O tipo de alocação de arquivos no disco é, provavelmente, a característica mais marcante e definitiva em um sistema de arquivos. O uso de uma abordagem específica de alocação irá definir diretamente como os arquivos são gravados no disco, mas, indiretamente, tem efeitos na performance e até mesmo no tipo de mídia no qual pode ser adequado usar esse sistema de arquivos. Apesar de alguns formatos de sistemas de arquivos serem bem aceitos em múltiplos sistemas operacionais, como por exemplo, o sistema de arquivo FAT-32, os principais sistemas operacionais oferecem sistemas de arquivos desenvolvidos sob medida para se adequarem a algumas funcionalidades específicas do sistema operacional. Exemplos disso são abundantes: o sistema de arquivos NTFS, usado no Windows 10 ou o sistema APFS usado no macOS, tendo esses sistemas de arquivo sido projetados observando não apenas as características dos discos, mas principalmente dos sistemas operacionais nos quais seriam utilizados.