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BRUNA STEPHANI DE PAULA MARCELO ARAÚJO JUNQUEIRA FERRAZ INTELIGÊNCIA ARTIFICIAL APLICADA AO MELHORAMENTO VEGETAL LAVRAS MG 2024 BRUNA STEPHANI DE PAULA MARCELO ARAÚJO JUNQUEIRA FERRAZ INTELIGÊNCIA ARTIFICIAL APLICADA AO MELHORAMENTO VEGETAL Trabalho apresentado à Universidade Federal de Lavras, como parte das exigências da Disciplina de Fenômica de Pós Graduação em Genética e Melhoramento de Plantas. LAVRAS MG 2024 Sumário 1. Introdução.................................................................................................................. 4 2. Algoritmos de aprendizado de máquina e aprendizado profundo ............................. 6 3. Inteligência Artificial na Agricultura ........................................................................ 9 4. Inteligência Artificial no Melhoramento de Plantas ............................................... 10 5. Fenotipagem de alto rendimento assistida por inteligência artificial ...................... 12 Referências ..................................................................................................................... 13 Resumo Avanços em tecnologias de geração de imagens automatizadas e de alto rendimento resultaram em uma enxurrada de imagens de alta resolução e dados de sensores de plantas. No entanto, extrair padrões e características desse grande corpus de dados requer o uso de ferramentas de inteligência artificial (IA) para permitir a assimilação de dados e a identificação de características para fenotipagem. Aproveitar tecnologias de ponta para aumentar a produtividade das culturas é uma meta fundamental no melhoramento moderno de plantas. Em várias facetas do melhoramento, as ferramentas de IA simplificam a coleta de dados, análise da variabilidade genética dentro de bancos de germoplasma, automatização das etapas no monitoramento e redução da lacuna genótipo- fenótipo para o progresso no melhoramento vegetal. Isso auxiliará o desenvolvimento de cultivares adaptadas aos ambientes futuros projetados. Além disso, as ferramentas de IA também podem contribuir com o refinamento das características agronômicas, melhorando a precisão dos experimentos e analisando os efeitos potenciais das variantes genéticas nos fenótipos das plantas. Alavancar o melhoramento de precisão habilitado por IA pode aumentar a eficiência dos programas de melhoramento e promete otimizar os sistemas de cultivo. 1. Introdução A inteligência artificial (IA) começou na década de 1950 como uma investigação sobre a natureza da inteligência humana, utilizando computadores como uma ferramenta para simular e demonstrar inteligência, para proporcionar um meio de investiga-la com o máximo de detalhes (Simon, 1995). A partir disso a IA cresceu e atualmente é um ramo da ciência da computação que se refere à capacidade de replicar a inteligência humana em máquinas por meio do emprego de algoritmos de aprendizado de máquina e profundo, que se assemelham à processos cognitivos e neurobiologia humana, incluindo aprendizagem e resolução de problemas (Oliveira e Silva, 2023). Neste sentido a IA vem revolucionando a indústria e está presente em várias áreas executando tarefas como diagnósticos precisos na área da saúde, identificando fraudes em banco e “bots” de conversação no atendimento ao cliente (Muthukrishnan et al., 2020). As tecnologias IoT, big data e computação em nuvem serviram de suporte para a implementação de técnicas de IA, como a visão computacional, aprendizado de máquina e profundo, processamento de imagens e outros métodos de ponta para enfrentar os desafios agrícolas. Estas tecnologias de IA podem agora ajudar os agricultores na monitorização em tempo real de vários itens obtidos nas suas explorações, como o clima, a temperatura, a utilização da água ou as condições do solo, para informar melhor as suas decisões (Javaid et al., 2023). A inteligência artificial possui várias subáreas, dentre elas destaca-se o aprendizado de máquina que se fundamenta no reconhecimento de padrões e na exploração da relação existente entre um conjunto de dados (Rebala; Ravi; Churiwala, 2019). E pode apresentar duas principais categorias, o aprendizado supervisionado e não supervisionado (Quadro 1). Quadro 1 – Descrição do aprendizado de máquina supervisionado e não supervisionado. Aprendizado supervisionado Aprendizado não supervisionado No aprendizado supervisionado, os algoritmos usam conjuntos de dados, nos quais tanto a entrada quanto a saída desejada estão disponíveis. Portanto, esse tipo de algoritmo só pode ser empregado em cenários em que dados rotulados suficientes estejam disponíveis para serem explorados. Os algoritmos de aprendizado não supervisionado também exigem que os dados estejam disponíveis para treinamento, que, no entanto, não incluem saída rotulada. Portanto, nesse tipo de aprendizado, o agrupamento ou descoberta de padrões é realizado nos dados disponíveis. Fonte: Shah; Patel; Bharti (2020). No aprendizado de máquina, duas abordagens superam os algoritmos tradicionais: aprendizado conjunto e aprendizado profundo. O primeiro refere-se a métodos que integram vários modelos básicos na mesma estrutura para obter um modelo mais forte que os supere. Por outro lado, os modelos baseados em aprendizagem profunda melhoraram a precisão preditiva da aprendizagem automática numa vasta gama de domínios. Apesar da diversidade de arquiteturas de aprendizado profundo e de sua capacidade de lidar com problemas complexos e de extrair recursos automaticamente, o principal desafio é o processo de treinamento de modelos que requer um esforço enorme para ajuste de hiperparâmetros ideais por meio de testes extensivos. Além disso, treinar redes neurais profundas mais complexas aumenta a chance de overfitting (Mohammed e Kora, 2023). As técnicas de aprendizagem profunda podem escalar e lidar com problemas complexos e oferecer uma extração automática de recursos de dados não estruturados (Kamilaris e Prenafeta-Boldu, 2018). Além disso, os métodos de aprendizagem profunda contêm vários tipos de arquiteturas de rede para diferentes tarefas, como redes neurais feed forward (Bebis e Georgiopoulos, 1994), redes neurais convolucionais (Collobert e Weston, 2008), redes neurais recorrentes (Yu et al., 2019). Nos últimos anos, as arquiteturas de aprendizagem profunda têm demonstrado grande sucesso em quase todos os desafios relacionados ao aprendizado de máquina em diferentes áreas, como visão computacional, reconhecimento facial, detecção de objetos, classificação de imagens e processamento de linguagem natural (Mohammed e Kora, 2023). Modelos de redes neurais profundas são métodos não lineares que aprendem por meio de um algoritmo de treinamento estocástico. Isso significa que é altamente flexível, capaz de aprender as relações complexas entre variáveis e aproximar qualquer função de mapeamento (Coulibaly et al., 2022). A detecção de objetos é um método de visão computacional que envolve a identificação e localização de objetos em imagens ou vídeos. O objetivo principal é detectar com precisão a existência, localização e dimensões dos objetos em uma imagem ou vídeo e rotulá-los com um rótulo de classe apropriado. Os modelos de detecção de objetos utilizam uma variedade de algoritmos e arquiteturas de aprendizagem profunda para detectar e classificar objetos em cenários do mundo real (Sirisha et al., 2023). Esses modelos utilizam múltiplas camadas de unidades de processamento para extrair recursos complexos dos dados de entrada, o que os torna eficientes para tarefas de detecçãode objetos. Treinar um modelo de aprendizado profundo para detecção de objetos envolve fornecer ao modelo um grande conjunto de dados de imagens ou vídeos rotulados, com cada objeto rotulado por classe e coordenadas de caixa delimitadora (Sirisha et al., 2023). Os recentes avanços nas tecnologias de comunicação com o surgimento de objetos conectados mudaram a área agrícola. Nesta nova era digital, o desenvolvimento da inteligência artificial, particularmente da aprendizagem profunda, tem permitido acelerar e melhorar o processamento dos dados recolhidos. 2. Algoritmos de aprendizado de máquina e aprendizado profundo Os algoritmos não paramétricos de aprendizado de máquina são utilizados em vários estudos para modelar classes complexas por meio de variáveis preditoras derivadas de séries temporais de dados de sensoriamento remoto, os quais produzem maior precisão em comparação com classificadores paramétricos tradicionais (Li et al., 2021), dentre esses algorotimos podemos citar: Random Forest, Support Vector Machine, eXtremeGradient Boosting e Redes neurais artificiais (RNAs). O algoritmo Random Forest, foi proposto por Breiman (2001) e é baseado em árvores de decisão com uma abordagem iterativa de regras, sua saída é determinada pela votação da maioria das árvores garantindo uma convergência na classificação, utiliza um conjunto de árvores para minimizar o sobreajuste, e fornece a análise importância das variáveis. Além disso, requer pouca ou rara intervenção manual, simplificando o processo (Hatwell et al., 2020). Quando comparados com técnicas de regressão como a tradicional regressão linear são modelos mais precisos e destinados a solucionar problemas com interações complexas como estimar parâmetros agronômicos importantes em uma variedade de culturas (Feng et al., 2020; Garcia et al., 2020; Luo et al., 2021; Rodriguez- Puerta et al., 2020). Por esses motivos, este algoritmo vem sendo amplamente utilizado para classificação com dados de sensoriamento remoto e resulta em altas acurácias para classificação. O Support Vector Machine, proposto por Cortes e Vapnik (1995), é um algoritmo não paramétrico supervisionado que encontra hiperplanos no espaço dos recursos multidimensionais para separar as classes.Possui uma capacidade de treinamento eficiente para banco de dados pequenos e fornece melhor precisão na classificação em comparação com métodos paramétricos convencionais como Maximum Likelihood Estimation (Khatami et al., 2016), entetanto possui algumas limitações em relação a seleção de parâmetros, tempo de treinamento para conjunto de dados grandes e não balanceado. Outro importante algoritmo é o eXtreme Gradient Boosting proposto em 2016 pelos pesquisadores por Chen e Guestrin. Esse algoritmo é considerado um avançado método de classificação, combinando vários conjuntos de árvores de decisão que atuam em comparação a fim de otimizar o aprendizado. Este algoritmo apresenta árvores mais eficientes, minimixa erros e por isso, é considerado robusto ao ruído e desequilibrio de classe, em comparação ao Random Forest (Zhang et al., 2019). As RNAs são modelos que funcionam como uma uma rede de neurônios biológicos, capazes de processar uma grande quantidade de dados utilizando aprendizado autônomo (Haykin, 2009). Comparadas com abordagens estatísticas, este algoritmo têm a vantagem de não requererem pressupostos prévios sobre o modelo, o que permite sua adaptação aos mais diversos problemas (Rosado et al., 2022). Por esta razão os modelos de redes neurais artificiais vendo sendo utilizadas em programas de melhoramento genético de plantas para prever os valores genéticos (Rosado et al., 2020). Nos últimos anos, as Redes Neurais Convolucionais (CNNs) mostraram utilidade em uma grande variedade de aplicações de processamento de linguagem natural e visão computacional, incluindo segmentação e classificação de imagens, e muitas vezes superaram técnicas de última geração. O HTP depende fortemente da fenotipagem não destrutiva baseada em imagens (Choudhury et al. 2019). CNN pode ser considerado o melhor modelo de última geração para tarefas de classificação (Lecun et al. 2015). Ele pode atingir maior precisão mesmo em conjuntos de dados menores. Isso se deve ao fato de que ele é capaz de extração automática de características relevantes por operação de convolução após o treinamento em vez de características artesanais. A tarefa de classificação de imagem na fenotipagem de plantas varia de classificação de características (aresta, pontas de raiz, ponta de folha, espiga), detecção de estágio de crescimento, classificação de genótipo até classificação de várias doenças. Características determinantes de rendimento da cultura que são localizadas na natureza incluem número de espigas, espiguetas, número de espigas e frutos são de importância central para a tarefa de fenotipagem. A localização de características de órgãos vegetais específicos pode ser alcançada por técnicas de visão computacional e processamento de imagem que lidam com a detecção de instâncias de objetos semânticos alvo, prevendo coordenadas ou regiões de objetos de interesse com base em conjunto de dados de treinamento anotados (Arya et al., 2022). Algoritmos populares de localização de características são you-only-look-once (YOLO) (Redmon et al., 2016), detector de disparo único (SSD) (Liu et al. 2016), convolucionais baseadas em regiões (R-CNN) (Girshick et al., 2014) e Faster R-CNN que é um aprimoramento sobre a R-CNN que substitui o método de busca seletiva por uma rede para a geração de propostas de regiões (Ren et al., 2017). A família YOLO e a estrutura SSD são modelos de um estágio, o que os torna mais rápidos, mas com uma desvantagem adicional de que sofrem com desequilíbrios extremos no número de objetos detectados, bem como muitas vezes evitam a detecção de pequenos objetos-alvo. No entanto, as redes do tipo codificador-decodificador CNN (R- CNN) baseadas em região usam camadas de proposta de região que produzem várias regiões que são submetidas à classificação para detecção de instância, resultando em alta precisão (Zhang et al., 2018). No entanto, o R-CNN tem requisitos de tempo de treinamento e inferência relativamente maiores devido ao processo de propor e classificar milhares de regiões por imagem, o que envolveu várias convoluções. Essa desvantagem foi superada com o desenvolvimento do Faster-RCNN (F-RCNN), que faz apenas uma convolução para proposta de região, tornando-o mais rápido e adequado para aplicação em tempo real, mantendo maior precisão de localização (Gao et al., 2020). 3. Inteligência Artificial na Agricultura Na agricultura, os veículos aéreos não tripulados (UAVs) podem coletar uma quantidade enorme e complexa de dados integrado ao uso de ferramentas de análise de big data e computação em nuvem pode ser utilizado para aumentar a eficiência do processamento de dados, fornecer segurança e escalabilidade de dados e reduzir custos. As técnicas de aprendizado de máquina, baseadas em RNA e de aprendizado profundo têm um futuro promissor na previsão de safras devido à quantidade de dados de fontes variadas (Bali e Singla, 2021). Dados de plataformas de sensoriamento remoto podem ser coletados para auxiliar no cultivo. As informações recolhidas podem então ser examinadas através da IA na agricultura, permitindo aos agricultores tomar decisões mais informadas (Javaid et al., 2023). Os algoritmos fazem o reconhecimento de padrões utilizando dados de atributos morfológicos da cultura do milho, podendo realizar a classificação automática de grãos, produtividade de grãos, identificação de pragas e doenças, reconhecimento de deficiências nutricionais e o desenvolvimento de mapas de manejo na lavoura (Pinto et al., 2022). O desenvolvimento de modelos e a simulação dinâmica das características biofísicas dasculturas estão sendo amplamente aceitas para a pesquisa agrícola e acadêmica, justamente por ser uma forma contrária às abordagens puramente estatísticas. Dentre as vantagens da utilização de modelos, destacam-se a economia de tempo, trabalho e quantidade de recursos para o planejamento e tomada de decisões no setor agrícola (Yang et al., 2021). Na agricultura, o tradicional reconhecimento e identificação de problemas e principalmente de doenças é demorado e frequentemente apresentam observações ambíguas. As redes neurais utilizam visão computacional cujo objetivo principal é permitir que uma máquina analise, processe e compreenda uma ou várias imagens capturadas a partir de um sistema de aquisição de dados. Neste contexto, estudos demonstram o potencial de algoritmos baseados em aprendizado profundo para a contagem, localização ou reconhecimento automático de objetos como um sistema de detecção de plantas daninhas (Ruigrok et al., 2020), uso de rede neural convolucional para identificação de doenças a partir de imagens aéreas (Chin; Catal; Kassahun, 2023), classificação de doenças foliares baseado em aprendizado profundo e fenotipagem de plantas (Pavithra; Kalpana; Vvigneswaran, 2023). 4. Inteligência Artificial no Melhoramento de Plantas O melhoramento de plantas, é composto por pré melhoramento e melhoramento. No pré-melhoramento ocorre caracterização e conservação dos recursos genéticos e exploração da variabilidade disponível, e atualmente pode-se utilizar IA para predizer o desempenho de germoplasmas em diferentes em ambientes alvo, tendo em vista a grande quantidade de acessos disponíveis nos germoplasmas (Farooq et al., 2024). A etapa de melhoramento (hibridação) pode ser dividida em três fases: a inicial, que envolve a obtenção de população segregantes, a partir da escolha dos genitores e realização dos cruzamentos; a intermediária, onde ocorre o avanço das populações segregantes e seleção ao longo das gerações; e a fase final dedicada a avaliação e recomendação de cultivares, considerando a interação genótipos x ambientes, estratificação ambiental e análises de adaptabilidade e estabilidade. Esses processos frequentemente demandam altos investimentos financeiros e considerável esforço humano. No entanto, os programas de melhoramento têm avançado significativamente ao longo dos anos, impulsionados pelo desenvolvimento de novas técnicas de genotipagem, fenotipagem e biologia molecular. A adoção de fenotipagem de alto rendimento, genômica preditiva e modelagens de resposta ao ambiente pode contribuir significativamente para o sucesso dos programas de melhoramento. Uma vez que a eficiência no processo de seleção está associada aos ganhos genéticos obtidos para as variáveis de interesse, explorando-se a variabilidade genética das populações (Volpato, 2016). Essas técnicas permitem reduzir o tempo do programa, realizar avaliações em larga escala, diminuir a subjetividade e aumentar a acurácia dos dados. Nos últimos anos ocorreu um avanço acelerado de muitas áreas correlacionadas com o melhoramento genético de plantas, como fenômica, genômica, proteômica, metabolômica e transcriptômica, e assim introduzindo o melhoramento de plantas para a era da inteligência artificial, devido a sua capacidade de análise de grande volume de dados e reconhecimento de padrões. Neste contexto, quando essas tecnologias são utilizadas em conjunto elas podem acelerar o desenvolvimento de variedades de culturas com maior potencial de rendimento e estabilidade, resilientes ao clima, além de tolerância, resistência e resiliência a estresses abióticos e bióticos previstos e simultâneos. Sendo assim, tais abordagens permitem alcançar maiores ganhos em menos tempo (Harfouche et al., 2019), e desenvolver cultivares mais preparadas para enfrentar os desafios da segurança alimentar, mudanças climáticas e agricultura sustentável. A seleção genômica transformou o melhoramento de plantas ao possibilitar a predição dos valores genéticos a partir de dados genômicos, além disso ela aumenta a precisão da seleção, reduz os custos da validação experimental dos candidatos à seleção e diminui o tempo necessário para tomada de decisão de seleção (Crossa et al., 2024). No entanto, medir com precisão o valor genético a longo prazo ainda representa um desafio (Eftekhari; Ma; Orlov, 2024). A IA tem diversas aplicações na genômica vegetal, como a identificação de elementos regulatórios cis, genes codificadores de proteínas e interações entre proteínas. Além disso, é utilizada na predição de fenótipos de plantas, vias metabólicas e na predição genômica, por meio de ferramentas e algoritmos de aprendizado de máquina (Mahood; Kruse; Moghe, 2020). Estudos recentes indicam que, com dados genotípicos e fenotípicos suficientes, modelos de aprendizado de máquina podem identificar correlações entre genes e características, utilizando representações estruturadas de informações interconectadas que tornam os dados complexos mais fáceis de entender. Para uma população de melhoramento específica, os genes-alvo podem ser organizados em um painel, permitindo que os algoritmos de aprendizado de máquina aprendam o padrão ideal de combinações alélicas. Assim, o modelo auxilia na seleção de materiais com haplótipos desejados, promovendo a melhoria simultânea de diversas características (Cheng e Wang, 2024). Assim como a genômica, a fenômica também vem revolucionando o melhoramento de plantas, através das técnicas de fenotipagem de alto rendimento, as quais envolvem o uso de dados digitais adquiridos em condições de laboratório, casa de vegetação ou campo, neste sentido a IA utiliza as imagens digitais para identificar características específicas para reconhecer objetos, alvos, ou extrair resultados por meio da classificação de dados e prever tendências (Sun et al., 2024). O uso da fenotipagem de alto rendimento assistida por IA vem sendo utilizada com diferentes objetivos, como predição de biomassa e área foliar em trigo (Singh, et al., 2023), classificação de acamamento em soja (Sarkar et al., 2023) ou classificação de doença foliar (Ullah et al., 2024). De maneira geral, as técnicas de IA, aprendizado de máquina e aprendizado profundo oferecem oportunidades inovadoras, que vão desde a análise de dados complexos das “ômicas” até a automação da avaliação de características fenotípicas e a detecção de doenças (Eftekhari; Ma; Orlov, 2024). 5. Fenotipagem de alto rendimento assistida por inteligência artificial Atualmente, grande parte do que é considerado fenotipagem de alto rendimento é baseado em sensoriamento remoto. O sensoriamento remoto se refere à obtenção de informações à distância sobre a superfície terrestre, utilizando sensores embarcados em um UAV ou satélites. Os dados são obtidos por sensores capazes de mensurar a reflexão e emissão da energia eletromagnética, está baseada na interação da radiação eletromagnética incidente com diferentes alvos na superfície da terra (Queiroz et al., 2020). Essas medidas são originadas do espectro refletido, que abrange a região do visível (0.4 – 0.7 µm), infravermelho próximo (0.7 – 1.3 µm) e infravermelho de ondas curtas (1.3 – 2.5 µm) (Queiroz et al., 2022). Os dispositivos mais utilizados englobam sensores de fluorescência, térmicos, multiespectrais, hiperespectrais e RGB (Araus e Cairns, 2018). A escolha do sensor depende do objetivo da sua utilização, dos recursos disponíveis e cada um possui vantagens e desvantagens específicas. As imagens RGB são amplamente empregadas para medir biomassa, crescimento de plantas e características morfológicas (Yang et al., 2014), além de serem as mais econômicas. No entanto, essas imagens têm bandas mais estáveis e menos informativas, não fornecendo informações fisiológicas, ao contrário das imagens fluorescentes, que têm a capacidade de refletir sinais fisiológicos,como a função fotossintética (Fichman et al., 2019). Por outro lado, as imagens térmicas envolvem o processo de converter a radiação infravermelha (calor) em imagens visíveis, representando a distribuição das diferenças de temperatura (Havens e Sharp, 2016). Esse método permite obter diversas temperaturas da planta, porém é influenciado pelas condições ambientais. Já as imagens hiperespectrais, embora mais caras devido ao sensor, fornecem informações espectrais abundantes. Apesar das limitações no processamento devido ao tamanho dos arquivos de dados obtidos, essas imagens são amplamente utilizadas para identificação de doenças, estresse hídrico, entre outros (Mahlein et al., 2018). As diferentes respostas das plantas aos eventos fenológicos são identificadas através da reflectância eletromagnética e os índices de vegetação permitem essa avaliação. A correlação entre os índices de vegetação e os parâmetros agronômicos é positiva e, se houver correlação, é possível realizar a estimativa, principalmente da produtividade da cultura (Giondo et al., 2020). As características quantitativas das culturas variam espacialmente e temporalmente com o crescimento da vegetação, sendo importante a avaliação do ciclo. A partir das imagens coletadas, são extraídas informações de interesse, como altura de planta (Malambo et al., 2018), porcentagem de acamamento (Wilke et al., 2019) volume de dossel (Liu et al., 2024), data de maturação (Volpato et al., 2021) ou utilizar os índices de vegetação a fim de identificar alvos de interesse, como solo exposto (Louhaichi et al., 2001), ou incidência de doença no campo (Yu et al., 2021). A ampla variabilidade de imagens de plantas obtidas por sensores diversos, com diferentes objetivos, representa um desafio para a aplicação de técnicas específicas de aprendizado de máquina. Por esta razão, os fluxos de trabalho para identificação de características têm se tornado cada vez mais dependentes de ferramentas de aprendizado profundo (Farooq et al., 2024), neste sentido diversos algoritmos de aprendizado profundo têm sido utilizados para avaliar características essenciais de culturas. Como por exemplo detecção de doença (Mohanty; Hughes; Salathé, 2016; Ullah et al., 2023), reconhecimento de plântulas de diferentes variedades em trigo (Feng et al., 2024), avaliação de vitalidade de sementes de algodão (Li; Zhou; Zhang, 2023), avaliação de acamamento em trigo (Li et al., 2022). Referências ARAUS, J. L.; CAIRNS, J. E. Field high-throughput phenotyping: the new crop breeding frontier. Trends in Plant Science, v. 19, n. 1, p. 52–61, 2018. ARYA, S.; SANDHU, K. S.; SINGH, J.; KUMAR, S. Deep learning: as the new frontier in high-throughput plant phenotyping. Euphytica, v. 218, n. 4, 18 mar. 2022. 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