Vamos analisar cada uma das opções apresentadas: Opção A: A Certidão de Regularidade (CR) e o Registro de Responsabilidade Técnica (RRT) são expedidos pelos CFF. - Esta afirmação está incorreta, pois esses documentos são expedidos pelos Conselhos Regionais de Farmácia (CRF) e não pelo Conselho Federal de Farmácia (CFF). Opção B: A AE é obrigatória apenas para estabelecimentos que realizam atividades com substâncias/medicamentos sujeitos ao regime especial de controle da Portaria SVS/MS 344/1998. - Esta opção é parcialmente correta, mas a AE (Autorização de Funcionamento) é necessária para diversos tipos de estabelecimentos, não apenas os que lidam com substâncias controladas. Opção C: Os Procedimentos Operacionais Padrão (POPs), o Manual de Boas Práticas (MBP) e o Plano de Gerenciamento de Resíduos de Serviços de Saúde (PGRSS) não fazem parte da documentação fiscalizada pela Anvisa. - Esta afirmação é falsa, pois esses documentos são, sim, parte da documentação que a Anvisa fiscaliza. Opção D: A Licença de Funcionamento é um documento expedido pela Anvisa. - Esta opção é incorreta, pois a Licença de Funcionamento é expedida pela Vigilância Sanitária local, não diretamente pela Anvisa. Opção E: A AFE é emitida pela Vigilância Sanitária. - Esta opção está correta, pois a Autorização de Funcionamento de Estabelecimento (AFE) é realmente emitida pela Vigilância Sanitária. Portanto, a alternativa correta é: E.