A característica intrínseca das moléculas de ácidos nucleicos que afeta sua mobilidade eletroforética em um campo elétrico é a presença de cargas negativas, que se deve ao grupo fosfato na estrutura da molécula. Essa carga negativa faz com que os ácidos nucleicos se movam em direção ao polo positivo quando submetidos a um campo elétrico. A mobilidade eletroforética é, portanto, influenciada principalmente pelo tamanho e pela forma da molécula, já que moléculas maiores ou mais complexas encontram mais resistência ao se moverem através do gel ou do meio em que estão sendo analisadas.