Vamos analisar a frase: “Não sei ______ ele se atrasou, mas sei o ________ está aqui.” 1. Na primeira lacuna, temos uma pergunta indireta: "Não sei por que ele se atrasou" (equivale a "não sei a razão pela qual ele se atrasou"). Nesse caso, usa-se "por que" separado e sem acento. 2. Na segunda lacuna, temos "sei o ________ está aqui", que equivale a "sei o motivo" ou "sei a razão". Aqui, "porquê" é um substantivo e deve ser usado com acento e junto. Portanto, a forma correta é: “Não sei por que ele se atrasou, mas sei o porquê está aqui.” A alternativa correta é a D) por que – porquê.