Vamos analisar a frase: "Embora o sistema CAPS tenha sido um grande passo em direção a uma abordagem mais humana e eficaz em saúde mental, ele ainda enfrenta desafios." A conjunção "embora" indica uma concessão, ou seja, algo que é verdadeiro, mas que não impede outra afirmação. Agora, vamos analisar as alternativas: a) Apesar de - Essa conjunção também expressa uma ideia de concessão, similar a "embora". Pode ser uma substituição adequada. b) Desde que - Essa conjunção indica uma condição, não serve como substituição. c) Desde quando - Essa expressão também indica um tempo, não se encaixa no contexto. d) Conquanto - Essa conjunção é sinônima de "embora" e pode ser uma substituição válida. e) Já que - Essa conjunção indica uma causa, não é uma substituição adequada. As alternativas que podem substituir "embora" são a) e d). No entanto, "apesar de" é mais comum e fluida no contexto. Portanto, a melhor resposta é: a) Apesar de.