Tipos de PCR

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Nested PCR é uma técnica que reduz a amplificação inespecífica do DNA molde. É realizado por duas PCRs sucessivas: A primeira reação é realizada com iniciadores que cobrem/anelam a sequência adicional flanqueia as duas extremidades da sequência alvo (primers outers). Após a primeira reação, uma segunda reação é realizada nos produtos da primeira PCR com iniciadores que se ligam à sequência alvo e estão dentro da sequência amplificada na primeira PCR. Isso reduz a quantidade de ligação inspecifica porque na segunda reação, a maioria dos amplicons da primeira reação contém apenas a sequência alvo e suas seqüências circundantes. Ou seja, é um procedimento de duas etapas em que o produto da reação inicial é amplificado uma segunda vez com um novo par de primers "internos" que estão nested/aninhados dentro do primeiro fragmento permitindo a amplificação de um produto de PCR mais curto que o primeiro.
Essa reação confere maior especificidade pois como dois conjuntos diferentes de primers são usados, a especificidade é aumentada e a amplificação de contaminantes diminui porque, se o fragmento de PCR errado foi amplificado, a probabilidade de que a região seria amplificada pela segunda vez pelo segundo conjunto de primers é muito baixa.
Assim, o Nested PCR é uma amplificação de PCR muito específica.
Apresenta também alta sensibilidade, ainda mais que a PCR "simples", dependendo do número de ciclos de amplificação usados ​​em cada etapa da PCR. É essa sensibilidade que permite que o PCR aninhado amplifique quantidades muito pequenas de sequência alvo.
Touchdown PCR é outra abordagem utilizada para promover a especificidade através da modificação dos parâmetros de ciclagem da PCR. Nesta técnica, a temperatura de anelamento dos primeiros ciclos é ajustada em alguns graus acima da temperatura de fusão mais alta (Tm) dos primers o que ajuda a desestabilizar a formação de dímeros primários e complexos inespecíficos de primers, como heterodimeros, minimizando assim a amplificação indesejável. Embora evite os dímeros do iniciador e a ligação inespecífica do iniciador, as temperaturas de anelamento mais altas podem resultar em menor rendimento de PCR devido ao aumento da dissociação dos primers do alvo pretendido. Para superar isso, a temperatura de anelamento é frequentemente reduzida a cada ciclo dos poucos ciclos iniciais para produzir um rendimento suficiente da amplificação desejada. Quando a temperatura de anelamento atinge, ou "toca", na temperatura ideal, ela é mantida durante os ciclos restantes para o anelamento do primer. Desta maneira, os produtos de PCR desejados são aumentados seletivamente com pouca ou nenhuma amplificação de alvos não específicos ao longo da PCR. Ou seja, as altas temperaturas irão gerar uma maior especificidade para o anelamento dos primers e a diminuição gradativa da temperatura irá permitir uma amplificação mais eficiente, pois irá facilitar o mantimento da ligação entre os primers e as sequências alvo formadas nos ciclos iniciais. 
Hot start PCR é comumente usada para aumentar a especificidade na amplificação da PCR. Tal método de PCR emprega um modificador enzimático, tal como um anticorpo, um aptâmero ou uma modificação química para inibir a atividade da DNA polimerase à temperatura ambiente. Esta modificação evita a amplificação inespecífica devido à ligação dos primers às sequências molde com baixa homologia e aos primers que se ligam (dímeros) durante a configuração da reação. Como a atividade da polimerase de DNA é bloqueada à temperatura ambiente, a estratégia permite a conveniência de configurar várias reações à temperatura sem comprometer significativamente a especificidade e a amplificação.
Depois que as reações são configuradas, a DNA polimerase é ativada em uma etapa inicial de aquecimento ou "partida a quente", na qual o modificador enzimático/anticorpo é liberado a uma temperatura alta (geralmente acima de 90 ° C). 
Atividade A-Overgang da Taq Polimerase A cauda A é adicionada pela Taq polimerase à extremidade 3' de uma molécula de DNA “blunt” e de fita dupla, geralmente um produto de PCR. A cauda é tipicamente feita para preparar um produto de PCR para clonagem em um vetor T que possui uma saliência em T para emparelhar com a cauda A, substituindo o uso de enzimas de restrição e permitindo que os produtos de PCR sejam usados ​​diretamente sem modificação.
Dessa forma, a Taq é usada por sua propriedade especial de possuir atividade de transferase terminal. Na presença dos quatro dNTPs, o dA é adicionado preferencialmente à extremidade 3' da molécula de DNA. Normalmente, um único nucleotídeo (dA) é adicionado para que uma saliência A possa emparelhar com a saliência T. Portanto, o comprimento tem apenas um nucleotídeo.