratos de prestação de serviços. Compete às UF, a recepção, classificação, processamento e validação das notificações espontâneas de suspeitas de reações adversas, incluindo a determinação do nexo de causalidade. Têm também como função divulgar e promover, nas áreas geográficas que lhes são adstritas, atividades de farmacovigilância e apresentar propostas para a realização de estudos de farmacoepidemiologia no âmbito do Sistema.

As sete unidades de Farmacovigilância são, EXCETO:

• 
  
• Unidade de Farmacovigilância de Setúbal e Santarém - Faculdade de Farmácia da Universidade de Lisboa.
• 
  
• Unidade de Farmacovigilância do Porto - Faculdade de Medicina da Universidade de Porto.
• 
  
• Unidade de Farmacovigilância de Guimarães - Hospital de Guimarães.
• 
  
• Unidade de Farmacovigilância do Rio de Janeiro - Laboratório de Farmacologia Clínica e Terapêutica - Faculdade de Medicina da Universidade do Rio de Janeiro.