Vamos analisar cada uma das alternativas para encontrar a correta: A) As igrejas protestantes durante a Reforma estabeleceram um index, relação de livros proibidos, que incluía a Bíblia. - Esta afirmação é incorreta, pois o índice de livros proibidos foi uma prática da Igreja Católica, não das igrejas protestantes. B) A Contrarreforma católica estabeleceu o fechamento das instituições escolares para preservar os valores cristãos. - Esta afirmação também é incorreta, pois a Contrarreforma buscou, na verdade, fortalecer a educação católica, criando novas instituições de ensino. C) Lutero era contra a tradução da Bíblia do latim para o alemão, pois acreditava que os fiéis ao lerem a tradução distorceriam o texto sagrado. - Esta afirmação é falsa, pois Lutero foi um defensor da tradução da Bíblia para o alemão, acreditando que todos deveriam ter acesso ao texto sagrado. D) Apesar de suas diferenças, as escolas protestantes e católicas eram próximas em relação à organização hierárquica e às normas disciplinares. - Esta afirmação é parcialmente verdadeira, mas as diferenças entre as duas tradições eram significativas. E) As escolas protestantes e católicas eram completamente diferentes, sobretudo, nas normas disciplinares, pois refletiam seus valores distintos. - Esta afirmação é a mais correta, pois realmente as escolas protestantes e católicas tinham diferenças significativas em suas abordagens educacionais e disciplinares, refletindo seus valores distintos. Portanto, a alternativa correta é: E.