Aula Prática

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AULA PRÁTICA 1 - QUÍMICA FARMACÊUTICA MEDICINAL
Visualização Molecular e Acoplamento (Docking) em Receptores
Tema: Modelagem Molecular e Interação Fármaco-Receptor usando Ferramentas Online
Objetivos:
· Explorar ferramentas digitais para visualização de estruturas moleculares de fármacos.
· Compreender conceitos de interação ligante-receptor (forças intermoleculares, ajuste estérico e eletrônico).
· Realizar simulações simples de acoplamento (docking) para analisar afinidade.
Pré-requisitos teóricos:
· Conceitos de farmacóforo, relação estrutura-atividade (SAR) e ligação molecular.
· Noções de bioisosterismo e interação química com receptores (ligações de hidrogênio, forças de Van der Waals, interações hidrofóbicas).
Ferramentas Online Indicadas:
· PubChem (https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov) → Busca e download de estruturas 2D/3D de fármacos.
· SwissDock (http://www.swissdock.ch/) → Simulação de docking online (gratuita).
· MolView (https://molview.org) → Visualização interativa 3D e análise de moléculas.
· Protein Data Bank (PDB) (https://www.rcsb.org) → Obtenção de estruturas de proteínas e receptores.
Materiais Necessários:
· Laboratório de informática com acesso à internet.
· Computadores com navegadores atualizados.
· Papel para anotações.
· Roteiro impresso ou digital.
Procedimento:
Parte 1 – Busca e Visualização de Estruturas Moleculares
1. Acessar PubChem e pesquisar três fármacos (ex.: Ibuprofeno, Losartana, Paracetamol).
2. Baixar as estruturas 3D (formato .sdf ou .mol) ou usar PubChem code.
3. Abrir as estruturas no MolView e analisar:
· Grupos funcionais.
· Geometria molecular e regiões polares/apolares.
Parte 2 – Obtenção do Receptor Alvo
1. Escolher um receptor (ex.: COX-1, COX-2 ou Receptor Beta-Adrenérgico) e buscar no Protein Data Bank.
2. Baixar a estrutura do receptor (formato .pdb) ou usar PDB code.
Parte 3 – Simulação de Acoplamento (Docking)
1. Acessar SwissDock.
2. Fazer upload do ligante (fármaco) e do receptor (.pdb).
3. Iniciar a simulação e aguardar os resultados.
4. Analisar:
Posição de ligação (site ativo).
Energia de interação (ΔG ou valor de afinidade).
Tipos de interações predominantes (hidrogênio, hidrofóbica).
Resultados Esperados:
· Visualização da orientação espacial do fármaco no sítio ativo do receptor.
· Identificação das interações que justificam a afinidade.
· Discussão sobre como modificações estruturais podem alterar a ligação (bioisosterismo).
RELATÓRIO DE AULA PRÁTICA
Aluno:_____________________________________________________________________
1. Descreva a ação farmacológica e apresente a imagem (print) da estrutura escolhida no PubChem.
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Figura 1 – Estrutura 2D e 3D da substância XXXXXXXXX. 
2. Descreva e apresente a imagem (print) do receptor escolhido no PDB.
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Figura 2 – Estrutura 3D do receptor XXXXXXXXX. 
3. Apresente o resultado do docking (energia de ligação, interações) e faça uma pesquisa sobre relação estrutura-atividade (SAR).
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