Atualmente, o tratamento biológico é o mais eficiente para a remoção da matéria orgânica dos esgotos, pois o próprio efluente possui uma grande variedade de bactérias e nutrientes necessários para compor as culturas microbianas mistas que processam os poluentes orgânicos. Mas o uso dessa técnica de tratamento requer o controle da vazão, a recirculação dos microrganismos decantados, o fornecimento de oxigênio, entre outras coisas. Além disso, os fatores que mais podem afetar essa técnica são as temperaturas, a disponibilidade de nutrientes, o pH, a presença de elementos tóxicos, a insolação e o fornecimento de oxigênio.