A microscopia de luz utiliza luz visível para iluminar a amostra e permite observar estruturas celulares em resolução limitada, geralmente até 200 nanômetros. Já a microscopia eletrônica utiliza feixes de elétrons, o que possibilita uma resolução muito maior, chegando até 0,1 nanômetros. Isso permite visualizar detalhes muito menores, como organelas celulares e até moléculas. Além disso, a preparação das amostras para microscopia eletrônica é mais complexa e pode exigir a desidratação e a metalização da amostra.