O par de proteínas que sofreu evolução compatível com o modelo da convergência evolutiva é a subtilisina e a quimotripsina. Apesar de possuírem estruturas primárias e terciárias diferentes, elas apresentam sítios ativos essencialmente idênticos. Isso sugere que essas enzimas evoluíram independentemente para desempenhar a mesma função de digestão de proteínas. Já a lactalbumina-alfa e a lisozima possuem estruturas primárias semelhantes, mas desempenham funções diferentes, o que indica uma evolução divergente, onde as proteínas se diferenciaram ao longo do tempo para desempenhar funções distintas.