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A principal diferença em relação à imunofluorescência direta é a necessidade de um anticorpo secundário marcado com fluorocromo. Na imunofluorescência indireta, um anticorpo primário se liga ao antígeno, e um anticorpo secundário, que é marcado com fluorocromo, se liga ao anticorpo primário, amplificando a sinalização.
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