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Os avanços na microscopia também tiveram um impacto profundo no pensamento biológico. No início do século XIX, vários biólogos apontaram para a importância central da célula. Então, em 1838, Schleiden e Schwann começaram a promover as ideias agora universais que compõe a teoria celular, mas cujos três princípios só obtiveram ampla aprovação da comunidade científica em 1860, graças ao trabalho de Robert Remak e Rudolf Virchow.[22][23] Enquanto isso, a taxonomia e a classificação se tornaram o foco dos historiadores naturais. Lineu publicou uma taxonomia básica para o mundo natural em 1735 (variações da qual têm estado em uso desde então), e na década de 1750 introduziu nomes científicos para todas as suas espécies.[24] Embora ele se opusesse à evolução, Georges-Louis Leclerc, conde de Buffon sugeriu a possibilidade de uma descendência comum dentre as espécies e portanto é visto como uma figura chave na história do pensamento evolutivo; seu trabalho influenciou as teorias evolutivas de Lamarck e Darwin.[24] O pensamento evolutivo sério originou-se com as obras de Jean-Baptiste Lamarck, que postulou que a evolução era o resultado do estresse ambiental nas propriedades dos animais, significando que quanto mais frequente e rigorosamente um órgão fosse usado, mais complexo e eficiente ele se tornaria, adaptando o animal ao seu ambiente e então seriam passadas para a prole.[25] No entanto, foi o naturalista britânico Charles Darwin que forjou a teoria evolutiva mais bem-sucedida com base na seleção natural, combinando a abordagem biogeográfica de Humboldt, a geologia uniformitarista de Lyell, os escritos de Malthus sobre o crescimento populacional e suas próprias extensas observações naturais; raciocínios e evidências semelhantes levaram Alfred Russel Wallace a chegar independentemente às mesmas conclusões.[26] Embora controversa, a teoria de Darwin se espalhou rapidamente pela comunidade científica e logo se tornou um axioma central da ciência da biologia.