A grande vantagem do RNA-seq é que ele permite a análise da expressão gênica sem a necessidade de um genoma de referência previamente conhecido. Isso significa que é possível identificar e quantificar transcritos em organismos cujos genomas ainda não foram sequenciados ou anotados. Além disso, o RNA-seq pode detectar variantes de splicing, transcritos não anotados e até mesmo novas moléculas de RNA, como microRNAs e lncRNAs, proporcionando uma visão abrangente do transcriptoma. Essa flexibilidade torna o RNA-seq uma ferramenta poderosa em estudos de biologia molecular e genética.