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23/03/2023, 16:30 Estácio: Alunos https://simulado.estacio.br/alunos/ 1/7 Meus Simulados Teste seu conhecimento acumulado Disc.: BIOINFORMÁTICA Aluno(a): FABIO GOMES DA SILVA 202102139864 Acertos: 10,0 de 10,0 10/03/2023 Acerto: 1,0 / 1,0 Na era pós-moderna, com o advento e a consolidação da revolução robótica no século XX, foi possível aprimorar a criação de tecnologias computacionais nas mais variadas áreas do conhecimento, o que tem provocado profundas mudanças sociais em âmbito individual e coletivo. Nesse cenário, a bioinformática ou biocomputação surge na década de 1980, a �m de superar as fronteiras das ciências pelo desenvolvimento de novas abordagens capazes de promover a análise e a apresentação de dados biológicos, bem como de garantir a investigação de novos métodos para a resolução de complexas perguntas. Fonte: ARAÚJO, N. D.; et al. A era da bioinformática. Estud Biol. 2008 jan/dez;30(70/71/72):143-8. Sobre a bioinformática analise as a�rmativas a seguir: I. A bioinformática é uma disciplina interdisciplinar que combina diferentes disciplinas, com destaque para a Estatística, biologia, química, informática e física. II. A bioinformática possibilitou a interpretação da linguagem dos de genes por algoritmos. III. Atualmente, os programas de computadores estão muito modernos, e é possível realizar todas grandes análises de forma rápida e precisa, como prever a ligação de diferentes átomos em uma molécula. É correto o que se a�rma em: II. III. I e II. I e III. I. Respondido em 10/03/2023 15:46:52 Explicação: Existem diversas ciências envolvidas com a bioinformática, que desfrutam do seu avanço, entretanto as áreas mais intimamente ligadas de acordo com a questão 17 são: Estatística, biologia, química, informática e física. Essa nova ciência permitiu que algoritmos fossem criados auxiliando na interpretação de genes, alinhamentos dos genes, descobrir sequências e funções de genes desconhecidas. No entanto, ainda precisamos de programas de computadores mais avançados, para por exemplo, analisar as dinâmicas moleculares (interação de átomos de diferentes proteínas), mas complexas e mais longas. Acerto: 1,0 / 1,0 Questão1 a Questão 2 a https://simulado.estacio.br/alunos/inicio.asp javascript:voltar(); 23/03/2023, 16:30 Estácio: Alunos https://simulado.estacio.br/alunos/ 2/7 Desde a descoberta da estrutura do DNA e do desenvolvimento da biologia molecular, o homem vem buscando novas alternativas que o auxiliem na busca por maior �uidez nos trabalhos de pesquisa, acelerando a geração de processos e produtos. A bioinformática tem contribuído para avanços na pesquisa básica, mas também na ciência aplicada (....). Fonte: adaptado de ARAÚJO, N. D.; et al. A era da bioinformática. Estud Biol. 2008 jan/dez;30(70/71/72):143-8. A seguir são listadas algumas aplicações da bioinformática. Analise as a�rmativas a seguir: I. Identi�cação de alvos proteicos com potencial para serem modi�cados diretamente pela interação com fármacos. II. A identi�cação de moléculas que poderão atuar como princípio ativo na elaboração de produtos terapêuticos, inibindo ou acelerando certas reações bioquímicas, poderá apresentar efeitos sobre a cura ou a atenuação da doença. III. Proporcionar melhor entendimento dos processos evolutivos e das relações �logenéticas. IV. Ampli�cação do material genético para a veri�cação quantitativa e qualitativa de um determinado DNA em uma amostra biológica. V. Identi�car a expressão gênica durante um tumor, identi�car suas alterações para que genes defeituosos, ausentes ou superativados sejam reconstruídos ou desligados, para garantir o desenvolvimento de medidas terapêuticas ou preventivas contra tumores e agentes infecciosos. Assinale a opção correta. I, II e III. I, II, III e V. Apenas III e IV. Apenas II. Apenas I. Respondido em 10/03/2023 15:47:17 Explicação: A bioinformática é a ciência integra essencialmente o desenvolvimento de programas computacionais para tratar dados biológicos preexistentes e identi�car sequências de genes, predizer a con�guração tridimensional das proteínas, identi�car inibidores enzimáticos, promover o agrupamento de proteínas, estabelecer árvores �logenéticas e analisar experimentos da expressão gênica. No entanto, ela não ampli�ca o DNA para a sua detecção em uma amostra biológica, essa análise é realizada pela reação de polimerase da cadeia, que pode apenas detectar a presença (qualitativa) ou então veri�car a concentração (quantitativa). As demais alternativas estão corretas. Acerto: 1,0 / 1,0 Em 2017 a revista "Nature" publicou o artigo "Physical properties of the HIV-1 capsid from all-atom molecular dynamics simulations" de Perilla & Schulten (2017), onde um supercomputador conseguiu fazer uma simulação de todos os átomos presentes no capsídeo do vírus HIV-1 por 400 nanossegundos, foram cerca de 4 milhões de átomos. Qual técnica da bioinformática permite realizar essa análise? Alinhamento molecular QSAR Dinâmica molecular Ancoramento molecular Modelagem molecular Respondido em 10/03/2023 17:46:57 Questão3 a 23/03/2023, 16:30 Estácio: Alunos https://simulado.estacio.br/alunos/ 3/7 Explicação: A dinâmica molecular é um modelo de ajuste induzido que tenta mimetizar o que acontece no ambiente real. Na dinâmica molecular cada átomo, seja da proteína, do ligante ou da água é levado em consideração para calcular a movimentação de todo o sistema por alguns nano ou milissegundos e entender as movimentações existentes e assim concluir como as interações acontecem. O ancoramento molecular utiliza o modelo chave-fechadura, pois a variável tempo não é levada em consideração. O alinhamento molecular visa identi�car genes que compartilham funções ou determinada ancestralidade, podemos também usar o alinhamento para encontrar proteínas moldes, durante a etapa de modelagem molecular. O QSAR é uma técnica estatística de tratamento de dados a partir de descritores, visa prever a atividade de uma molécula nova contra determinado receptor. Acerto: 1,0 / 1,0 (UFSM, 2006, Biólogo) As temperaturas são essenciais para realização da ampli�cação do DNA por PCR. Associe a segunda coluna com a primeira. 1. de 0°C a 10°C 2. de 35°C a 65°C 3. 72°C 4. 82°C 5. de 90°C a 96°C ( ) Maior probabilidade de alinhamento dos primers com a �ta molde. ( ) Formação de �tas-molde a partir de todos os seguimentos. ( ) Ideal para ação da enzima Taq-DNA-polimerase. ( ) Ideal para extensão dos primers a partir da extremidade 3'. ( ) Estabelecimento de ligações - pontes de hidrogênio, o DNA da amostra e os primers. 5 - 4 - 1 - 5 - 3. 2 - 3 - 1 - 3 - 4. 3 - 4 - 5 - 4 - 2. 2 - 5 - 3 - 3 - 2. 4 - 2 - 3 - 2 - 1. Respondido em 10/03/2023 15:44:53 Explicação: Durante a etapa de desnaturação, a temperatura está entre 90-96°C e a dupla �ta do DNA se separa, por desnaturação, etapa em que ocorre a formação de �tas-molde a partir de todos os seguimentos. O anelamento ocorre entre 35°C a 65°C, quando os primers se anelam na região complementar do molde, esse é o momento de estabelecimento de ligações ¿ pontes de hidrogênio, o DNA da amostra e os primers. Após, a DNA polimerase pode adicionar os nucleotídeos, em 72°C, essa é a temperatura ideal para extensão dos primers a partir da extremidade 3¿. Durante o ciclo do PCR, a faixa entre 0°C a 10°C e as temperaturas de 82°C não são utilizadas. Acerto: 1,0 / 1,0 Questão4 a Questão5 a 23/03/2023, 16:30 Estácio: Alunos https://simulado.estacio.br/alunos/ 4/7 O PubMed é um dos bancos de dados disponíveis no portal do NCBI. A partir dele, podemos buscar por artigos cientí�cos da área biomédica publicados por cientistas em todo o mundo. Caso você queira direcionar a sua busca para obter artigos mais adequados ao seu interesse, o que poderia ser feito? Cadastrar seus dados pro�ssionais e receber uma autorização para acessar a parte restrita do PubMed que permite buscas avançadas. Pagar uma assinatura mensalao PubMed para que ele direcione automaticamente suas buscas de acordo com os critérios que você deseja. Acessar o PubMed por meio de rede de Internet de instituição pública, como universidades ou bibliotecas. Só assim é possível direcionar a busca por artigos. Não existe a possibilidade de direcionar a busca, é necessário avaliar todos os títulos que aparecem como resultado para escolher aqueles mais adequados. Utilizar os �ltros de busca, que incluem ano e tipo de artigo, por exemplo, ou, ainda, optar pela busca avançada. Respondido em 10/03/2023 15:50:16 Explicação: Qualquer usuário pode acessar ao PubMed, via NCBI, e fazer buscas direcionadas usando �ltro ou o modo avançado. Pode acontecer de alguns dos artigos que aparecem como resultados não estejam disponíveis para leitura de todo o conteúdo, mas isso depende da revista em que o artigo foi publicado, e não do PubMed. Acerto: 1,0 / 1,0 Em uma análise utilizando a PCR, Lucas encontrou como resultado a ampli�cação de várias regiões diferentes do DNA das amostras analisadas. O que ele esperava era encontrar apenas uma região ampli�cada, somente nas amostras positivas. Para solucionar o problema, seu chefe sugeriu, então, que ele desenhasse um novo par de primers e prestasse atenção no comprimento em nucleotídeos, para melhorar a especi�cidade. Você diria para Lucas desenhar um novo par de primers com um comprimento maior ou menor que o par de primers que ele havia usado primeiro? Menor, pois assim aumenta a chance dos primers se ligarem somente na região alvo. Menor, dessa forma os primers podem se ligar a diferentes regiões ao longo do genoma. Igual, pois o comprimento não interfere na especi�cidade dos primers. Maior, dessa forma os primers podem se ligar a diferentes regiões ao longo do genoma. Maior, pois assim aumenta a chance dos primers se ligarem somente na região alvo. Respondido em 10/03/2023 15:44:17 Explicação: A especi�cidade de um primer garante que a região copiada seja realmente a que você deseja, e não outra qualquer. No caso exposto, houve ampli�cação de várias sequências não desejadas e, para melhorar a especi�cidade, faz-se necessário aumentar o número de nucleotídeos, pois quanto maior o comprimento de um primer, mais especí�co ele é. Sequências pequenas de primers podem ocorrer aleatoriamente ao longo do DNA, e não somente na região de interesse. Quando você usa mais nucleotídeos, você especí�ca melhor o alvo e permite que ele seja ampli�cado apenas na região desejada. Acerto: 1,0 / 1,0 (Adaptado de UFCE - 2015 - Engenheiro - Área Engenharia de Pesca) A transcritômica ou transcriptômica é a ciência que estuda o transcritoma produzido por determinada célula, tecido ou organismo. Sobre esse tema, é correto a�rmar que: Questão6 a Questão7 a 23/03/2023, 16:30 Estácio: Alunos https://simulado.estacio.br/alunos/ 5/7 A transcriptômica estuda o conjunto de proteínas. Independente de estágio de desenvolvimento, o transcriptoma é o mesmo. Podem haver vários transcriptomas em um único organismo. O transcriptoma é o mesmo em todos tecidos e órgãos. Apesar de sua aplicação em diversos campos da biologia, a transcriptômica não pode ser pesquisada a partir de técnicas de alto desempenho e sequenciamento de nova geração (NGS). Respondido em 10/03/2023 17:47:30 Explicação: O transcriptoma estuda o conjunto de RNAs, que varia de acordo com a condição a qual a célula está exposta, portanto, se estudar diferentes tipos de células o transcriptoma será distinto. Além disso, o transcriptoma depende do estágio de desenvolvimento e em cada indivíduo pode haver vários transcriptomas. O transcriptoma pode ser estudado pelo sequenciamento de nova geração, realizando a pré-etapa de síntese do DNA complementar. Acerto: 1,0 / 1,0 A química de produtos naturais tem empregado novas metodologias com o objetivo de acelerar a descoberta e o isolamento de novos compostos que são originários das plantas e que podem ser empregados com �ns terapêuticos. Entre eles, técnicas de separação associadas às espectrométricas de alto desempenho, assim analisando o extrato bruto de uma planta, ou seja, sem prévio isolamento de um composto único, uma vez que esses estudos são realizados para a obtenção das informações qualitativas e quantitativas acerca da maior quantidade possível de tipos diferentes de constituintes de cada amostra. Esse tipo de estudo emprega qual abordagem ômica? Metabolômica. Lipdômica. Genômica. Transcriptômica. Proteômica. Respondido em 10/03/2023 17:47:44 Explicação: O enunciado aponta que as análises são voltadas para a maior quantidade possível de constituintes da amostra e para o isolamento de novos compostos que são originários das plantas e que podem ser empregados com �ns terapêuticos, ou seja, produtos (metabólitos) derivados do metabolismo. Além disso, cita a espectrometria como metodologia, uma das técnicas empregadas nesse tipo de estudo ômico. As demais abordagens apontadas nas opções são focadas em um determinado tipo de molécula biológica. Acerto: 1,0 / 1,0 Observe o caldograma abaixo: Questão8 a Questão9 a 23/03/2023, 16:30 Estácio: Alunos https://simulado.estacio.br/alunos/ 6/7 Imagem: Leandro Pederneiras A seguir são listadas alguns grupos de espécies. Analise as alternativas que, segundo o cladograma, se refere a um grupo poli�lético. O conjunto de espécies A B C D O conjunto de espécies H I O conjunto de espécies W X Y O conjunto de espécies S T O conjunto de espécies N O P Respondido em 10/03/2023 15:46:11 Explicação: Gabarito: O conjunto de espécies H I Justi�cativa: O grupo poli�lético é um conjunto de táxons que não inclui o ancestral comum de todos os seus membros. Ao analisar as alternativas, aquela que representa um grupo proli�lético, é o conjunto de espécies H I porque possuem origem em linhagens amplamente desconexas. Os conjuntos de espécies listados nas outras alternativas (conjunto de espécies N, O, P; conjunto de espécies W X Y; conjunto de espécies A B C D e o conjunto de espécies S T) apresentam um ancestral comum. Acerto: 1,0 / 1,0 Para compreender o que diz uma árvore �logenética diversas terminologias e conceitos são empregados. A seguir são listados diferentes conceitos sobre a �logenia. Assinale a alternativa que retrata de forma correta um conceito das árvores �logenéticas: Quando queremos apontar um táxon duplicado dentro da árvore �logenética dizemos que existe um grupo irmão. O ponto no qual o grá�co se inicia é denominado clado inferior, onde está a raiz da árvore. Topologia signi�ca o táxon terminal, aqueles nomes que estão inseridos no topo da árvore �logenética. Podemos rodar os ramos em seu próprio eixo sem alterar as relações de parentesco, mas se cortamos e colarmos um ramo em outra parte dizemos que a topologia mudou. Terminal, num cladograma, signi�ca um ramo com dois nós (duas divergências) nas extremidades. Respondido em 10/03/2023 17:15:38 Questão10 a 23/03/2023, 16:30 Estácio: Alunos https://simulado.estacio.br/alunos/ 7/7 Explicação: Gabarito: Podemos rodar os ramos em seu próprio eixo sem alterar as relações de parentesco, mas se cortamos e colarmos um ramo em outra parte dizemos que a topologia mudou. Justi�cativa: Terminal são os táxons que foram amostrados na árvore �logenética, também podendo ser nomes de genes ou características de um conjunto de táxons. Não existe a terminologia clado inferior. Clado é um conjunto de descendentes e todos os seus ancestrais. Raiz da árvore é o ponto mais antigo no tempo, onde a árvore inicia. Topologia é o conjunto de relações entre clados e ramos numa árvore �logenética. Um cladograma só possui uma topologia que pode ser con�gurada de diversas maneiras, ou seja, ao rodar a árvore em seu próprio eixo não muda as relações de parentescos. No entanto, ao cortar e colarmos um ramo em outra parte da árvore, a topologia muda.