PL7 - Bioquimica Bioinformática

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MICROBIOLOGIA
LICENCICATURAS EM BIOQUÍMICA, BIOTECNOLOGIA, BIOLOGIA, 
BIOENGENHARIA, AGRONOMIA
2024-2025
Diogo Neves Proença, PhD
Professor | Universidade do Algarve
daproenca@ualg.pt
IDENTIFICAÇÃO DE 
BACTÉRIAS POR 
MÉTODOS BIOQUÍMICOS 
E MOLECULARES
TESTES BIOQUÍMICOS – GALERIAS REMEL
Video DEMO Remel Systems: http://www.remel.com/promotions/rapid/Video.aspx
TESTE RapID (Remel) – IDENTIFICAÇÃO: http://www.remel.com/ERIC/IdentificaçãoSingle.aspx
http://www.remel.com/promotions/rapid/Video.aspx
http://www.remel.com/ERIC/IdentificaçãoSingle.aspx
(urease)
(arginine dihydrolase)
(ornithine decarboxylase)
(lysine decarboxylase)
(tryptophanase)
REMEL RapIDTM ONE System
TESTES BIOQUÍMICOS – GALERIAS REMEL
Procedimento
1. No tubo RapID com o diluente (2 mL) prepare a suspensão 
bacteriana, a partir da placa de Petri com a bactéria a identificar. A 
turbidez da suspensão deve ser igual ao valor 2 da escala de 
McFarland.
2. Remova a película superior da galeria (porta de inoculação) 
puxando a aba marcada “Peel to Inoculate” para cima e para a 
esquerda. Com uma pipeta de Pasteur estéril transfira todo o 
conteúdo da suspensão para o canto superior direito do painel. 
Feche novamente a porta de inoculação.
3. Em seguida incline o painel para trás a 45º, longe dos poços de 
reação, em seguida imprima movimentos da esquerda para a 
direita, de modo a distribuir o fluído pela parte de trás da galeria.
4. No mesmo ângulo incline o painel para a frente em direção às 
cavidades de reação até que o inóculo flua ao longo dos feixes para 
as cavidades de reação. Em seguida coloque o painel numa posição 
nivelada.
5. Verifique que não tem poços com bolhas, se for este o caso proceda 
à sua remoção. 
6. Coloque a galeria a incubar a 35-37°C durante 4 horas.
TESTES BIOQUÍMICOS – GALERIAS REMEL
RapIDTM ONE Quadro de Leitura
Após a adição do reagente RapIDTM ONE (kit)
ERIC Web (base de dados para IDENTIFICAÇÃO) - http://www.remel.com/eric/
TESTES BIOQUÍMICOS – GALERIAS REMEL
http://www.remel.com/eric/
Leitura e Identificação dos Testes
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TESTES BIOQUÍMICOS – GALERIAS REMEL
TESTES BIOQUÍMICOS – GALERIAS REMEL
ANÁLISE 
FILOGENÉTICA
http://www.mbio.ncsu.edu/bioedit/bioedit.html
https://bioedit.software.informer.com/7.2/
http://www.megasoftware.net/
Software:
Ferramentas Online:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
https://www.ezbiocloud.net/
SOFTWARE E FERRAMENTAS ONLINE
BIOEDIT – CONSTRUÇÃO DE GENES
Basic Local Alignment Search Tool (BLAST)
EzBioCloud
O QUE FAZER COM A NOVA SEQUÊNCIA
NCBI BLASTNCBI BLAST
NCBI BLASTNCBI BLAST
EZBIOCLOUDEZBIOCLOUD
MEGA 11 – IMPORTAR SEQUÊNCIAS 
DOWNLOAD DE SEQUÊNCIAS
MEGA 11 - ALINHAMENTOMEGA 11 – ALINHAMENTO
% similaridade = (1-X) x 100
MEGA 11 – CONSTRUÇÃO DE MATRIZES
MEGA 11 – CONSTRUÇÃO DE ÁRVORES FILOGENÉTICAS
MEGA 11 – CONSTRUÇÃO DE ÁRVORES FILOGENÉTICAS
ÁRVORES FILOGENÉTICAS
ÁRVORES FILOGENÉTICASÁRVORES FILOGENÉTICAS
Polyphasic approach
Phylogenetic tree of 177 concatenated protein 
sequences belonging to the core genome.
Arboricoccus
Arboricoccus pini B29T1T
M 0.9
1.2 µm
July, 2009
=CIP 110763T =LMG 27745T
Proença et al., 2018
Arboricoccus (Ar.bo.ri.coc’cus. N.L. gen. fem. n. 
arboris, tree trunk; N.L. masc. n. coccus (from Gr. 
masc. n. kokkos, grain, seed), N.L.-masc. N. 
Arboriscoccus coccoid cells from tree trunk).
Arboricoccus pini (pi’ni. N.L. gen. masc. n. pini of 
Pinus, isolated as endophyte of Pinus pinaster tree).
Geminicoccaceae (Ge.mi.ni.coc.ca’ce.a.e. N.L. masc. 
n. Geminicoccus type genus of the family; L. suff. -
aceae, ending to denote a family; N.L. fem. pl. n. 
Geminicoccaceae, the Geminicoccaceae family).
Proença, D.N. et al. (2018) Syst. Appl. Microbiol. 41(2): 94–100. 
NOVA ESPÉCIE, NOVO GÉNERO, NOVA FAMÍLIA
…
TRABALHO? DÚVIDAS? CONCLUSÕES?
• Gene marcador
• Bases de dados
• Árvores filogenéticas e diferentes construções
• Métodos
• Bootstrap
• Distâncias e similaridades
CONCEITOS A RETER
	Diapositivo 1: Microbiologia Licencicaturas em bioquímica, biotecnologia, biologia, bioengenharia, agronomia 2024-2025
	Diapositivo 2: Identificação de bactérias por métodos bioquímicos e moleculares
	Diapositivo 3
	Diapositivo 4
	Diapositivo 5
	Diapositivo 6
	Diapositivo 7
	Diapositivo 8
	Diapositivo 9: Análise filogenética
	Diapositivo 10
	Diapositivo 11
	Diapositivo 12
	Diapositivo 13: NCBI BLAST
	Diapositivo 14: NCBI BLAST
	Diapositivo 15: EZBioCloud
	Diapositivo 16
	Diapositivo 17
	Diapositivo 18: Mega 11 - alinhamento
	Diapositivo 19
	Diapositivo 20
	Diapositivo 21
	Diapositivo 22
	Diapositivo 23: árvores filogenéticas
	Diapositivo 24
	Diapositivo 25
	Diapositivo 26